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[期刊] 林业科学
[作者]
康晓彤 陈辉
【目的】研究华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因及其表达特性,为揭示其在华山松抵御华山松大小蠹和蓝变真菌秦岭细粘束孢的入侵机制提供理论依据。【方法】运用PCR和RACE技术克隆华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因cDNA序列;利用生物信息学方法分析基因的核苷酸序列和编码蛋白的氨基酸序列,并构建系统发育树;通过实时荧光定量PCR技术分析华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因在MeJA处理和秦岭细粘束孢侵染后的表达差异。【结果】华山松alpha-pinene synthase基因编码区全长为1 887 bp,编码的蛋白由628个氨基酸组成,分子质量为71.59 kDa,理论等电点为5.86。华山松(-)-limonene synthase基因编码区全长为1 905 bp,编码的蛋白由634个氨基酸组成,分子质量为73.01 kDa,理论等电点为5.97。经实时荧光定量PCR分析,MeJA处理后alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因在不同时间均被诱导表达,其中alpha-pinene synthase基因表达量在第2天达到最高峰,(-)-limonene synthase基因表达量在第4天达到最高峰;秦岭细粘束孢侵染后alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因均被诱导表达,但表达量在处理后不同时间有明显差异。结果表明华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因是响应MeJA处理(模拟华山松大小蠹入侵危害)和秦岭细粘束孢侵染重要的基因。【结论】华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因能够响应MeJA处理和秦岭细粘束孢侵染,这对进一步揭示寄主华山松抵御华山松大小蠹和蓝变真菌入侵机制提供了理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张然然 王全坡 陈辉
【目的】获得华山松大小蠹β-肌动蛋白基因序列,探讨其作为内参基因的可行性。【方法】通过比对其他昆虫β-肌动蛋白的氨基酸序列设计简并引物,用PCR的方法获得华山松大小蠹β-肌动蛋白基因片段,进一步通过RT-PCR和qRT-PCR的方法,研究β-肌动蛋白基因在华山松大小蠹不同发育阶段和成虫不同组织的表达情况。【结果】获得了1 461bp的华山松大小蠹β-肌动蛋白基因cDNA序列,与其他昆虫肌动蛋白基因核苷酸序列的相似性在86%以上,且该基因在华山松大小蠹幼虫、蛹、成虫3个发育阶段以及成虫的头、胸、腹、足、翅等组织中表达稳定,且表达量无明显差异。【结论】成功获得了华山松大小蠹β-肌动蛋白基因片段,且...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
母德锦 陈林 许玉兰 蔡年辉 冯玲 陈诗 唐军荣
【目的】研究云南松肉桂醇脱氢酶的表达特性及其在木质素生物合成过程中的作用。【方法】以1年生云南松苗木为材料，通过测定嫩茎、嫩芽和针叶中18种木质素通路小分子的相对含量，并结合转录组数据联合分析，对云南松CAD基因进行筛选、克隆和生物信息学分析，同时利用RT-qPCR技术分析其在不同组织中的表达模式。【结果】在检测的18种木质素通路小分子中，嫩芽以5-O-咖啡酰莽草酸、5-O-对香豆酰莽草酸和咖啡酸等3种的相对含量较高，嫩茎以3-O-对香豆酰奎宁酸、4-香豆酸、阿魏酸、松柏醛、L-苯丙氨酸、松柏醇、对-香豆醇、L-酪氨酸和芥子醛等9种的相对含量较高，而在针叶中则以松柏苷、香豆醛、咖啡醛和紫丁香苷等4种的相含量较高。云南松转录组中筛选出4个CAD家族成员，通过系统进化分析发现云南松PyCAD-3与AtCAD1同源，PyCAD-1、PyCAD-2和PyCAD-4与松属类CAD、拟南芥AtCAD4、AtCAD5亲缘关系最近。相关性分析表明PyCAD-1和PyCAD-2与上下游木质素通路小分子相关性较强。PyCAD-1和PyCAD-2开放阅读框全长分别为570 bp和1083 bp，编码蛋白分子量分别为20.38 kDa和39.30 kDa。实时荧光定量PCR结果分析显示，PyCAD-1基因的相对表达量在嫩芽、嫩茎中最高；PyCAD-2基因的相对表达量在嫩茎中最高。【结论】PyCAD-2可能直接参与云南松木质素的生物合成，而PyCAD-1则可能存在一定的功能冗余。研究结果为云南松CAD基因家族及木质素代谢途径相关基因研究提供参考。
关键词：
云南松 肉桂醇脱氢酶 基因克隆 表达分析
[期刊] 林业科学
[作者]
林同 张宇宏 常润磊 张琪 温秀军
设计一对简并引物,应用RT-PCR技术,从松褐天牛细胞中克隆泛素基因的编码区,GenBank登录号EU433567。序列分析表明:该编码区的长度为228bp,编码76个氨基酸,编码蛋白的相对分子质量为8.49ku,理论等电点为5.83。同源性比较发现,松褐天牛泛素基因与其他10种昆虫泛素基因在氨基酸水平上具有94%～98%的相似性。基于核苷酸水平上的系统发育树显示松褐天牛与斜纹夜蛾、草地贪夜蛾遗传距离较近;通过同源建模获得了松褐天牛泛素基因编码蛋白的理论三维结构。将泛素基因与pET-32a(+)连接,构建原核表达载体pET-32a-ub,经IPTG诱导,松褐天牛泛素基因在大肠杆菌BL21(DE...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王玉卿 赵继新 庞玉辉 降彦苗 陈新宏 武军 刘淑会
【目的】克隆华山新麦草(Psathyrostachys huashanica)的α-醇溶蛋白基因,并对其进行生物信息学分析,构建该基因的原核表达载体,在大肠杆菌中诱导表达融合蛋白。【方法】采用同源克隆法从华山新麦草基因组DNA中分离克隆出α-醇溶蛋白基因并进行序列分析,将克隆的华山新麦草α-醇溶蛋白基因Gli-Ns-5克隆到表达载体pET-28a(+)上,获得重组质粒pET28a-Gli-Ns转化大肠杆菌BL21(DE3)并诱导表达。【结果】从华山新麦草基因组DNA中克隆了4个α-醇溶蛋白基因:Gli-Ns-2(FJ713595)、Gli-Ns-3(GQ139525)、Gli-Ns-4(GQ1...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马俊宁 代鲁鲁 张然然 陈辉
【目的】克隆华山松大小蠹谷胱甘肽S-转移酶基因的全长序列,并对其序列特征及不同发育时期的表达规律进行研究,以揭示谷胱甘肽S-转移酶在华山松大小蠹克服寄主抗性及物质转运过程中的分子调控机制。【方法】采用RT-PCR和RACE克隆华山松大小蠹谷胱甘肽S-转酶基因全长cDNA序列,用实时荧光定量PCR检测该基因在华山松大小蠹幼虫、蛹和雌雄成虫中的表达情况。【结果】获得cDNA全长为973bp的华山松大小蠹谷胱甘肽S-转移酶基因,并命名为DaGSTe1(GenBank登录号:KJ637332),其编码一个由218个氨基酸组成的多肽,分子质量约为23.567ku,理论等电点为7.90。华山松大小蠹DaG...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
毛珊珊 吴华俊 林同
松墨天牛ＭｏｎｏｃｈａＭｕｓ ａｌｔｅｒｎａｔｕｓ是危害马尾松树重大蛀干害虫，也是松材线虫的主要传播媒介昆虫，对我国松林资源构成严重威胁。用ｃ Ｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃｅ）方法克隆了松墨天牛ｅｒＰ基因（Ｍａｌ ｅｒＰ），Ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋＦ３５７８８１．１。该基因含有一个长为８６４ ＢＰ的开放阅读框，编码２８７个氨基。同源性分析表明，Ｍａｌ ｅｒＰ与光肩星天牛ａｎｏＰｌｏＰｈｏｒａ ＧｌａＢｒｉＰｅｎｎｉｓ ｅｒＰ的同源性最高，达到７９％；与赤拟谷盗ｔｒｉＢｏｌｉｕＭ ｃａｓｔａｎｅｕＭ的同源性为４５％。实时荧光定量Ｐｃｒ分析显示，Ｍａ ｅｒＰ在松墨天牛３龄幼虫的脂肪体、马氏管、中肠．．．
关键词：
松墨天牛 包囊蛋白 基因表达 农药胁迫
[期刊] 海洋渔业
[作者]
贾昌锋 高海霞 祝茜 张雷
采用表达序列标签(EST)和cDNA末端快速扩增技术(RACE)从松江鲈(Trachidermus fasciatus)体内克隆出一个热休克同源蛋白70(即TfHsc70)。其全长2 138 bp,理论分子量为71.1 kDa,等电点为5.27,并由一个1 947 bp的开放阅读框(ORF)、一个78 bp的5′端未翻译区(UTR)和一个95 bp的3′端带有终止密码子(TAA)的UTR组成。通过与多种鱼类、两栖类和爬行类等动物的热休克同源蛋白70(HSC70)对比发现,其具有88.89%～97.09%的相似性。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)显示,TfHsc70 mRNA在松江鲈的血液、心脏、肝脏、胃、肠、脾脏、肾脏、大脑、鳃中均有表达,但在皮肤中几乎未检测出。使用脂多糖(LPS)刺激发现,皮肤、血液和肝脏中TfHsc70的表达量在2 h时明显增加,鳃和脾脏中略微上调,而在大脑中呈现先减少再增加的趋势。基于对TfHsc70的蛋白序列以及TfHsc70 mRNA的表达分析,表明TfHsc70是热休克蛋白HSP70家族成员,它可能参与了松江鲈的先天免疫。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
徐亮 刘振宇 吕全 梁军 张星耀
松材线虫病是由松材线虫(Bursaphelenchus xylophilus)侵染引起的严重病害,引起重大的经济和生态损失。钙调素(CaM)是真核生物中Ca2+主要传导蛋白,本研究采用RT-PCR方法,首次从马尾松中克隆获得CaM,命名为pmCaM,并检测了其响应松材线虫侵染的表达特征。序列分析表明:pmCaM完整的开放阅读框核苷酸序列为450bp,编码149个氨基酸的蛋白质;该蛋白含有4个EF-hand结构域,具有钙调素的典型特征,与其它植物的CaM蛋白均有较高同源性。实时荧光定量PCR分析显示:接种松材线虫后30 180 min时间段,马尾松苗根、茎、叶器官中的pmCaM均下调表达,但不同...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张婷 丁贵杰 文晓鹏
［目的］研究马尾松紫色酸性磷酸酶基因功能及其对低磷胁迫的应答。［方法］采用ＲＡＣＥ法克隆马尾松紫色酸性磷酸酶（ＰＡＰｓ）家族成员Ｐｍ ＰＡＰ１，利用软件和数据库，对基因结构功能进行多重分析预测，检测其接种外生真菌及低磷胁迫下的表达模式。［结果］表明，Ｐｍ ＰＡＰ１基因Ｃ ＤＮＡ全长２ ５２０ ｂＰ，开放阅读框１ ８６９ ｂＰ，编码６２２个氨基酸残基，具紫色酸性磷酸酶保守结构域特征，属于高分子量ＰＡＰｓ。Ｐｍ ＰＡＰ１有信号肽，无跨膜区，推测定位于细胞质基质或细胞器基质中，它与莲（ＮＥｌｕｍｂｏ ＮｕＣｉｆＥＲＡ）、无油樟（ＡｍｂｏＲＥｌｌＡ ｔＲｉＣｈｏＰｏＤＡ）的亲缘关系最近，相似性分别达７．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李龙 张立峰 齐力旺 韩素英
本研究克隆了日本落叶松体细胞胚胎发生相关受体类蛋白激酶基因LaSERK1,并检测了在不同培养条件下LaSERK1的表达情况,发现LaSERK1与已发现的其他物种SERK1基因有高度相似性,qRT-PCR结果显示:LaSERK1在体胚发生早期高表达。结果表明:LaSERK1可能在落叶松体胚发育早期起重要作用,LaSERK1也可能成为早期胚性细胞的标记基因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蔡紫玲 吴华俊 林同
谷氨酰胺６－磷酸果糖酰胺转移酶（ｇｌｕｔａｍｉｎｅ－ｆｒｕｃｔｏｓｅ－６－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ａｍｉｎｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ，ｇｆａｔ）是己糖胺通路（ｈＢｐ）的限速酶，参与几丁质的合成和蛋白质的糖基化。本研究利用ｒａｃｅ克隆了松墨天牛ｇｆａｔ基因（ｍａ ｇｆａｔ），ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋｔ３６２３６７，其长度为２６２４ Ｂｐ，开放阅读框为２０６１ Ｂｐ，编码６８６个氨基酸。序列对比分析显示ｍａ ｇｆａｔ与赤拟谷盗相似性最高，为８８％，在系统发育树上位于同一分支。采用ｒｔ－ｑ ｐｃｒ方法检测ｍａ ｇｆａｔ在松墨天牛不同组织及不同发育时期的表达情况，结果表明：ｍａ ｇｆａｔ在各虫态中，成虫中．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
王峰 马玲 陈俏丽 王博文 郝欣 何芳林 柳燕
【目的】通过对热激转录因子基因Ｂｘ－ＨＳＦ－１的克隆和表达分析，为深入研究ｃ ＧＭＰ、ＴＧＦβ－ｌｉｋｅ和ｉｎＳｕｌｉｎ／ｉＧＦ等热激抗逆代谢路径提供理论基础。【方法】根据松材线虫基因组数据设计引物克隆松材线虫Ｂｘ－ＨＳＦ－１基因。进一步对Ｂｘ－ＨＳＦ－１进行Ｇｅｎｅ ＯｎＴＯｌＯＧｙ基因功能预测、系统发育分析、保守结构域分析等生物信息学分析。应用ＪＡＳＰＡＲ预测Ｂｘ－ＨＳＦ－１靶位点ＤｎＡ序列，根据松材线虫基因组数据筛选含有该序列的靶基因，并通过蛋白质三维结构分析和分子对接验证。应用荧光定量ｑ－ＰｃＲ检测Ｂｘ－ＨＳＦ－１及其靶基因在热激和低温处理条件下４个时间点的表达量，结合转录组数据对Ｂｘ．．．
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
蔡琼 丁贵杰 文晓鹏
克隆马尾松Ｐｉｎｕｓ ｍａｓｓｏｎｉａｎａ水通道蛋白（ａＱＰ），并对其生物信息学与干旱胁迫表达模式进行分析。采用逆转录聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）以及互补脱氧核糖核酸（Ｃ Ｄｎａ）末端快速扩增（ＲａＣＥ）方法克隆马尾松水通道蛋白基因。采用实时荧光定量聚合酶链式反应（Ｑ ＲＴ－ＰＣＲ）分析其在干旱胁迫下的响应模式。结果克隆到一个马尾松水通道蛋白基因，命名为Ｐｍ ＰｉＰ１（ＧＥｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋＦ５８２０３８）。此基因Ｃ Ｄｎａ全长序列为１ ３０１ ＢＰ，包括８６７ ＢＰ的完整开放阅读框，９９ ＢＰ的５′末端非翻译区和３３５ ＢＰ的３′末端非翻译区。编码２８８个氨基酸残基，分子量为３０．８６．．．
关键词：
植物学 马尾松 水通道蛋白 克隆 表达
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
陈虎 贾婕 罗群风 吴东山 杨章旗
克隆获得马尾松Pinus massoniana PmGPX基因,进行生物信息学分析以及在不同抗虫材料表达模式分析。在前期马尾松转录组测序获得该基因片段基础上,用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得基因全长,实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)技术分析该基因在不同抗虫材料中的表达模式。克隆获得基因cDNA全长序列,命名为PmGPX。该基因包含741 bp开放阅读框,编码246个氨基酸。序列分析表明:该基因具有GPX家族典型的保守结构域,等电点PI 8.29,蛋白分子量27.08 kDa,与针叶植
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