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[期刊] 中国农业科学
[作者]
章秋平 刘冬成 刘威生 刘硕 张爱民 刘宁 张玉萍
【目的】研究华北生态群普通杏在不同地理来源间的遗传多样性、特异性和群体结构差异。【方法】应用21对SSR引物对67份华北生态群普通杏的遗传多样性和群体结构进行分析。【结果】21个SSR位点在67份华北生态群的普通杏材料中共检测出301个等位变异,每个位点的等位变异范围为8—24个,平均为14.33个。每个位点Shannon’s多样性指数(I)变异范围为0.65—2.67,平均为1.934。通过不同地理来源间比较,发现来自西北黄土高原区域的杏种质多样性丰富,拥有较多的等位变异。不同地理群间存在较多的互补等位变异;各地理群体拥有各自特有等位变异。基于混合模型的Structure2.2群体结构分析显...
关键词：
普通杏 华北生态群 遗传多样性 群体结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄娟 高利军 高菊 卿冬进 朱昌兰 周维永
【目的】对6个亚洲国家的普通野生稻群体进行评价,以明确其遗传多样性特征。【方法】利用覆盖水稻12条染色体且多态性显著的25对微卫星分子标记,对来自中国南方4个省区(广西、广东、海南及云南)及与中国相邻的5个亚洲国家(尼泊尔、老挝、缅甸、柬埔寨及越南)11个居群的280份普通野生稻进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=17.32,有效等位基因数Ae=8.71,期望杂合度He=0.87,香农指数I=2.34,基因流Nm=0.72,固定指数F=0.43。供试自然居群中以来自中国海南文昌(WC)的普通野生稻遗传多样性最高(He=0.84),来自越南(VT)的次之(He=0.83),中国广东茂名(GZ)的普通野生稻遗传多样性最低(He=0.43)。通过综合比较发现,6个国家的野生稻资源遗传多样性以越南为最高(He=0.83),中国及老挝(He=0.81)次之,缅甸最低(He=0.32)。通过聚类分析发现,来自东南亚4国的野生稻居群之间、中国广西及广东的野生稻居群之间分别表现出较高的遗传相似性;而中国海南文昌的野生稻居群与东南亚4国的野生稻亲缘关系更近。供试野生稻有11个潜在的遗传分支,并且群体之间存在基因交流。【结论】供试普通野生稻整体遗传多样性丰富,纬度较低且临近东海岸的越南(VT)和中国海南文昌(WC)群体表现出较高的多样性;群体之间的遗传距离与地理位置以及气候条件密切相关。加强收集亚洲各国的野生稻资源,充分分析其遗传多样性将对我国水稻育种工作的推进起到重要作用。
关键词：
亚洲 普通野生稻 居群 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王红霞 赵书岗 高仪 张志华 玄立春
【目的】从分子水平上探讨普通核桃品种的遗传多样性和亲缘关系,为更有效地保护和利用这些品种资源提供科学依据。【方法】采用AFLP-银染分子标记技术,对131份核桃品种进行遗传多样性和亲缘关系分析,应用NTSYSpc2.11a分析软件对统计结果进行聚类分析。【结果】选用20对多态性高、分辨力强的EcoRⅠ/MseⅠ引物组合分别对供试材料的基因组DNA进行扩增,共获得1 643条清晰可辨的条带,其中多态性带1 512条,平均每个引物组合可检测出82.15个多态性位点,多态性位点百分率高达92.03%。得到131份材料间的相似系数范围为0.637—0.928。当相似系数为0.76时,UPGMA分析将1...
关键词：
核桃 AFLP 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
曹福亮 花喆斌 汪贵斌 张往祥
用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对浙江西天目山、贵州务川、湖北大洪山区、重庆金佛山区和福建武夷山区等5个群体150个银杏Ginkgo biloba个体进行了遗传多样性分析。12个寡核苷酸引物共检测到194个位点,多态位点130个,多态位点百分率66.67%。用PopGen 32软件对数据进行了分析,结果显示:Nei’s基因多样性指数(h)的群体水平是0.431 7,Shannon信息指数(I)的群体水平是0.621 1,基因分化系数(Gst)是0.288 2。Shannon信息指数(I)分析揭示的银杏群体遗传分化水平[(Isp-Ipop)/Isp]=0.190 3,AMOVA分析结果得出银...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙效文 杨彦豪 鲁翠云 曹顶臣 雷清泉
利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10.39个有效等位基因,普通鲫11.82个有效等位基因;双龙水库三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度分别为0.6035和0.6300,双凤水库中的三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度为0.5311和0.5885;相似性与遗传距离分析结果显示:相似性最大的是双凤水体内的银鲫和普通鲫(0.8127),远大于两个水体间的银鲫群...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
寇淑君 霍阿红 付国庆 纪军建 王瑶 左振兴 刘敏轩 陆平
【目的】利用荧光SSR研究中国糜子的遗传多样性与群体遗传结构,为糜子品种改良、种质创新和资源利用提供依据。【方法】用不同地理来源且表型差异较大的6份糜子材料对SSR引物进行筛选,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳获得条带清晰、稳定性好、多态性高的糜子SSR引物,对筛选出的引物5′末端进行6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光标记,利用基因分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并以此来分析131份糜子材料的遗传多样性和群体结构。【结果】从202对SSR引物中共筛选出22对扩增稳定、多态性好的SSR引物,能同时适用于传统变性PAGE胶电泳和荧光SSR标记-全自动分析检测技术。22对SSR引物共检测出128个主要等位变异,平均每个位点5.82个;基因多样性指数变化范围为0.3572—0.8132,平均0.6284;多态性信息含量为0.2934—0.8150,平均0.5874;Shannon多样性指数为0.5427—1.7681,平均1.2062。不同生态区糜子种质间遗传距离的变化范围为0.0764—0.7251,平均0.3121,遗传一致度的变化范围为0.4843—0.9265,平均0.7465。其中,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小,遗传一致度最高,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的材料聚为一类,个体间聚类,东北春糜子区的育成品种和农家种聚类结果一致,黄土高原春夏糜子区的育成品种在多个组群中都有出现。通过绘制K与△K的关系图,K=4时,△K最大,据此将131份糜子材料划分为4个类群,类群Ⅰ代表北方春糜子区;类群Ⅱ主要来自东北春糜子区;类群Ⅲ主要是北方春糜子区,群组Ⅳ主要是黄土高原春夏糜子区。各群体中大部分品种亲缘关系单一,少数品种含有其他组群的遗传成分。基于遗传距离的聚类分析与群体遗传结构分析结果基本一致,表明糜子的遗传差异与地理来源相关。【结论】北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传多样性比较丰富,东北春糜子区的育成品种主要以农家种为遗传背景选育而来,黄土高原春夏糜子区在育种过程中引种资源广泛,与其他生态区存在基因交流。
[期刊] 水产学报
[作者]
周伟 高天翔 王俊 宋娜
为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h<0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
何倚剑 刘卫东 柳李旺 王倩 崔群香
采用SRAP分子标记技术,对国内外70份茄子材料的遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明:21对引物共扩增出375条条带,平均每条引物扩增出17.8条条带,其中多态性条带共72个,多态性比例为19.2%,各种质间遗传相似系数变幅为0.388 9～0.958 3,平均值为0.705 3,表明参试材料间存在着一定的遗传差异,但遗传基础比较狭窄。群体结构分析则得出84.29%的材料遗传结构相对比较单一,仅15.71%拥有复杂的遗传背景。从材料划分类群来看,遗传多样性和群体结构分析结果基本一致,只有少数遗传背景复杂的材料类群划分有些差异。
关键词：
茄子 遗传多样性 群体结构 SRAP
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
高铖铖 燕丽萍 吴德军 王因花
【目的】白蜡是北方重要的盐碱地造林树种，了解白蜡居群的遗传多样性和群体结构对于白蜡种质资源的有效保护和开发利用至关重要。【方法】利用筛选的SSR标记，对来自9个不同地理区域的共380份白蜡种质资源进行遗传分化分析、分子变异分析(AMOVA)、非加权组平均法(UPGMA)聚类、主坐标(PCoA)与群体结构分析。【结果】12对SSR引物在所有白蜡中都能进行扩增，等位基因(N_a)共51个，平均每对引物观察到4.287个等位基因，PIC为0.119 7～0.750 9，平均为0.532 9，高于0.5；白蜡居群的群体内近交系数(F_(is))平均为0.016，群体近交系数(F_(it))平均为0.091，显示杂合频率高，居群近交较多，群体分化率(F_(st))平均为0.095，存在中度程度的遗传分化，基因流(N_m)平均为4.199，居群间基因交流非常丰富；AMOVA分析结果表明9个白蜡居群的遗传差异主要来源于个体间(91%)；群体结构分析结果显示，9个来自不同地理区域的白蜡居群中存在3个不同的基因库，居群间在进化上相对独立，存在一定程度的遗传混合，遗传组分相对单一，与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。【结论】12个SSR标记多态性较好、稳定性较高，能有效鉴别来自9个不同地理区域白蜡居群的380份种质资源，并揭示种质的遗传多样性和群体遗传结构，可为白蜡的种质保存和育种提供有价值的科学依据。
关键词：
SSR标记 白蜡 遗传多样性 群体结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
代程 何玉华 包世英 王丽萍 杨峰 于海天 吕梅媛
文章对129份云南地方蔓生型普通菜豆种质资源进行了农艺性状的遗传多样性分析。结果表明,在云南地区的普通菜豆种质资源在形态学上具有丰富的多样性。10个农艺性状的平均变异系数为0.24,其中以单株荚数的变异度最大,达到0.61。平均多样性指数为2.04,各性状间数值差异不大。通过因子分析中的主成分法将10个变量降维获得4个公共因子,含义清晰且解释度较好。利用公共因子得分进行聚类分析,129份菜豆资源可分为2大类5个亚群。其特征是:亚群Ⅰ表现为分枝及结荚多,单荚粒数多,百粒重较小而单株产量高;亚群Ⅱ表现晚熟,荚
关键词：
普通菜豆 种质资源 遗传多样性 云南
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨玉敏 杨武云 李俊 林超文 张庆玉 张冀
运用SSR标记的方法,对节节麦SQ-214与普通小麦杂交后代的BC1F2群体的64份材料和高代系群体的147份材料在D基因组上的68个SSR位点的遗传多样性进行了分析。结果表明:68对SSR引物在杂交后代的两个群体等位变异位点较多,BC1F2群体共检测到67个位点有变异,等位变异数为212个,主要集中在3D染色体上。高代系中58个位点有变异,等位变异数为184个,等位变异位点多集中在2D上。BC1F2和高代系群体在D基因组的7条染色体上遗传多样性的表现不一致,BC1F2在7条染色体上的遗传多样性显著高于高代系,等位变异分布较高代系均衡。BC1F2材料间的遗传多样性高于高代系。由此可知,节节麦与...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨柳 汪斌 童治军 黄勇兵 曹梅秀 吴海乔 巫升鑫 陈顺辉 兰涛
利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.
关键词：
烟草 SSR标记 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郭辉 陈灿 夏秀忠 杨行海 梁树辉 张晓丽 徐志健 农保选 张宗琼 冯锐
【目的】探究76份广西普通野生稻种质对褐飞虱的抗性与遗传多样性，为优异抗性水稻种质资源的合理利用提供参考依据。【方法】对来自临桂、贵港、邕宁、博白、横州、扶绥、玉林和防城港8个居群的76份广西普通野生稻种质资源进行苗期抗褐飞虱鉴定，利用筛选出的62对SSR引物对供试材料进行遗传多样性分析，采用Structure ver 2.3.4进行群体遗传结构分析，并构建聚类图，利用GenAlEx 6.5分析居群间的遗传分化系数和基因流，并进行不同类群的分子方差分析。【结果】广西普通野生稻种质资源褐飞虱抗性鉴定表明，表现为高抗、抗、中抗、中感的材料分别有7、34、31和4份。遗传多样性分析中，76份材料中共检测到669个等位基因，平均每个位点含10.79个等位基因，等位基因数变幅为4～19个，其中稀有等位基因348个，占总数的52.02%，平均每个位点含5.613个；主要等位基因频率变异范围在0.158～0.855，平均为0.373；Nei’s基因多样性指数（He）变异范围为0.260～0.894，平均为0.754；多态信息含量（PIC）的变异范围为0.248～0.885，平均值为0.727。8个居群He表现为防城港>邕宁>贵港>博白>扶绥>横县>玉林>临桂，种质褐飞虱抗性与居群纬度和He无显著相关性（P>0.05），居群纬度与居群He的相关系数（r）为-0.822，达显著水平（P<0.05）。遗传结构分析显示，K=3时，供试种质可分为3个类群，与聚类分析结果相似；8个居群两两之间有85.71%的居群间表现为中等程度的遗传分化；基因流分析表明，防城港、博白、邕宁居群之间及贵港与扶绥之间基因交流频繁。AMOVA分析表明，遗传变异来源主要为个体内与个体间，群组间的变异比例较小。【结论】76份广西普通野生稻种质对褐飞虱表现出较好抗性与丰富的遗传多样性，结合现代分子生物学技术鉴定新的褐飞虱抗性基因和优异等位基因，并转育创新抗性新种质，可用于培育多抗优质水稻品种。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘雷 张伟杰 刘岩松 冷晓飞 欧凡江 臧晓宁 李旭光 丁君 常亚青
为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166)，平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_(st))介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析(PCoA)和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
卢俊浩 张婷 张鹏 木万福 杨龙 张建华 黄晓蓉 寸婕 管俊娇
【目的】为了解花菜类种质的遗传基础，分析种质群体的亲缘关系，为花菜育种提供参考。【方法】选用22对SSR引物，利用毛细管电泳荧光检测技术对96份花菜类种质材料进行遗传多样性分析，根据Nei’s遗传距离和非加权配对法（UPGMA）进行聚类分析以及以Structure软件的混合模型聚类法推断材料构成群体的遗传结构。【结果】22对引物在96份材料中共扩增出91个等位位点，平均每对引物为4.136个。从22对引物中筛选出了10对条带清晰、稳定性好的多态性引物，可用于花菜类作物种质资源的鉴定和研究。根据花球性状，将材料分为青花菜（24份）以及花椰菜（72份）2个组群，经多态性分析，2个组群的观察等位基因数值（Na）分别为2.727和3.091；有效等位基因数（Ne）分别为1.910和1.841；Shannon′s 指数（I）分别为0.675和0.667，说明这2个组群的遗传多样性均不够丰富。聚类分析也将96份材料分为2个组群，第Ⅰ组为24份青花菜材料，包括1份西兰苔杂交种和23份青花菜杂交种；第Ⅱ组为72份花椰菜材料，包括29份花椰菜自交系、36份花椰菜杂交种和7份花椰菜主栽品种。花椰菜自交系被分到了4个亚群，但在各亚群中材料之间的遗传距离较小，杂交组配时，选用不同亚群的自交系进行组配，以获得更大的杂交优势。群体结构分析中，当K=2时△K出现明显的峰值，最大值为1658.48，为最佳群体组群数，与聚类分析结果基本一致。且96份材料的Q值均大于0.6，说明该花菜资源的遗传结构较为单一。【结论】所参试材料种质群体内遗传多样性不够丰富，遗传背景单一，亟需重视对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用，加强种质材料共享和交流，促进花菜种业发展。
关键词：
花菜 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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