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[期刊] 水产学报
[作者]
龚理 张莹 韦丽明 鲁鑫婷 刘炳舰 刘立芹 吕振明
近年来，线粒体基因组被广泛应用于物种鉴定、群体遗传、系统演化及适应性进化等领域。十足目异尾次目是一类体型介于虾类和蟹类之间高度特化的甲壳动物，在海洋生物系统演化研究中具有十分重要的意义。然而，与短尾次目相比，人们对异尾次目线粒体基因组关注度明显不足；迄今为止对该类群线粒体基因组及基因重排现象仍缺乏系统全面的了解。本研究综述了异尾次目线粒体基因组的研究现状，并对GenBank数据库已公布的26种异尾次目线粒体基因组全序列进行了比较分析，总结了该类群线粒体基因组的基本特征。在此基础上，首次分析了该类群线粒体基因组常见的重排类型及可能的重排机制。比较发现异尾次目线粒体基因组均发生了重排，表现为15种不同重排类型；这些重排事件都可以用复制-随机丢失模型和线粒体内重组模型进行合理的解释。综述还对重排现象在异尾次目系统发育中的应用进行了探讨，以期为异尾次目线粒体基因组进化及系统发育研究提供科学依据。
关键词：
十足目 线粒体基因组 基因重排 系统发育
[期刊] 水产学报
[作者]
绳秀珍 吴明顺 叶海斌 王晓璐 王友红 于晓清 许拉 刘洪军
虾虹彩病毒病是一种感染甲壳类的急性、传染性疾病，其病原为虹彩病毒科的一个新属即十足目虹彩病毒属的十足目虹彩病毒1（Decapod iridescent virus 1，DIV1）。DIV1传播速度快、宿主范围广、致死率高，近年来在对虾养殖过程中广泛流行，给我国对虾养殖业造成巨大经济损失。目前，在DIV1病的病原学、病理学、流行病学、检测诊断等方面已开展了部分研究，但对病毒感染的分子机制、宿主的应答规律等还知之甚少。本文对十足目虹彩病毒1的发现过程、分类地位、形态特征、感染特性、机体响应机制、基因组信息、宿主范围、传播途径、检测方法等方面的最新研究进展进行了综述，阐述了疾病防控及未来展望，以期为虾虹彩病毒病的深入研究及有效防控提供参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾万忠 闫鸿斌 倪兴维 曹平 娄忠子 付宝权 史万贵
线虫(nematode)种类繁多,生活方式多样,一部分线虫可寄生于动物和植物体内,引起线虫病(nematodiasis),其中旋毛虫病、猪蛔虫病等是重要的人兽共患寄生虫病,在中国和世界各地普遍流行,危害严重。本文将对线虫线粒体基因组的研究进展、应用和今后发展方向做一简要综述。迄今,已完成46种线虫的线粒体基因组全序列测定和分析。线虫线粒体基因组的碱基组成、基因结构、基因变异等方面有其特点,这些分析结果为线形动物门线粒体功能基因组学研究、比较基因组学研究、分子分类学研究、虫种(株)鉴定与分类、分子系统发育和进化分析等提供了重要依据和指导作用,为线虫病诊断、分子流行病学调查等分子检测方法的建立提供...
关键词：
线虫 线粒体基因组 基因结构 分类
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
马志杰
系统了解牦牛线粒体基因组(mtDNA)的研究现状,探究其存在的缺陷与不足,为今后更好地开展牦牛基因组学研究提供依据和基础材料。笔者通过查阅近20年有关牦牛mtDNA研究的文献资料,对牦牛mtDNA全序列和部分序列的研究进展进行综述。自20世纪80年代末以来,mtDNA作为一种很好的分子标记已被研究者用于探究牦牛的起源驯化、遗传多样性、迁徙模式、历史发展动态、分类学地位、适应性机理及系统发育关系等问题,并取得了具有结论性的诸多成果。然而,有关牦牛mtDNA全序列基础上的群体基因组学研究、线粒体转录组和蛋白质组学研究、核基因组与线粒体基因组间的互作和调控研究、线粒体基因组与部分性状间的关联分析等内...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王文明 周开达
对植物细胞质雄性不育分子机理的探索促进了水稻线粒体基因组的研究。线粒体基因组的物理和遗传图谱已经构建。线粒体基因组在不同水稻品种组间存在广泛的多样性。发现线粒体基因组中含有经重排了的叶绿体ＤＮＡ序列；也在核基因组中发现线粒体类质粒ＤＮＡ的同源序列，并且这些同源序列在核基因组中分布于有限的染色体区域。核背景的变换不仅会引起线粒体基因组的结构变异，也会造成线粒体基因的表达差异
[期刊] 水产学报
[作者]
何润泽 周利民 高炳淼 程双怀
为了解轮虫线粒体基因组研究现状和存在的问题，通过对轮虫线粒体基因组研究相关文献的搜索、收集、阅读和归纳总结，通过对轮虫线粒体基因组序列进行分析和统计，提出轮虫线粒体基因组研究发展趋势及应用。随着分子生物学技术特别是测序技术的发展，轮虫线粒体基因组序列测定相关研究也逐步开展起来。目前已经报道的轮虫线粒体全序列有12个记录，共6种物种，主要集中于蛭态轮虫和臂尾轮属轮虫，蛭态轮虫线粒体基因组含1条环形染色体，臂尾轮属轮虫含两条环形染色体。所有轮虫线粒体基因组均含有基本的13个线粒体蛋白质编码基因，2个rRNA编码基因，22个tRNA编码基因(18～32个)。另外，少数轮虫如萼花臂尾轮虫含有额外的cytb基因拷贝。由于轮形动物中的轮虫体型微小，克隆培养困难，研究人员相对较少，轮虫线粒体基因组测序有待进一步深入。线粒体基因组研究中获得的序列可以用于轮虫系统发生关系研究、轮虫线粒体基因组比较学研究、轮虫隐种研究、轮虫分子鉴定研究、轮虫地理谱系学研究。
关键词：
轮虫 线粒体基因组 序列测定
[期刊] 林业科学
[作者]
杜会聪 王瑶 方加兴 张珍荫 张苏芳 刘福 张真 孔祥波
【目的】测定和分析马尾松毛虫线粒体基因组的特征,从线粒体基因组水平探究蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。【方法】采用Hi Seq X Ten测序仪测定马尾松毛虫线粒体的全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2. 0软件预测tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的核苷酸序列构建鳞翅目蛾类13个科50种昆虫的系统发育关系。【结果】马尾松毛虫线粒体基因组全长15 417 bp,A+T含量为79. 6%,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长度为320 bp的A+T富含区,无基因重排。13个蛋白质编码基因中,氨基酸使用较频繁的依次包括Phe、Leu、Ile、Tyr和Asn(Count>290),而Ala和Arg的使用相对较少(Count
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李强 刘至治 顾珈宁
采用引物步移法PCR扩增,获得全长为16846 bp的河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)线粒体全基因组DNA(mt DNA),并对其基因结构、重排机制及在系统发育中的应用进行了分析。研究结果:(1)河川沙塘鳢mt DNA由37个基因和1个非编码控制区组成;除ND6和8个t RNA外,其他基因都编码在重链(H)上;t RNA基因因发生滑移重排(shuffling),将经典的线粒体基因组HSL(t RNAHis–t RNASer–t RNALeu)排列变成了SLH(t RNASer–t RNALeu–t RNAHis)排列,造成在t RNALeu与t RNAHis、ND4...
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李红梅 王珣章 林进添
以线粒体16S rDNA基因作为分子标记,对蝽总科8个科23种昆虫进行了系统发育的分析,并采用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了分子系统树。结果表明:利用16S rDNA分子研究蝽总科的系统发育关系是适合的,能够重建蝽总科的单系性;土蝽科的位置不稳定,在蝽总科各科进化过程中处于中间位置;龟蝽科与蝽科在MP树和ML树中都形成姊妹群关系,在NJ树中2个科的亲缘关系也比较近;异蝽科是最早分支出来的,表明异蝽科是所研究类群中最为原始的类群。本研究从分子水平上支持了将荔蝽亚科、盾蝽亚科和兜蝽亚科从蝽科中分立出来提升为科的观点。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 田美 孟学平 程汉良
综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1~0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点...
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘晨阳 夏梦玉 翟卿 赵卓 李祥 杜红雨 刘晓光
【目的】了解锡金尾褐蚬蝶Abisara chela (de Nicéville， 1886)线粒体基因组特征，分析蚬蝶种间亲缘关系和蚬蝶的高级阶元分类地位。【方法】于西藏自治区野外采集蚬蝶成虫，形态鉴定后采用高通量测序获取所采集蚬蝶的线粒体基因组序列，并分析锡金尾褐蚬蝶线粒体基因组特征。分别采用贝叶斯法和最大似然法构建系统发育树。【结果】锡金尾褐蚬蝶（GenBank登录号：ON729301）线粒体基因组序列全长15 259 bp，包括37个基因：13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段控制区，也被称为A+T富含区。锡金尾褐蚬蝶线粒体全基因组中A、T、G、C含量分别为39.9%、40.6%、7.8%和11.7%，有明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因中，相对同义密码子使用频率最高的是UUA，其RSCU值为5.08。22个tRNA二级结构中，除trnS1缺少DHU臂外，其他21个tRNA基因均为典型的三叶草结构。锡金尾褐蚬蝶线粒体基因组特征与目前已知大多数蝶类一致。在科级分类水平上，2种系统发育分析方法得到了相似的树拓扑结构：蚬蝶和灰蝶互为姐妹群。【结论】支持5科分类法；支持将蚬蝶和灰蝶并列为灰蝶科的亚科。认可将黄带褐蚬蝶(Abisara fylla)和白带褐蚬蝶(Abisara fylloides)归入古蚬蝶族的观点，系统发育分析结果显示锡金尾褐蚬蝶仍属于褐蚬蝶族。
[期刊] 水产学报
[作者]
高焕 赵莲 薛蓓 朱国华 赖晓芳 陈建华 申欣 阎斌伦
为研究脊尾白虾应答饥饿的线粒体基因组表观遗传学特征,本研究在筛选适宜脊尾白虾线粒体基因组甲基化位点分析的BSP引物基础上,对不同饥饿期该虾线粒体基因组的甲基化特征进行了分析。共设计覆盖脊尾白虾线粒体全基因组序列的BSP引物51对,经验证其中10对引物可用于脊尾白虾线粒体基因组的甲基化特征分析,选用其中具有稳定扩增产物的5对引物分别对饥饿10、20和30 d的脊尾白虾线粒体基因组的甲基化特征进行了分析,结果表明,脊尾白虾耐受饥饿的平均死亡时间为19.8 d,最长耐受时间为48 d,在不同饥饿阶段线粒体基因组均可发生甲基化现象,且在第10天时甲基化比例最高,而第20和30天时甲基化比例反而降低;甲...
关键词：
脊尾白虾 线粒体基因组 甲基化 饥饿
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