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[期刊] 西南农业学报
[作者]
高鑫媛 赵红玲 白茹玥 李哲 魏金月 赵蓝青青 赵春颖
【目的】分析根腐病北苍术植株根际土壤真菌群落的多样性，为探索北苍术根腐病的发病机理和防治工作提供参考。【方法】利用Illumina HiSeq 高通量测序技术，分析北苍术根腐病植株与健康植株根际土壤真菌群落结构特征，并对植株根际土壤理化性质与酶活性进行分析。【结果】患根腐病北苍术植株根际土壤真菌较健康植株总量和多样性显著降低。患根腐病北苍术植株根际土壤中真菌菌群在门水平的丰度相对健康土壤增高的是子囊菌门（Ascomycota），减少的是担子菌门（Basidiomycota）、壶菌门（Chytridiomycota）；在目水平增多的是肉座菌目（Hypocreales）、假球壳目（Pleosporales）、小丛壳目（Glomerellales）等，减少的是被孢霉目（Mortierellales）、粪壳菌目（Sordariales）、散囊菌目（Eurotiales）、刺盾炱目（Chaetothyriales）等；在属水平上增多的是镰刀菌属（Fusarium），赤霉属（Gibberella）等，减少的是被孢霉属（Mortierella）、亚隔孢壳属（Didymella）、毛壳属（Cheatomium）及木霉属(Trichoderma)等。统计学分析表明，患根腐病北苍术植株根际土壤的pH值显著低于健康北苍术植株根际土壤，速效N、速效P、速效K含量显著增高。且不同处理的北苍术植株根际土壤的酶活性检测显示根腐病北苍术植株根际土壤的土壤脲酶、土壤蔗糖酶及土壤碱性磷酸酶的酶活性显著高于健康植株的根际土壤。【结论】常见生防菌毛壳属（Cheatomium）在根腐病北苍术植株根际土壤中占比较少，Schizotheciumj菌在健康北苍术植株根际土壤中占比丰度更高。致病菌镰刀菌（Fusarium）在根腐病北苍术植株根际土壤中占比多。北苍术根腐病的成因可能与其根际真菌丰度降低、土壤的理化性质及酶活显著变化有关，但差异菌群的功能多样性及与北苍术植株根腐病病原菌的互作关系尚待验证。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
方宇 白涛 刘冬梅 韩小女 刘舜 王瑞宝 郭永升 陈小龙 王柄权 程凌寒 黄飞燕 余磊 蔡永占 刘佳妮
【目的】为改善云南烟区植烟土壤微生态环境及从土壤生防菌筛选等角度防治烟草黑胫病提供基础数据及理论依据。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析了健康与患病烟株根际土壤真菌群落结构。【结果】健康烟株根际土壤（ZCTY）和患病烟株根际土壤（HJTY）真菌OTU数分别为1809个和1479个，同时ZCTY的OTU数、特有OTU数分别是HJTY的1.22、1.62倍，且HJTY中的真菌物种量、丰富度和多样性显著降低，ACE、Chao1和Shannon指数较ZCTY分别降低了31.87%、30.47%和0.68%；同时，优势种属中的Soilcoccozyma、镰刀菌属(Fusarium)、Spiromastix和青霉属(Penicillium)在两组间存在显著差异，较ZCTY相比，HJTY中的Soilcoccozyma、镰刀菌属和青霉属相对丰度分别增加了177.06%、54.32%和144.27%，而毛壳菌属(Chaetomium)等有益菌属显著减少，且Spiromastix是HJTY的特有菌属；烟株根际土壤真菌群落与土壤理化因子（pH、有机质、碱解氮、有效磷、速效钾）变化存在一定的相关性，其中油壶菌属与有机质、碱解氮均呈显著负相关，镰刀菌属与碱解氮呈显著正相关，Soilcoccozyma与pH呈显著负相关，与速效钾呈显著正相关，Plectosphaerella与碱解氮、有效磷呈显著负相关，而青霉菌属与碱解氮、有效磷呈显著正相关，外瓶柄霉属(Exophiala)与有机质呈显著正相关。【结论】烟株根际土壤真菌多样性、丰富度的降低及群落结构的改变是烟株患黑胫病后的重要指征之一，其中镰刀菌属、被孢霉属(Mortierella)、青霉属等相关病原菌及腐生菌显著增加，毛壳菌属等有益菌属显著减少，且根际土壤真菌群落受到土壤微生态环境中生物因子和非生物因子的共同影响。
关键词：
烟草黑胫病 根际土壤 真菌群落 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贺璐 马杰 傅淋 肖才升 刘芳 赵瑞元 李庠
【目的】揭示卷丹百合感染根腐病后根际土壤真菌群落结构、多样性变化，为进一步探明根腐病的微生态发病机理和生防菌的筛选及应用提供理论依据。【方法】分别对连作多年地块上患根腐病和健康卷丹百合根际土壤中真菌的ITS1基因进行扩增，并采用高通量测序技术进行测序，分析健康与患病百合根际土壤真菌物种组成及多样性。【结果】α多样性结果显示，卷丹百合健康与患根腐病根际土壤中的真菌群落丰富度、均匀度和多样性无显著差异。PCA分析结果显示，患根腐病百合与健康百合根际真菌群落物种组成存在差异。患根腐病与健康百合根际真菌优势菌门为子囊菌门；散囊菌纲、银耳纲、刺盾炱目、银耳目、小疱毛壳科、丛赤壳科、外瓶霉属等在患病百合根际中相对丰度显著高于健康百合。LEfSe分析结果显示，子囊菌门与Ilyonectria分别在患病与健康百合根际土壤中差异最大；Arcopilus、角菌根菌属、Ascobolus、Paraphaeosphaeria等14类菌群为健康百合根际的标志物种。【结论】连作多年地块健康百合与患根腐病百合根际真菌群落结构有明显差异。卷丹百合根腐病的发生可能与根际土壤中真菌物种结构的改变，尤其是散囊菌纲、外瓶霉属等有害真菌的增殖密切相关。卷丹百合根际土壤中存在大量潜在益生真菌，是进一步筛选根腐病生防菌的潜在资源。
关键词：
卷丹百合 根腐病 根际真菌 群落结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨光柱 黄文静 郑丽萍 何英云 张宴 孔宝华 李云国 赵升文 王顺富 李坤明 赵丛艳 李帆 马钧
【目的】揭示苹果感染根腐病后,根际土壤细菌群落结构、多样性变化。【方法】分别对感染根腐病和健康苹果植株根际土壤中细菌的16S rRNA基因V3～V4区进行扩增,并利用Illumina Hiseq高通量测序技术进行测序,分析苹果根腐病病株和健株根际土壤细菌物种组成及多样性。【结果】健康、患病苹果根际土壤共获得2526个OTU,主要分为31个门、70个纲、284个科、533个属,其中患病土壤特有260个OTU,健康土样特有103个OTU。α多样性分析显示,患病土壤中细菌多样性显著高于健康土壤。健康土样中,Actinobacteria的相对丰度显著高于患病土样,Acidobacteria显著低于患病土样。苹果根际土壤中,存在Pseudomonas、Bacillus、Arthrobacter、Erwinia、Flavobacterium、Rhizobium、Serratia和Microbacterium等促生微生物,健康土样中,有益菌Arthrobacter的相对丰度显著高于患病土样。【结论】苹果感染根腐病后,根际土壤细菌的物种多样性、群落多样性显著升高。放线菌门和酸杆菌门的平衡,可能对苹果根际土壤的健康有重要作用。苹果根际土壤中,存在大量的潜在植物促生细菌,是将来筛选土著生防菌的潜在资源。
关键词：
根腐病 苹果 根际土壤 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄飞燕 肜磊 薛至勤 叶贤文 王志江 谢永辉 柯艳果 赵娅红 吴治兴 吕怡颖 余磊 潘义宏
【目的】通过研究根结线虫病患病烟株与健康烟株根际土壤真菌群落结构及多样性，明确烟草根结线虫病发生的微生态机制。【方法】利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析根结线虫病患病烟株与健康烟株根际土壤真菌群落结构和土壤养分变化特征。【结果】根际土壤真菌OUTs数健康烟株与病株分别为2120个和1170个，健康烟株土壤真菌OUTs数是病株的1.81倍，特有OTUs数是病株的3.31倍；病株根际土壤的Shannon、ACE和Chao1等指数分别较健康烟株降低了12.16%、52.96%、50.40%。病株根际土壤中桑尼被孢霉（Mortierellasarnyensis）、未分类被孢霉菌属（unclassified＿g＿＿Mortierella）、未分类真菌界（unclassified＿k＿＿Fungi）和未分类青霉菌属（unclassified＿g＿＿Penicillium）的相对丰度较健康烟株分别增加了139.01%、134.83%、203.27%和361.94%，且差异均达到显著水平（P＜0.05）；根际土壤真菌群落组成的PCoA分析结果表明，健康烟株与病株根际土壤真菌物种组成存在明显差异。烤烟根际土壤真菌群落结构与土壤养分变化存在一定相关性，其中土壤pH与土壤常见病原菌镰刀菌属（Fusarium）呈显著负相关，水解氮、有效磷和速效钾等土壤养分与土壤有益微生物被孢霉属（Mortierella）呈极显著正相关。【结论】烟草根结线虫病发生明显降低了真菌OUT丰度，影响烟株根际土壤真菌群落的分布和相对丰度。根际土壤真菌群落与土壤养分互作，共同影响根结线虫病的发生。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄伟雄 安振宇 方仁 尧金燕 龙兴
【目的】探究感染根腐病番荔枝根际土壤微生物群落的多样性和分布规律,为筛选鉴定番荔枝根腐病病原菌提供参考依据。【方法】采集感染根腐病的番荔枝根际土壤(感病根际土壤)和健康番荔枝根际土壤(健康根际土壤)样品,采用高通量测序技术,以ITS1和ITS4为引物,对其真菌ITS1区和细菌V3+V4区进行扩增测序,在门、纲、目、属和种水平上分析其微生物群落的结构和多样性。【结果】感病根际土壤的真菌数量明显增多,细菌数量明显减少。感病根际土壤中的真菌隶属于2界5门16纲36目48科81属96种,健康根际土壤中的真菌隶属于3界7门17纲43目73科113属160种。感病根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康根际土壤下降,真菌种类较少但均匀度上升。在PDA培养基上培养4 d后真菌类菌株形成中等量、呈放射状的气生菌丝;菌落直径4.5 cm,菌落平铺,全缘,呈圆形,白色,气生菌丝绒状。采用供试引物对根际土壤病原菌菌株进行扩增,显示菌株的ITS序列与Fusarium acutatum(登录号AY569567.1)同源性达99.45%,说明扩增出的ITS序列(RRD-1)为F.acutatum的基因片段。【结论】感染根腐病番荔枝根际土壤微生物的群落丰富度、多样性指数均较健康荔枝根际土壤明显下降,而真菌种类较少,均匀度上升。经病原菌形态学观察和生物比对鉴定,初步确定引起广西地区番荔枝根腐病的病原菌可能为真菌镰刀属的F.acutatum。
关键词：
番荔枝 根腐病 根际土壤 高通量测序
[期刊] 西南农业学报
[作者]
番华彩 魏薇 曾莉 徐胜涛 李舒 郭志祥 郑泗军
【目的】研究云南香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构组成差异,探索香蕉枯萎病发生的微生态机制,优化根际土壤微生物群落结构为其后续生态防控提供新策略。【方法】在云南香蕉枯萎病发生的蕉园,分别采集发病和健康植株的根际土壤,利用高通量测序技术研究细菌群落多样性、结构和组成的差异。【结果】香蕉植株根际土壤细菌多样性存在显著性差异,香蕉枯萎病植株的土壤细菌群落多样性高于健康植株。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)等4个菌门是香蕉植株根际土壤中的优势门菌群。2种类型香蕉植株根际土壤中有厚壁菌门(Firmicutes)、棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)等5个门菌群差异显著。其中,厚壁菌门(Firmicutes)丰度健康植株较发病植株高,棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)丰度发病植株较健康植株高。属水平上,健康植株的优势属依次为芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas);发病植株的优势属依次为:芽胞杆菌属(Bacillus)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和朱氏杆菌(Chujaibacter);芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)和土壤链霉菌属(Streptomyces)等5个菌属在2种类型香蕉植株根际土壤中差异显著,其中,芽胞杆菌属、朱氏杆菌属和土壤链霉菌属的丰度健康植株明显高于枯萎病植株。【结论】香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构在一定程度上具有同源性,但部分菌群在2种类型植株根际土壤中的组成丰度有显著差异;差异菌群的功能多样性及与香蕉枯萎病病原菌的互作关系尚待明确。
关键词：
香蕉 枯萎病 土壤 细菌多样性 群落结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
付亚娟 张剑 付琦媛 侯晓强
【目的】从分子水平上对兰科杓兰属大花杓兰根际土壤真菌群落组成及潜在兰科菌根真菌进行初步研究。【方法】采用克隆文库技术对大花杓兰根际土壤真菌的ITS片段进行PCR扩增、克隆测序及BLAST分析。【结果】共获得96个真菌克隆,其中44个克隆鉴定为未知真菌,52个真菌克隆基于97%的序列相似性被划分为24个操作分类单元(Operational Taxonomic Unit, OTU),属于5门6纲11目16科15属。被孢霉属Mortierella为大花杓兰根际土壤的主要真菌类群。综合兰科植物菌根真菌的研究报道,对24个OUTs进一步分析,发现4个OTUs为潜在的兰科菌根真菌,分别属于角担菌科Ceratobasidiaceae的丝核菌属Rhizoctonia(OTU1)和角担菌属Ceratobasidium(OTU2)及胶膜菌科Tulasnellaceae(OTU3和OTU4)。【结论】根际土壤真菌及潜在兰科菌根真菌类群的构成及多样性研究,对从土壤中分离筛选有效的大花杓兰菌根真菌及其野生种群的迁地保育均具有重要意义。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
秦泰春 黄小兰 简正军 褚奇奇 欧阳乐乐
【目的】赣南脐橙黄龙病发生危害严重，分析赣南脐橙黄龙病患病植株和健康植株根际土壤微生物多样性和群落组成，可为黄龙病新型生态防控提供参考依据。【方法】本研究以赣南脐橙黄龙病典型患病植株、疑似患病植株、健康植株根际土壤和裸地土壤为研究对象，利用高通量测序技术比较分析样品间微生物多样性和群落结构特征，并探讨土壤理化性质与微生物群落的关系。【结果】赣南脐橙患病植株根际土壤细菌群落的丰富度和多样性均高于健康植株根际土壤，其真菌群落的多样性也高于健康植株根际土壤，但真菌群落丰富度低于健康植株根际土壤；脐橙患病植株与健康植株根际土壤微生物群落组成相似，但相对丰度存在差异；在门水平上，患病植株根际土壤中绿弯菌门、酸杆菌门等菌门增加，而放线菌门、担子菌门等菌门有所减少；在属水平上，患病植株根际土壤中芽杆孢菌属、篮状菌属等有益菌属减少，而镰刀菌属、曲霉属等致病菌属则有所增加；患病植株根际土壤中全氮、全磷含量均低于健康植株根际土壤，而全碳含量高于健康植株根际土壤，全磷是影响样本根际土壤微生物多样性和群落组成变化的主要因素。【结论】赣南脐橙感染黄龙病后，其根际土壤理化性质发生了明显变化，土壤微生物多样性和群落组成也有所改变，这些差异在一定程度上体现了黄龙病对脐橙根际微生态的影响。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
敖金成 周桂夙 李永梅
[目的]了解连作及其与根腐病感染对烟株根际土壤真菌群落结构及多样性的影响,为连作土壤微生态环境定向调控和根腐病精准防治提供理论依据和技术指导。[方法]分别选取连作2,4和8年烟田健株(依次记为HT2、HT4、HT8)和根腐病感病烟株(依次记为ST2、ST4、ST8)根际土壤,以同区域撂荒2年以上耕层土壤为对照(CK),测定不同处理土壤理化性质,利用高通量测序技术分析不同连作年限烟田健株和病株根际土壤真菌群落组成和多样性的差异,并基于冗余分析探讨了土壤化学性质与真菌群落分布的相关性。[结果]与对照(CK)相比,连作和感病降低了烟株根际土壤真菌群落的丰富度和多样性。健株根际土壤真菌优势菌群累积相对丰度总和小于病株。属水平上,连作2年和4年烟田健株和病株根际土壤镰刀菌属(Fusarium)相对丰度增幅为81.3%～665.1%,随连作年限的延长,健株和病株根际土壤淡紫紫孢菌属(Purpureocillium)相对丰度降幅为295.2%～1387.1%;种水平上,健株和病株根际土壤茄腐镰刀菌(Fusarium solani)相对丰度增幅为88.5%～844.3%。土壤指示物种相对丰度随连作年限的延长而降低。土壤化学性质与真菌群落丰度密切关联,其中pH值和速效钾含量是影响连作和感病烟株根际土壤真菌群落分布的核心环境因子。[结论]连作和感病降低了烟株根际土壤真菌群落及有益菌群落的丰富度和多样性,但提高了病原菌的相对丰度,茄腐镰刀菌可能是引起试验烟株根腐病的主要病原菌。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王佰涛 杨文玲 雷高 李珊珊 刘德海
【目的】探究不同地区魔芋根际土壤真菌群落多样性情况。【方法】通过Illumina Miseq高通量测序技术对昆明、南平、南阳地区魔芋根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和比较分析。【结果】测序共获得3770个OTUs，平均长度231 bp，南阳地区样品的香农指数较高，辛普森指数较低，说明该样品的真菌群落多样性较高，南阳地区样品的Chao指数和ACE指数均高于其他两地区样品，说明南阳地区样品真菌群落丰富度较高。昆明地区样品真菌群落在属水平上共有13个真菌优势菌属，主要包含被孢霉属（Mortierella）20.13%、赤霉属（Gibberella）6.07%、截盘多孢霉属（Truncatella）3.91%、镰刀霉属（Fusarium）3.25%等。南平地区样品真菌群落在属水平上共有22个真菌优势菌属，主要包含赤霉属（Gibberella）17.77%、亡革菌属（Thanatephorus）7.79%、隐囊菌属（Aphanoascus）4.22%、节担菌属（Wallemia）3.96%等。南阳地区样品真菌群落在属水平上共有25个真菌优势菌属，主要包含Paraboeremia属6.46%、被孢霉属（Mortierella）5.26%、新赤壳属（Neocosmospora）3.68%、木霉属（Trichoderma）3.60%等。并且通过比较分析，发现赤霉属、木霉属真菌群落丰度在3组样品中存在显著性差异（P＜0.05）。【结论】与昆明和南平地区采集样品对比分析发现，南阳地区魔芋根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。种植年限对魔芋种魔芋根际土壤真菌群落多样性影响较大，而海拔高度和经纬度对其影响较小。
关键词：
魔芋 真菌群落 高通量测序 多样性分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
阿拉坦存布尔 曹乌吉斯古楞 包金花 查苏娜 胡红霞 王秀兰
【目的】分析手参[Gymnadeniaconopsea(L.)R.Br.]根际土壤真菌群落多样性及与土壤环境因子的相关性，为探究手参人工栽培、生态种植等资源保护及可持续利用提供参考。【方法】采用Illumina MiSeq 高通量测序技术对内蒙古阿鲁科尔沁旗、东乌株穆沁旗和翁牛特旗手参根际土壤真菌群落的多样性进行高通量测序和分析，并对植株根际土壤理化性质与相关性进行分析。【结果】手参根际土壤呈酸性，富含有机质和速效钾，但少氮低磷，且不同分布区土壤理化性质差异显著。从3个分布区土壤样品中共获得 5125个OTUs，隶属于11门、31纲、65目、161科、158属。在门水平，3个分布区手参根际土壤真菌的优势菌门均为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）。在属水平，毛舌菌属（Trichoglossum）、湿伞属（Hygrocybe）、被孢霉属（Mortierella）为手参根际土壤真菌的优势类群。Alpha多样性指数表明，3个分布区手参根际土壤真菌群落多样性和丰富度总体趋势表现为阿鲁科尔沁旗（A1）>东乌珠穆沁旗（D3）>翁牛特旗（W2）；Beta多样性指数表明，3个分布区手参的根际土壤真群落组成存在一定差异。土壤全钾、全磷、全氮和水分含量可能是影响内蒙古地区的手参根际土壤真菌群落组成的关键因子。湿伞属（Hygrocybe）和锁瑚菌属（Clavulinopsis）与土壤环境关键因子呈显著正相关；而具有致病特性的肉座菌属（Hypocrea）和镰刀菌属（Fusarium）与土壤环境关键因子呈显著负相关。【结论】明确了内蒙古地区分布的手参生长的土壤条件及根际土壤真菌群落特征，在3个分布区中，阿鲁科尔沁旗手参根际土壤真菌群落多样性和丰富度最高。土壤理化性质对手参根际土壤真菌多样性影响较大，其他影响因素需进一步研究。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡雲飞 张玥 张彩丽 杨路成 陈暄 庄静 黎星辉
从不同季节的茶树根系和根际土壤中分离得到真菌2 019株,包括茶树根系内生真菌826株、根际土壤真菌1 193株。采用分子生物学鉴定方法,对rDNA-ITS区段进行扩增及分析,共鉴定出13个属28种真菌,其中茶树根系内生真菌12种,根际土壤真菌20种。对不同季节分离得到的真菌进行多样性分析,结果表明:春、夏、秋季分离出茶树根系内生真菌种类分别为12、11、12;3个季节Shannon-Wiener多样性指数差异不明显;而均匀度指数夏季最高,秋季次之,春季最低。春、夏、秋季分离出根际土壤真菌种类分别为18、17、20;3个季节Shannon-Wiener多样性指数及均匀度指数差异均不明显。根际土...
关键词：
根际土壤 根系 真菌 茶树 多样性指数
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