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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘艳霞 张靖婧 周叶青 王荦 林志萍 丁君 常亚青
为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果旨为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李靖 廖梅杰 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用 刘安然
采用传统细菌培养方法,对养殖刺参(Apostichopus japonicus)早期发育各阶段幼体体内及环境(投入饵料及培育用水)菌群的组成与结构展开研究,对分离的优势细菌进行分子鉴定,在此基础上,进行了刺参幼体体内菌群结构与环境菌群结构相关性分析。幼体各发育期的细菌培养结果显示,在幼体开口前的各发育时期(性腺、卵、受精卵、原肠胚)均无可培养细菌,在投饵以后,耳状幼体、樽形幼体体内可分离到可培养细菌,幼体发育到稚参以后,消化道可培养细菌总数急剧增加,并在4月龄时达到10~8 CFU/g数量级。在幼体体内可培养细菌中,弧菌(Vibrio)占比为2.2%～77.3%。对环境菌群的细菌培养结果显示,培育用水中细菌含量变化不显著,随着幼体发育期饵料的转变,不同时期饵料中细菌含量差异显著。整个养殖系统中共分离到65株优势细菌,16S rDNA鉴定结果显示,所分离的65株优势菌鉴定为14个属43种细菌。相关性分析结果显示,随着幼体的发育,生物饵料中的细菌对消化道中的菌群结构影响越来越大。本研究结果为解析刺参消化道菌群的形成过程和演替规律以及养殖用益生菌的筛选与应用奠定了基础。
关键词：
刺参 早期发育 可培养细菌 菌群特征
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
董学兴 吕林兰 赵卫红 於叶兵 刘其根
通过高通量测序技术分析不同养殖模式对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)肠道菌群结构的影响,冗余分析(RDA)肠道菌群与水环境因子的关系。实验设置6种养殖模式:罗氏沼虾单养(MP组)、罗氏沼虾+浮萍(Lemna minor)(PP组)、罗氏沼虾+鲢(Hypophthalmichthys molitrix)(PF组)、罗氏沼虾+背角无齿蚌(Anodonta woodiana)+鲢(PMF组)、罗氏沼虾+背角无齿蚌+浮萍(PMP组)、罗氏沼虾+背角无齿蚌+浮萍+鲢(PMPF组)。养殖64 d,测定水环境因子(浊度、DO、pH、Chl.a、COD、BOD、NO_3-N、NO_2-N、NH_3-N、TN、TP、PO_4-P、TOC)及肠道菌群结构。结果表明:罗氏沼虾不同养殖模式对水体浊度、PO_4-P、TN和Chl.a具有显著影响(P<0.05),MP组PO_4-P浓度最大且显著大于其他组(P
[期刊] 水产学报
[作者]
刘志刚 卢迈新 可小丽 王淼 张德锋
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王贤丰 赵艳飞 宋志飞 钟声平 黄国强 童潼 聂振平 苏琼 杨家林
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李彬 廖梅杰 荣小军 张正 王印庚 陈贵平 王岚 范瑞用
２０１４年１０月，利用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术分析了标准化养殖池塘中仿刺参（ＡＰｏｓｔｉＣｈｏＰｕｓ ｊＡＰｏｎｉＣｕｓ）肠含物及附着基和底泥中细菌的菌群结构及其相关性。结果显示，仿刺参肠含物、附着基、底泥中细菌多样性较高，分别平均获得３０．００±１．００、１５．３３±１．７０、２１．６７±２．６２条带，肠含物中细菌种类数显著高于附着基和底泥。聚类分析和戴斯系数表明，不同池塘的仿刺参肠含物样本单独聚为一支，相似性达到０．７８５，附着基和底泥样品聚为一支，平均相似性达到０．５３２。不同样品ＤＧＧＥ图谱中２０条优势条带的切割、克隆、测序，共获得了２０条细菌序列，表明肠含物细菌种类以聚球藻属（ｓｙｎＥＣ．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周金敏 吴志新 曾令兵 王树云 毕鹏 陈孝煊
对黄颡鱼肠道及所处水体菌群的数量和组成进行了分析。结果显示,黄颡鱼各肠段中好氧和兼性厌氧菌数量的对数值分别为5.27±0.74、6.26±0.36、7.56±0.61。厌氧菌数量远大于好氧和兼性厌氧菌,相差约2～3个数量级,双歧杆菌为厌氧菌的优势菌。养殖水体中细菌数量的对数值为4.80±0.73,表明水体中营养盐浓度不高。黄颡鱼肠道与养殖水体中的优势菌基本相同,均为气单胞菌属、肠杆菌科和不动杆菌属。此外,对患细菌性出血病的黄颡鱼肠道菌群的研究结果显示,患病鱼肠道细菌数量显著增加,气单胞菌相比健康黄颡鱼增加18.3%～33.6%,细菌种类明显减少。表明气单胞菌等重要条件致病菌需要在一定条件下、达...
关键词：
黄颡鱼 肠道 水体 菌群
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨慧赞 吕敏 杨彦豪 卢天和 童潼 梁俊杰 杨秋月 张琴 黄峥 王瑞
为了解稻田养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与肠道菌群的相关性,实验采用16S rDNA高通量测序和生物信息学技术对稻田养殖红螯螯虾大个体(RB)组和小个体(RS)组肠道菌群的组成、多样性、指示物种、功能等进行比较分析。结果显示:RB组共产生615个OTUs(Operational taxonomic units),RS组共产生602个OTUs,共有OTUs为345个,特有OTUs分别为270个和257个。RB组和RS组的优势菌群相似,门水平主要为变形菌门(Proteobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)等,属水平主要为Candidatus Bacilloplasma、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、梭菌属(Clostridium)等,但菌群组成存在差异。另外,RB组和RS组的指示物种和菌群代谢功能也存在差异。结果表明稻田养殖红螯螯虾个体大小与肠道菌群组成及其代谢功能有关,在相同的养殖环境和饲养方法条件下,肠道微生物可作为内在因素影响红螯螯虾的生长性能。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴欢欢 王伟继 吕丁 胡玉龙 孔杰
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。
关键词：
生物多样性 高通量测序 大菱鲆
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
石焱 马徐发 吴志新 任雨薇 陈孝煊
通过大规模养殖试验，研究人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氮磷的去除能力，并采用高通量测序方法研究养殖前后和不同处理组黄颡鱼肠道的微生物菌群结构，并分析了它们之间的相关性。结果表明：人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氨氮、总氮和总磷有良好的去除作用。养殖前后黄颡鱼肠道细菌多样性有明显差异；不同处理组之间的黄颡鱼肠道细菌种类多样性存在一定的差异，但优势菌群的组成并没有明显的结构差异，优势菌种的构成相似。在养殖前期黄颡鱼肠道中变形菌门（８８．５６％）占主要优势，末期对照组（无浮床）以厚壁菌门（４８．４％）、梭杆菌门（３２．５２％）和变形菌门（１４．５６％）为主，试验组（有浮床）以变形菌门（３６．７．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王元 周俊芳 韦信贤 马荣荣 赵姝 李新苍 房文红
运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。
[期刊] 水产学报
[作者]
李存玉 徐永江 柳学周 杨洪军 史宝 史学营 朱学武
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境及底质等的关系,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16S rRNA基因测序文库,分析不同样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明:池塘养殖牙鲆肠道(B1)中以厚壁菌门(30.49%)、变形菌门(19.16%)和梭杆菌门(11.11%)为主,其中芽孢杆菌属(27.66%)占绝对优势,弧菌属(0.16%)丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道(B5)中以变形菌门(44.31%)、厚壁菌门(11.57%)和放线菌门(4.79%)为主,其中不动杆菌属(10.37%)丰度最大,弧菌属...
[期刊] 水产学报
[作者]
张正 廖梅杰 李彬 王印庚 王岚 荣小军 陈贵平
为研究疾病发生情况下鱼类肠道菌群的结构变化,运用高通量测序方法分别对感染腹水病和皮肤溃疡病的工厂化养殖半滑舌鳎病鱼及同一养殖系统中健康鱼的肠道菌群结构进行了对比分析。结果发现,养殖半滑舌鳎肠道中的细菌种类要明显少于环境中的细菌种类,仅为养殖池进水和颗粒饲料中细菌种类总数的14.3%~44.7%。在疾病发生后,病鱼肠道中的细菌种类数量仅是同一养殖系统中健康鱼肠道细菌种类数量的45.8%和64.5%,病鱼肠道中细菌多样性下降非常明显。进一步分析肠道菌群结构的组成发现,虽然发病鱼和健康鱼肠道中超过60%的细菌种类不相同,但优势菌群的结构组成差异不明显,丰度最高的前10种细菌种类基本相同,其比例超过肠...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
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