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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭俣 刘长青 陆涛峰 佟春玲 修晓娜 关伟军 马月辉
利用SMART技术构建了北京油鸡肝脏全长cDNA文库,构建的未扩增文库滴度为1.96×106pfu·mL-1,文库重组率为92.8%,插入片段长度为1.23kb,扩增文库滴度为1.64×1010pfu·mL-1。设计purH基因保守引物对该文库进行筛选,克隆了北京油鸡purH基因(GenBank登录号:EU334506),将purH基因完整开放阅读框定向插入pEGFP-N3,构建带有GFP报告基因重组表达载体pEGFP-N3-purH,将其导入北京油鸡体外培养细胞中。转染后24、48和72h,pEGFP-N3-purH转染率为10.3%～53.2%,绿色荧光均匀分布于细胞质与细胞核中。随表达量...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿立英 潘素敏 陈娟 朱文进 巩元芳 刘铮铸 彭永东 赵书雨 张传生 李祥龙
【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其ｍｉ ＲＮＡ表达谱的差异，筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因，为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取１日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各４５只作为试验材料，在相同营养水平和环境条件下饲养，４２日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取３只个体（体重接近群体均值），取其一半脾脏组织制作石蜡切片，利用Ｈ．Ｅ．染色，显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小ＲＮＡ，等量混合组成２个ＲＮＡ池，构建ｃ ＤＮＡ文库，利用ＳｏｌＥｘＡ平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用ｍｉＲ．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘明英 乔桂荣 蒋晶 邱文敏 卓仁英
以筛选出的镉超积累矿山型东南景天为材料,经镉胁迫后提取总RNA,纯化mRNA,利用改良SMART技术合成了全长cDNA,回收500 bp以上cDNA大片段克隆到改造过的大肠杆菌/酵母穿梭载体pYES2.0G中,建成东南景天镉全长cDNA文库,对随机挑取的阳性克隆进行PCR鉴定,插入片断大小在1 000 bp左右,说明所构建的文库达到了用于目的基因分离筛选和表达的建库要求,为将来筛选克隆与东南景天抗重金属相关基因奠定了基础。
关键词：
东南景天 cDNA文库 耐镉 酿酒酵母
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘光远 田占成 才学鹏 李知新 谢俊仁 王路 张林 龚真莉
【目的】以长角血蜱卵为材料构建高质量的长角血蜱卵cDNA表达文库,为进一步筛选克隆目的基因奠定基础。【方法】在无RNA酶污染的环境下从长角血蜱卵中提取RNA,进而纯化mRNA,采取oligo(dT)引物合成双链cDNA,定向克隆到λSCREEN载体。用PhageMaker extract对其进行体外包装以形成完整的噬菌体,转染大肠杆菌ER1647,测定库容量。并用构建的cDNA文库克隆已知的长角血蜱促卵泡激素基因。【结果】所构建长角血蜱卵cDNA表达文库的基础库容量约为1.38×106PFU,重组率为100%,扩增后文库的滴度为2×109PFU·ml-1。获得了目的基因,其序列与GenBank...
关键词：
长角血蜱 卵 cDNA表达文库 构建
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李世国 杨帆 吴倩倩 乔坤 佟少明 侯和胜
利用抑制消减杂交技术构建了潮间带绿藻孔石莼(Ulva pertusa)在干出胁迫状态下上调表达基因的消减cDNA文库。获得的阳性克隆经测序得到150条上调表达的EST片段,其中21条为冗余序列(RS),137条非冗余序列(NRS)。片段中最长833 bp,最短106 bp,平均长度364 bp。参与比对的EST片段按照其注释功能可分类为:细胞生长与发育、蛋白合成与分解、代谢过程、胁迫应答、光合作用与光诱导、转录调节、信号转导等相关基因。未知功能和无对比结果序列共60条,占非冗余序列的43.80%。比对相似度主要分布在20%~60%之间,主要与已经完成基因组测序的藻类或高等植物的氨基酸序列具有较...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
肖钢 张秀英 张振乾 官春云
以授粉后27d的种子mRNA为目标群体,授粉后7d的种子mRNA为对照,构建甘蓝型油菜种子发育期基因差异表达文库.文库包括560个克隆,经菌落PCR检测,456个菌落含有插入片段,占全部克隆的91.2%,片段大小200～600bp.对PCR阳性克隆进行斑点杂交,得到201个上调的阳性斑点杂交阳性克隆,对其进行测序,得到有效ESTs序列198个.BLASTN结果显示,134个ESTs序列没有同源序列,可能是新基因,另外64个ESTs序列在油菜或拟南芥核酸数据库中存在同源序列.这64个ESTs序列和已知功能(主要是能量代谢、物质代谢、基因调控、衰老及抗性等)的蛋白有高度相似性.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李有全 罗建勋 高金亮 关贵全 马米玲 刘志杰 刘军龙 刘爱红 任巧云 党志胜 鲁炳义 刘光远 白启 殷宏
【目的】构建吕氏泰勒虫裂殖子cDNA表达文库,并从中筛选抗原候选基因。【方法】从吕氏泰勒虫裂殖子直接提取和纯化mRNA,采用oligo(dT)引物合成双链cDNA,并在其两端加EcoRⅠ/HindⅢ定向接头。将所产生的cDNA分子定向克隆到具有EcoRⅠ/HindⅢ粘性末端的λSCREEN载体的两臂之间。用PhageMaker extract对连接产物进行体外包装以形成完整的噬菌体,并用之转染大肠杆菌ER1647,从而构建成吕氏泰勒虫的cDNA表达文库。用吕氏泰勒虫阳性血清和兔抗绵羊IgG-AP筛选得到阳性克隆,经测序和Blast软件分析并获得新基因。【结果】成功构建吕氏泰勒虫裂殖子cDNA表...
[期刊] 水产学报
[作者]
王立新 郑尧 李锋刚 李雯娟 刘小林
以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以...
[期刊] 林业科学
[作者]
黄麟 徐旭凌 李超 叶建仁 吴小芹
松材线虫取食和致病相关基因的鉴定是揭示松材线虫病致病机制的重要研究内容。以松材线虫混合虫体为测试方,线虫卵为驱动方,构建二者差减cDNA文库。文库测序结果经序列拼接、功能注释,共获得松材线虫虫体特异表达的有效EST序列354个,拼接后获得34个重叠群,其中15个重叠群获得明确的功能注释,其中MixC12、MixC25、MixC33分别与过氧化物酶、β-1,4内切葡聚糖酶、锌指家族蛋白有较高的同源性,这些基因被认为与植物线虫的取食和致病性密切相关。RT-PCR分析验证了所获得的差减cDNA的代表性。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵明文 李娜 梁婉琪 王南 张大兵 潘迎捷
根据对韩国灵芝菌丝体、不同发育阶段子实体及孢子粉中灵芝酸含量的测定结果 ,以含量较高的灵芝原基为材料 ,提取mRNA ,从而构建以λZAPExpress为载体的表达型cDNA文库。经检测 ,所构建文库的滴度达到 6× 10 5pfu·mL-1,重组率达到 96 % ,插入片段的大小均在 70 0bp以上。该表达文库的构建 ,为进一步克隆和鉴定灵芝酸合成的相关基因打下了良好的基础。
关键词：
灵芝酸 原基 cDNA表达文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 林业科学
[作者]
谭晓风 胡芳名 谢禄山 石明旺 张党权 乌云塔娜
为研究油茶种子在油脂转化高峰期的基因表达并分离克隆与油脂合成等有关的重要基因,以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库;随机挑取2327个克隆进行3′端测序构建EST文库。将数据完整并无X、N的1979条cDNA序列与NCBI核酸数据库的非冗余序列进行同源性比较,确认763条cDNA序列与核酸数据库中其他物种的DNA序列具有很高或较高的同源性,可确认266种基因;有1216个克隆序列为未知功能的基因序列。各类基因表现出不同的表达丰度,其中贮藏蛋白基因、与基因表达调控相关的基因、抗逆相关基因、种子成熟和胚胎发育相关的基因等为高丰度表达,与脂肪酸代谢相关的基因等为中丰度表...
关键词：
油茶 cDNA EST 文库 表达基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋杨 吴树敬 张艳敏 陈学森
【目的】寻找苹果短枝型枝条形成相关基因,为进一步探索苹果短枝型芽变形成机理及选育新的短枝型苹果品种奠定基础。【方法】利用抑制性差减杂交技术构建正反向苹果短枝型芽变枝条和正常型枝条差异表达cDNA文库,利用荧光定量RT-PCR验证文库中克隆的插入片段。【结果】从两个文库中共获得291个有效阳性克隆,插入片段大小主要分布在300—600 bp之间。利用GenBank的BLAST比对分析,其中126个表达序列标签(EST)找到了与之匹配的同源序列。获得的cDNA片段功能涉及代谢、转录、胁迫响应、转运、光合和信号转导;有165个EST片段未找到同源序列。对文库中EST序列进行实时荧光定量RT-PCR验...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
眭顺照 李名扬 蒋安 王洋 秦华 皮伟 任琛
目的构建蜡梅花cDNA文库,分析蜡梅脂转移蛋白基因的表达,为探索蜡梅冬季开花分子机理,分离克隆特色基因奠定基础。方法以蜡梅花器官为材料,用SMART cDNA Library Construction Kit构建文库,RT-PCR分析基因表达。结果经测定原始文库滴度达到1.4×106 pfu/ml,扩增总文库滴度约为1010pfu/ml,重组率达到96%,插入片段在0.5 kb以上,平均约1.1 kb,通过PCR检测,从总文库中检测到了表达丰度不同的蜡梅PI、AP3和LTP基因的特异片段,说明所构建的文库覆盖度高、代表性强,LTP基因具有内含子,而总文库中扩增出的LTP基因不含内含子,说明所构...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谢正露 沈学怀 殷复建 刘琳 马海田 范红结
为了分离与猪链球菌2型感染密切相关的基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建了8周龄A/J小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库,并对其中169个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后共获得110条差异表达序列标签(EST)。利用GenBank的BLAST软件分析比较核酸和蛋白质同源性,发现共有36个基因与这些EST具有高度的同源性,它们分别参与细胞成分、免疫、信号转导、凋亡、转录等重要功能。这些差异表达基因主要有ATP/GTP结合蛋白1(Agtpbp1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒多肽5、核蛋白p68、ATP-依赖RNA解旋酶、真核生物转录因子2亚基(Ei...
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