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[期刊] 中国水产科学
[作者]
白俊杰 劳海华 叶星 简清 吴淑勤
采用PCR方法从剑尾鱼(Xiphophorushelleri)线粒体基因组中扩增到1段约15.5kb的片段,测定了其中627个碱基的序列。经测序分析表明,该扩增片段包括486bp的D 环的部分序列以及D 环5'端的tRNAthr和tRNApro基因的完整序列。其中486bpD环序列包含3段保守的终止相关序列TAS、与TAS互补的序列以及类似其他鱼类线粒体CSB序列。tRNAthr由线粒体DNA的H链编码,长度为72bp。tRNApro由线粒体DNA的L链编码,长度为69bp。并绘制了这2种tRNA的二级结构图。本研究所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库,序号为AF489918。
关键词：
剑尾鱼 线粒体DNA D-环 tRNA
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邵爱华 朱江 陈葵 史全良
以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
耿雪侠 张立 徐敏 邓道贵 张海军
采用PCR产物直接测序法测定了3种中国常见溞属(Daphnia)动物的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)及其侧翼序列。结果表明扩增出的线粒体DNA片段在碱基使用上存在明显偏倚,A+T含量均超过60%,且在重链上多使用T。推测3种中国溞属动物COⅠ基因的终止密码子均为不完整的终止密码子(T__),而隆线溞(D.carinata)及大型溞(D.magna)COⅠ基因的起始密码子可能是(A)CTA,较为少见。基于COⅠ基因DNA或氨基酸序列进行了同源性、进化分歧及密码子使用偏向性等方面的比较,分析结果和采用不同方法构建的分子系统进化树均显示:中国来源的两种溞属动物隆线溞与大型溞亲缘关系较近,显...
关键词：
溞属 线粒体DNA COⅠ基因 系统进化
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杜怡芳 朱信超 李贤慧 曲宪成
为深入研究黄鳝Dmrt1基因5′端侧翼序列在性别决定与分化中细胞通路之间的转录调控作用。本研究以黄鳝基因组DNA为模板，PCR扩增出Dmrt1基因5′端侧翼序列，并对该序列进行了生物信息学分析，然后将克隆获得的Dmrt1基因5′端侧翼序列构建到PGL3-enhancer载体中，命名为pGL3-enhancer-Dmrt1,最后将pGL3-enhancer-Dmrt1和内参质粒pRL-TK共转染至HEK293细胞，采用双荧光素酶检测系统对Dmrt1基因5′端侧翼的启动活性进行了检测。实验结果显示：克隆获得的Dmrt1基因5′端侧翼序列为1 519 bp;利用TESS-Transcription Element Search System转录因子结合位点在线预测数据库对黄鳝Dmrt1基因5′端侧翼序列进行预测分析结果表明，该序列存在AP-1、Oct-1、C/EBPa和GATAx等真核生物通用的转录因子结合位点以及与性别相关基因的蛋白结合位点，如SRY、Sox3和Sox5等；双荧光素酶检测结果显示，该5′端侧翼序列具有启动活性。
[期刊] 水产学报
[作者]
李霞 白俊杰 吴淑勤 叶星 李凯彬 潘厚军
筛选31条随机引物对剑尾鱼的第8代近交RW-H系A、B、C 3窝共11尾剑尾鱼个体基因组DNA进行RAPD扩增,计算近交系个体间及不同窝间的相似系数及遗传距离。结果筛选的31条引物共扩增出383条带,扩增片段的大小在0.2～3kb。其中多态性带30条,多态性带频率在0～58.33％,平均为7.83％。近交系剑尾鱼不同个体拥有相同条带的比率较高。计算得到近交系的平均相似系数(S)为0.9829(0.9716～0.9960),平均等位基因频率(?)为0.8692,最低平均杂合率(?)为0.1308。同时,用5个微卫星标记对非选育剑尾鱼和近交系RW-H系的基因组进行分析,检测等位基因的个数和大小,结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐荣旗 汪佳妮 陈捷胤 戴小枫
【目的】为鉴定棉花黄萎病菌随机插入突变体的表型特征,构建黄萎病菌遗传转化和功能基因研究的技术平台。【方法】采用农杆菌介导的T-DNA插入和高效TAIL-PCR方法。【结果】获得了2628个棉花黄萎病菌VD991的T-DNA随机插入的突变体和15个突变体插入位点的侧翼序列。部分突变体的表型特征和插入位点侧翼序列分析表明,①突变体的菌落形态分为菌丝型、菌核型和中间型3类,菌核型约占7.3%;②在摇瓶培养条件下,突变体产孢高峰在接种后第5—6天,菌核型突变体的产孢能力普遍高于菌丝型;③棉花黄萎病菌VD991可以产生胞外蛋白酶、淀粉酶、纤维素酶和果胶酶。筛选获得蛋白酶分泌缺失的突变体3个,淀粉酶分泌缺...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
乔枫 赵开军 耿贵工 陈志
采用PCR-walking方法对水稻抗白叶枯病突变体G48的侧翼序列进行分析。通过特异性嵌套引物扩增和序列比对分析获得了该突变体T-DNA左、右边界侧翼序列,确定T-DNA插入水稻日本晴第三染色体clone OSJNBa0076E06(AC132215.1)位点上,左、右边界插入位点分别位于该克隆的第93 750、93 824碱基处。PCR-walking方法为T-DNA的侧翼序列分析提供了一种简单、高效的方法。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张静 白俊杰 叶星 劳海华 简清 罗建仁
迄今盘丽鱼属鱼类主要根据形态学特征进行分类,该属仅有一个种还是两个不同的种存在着争议。为了研究几种盘丽鱼属鱼类的亲缘关系,从分子水平探讨它们的分类地位,对绿盘丽鱼(Symphysodonaequifasciata aequifasciata)、褐盘丽鱼(S.a.axelrodi)和盘丽鱼(S.discus)共12个个体的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分序列进行了分析,用邻接法和非加权组平均法构建了分子系统树,得到相同的拓扑结构。结果表明:盘丽鱼种内个体间的遗传距离为0.004~0.015;绿盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0.042~0.050,褐盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘春 李凯彬 耿冬雨 聂湘平 王芳 吴淑勤
卵黄蛋白原是环境雌激素效应研究的重要生物标志物,广泛应用于水环境内分泌干扰物污染的评价。本研究利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆获得了剑尾鱼(Xiphophorus helleri)的2种卵黄蛋白原基因—VgA和VgB,并对其基因结构和系统进化进行分析。VgA基因cDNA序列全长5159bp,开放阅读框(ORF)5058bp,编码1685个氨基酸。VgB基因cDNA序列全长5349bp,开放阅读框(ORF)5067bp,编码1688个氨基酸。2种cDNA序列均具有与已发现的卵黄蛋白原分子相似的主要特征和功能域,包括Vitellogenin结构域、VWFD结构域和多聚丝氨酸...
关键词：
剑尾鱼 卵黄蛋白原 克隆 序列分析
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
刘玲 刘福妹 陈肃 林琳 李慧玉 刘桂丰 姜静
以转TaLEA11个株系及野生型对照小黑杨为试材,通过生长性状、叶片解剖结构比较发现,在叶面积、气孔密度、叶片厚度等方面转基因XL11株系明显低于其他参试株系;角质层厚度、栅海比,气孔大小等方面XL11株系显著高于其他参试株系。进而以XL11株系为材料,采用TAIL-PCR方法克隆插入位点的旁侧序列得到AP2/PthRAV(XM_002311402.1)。荧光定量分析发现AP2/PthRAV的相对表达量在XL11株系中显著高于其他转基因株系及野生型平均值的7.78倍,初步认为该株系在生长及叶片解剖结构等性状的改变,可能与AP2/PthRAV上调表达有关。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨少闻 刘楚吾
In this paper,genetic diversity of intraspecies, and genetic relationship of interspecies in Epinephelus spp.(E.merra,E.fario,E.awoara,E.akaara and E.septemfasciatus) were assessed by using mitochondrial DNA restriction fragment length polymorphisms(mtDNA RFLPs).The samples were collected from the c...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
晏勇 张兴忠 龙华
本文报道了用ＢａｍＨⅠ，ＢｇｌⅠ，ＢｇｌⅡ，ＣｌａＩ，ＥｃｏＲＩ，ＨｉｎｄⅢ，ＰｖｕⅡ，ＳａｃⅠ，ＸｂａⅠ，ＸｈｏⅠ等十种限制性内切酶酶切草鱼线粒体ＤＮＡ，计算出各酶切片段长度及草鱼ｍｔＤＮＡ大小。其中六种酶有多个切点，在所检测的样品中未发现碱基替换。
关键词：
草鱼线粒体DNA,限制性内切酶
[期刊] 淡水渔业
[作者]
秦钦 许志强 边文冀 王明华 蔡永祥 葛家春
经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄磊 俞咪娜 胡建坤 于俊杰 尹小乐 聂亚锋 陈志谊 刘永锋
【目的】分析稻曲病菌T-DNA插入突变体库中致病力减弱突变菌株B-726的生物学性状,分析其T-DNA插入位点的侧翼序列,克隆因外源基因插入被破坏正常表达的基因,为明确该基因在稻曲病菌致病过程中的作用奠定基础,并为稻曲病防治新途径的制定提供理论依据。【方法】通过测定突变菌株B-726生长速率、产孢能力及致病力检测,分析其生物学性状;Southern杂交分析B-726外源基因插入的拷贝数;利用HiTail-PCR获得T-DNA插入位点的侧翼序列;运用RACE-PCR技术,克隆与插入位点毗邻的基因全长;用半定量RT-PCR分析该基因表达情况。【结果】突变菌株B-726与野生菌株P1相比致病力极显著...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李隐侠 李齐发 刘振山 赵兴波 潘增祥 孙源荣 徐银学 谢庄
根据家犬线粒体基因组DNA序列设计引物,获得了藏獒(Tibetan mastiff)线粒体DNA D-loop区全序列,并以灰狼、郊狼作为外类群对藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种进行了系统发育分析。试验结果发现:藏獒线粒体DNA D-loop区序列全长1250 bp,与家犬源序列的同源性为96.06%,其中有20个碱基缺失;系统发育分析发现藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种与灰狼聚为一大类,而郊狼自成一类,说明藏獒与其他家犬品种一样起源于灰狼,是家犬亚种内的一个品种,在分类地位上隶属于食肉目、犬科、犬属、狼种、家犬亚种;在家犬亚种内,藏獒与英国牧羊犬、兰伯格犬聚为一类,而德国牧羊犬与瑞典猎鹿犬、...
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