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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 水产学报
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 张勇 杜富宽 顾若波
为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
裴鹏兵 陈洋 邓绍鸿 刘晓娟 钟名其 林琪 杜虹
本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S r DNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴定。实验结果经数据化后计算龙须菜附生菌数目并比较附生菌菌群多样性,通过非度量多维尺度分析(n MDS)及多元梯度分析(RDA)来比较附生菌菌群组成相似性及优势菌群。实验结果表明,随着龙须菜病变程度的加深,附生菌菌落数及菌群多样性逐渐增加(P
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
周志刚 石鹏君 姚斌 何夙旭
采取免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳(DGGE)技术对集约化海水网箱养殖圆白鲳Ephippus orbis(体重17.7±3.0 g)包括胃壁、胃内容物、肠壁及肠内容物在内的消化道菌群结构进行了初步分析。DGGE指纹图谱显示圆白鲳胃内容物、胃壁及肠壁有7条明显条带,肠内容物有6条明显条带,提示圆白鲳消化道可能存在着较丰富细菌群落;针对指纹图谱的聚类分析表明胃内容物及肠内容物细菌组成相似度最高达90.0%,而胃壁与肠壁的相似度相对较差达80%。半定量分析表明圆白鲳消化道菌群相对丰度的变异系数均大于47.4%,暗示圆白鲳消化道趋向于以一种或极少数种细菌占统治地位。
关键词：
圆白鲳 16SrDNA DGGE指纹图谱
[期刊] 西南农业学报
[作者]
袁若男 杨慧赞 黄黎明 黄峥 杜雪松 马元 吕敏 王瑞
【目的】探讨池塘养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与其肠道细菌间的关系,为筛选虾类肠道有益菌提供参考依据。【方法】提取池塘养殖红螯螯虾后肠样品的总DNA,采用16S rDNA高通量测序技术对其大个体组(PB组)和小个体组(PS组)肠道微生物进行测序,并进行生物信息学分析。【结果】在红螯螯虾后肠样品中,PB组共检出1211个分类操作单元(OTU),PS组共检出587个OTUs,其中365个OTUs为PB组和PS组肠道微生物共有。Alpha多样性分析结果显示,PB组红螯螯虾肠道微生物多样性的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数均极显著高于PS组红螯螯虾(P<0.01)。PB和PS组红螯螯虾肠道微生物排名前十位的优势菌群在门、目和属水平上均相似,但菌群组成和指示物种存在差异,其中,在门水平上,PB组的优势菌门为厚壁菌门,占比42.87%,而PS组的优势菌门为变形菌门,占比59.77%;在目水平上,PB组的优势菌目为梭菌目,占比41.25%,而PS组的优势菌目为肠杆菌目,占比57.01%;在属水平上,PB组的优势菌属为梭菌属,占比30.83%,而PS组的优势菌属为柠檬酸杆菌属,占比36.07%;PB组的指示物种是厚壁菌门和浮霉菌门,而PS组的指示物种是变形菌门。此外,PB组和PS组的菌群代谢功能也存在差异,PB组除影响因子和聚糖生物合成与代谢的丰度显著低于于PS组外(P<0.05,下同),其他代谢(氨基酸代谢、外源生物降解与代谢及萜类化合物和聚酮类化合物代谢等)的丰度均显著高于PS组。【结论】与小个体红螯螯虾相比,大个体红螯螯虾肠道微生物的组成和丰度及其代谢功能明显占优。因此,在相同的养殖环境和饲养方法下,红螯螯虾肠道微生物组成和丰度及其代谢功能是影响红螯螯虾生长性能的内在因素之一。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高菲 孙慧玲 许强 谭杰 燕敬平 王清印
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacte...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 杜富宽 张勇 顾若波 朱文龙
利用PCR-DGGE技术,选择细菌原核通用引物F357-GC和R518对太湖湖鲚(Coilia ectenes taihuensis)鳃、肠壁及肠内容物及其生长环境菌群结构进行了初步分析。结果显示:PCR-DGGE指纹图谱分离显示49条清晰条带,样品菌群丰富度(DGGE条带数):湖水(33)>肠道壁(23)>湖泥(18)>肠道内容物(16)=鳃(16);相应的香农多样性指数分别为:3.11、2.76、2.21、2.37、2.30。湖鲚肠道壁、肠道内容物和鳃与湖水分别具有14、14、10条共有带,切胶回收测定其中21条优势条带,主要包含:变形菌(Proteobacteria)、放线菌(Actin...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
鲁增辉 李伟 石萍 王志坚
采用免培养16S rDNA的PCR-DGGE技术,对单一饲料养殖鲈鲤(Percoypris pingi pingi(Tchang))幼鱼(体重为13.61±1.86 g)肠道菌群(包括肠道壁、肠道内容物)、养殖水体、饲料等菌群结构进行了比较分析。结果显示:人工养殖的鲈鲤幼鱼肠道内容物菌群与肠道壁的菌群存在一定的相似性,肠道内容物菌群比肠道壁菌群丰富。中后肠肠道内容物菌群种类高于前肠,前中后肠道壁菌群无明显差别。鲈鲤幼鱼肠道菌群的来源主要是饲料,肠道内容物与饲料菌群相似性最高可达51.6%,肠道壁与饲料菌群相似性最高可达43.0%,因此在饲料中添加微生态制剂,来提高鲈鲤营养、抗病能力等是可行的。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡忠军 张宏 赵良杰 何光喜 陈来生 王金朋 宋固 刘其根
为了解鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)在千岛湖中的食性差异,对千岛湖鲢、鳙肠道内的原核生物16S rDNA和真核生核18S rDNA中的可变区进行PCR-DGGE指纹图谱分析。分别得到53个原核生物的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)和45个真核生物的OTUs。基于Dice相似系数进行的聚类以及群落的主成分分析(PCA)显示,鲢、鳙肠道内原核生物种群略有重叠,而真核生物种群差异明显。另外,对13尾鱼类样本的肠道原核生物和真核生物的多样性的曼-惠特尼U检验结果显示,鲢肠道内的...
[期刊] 水产学报
[作者]
李存玉 徐永江 柳学周 杨洪军 史宝 史学营 朱学武
为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境及底质等的关系,采用Mi Seq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16S rRNA基因测序文库,分析不同样品中的菌群组成和生物多样性。结果表明:池塘养殖牙鲆肠道(B1)中以厚壁菌门(30.49%)、变形菌门(19.16%)和梭杆菌门(11.11%)为主,其中芽孢杆菌属(27.66%)占绝对优势,弧菌属(0.16%)丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道(B5)中以变形菌门(44.31%)、厚壁菌门(11.57%)和放线菌门(4.79%)为主,其中不动杆菌属(10.37%)丰度最大,弧菌属...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴康 胡俊 黄晓声 夏虎 陈亮 李男 张学振
为探讨饲喂蚕豆(Vicia faba)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道菌群的影响,采用PCR-DGGE技术比较了饲喂蚕豆的草鱼(脆肉鲩组)及饲喂配合饲料的草鱼(普通草鱼组)肠道微生物菌群的异同。结果显示,DGGE图谱上出现了20条明显条带,表明脆肉鲩组及普通草鱼组肠道中均存在大量细菌群落。对这20条条带测序后,获得了其中17条条带的序列,这17条条带中有9条是尚未被培养的细菌。经分析发现,这17条条带分属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)及未...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
倪学勤 Joshua Gong Hai Yu Shayan Sharif 曾东
【目的】研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显...
关键词：
肠道菌群 MHC 变性梯度凝胶电泳 蛋鸡
[期刊] 淡水渔业
[作者]
阮瑞 吴金平 李营 岳华梅 李创举 乔新美 熊伟 陈细华
为了解达氏鳇肠道微生物组成特征,采集6尾喂养人工配制饲料4周的达氏鳇后肠内容物分别提取DNA,并利用16S r RNA V3-V4变异区扩增子高通量测序的方法分析达氏鳇幼鱼肠道微生物组成与多样性。结果显示:6个样本共获得541575条有效序列,73个操作分类单元(OTUs)。73个OTUs隶属于7个门,其绝对优势菌群在门、目、科、属分类水平上分别为厚壁菌门(98.253%)、梭菌目(98.216%)、梭菌科(98.137%)、狭义梭菌属(92.892%)。序列注释发现,梭菌属中绝大部分为具有降解糖类为短链脂肪酸功能的Clostridium colicanis。此外,还分布有少量的分节丝状菌(3.99%)、鲸杆菌属(1.22%)等菌群。
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