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[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 张馨方  张树航  李颖  郭燕  王广鹏  
为科学利用现有板栗种质资源并对其进行高效管理和保存。本研究利用简单重复序列(SSR)标记,采用非加权算数平均聚类法(UPGMA)对来自12个省(市或自治区)的279份板栗种质进行多次聚类抽样。聚类抽样时将2种遗传相似系数(SM系数和Dice系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)分别组合获得不同样本群,再比较不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei’s多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I),研究构建板栗初级核心种质的适宜方法,并采用t检验和主坐标分析评价初级核心种质的代表性,结合表型特征对其进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的种质比随机取样法具有更高的Ne、H和I;应用SM相似性系数构建的核心样本,其遗传多样性指标要优于Dice相似性系数;根据主坐标结合形态学指标分析,利用位点优先取样法和SM相似性系数经过3次聚类构建了68份板栗初级核心种质,保留了原种质24.37%的样品,Ne、H和I分别为1.539、0.329和0.502,均高于原种质各遗传多样性指标,能够较全面的代表整个板栗资源的遗传多样性。综上,基于SSR标记利用SM系数聚类,并结合位点优先取样法是构建板栗初级核心种质较适宜的方法。
[期刊] 华北农学报  [作者] 张馨方  张树航  李颖  郭燕  王广鹏  
探讨分子水平构建燕山板栗核心种质的适宜方法,以利于燕山种质的保存、保护和研究利用。基于SSR标记,采用非加权算数平均聚类(UPGMA)法对燕山地区10个市(县)的161份板栗种质进行多次聚类抽样分析,比较使用3种遗传相似系数(SM系数、Dice系数和Jaccard系数)和2种取样方法(随机取样法和位点优先取样法)相组合确定的不同样本群的有效等位基因数(Ne)、Nei′s多样性指数(H)和Shannon′s信息指数(I)的大小,确定构建燕山板栗核心种质的适宜方法;再分别对核心种质与原种质、核心种质与保留种质的遗传多样性指标进行t检验,以评价核心种质的代表性;通过绘制主坐标分布图观察核心种质和原种质的分布情况,并结合表型特征对构建的核心种质进行确认。结果表明:应用位点优先取样法取得的样本群比随机取样法具有更高的Ne、H和I,应用SM系数取得的样本群,其遗传多样性指标要优于Dice系数和Jaccard系数,综合利用位点优先取样法和SM系数筛选了46份燕山板栗核心种质,保留了原种质28.57%的样品,Ne、H和I分别为1.531 7,0.321 8和0.491 0。t检验表明,核心种质的遗传多样性指标显著大于原种质,经主坐标分析和表型特征确认,核心种质在原种质的主坐标图中分布均匀,能够较全面地代表整个板栗种质资源的遗传多样性。采用位点优先取样法和SM相似性系数进行多次聚类,是构建燕山板栗核心种质较适宜的方法,构建的容量为46份的板栗核心种质,能充分代表原种质的遗传多样性。
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 张馨方  张树航  李颖  郭燕  王广鹏  
利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2~6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5~0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。
[期刊] 林业科学  [作者] 杨汉波  张蕊  王帮顺  徐肇友  周志春  
【目的】通过对比分析与评价以确定木荷核心种质构建的最适取样策略和比例,并构建木荷核心种质;在此基础上,进一步建立核心种质分子身份信息,为木荷种质资源的深入研究和加强利用、发掘优异基因资源提供理论依据和核心材料,同时也可为其他多年生木本植物核心种质的构建提供参考。【方法】利用13对SSR引物,以来自7个省(市)29个地区的754份木荷种质资源为材料,利用M策略(M)、随机取样法(R)、遗传多样性最大化法(SAGD)和等位基因最大化法(SANA)分别构建核心种质。采用等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 燕丽萍  吴德军  毛秀红  姚俊修  任飞  李善文  王开芳  王因花  刘翠兰  
白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 陈旭  郝雅琼  聂兴华  杨海莹  刘松  王雪峰  曹庆芹  秦岭  邢宇  
【目的】通过测定113份板栗品种(系)的数量、质量和假质量性状,分析其遗传变异,比较不同组群之间的性状差异,将SSR标记与性状进行关联,获得更多与SSR标记显著关联的性状,挖掘优异的等位变异位点,为开展板栗分子辅助育种的研究提供参考。【方法】测定并分析板栗总苞和坚果的38个数量、质量和假质量性状,利用SPSS和Graphpad软件对数量性状进行差异显著性和相关性分析,基于SSR标记进行遗传多样性分析,最后用TASSEL 2.1软件通过一般线性模型(general linear model,GLM)和混合线性模型(mixed linear model,MLM)分别对性状和标记进行关联分析。【结果】在遗传多样性分析中,21对SSR引物的有效等位基因数(N_e)、Shannon指数(I)、多态性信息含量(PIC>0.5)、观察杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)的平均值分别为3.164、1.269、0.589、0.593和0.635。根据群体结构分析分为2个主要组群,为了更好地比较性状差异,在聚类分析时将中间类型的品种单独划分为一组。在质量和假质量性状分析中,多样性指数变化范围为0.139—1.567,遗传多样性最高的性状是坚果光泽,最低的是底座接线;坚果形状、光泽、颜色等性状组群间频率分布差异明显。在数量性状分析中,变异系数的范围在3.96%—36.31%,苞重、总苞重和单粒重的变异系数均在30%以上,遗传变异程度高;果形指数和含水量变异系数均在10%以下,具有稳定的遗传特性;总苞和坚果的外观性状之间有强相关性,相关系数均在0.6以上;组1-组2和组2-组3在果实形状和重量中存在显著差异(P<0.05)。在关联分析中,GLM模型中有13个标记位点与18个表型性状极显著关联,表型变异解释率范围为15.12%—54.99%;MLM模型中有6个标记位点与7个表型性状极显著关联,表型变异解释率范围在8.66%—26.93%。【结论】本研究将SSR标记与表型性状进行关联分析,共发现13个标记位点与坚果单粒重等20个表型性状极显著关联,为开展板栗分子辅助育种的研究奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 刘艳阳  梅鸿献  杜振伟  武轲  郑永战  崔向华  郑磊  
【目的】便于管理、研究和利用芝麻种质资源,为芝麻育种提供优异基因资源。【方法】利用新收集和种质库保存的5 020份芝麻种质资源为基础,首先基于标准化的表型数据按地理来源分组后采用组内比例法聚类抽样构建初级核心种质,然后基于SSR分子标记应用位点优先取样策略逐步聚类,使用t检验检测每次聚类形成的核心种质与初级核心种质的Nei’s基因多样度(He)和Shannon-Wiener指数(I),直到核心种质的遗传多样性与初级核心种质开始有显著差异时,终止多次聚类取样,选择上一个与初级核心资源没有显著差异的核心种质作
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 姚启伦  方平  杨克诚  潘光堂  
结合地方品种的地理起源和种质特性,以17%的抽样率选取玉米核心品种,用SSR分子标记技术对54个玉米地方品种进行遗传聚类,研究中国西南地区玉米地方品种核心种质的构建方法.结果表明,由9个核心品种构成的核心种质较好地保持了原玉米地方品种群体的遗传变异,42对SSR引物在原玉米地方品种群体和核心种质中分别检测到268、256个等位基因,平均多态信息量分别为0.76和0.73,其评价参数平均数百分率、方差百分率和变异系数可变率分别为10%、10%、83.5%,表明构建的核心种质能较好地代表原种质资源群体.
[期刊] 林业科学研究  [作者]
<正>板栗(Castanea mollissima Blume)属壳斗科栗属植物,主要分布于亚洲、欧洲和北美。栗属大约有8~9种,包括中国板栗、锥栗、茅栗、日本栗、美洲栗、美洲榛果栗、欧洲栗等,其中中国板栗、锥栗、茅栗为中国原生种。目前世界栽培食用栗主要以中国板栗、日本栗、欧洲栗为主,锥栗在我国也有少量栽培。我国板栗栽培历史悠久,栽培范围广,以河北迁西和湖北罗田栽培的板栗最为知名。
关键词:
[期刊] 中国农业科学  [作者] 许占友  邱丽娟  常汝镇  李向华  郑翠明  刘立宏  郭蓓  
利用SSR标记与农艺性状间的对比,探索利用SSR标记鉴定大豆种质的可行性。首先利用计算机从大豆数据库中的22637 份种质中筛选出90 份栽培大豆种质和从野生大豆中选出1 份野生大豆,共计91 份种质。以这些种质中的9 个农艺性状为考察对象,取每个性状两边的极端材料10 份。其次利用各试材9 个农艺性状表型的量化值进行聚类分析。然后利用SSR 标记对大豆的遗传多样性进行多态性分析和聚类分析。两种方法聚类都能有效地把91 份种质分开,但农艺性状的聚类分析与SSR 标记的聚类分析结果吻合率很低,同时,山西省的入选种质27 份占全部所选种质的30% ,27 份种质分布于9 类中的7 类上。表明利用S...
[期刊] 林业科学研究  [作者] 刘国彬  曹均  王金宝  兰彦平  
板栗(Castanea mollissima Blume)属于壳斗科(FagaCeae)栗属(Castanea miller)植物,广泛分布于全国23个省(区、市)[1],年产量约213.2万吨,是我国的传统木本粮食树种和优势经济林树种。北京是华北品种群的主要分布区,板栗主要分布于怀柔、密云、昌平、延庆、房山等地,其中怀柔地区板栗栽培历史非常悠久,分布着丰富的古板栗资源,据专家考
[期刊] 西南农业学报  [作者] 何建文  韩世玉  
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[期刊] 林业科学研究  [作者] 娄永峰   朱柯帆   宋晓琛   冷春晖   陈兴彬   肖复明  
[目的]分析江西杉木种质资源的遗传多样性,构建其核心种质;在此基础上,构建核心种质分子身份证,为江西杉木种质的进一步研究与利用提供理论依据和核心材料。[方法]以江西地区的杉木种质为材料,利用SSR标记开展遗传多样性分析,并基于等位基因数最大化原则(M策略)构建核心种质,通过遗传多样性参数及其保留比例进行核心种质评价,结合遗传多样性参数的t检验和主坐标分析(PCoA)验证和确认核心种质的代表性。基于最少标记鉴定最多种质的原则,选择高效SSR标记,构建江西杉木核心种质的SSR分子指纹图谱和分子身份证。[结果]20个SSR标记在495份种质中共检测到122个等位基因数(N_a),平均Shannon's信息指数(I)、平均Nei's遗传多样性指数(H)、平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)分别为0.762、0.400、0.394和0.400,表明江西杉木种质的遗传多样性较丰富。采用M策略构建了含有52份材料的江西杉木核心种质,10.5%的核心种质保留了原种质100.0%的N_a、107.4%的有效等位基因数(N_e)、115.1%的I、109.0%的H、104.1%的H_o、110.0%的H_e和111.2%的PIC; t检验表明以上遗传多样性参数与原种质均没有显著差异,主坐标分析(PCoA)显示核心种质在原种质的主坐标图分布均匀,说明构建的核心种质具有代表性。按多态性信息含量(PIC)值高低顺序,依次增加标记数量,结合UPGMA聚类,发现4个SSR分子标记,H97与H286、CLSSR9、CLSSR37相结合,可将52份江西杉木核心种质鉴别,据此构建了52份核心种质的SSR分子指纹图谱、分子身份证条形码和二维码。[结论]江西杉木种质资源的遗传多样性较丰富,构建的江西52份杉木核心种质具有代表性,选择上诉4个高效SSR标记可有效鉴别核心种质,并成功绘制了江西杉木核心种质的分子身份证。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 杜常健  孙佳成  武妍妍  张国庆  樊清波  陈卫东  任菲  严冬辉  江泽平  史胜青  
[目的]通过等级评分和因子分析相结合的方法筛选优良种质,为板栗优良种质资源收集和选育提供借鉴。[方法]在燕山北部山区收集板栗农家种和优良单株种质63个,以燕山早丰为对照,通过测定不同种质种子的单果鲜质量、含水量、淀粉、可溶性糖、可溶性蛋白的含量,并且利用等级评价法和因子评价法综合求出各种质品质评价的排名。[结果]在63个种质中,单果鲜质量QX63的最大,为13.6 g,QX59的最小,为6.5 g,平均值8.7 g;含水量QX61的最大,为50.7%,QX38的最小,为37.6%,平均值为42.9%;可溶性糖QX6的最大,为17.1%,QX53的最小,为4.8%,平均值9.8%;淀粉含量QX62的最大,为58.6%,QX5的最小,为17.4%,平均值为34.3%;可溶性蛋白QX39的最大,为1.1%,QX52的最小,为0.16%,平均值0.56%。品质综合评价前20名依次为QX42、QX34、QX8、QX43、QX7、QX6、QX41、QX35、QX55、QX22、QX61、QX2、QX4、QX30、QX52、QX40、QX11、QX5、QX49、QX58。[结论]不同板栗种质之间单果鲜质量、含水量、淀粉、可溶性糖以及可溶性蛋白的含量存在显著差异,这些品质指标可作为优良种质资源的评价指标。QX42可以作为早熟种质,并且为最优种质;QX34(第2)、QX35(第8)可作为晚熟种质。
[期刊] 林业科学  [作者] 翁尧富  陈源  赵勇春  郑康乐  黄少甫  张建忠  
利用RAPD标记对浙江省林木良种审定委员会审定 (认定 )和通过省级鉴定的 8个板栗品种及无性系进行指纹分析 ,鉴别出各板栗品种 (无性系 )。实验过程中对 684个随机寡核苷酸引物进行了重复筛选 ,经筛选共获得 9个稳定的RAPD标记 ,构建了板栗的DNA指纹图谱。经过大量的实验 ,确定了鉴别板栗优良品种 (无性系 )的较为理想的实验程序 ,获得了RAPD良好的重复性 ,建立了较完整的板栗RAPD分析的技术体系 ,用大田苗进行初步验证 ,结果可靠
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