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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
徐刚标 房学爽 叶翠层
以珙桐叶片为研究材料,用Rneasy Plant Mini Kit提取珙桐叶片组织总RNA,反转录成单链cDNA,长距离PCR方法合成双链cDNA;PCR产物经蛋白酶K消化、SfiI酶切后,采用CHROMA SPIN-400柱分级分离,回收0.5 kb以上的cDNA组分,以λTriplEx2载体连接并进行体外包装,构建了珙桐叶全长cDNA文库.结果表明:以XL1-Blue、BM25.8为受体菌测定的原始文库滴度为8.3×106pfu/mL,扩增后文库总滴度为4.16×108pfu/mL,重组率为97.3%;对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5~2.0 kb之间,文库质...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡铁城 曾建斌 陈顺辉 陈华 贺小彦 张冲 庄伟建
以烟草不同生长时期茎混合为材料,采用SMART(switching mechanism at5'end of RNA transcript)技术构建了茎全长cDNA文库.原始文库的库容为5.64×106个独立克隆,重组率达99%以上,插入片段集中在0.75-2.0 kb之间,平均长度约为1.2 kb.随机挑取部分克隆进行测序,并进行生物信息学分析,37.5%的序列烟草已有报道,62.5%为烟草未报道的基因,45.8%是未知功能的基因,表明所构建文库达到了用于目的基因分离筛选和新基因克隆的建库要求.
关键词：
烟草 茎 SMART技术 cDNA文库
[期刊] 中国农业科学
[作者]
龚达平 解敏敏 孙玉合
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭九峰 孙国琴 乔慧蕾
柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0～2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现...
[期刊] 林业科学
[作者]
齐刚 苏智先 李劲涛 阮期平
以休眠期27个uniEST,经网上BlastN及BlastX分析,其中75个序列是已知功能的基因标签,相似性较高,而32个序列在GenBank中相似性较低,13个序的珙桐种子为材料,利用SMARTTMcDNA Library Construction Kit构建珙桐种子的cDNA文库。结果表明:该文库的滴度为1.5×106pfu.mL-1,重组率为98%,cDNA文库插入片段大小主要集中在0.5~1.0kb。随机测序获得148个EST序列,拼接成1列在GenBank中没有匹配。这些数据有助于对珙桐种子的相关功能蛋白及分子机制的研究。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
赵桂媛 魏志刚 刘关君 张凯旋 刘桂丰 杨传平
为了研究小黑杨木材形成过程中的关键基因,以2年生小黑杨茎形成层组织为试验材料提取RNA,采用SMART(RNA转录过程中的5′末端转换机制)技术合成cDNA第一链,通过LD-PCR合成双链cDNA。利用SfiⅠ限制性酶酶切后将其连接到质粒载体pDNR-LIB上,采用电穿孔法将重组质粒转化到大肠杆菌感受态细胞DH5α中,构建全长cDNA文库。文库质量鉴定表明:原始文库滴度为2.18×106pfu/mL,扩增后的文库滴度为5.46×109pfu/mL,重组率为96%。插入片段长度在0.5～2.0kb之间,平均长度为1.12kb,表明构建的小黑杨茎形成层cDNA文库较为理想。
关键词：
小黑杨 形成层 SMART cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
官德义 赖燕 林明 王育娜 曹蕾 何水林
对抗病的朝天椒地方品种,以紫外线(UV)处理叶片并提取叶片总RNA,采用SMARTTMcDNA文库构建试剂盒构建了一个cDNA文库.该文库含有2.6×106个独立的噬菌斑克隆,扩增后滴度达到1.5×109pfu.μL-1,随机挑取的噬菌斑PCR检测发现重组率达90.0%.在搜索、拼接与植物WRKY、bZIP、AP2和E2等重要调节基因同源的辣椒表达序列标签(ESTs),获得重叠群的基础上,分别设计上述基因ESTs重叠群特异性引物,以cDNA文库为模板进行PCR扩增.结果表明,部分上述基因cDNA存在于文库中.因此,本研究所构建的文库可用于进一步分离响应UV的重要调节基因cDNA的分离.
关键词：
辣椒 cDNA文库 紫外线 防御信号基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛吉山 于玲 陈佩度 刘大钧
用表达型质粒载体pSPORT 1构建了经白粉菌 (Erysiphegraminis)诱导 48h和未经诱导的小麦 簇毛麦 6VS/ 6AL易位系(Triticumaestivum Haynaldiavillosatranslocationline)叶片cDNA文库各一个。文库宿主菌为E .coliDH10B。非诱导文库包含约 5 0万个重组cDNA克隆 ,平均插入片段为 1 2 5kb ,主要分布在 40 0bp～ 2 2kb。诱导文库包含约 30万个重组cDNA克隆 ,平均插入片段 1 2kb。用克隆的病程相关基因 (pathogenesisrelatedgene) 小麦类甜蛋白基因pW...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杨婷婷 赵凯 朱海山
以番茄抗病品系(CLN2037E)为研究材料,应用SMART技术构建晚疫病诱导的番茄叶片cDNA表达文库,并进行生物信息学分析。成功构建的cDNA文库的克隆数为2.3×109,重组率为96%,通过PCR检测,插入片段范围在0.1~2.0 kb之间。从文库中随机挑取110个克隆进行测序,最终得到107条差异表达ESTs序列。GenBank提交的序列号为GT742146-GT742150;GT865998-GT866099。利用BLAST进行同源性分析:75条ESTs与其他物种同源性较高,视为已知基因,功能涉及能量代谢的占42.7%、细胞内生命活动与信号传导的占10.7%、基因转录和翻译的占9.3...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘严 张怡 康静敏 刘柯 张超 李鹏坤 安一博 周晗 黄辉 李成伟
为了研究番茄白粉菌与番茄相互作用的分子机制,以白粉菌诱导的番茄叶片为材料,利用SMART技术构建了番茄的AD-c DNA文库。该文库总库容量为3.77×1010cfu,重组率达到96%,插入片段长400~2 000 bp,平均长度约为1 000 bp。随机挑取50个克隆进行测序,利用生物信息学软件进行初步分析,表明获得的文库质量较高。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
迟吉娜 蔡肖 张建宏 甄军波 刘琳琳 田海燕 唐丽媛 刘存敬 崔瑞敏 张香云
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数，提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率，为公共数据库提供丰富的陆地棉ＥＳＴ资源。【方法】以优质陆地棉冀２２８开花后８—４０ Ｄ纤维为材料，将纤维全长ｃＤＮＡ与ＧＡＴＥｗＡｙ供体载体ｐ ＤＯＮＲ２２２重组，构建了棉花纤维的非剪切型全长ｃＤＮＡ原始文库。利用均一化技术获得均一化全长ｃＤＮＡ文库，进而测序获得大量的ＥＳＴ序列。采用生物信息分析手段，对所测ＥＳＴ进行拼接、比对、ｃＯＧ功能注释和ＧＯ注释。【结果】构建了优质陆地棉冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，该文库初级文库库容为１．０６×．．．
关键词：
陆地棉 纤维 均一化 cDNA文库
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周祥明 张冰玉 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅
以美洲黑杨雄性花芽为材料,利用SMART技术构建全长cDNA文库。该库的滴度大于106pfu.mL-1,重组率达95%,平均插入片段大小为1 kb左右,说明所构建的文库达到了用于目的基因分离筛选和表达的建库要求,为将来克隆与杨树花发育相关基因及研究其它树种花发育的分子机理奠定了基础。
关键词：
美洲黑杨 雄花芽 全长cDNA文库
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
鲁娜 陈晓静 申艳红 何玮毅
采用SMART技术,以多花水仙‘黄花水仙2号’盛开期花朵为材料,构建其全长cDNA文库,并对文库质量进行鉴定.结果表明,所构建初始文库的滴度为6.30×105cfu·mL-1,扩增后文库的滴度为1.58×108cfu·mL-1,重组率为84%,插入片段大小集中在500-2000 bp之间,平均长度约970 bp,符合cDNA文库的质量标准.可见,所构建的文库比较完整,能够反映黄花水仙花朵盛开期基因的表达情况.
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
王维新 史成银 黄倢
利用SMART (SwitchingMechanismat 5’endofRNATranscript)技术 ,以同源重组的方式构建了中国明对虾鳃细胞的全长cDNA文库。首先用RNA提取试剂盒从中国明对虾鳃细胞中提取总RNA ,以总RNA为模板 ,CDSⅢOligo(dT)为引物 ,反应一段时间后 ,再加入转换模板 (Switchingtemplate) ,反转录合成cDNA第 1链。在DNA聚合酶的作用下 ,通过长距离PCR ,扩增双链DNA。双链cDNA经凝胶过滤柱纯化后 ,与线性化的 pGADT7 Rec质粒载体同源重组 ,转化感受态AH10 9酵母菌株后 ,得到中国明对虾鳃细胞的全长cD...
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