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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨桂梅 唐文乔 李会荣 黄路标 任大明 鲍宝龙
采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方的表皮、性腺和肠道中,以弧菌为主的细菌群落的组成。结果表明:(1)共鉴定出暗纹东方体内18种微生物,均归属于变形细菌的gamma亚群,其中13种为弧菌科细菌,3种为肠杆菌科细菌,2种为气单胞菌属细菌;(2)投喂鲜活鱼虾的与投喂人工配合饲料的暗纹东方肠道和性腺中的细菌组成是不同的,在性腺中分离到的所有12种细菌中,只有2种细菌是相同的,约占17%;在肠道中分离到的所有13种细菌中,有4种是相同的,约占31%。而在表皮上所分离到的11种细菌中,有7种细菌是相同的,约占64%;(3)DGGE特征条带V1、V13、V18、V1...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高菲 孙慧玲 许强 谭杰 燕敬平 王清印
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacte...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨桂梅 鲍宝龙 李会荣 唐文乔 任大明
采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成。根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamm a亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌。摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨鸢劼 俞菊华 陈辉 方苹 郭闯
在对养殖暗纹东方病害调查中,从呈典型症状病鱼腹腔和肠道粘液中分离到2株(J-1和H-3)菌株,经生化特性和血清型鉴定为非01群霍乱弧菌(Non-01Vibrio cholerae)。注射、创伤和浸泡3种方式进行人工感染试验表现出较强的致病性,出现症状与自然发病鱼相同。为进一步确认分离菌株的分类地位,使用P1、P2引物,以非01群霍乱弧菌N92001菌株和01群霍乱弧菌N16961菌株为对照,对分离菌株进行PCR扩增,得到451bp的DNA片段。根据现有霍乱弧菌肠毒素ctxA基因序列设计引物P3,P4,以N16961菌株为阳性对照,PCR扩增结果均得到大小为400bp的DNA片段。在对H-3菌株...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
裴鹏兵 陈洋 邓绍鸿 刘晓娟 钟名其 林琪 杜虹
本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S r DNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴定。实验结果经数据化后计算龙须菜附生菌数目并比较附生菌菌群多样性,通过非度量多维尺度分析(n MDS)及多元梯度分析(RDA)来比较附生菌菌群组成相似性及优势菌群。实验结果表明,随着龙须菜病变程度的加深,附生菌菌落数及菌群多样性逐渐增加(P
[期刊] 水产学报
[作者]
夏耘 郁二蒙 谢骏 余德光 王广军 李志斐 王海英 龚望宝
在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4%;第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammapro...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 水产学报
[作者]
李秋芬 傅雪军 张艳 马绍赛
通过模拟实验对循环水养殖系统中不同初始NH4+-N浓度的生物滤池中生物膜上和水中的细菌数量及群落种类组成进行了研究。对成熟生物膜及水体样品中的异养菌、氨氧化菌、亚硝酸盐氧化菌的培养计数结果表明,随着生物滤池初始氨氮浓度增大,除异养细菌数量逐渐下降外,生物膜上的氨氧化菌和亚硝酸盐氧化菌数量呈逐渐增加趋势,且均高出水样3～4个数量级;同时对上述样品的16S rRNA基因片段的PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析及其序列同源性分析的结果表明,生物膜和水中都有较高的细菌多样性,同一初始氨氮浓度的滤池中生物膜上的细菌多样性高于水中的。生物滤池中的细菌主要由拟杆菌门的黄杆菌纲和变形菌门的α-...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张艳 李秋芬 孙雪梅 陈聚法 赵俊
通过生态模拟实验,利用分子生态学技术,对浒苔(Enteromorpha prolifera)腐烂过程中水体细菌群落结构的变化进行了研究。将3.0 kg完全死亡的浒苔置于容积为500 L的实验容器中,定期取水样,进行化学需氧量(COD)、溶解氧(DO)、好氧性异养菌数量测定及细菌种群结构的分析。实验结果表明,随着浒苔腐烂程度的增加,水中的DO呈逐渐减少趋势,COD和好氧性异养菌数量均呈先增加后减少的变化趋势;水体细菌主要由拟杆菌门黄杆菌纲和变形菌门α-、γ-、ε-变形菌纲的细菌组成,其优势菌群在浒苔腐烂不同时期有较大程度的改变,初期黄杆菌纲细菌为主要优势细菌,后期则以α-、γ-、ε-变形菌纲细菌...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵旺 姜敬哲 王江勇 陈韬 刘广锋 王瑞旋 杨蕊
附着基是苗期杂色鲍(Haliotis diversicolor Reeve)生活的主要场所,其表面藻际细菌对幼体的生长有重要的影响,然而对附着基藻际细菌多样性的研究较为少见。本研究在杂色鲍育苗期间定期采集附着基样品,再利用PCR-DGGE技术对藻际细菌群落进行多样性及变化规律分析。相似性和UPGMA聚类结果表明,藻际细菌群落结构随时间变迁呈现出连续性变化,相邻两天细菌群落的戴斯相似性系数Cs高达80.9%~96.1%,但育苗前期与育苗后期的藻际细菌群落组成差异较大。多样性指数分析显示,育苗前期藻际细菌多样性随时间变化趋于丰富,之后多样性稍有下降但仍维持较高水平。受附着基上藻类生长状况及鲍摄食活...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴康 胡俊 黄晓声 夏虎 陈亮 李男 张学振
为探讨饲喂蚕豆(Vicia faba)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道菌群的影响,采用PCR-DGGE技术比较了饲喂蚕豆的草鱼(脆肉鲩组)及饲喂配合饲料的草鱼(普通草鱼组)肠道微生物菌群的异同。结果显示,DGGE图谱上出现了20条明显条带,表明脆肉鲩组及普通草鱼组肠道中均存在大量细菌群落。对这20条条带测序后,获得了其中17条条带的序列,这17条条带中有9条是尚未被培养的细菌。经分析发现,这17条条带分属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)及未...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
倪学勤 Joshua Gong Hai Yu Shayan Sharif 曾东
【目的】研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显...
关键词：
肠道菌群 MHC 变性梯度凝胶电泳 蛋鸡
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗鹏 胡超群 张吕平 任春华
采用PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)技术对一个典型的凡纳滨对虾(Litopeneaus vannamei)海水养殖系统细菌群落进行分子分析。结果表明,沿岸水、蓄水池、养殖池水具有较高的细菌种类多样性,而蓄水池进水、对虾粪样、肠壁定植细菌样以及排水渠污水的细菌多样性程度低。每种环境群落的优势种明显。3个养殖池水样(Y1、Y2、Y3)、2个沿岸水样(W1、W2)、2个粪样(F1、F2)、蓄水池水样(B1、B2)及2个肠壁定植细菌样(G1、G2)各自具有高度群落相似性。BLAST结果表明,12个条带克隆序列所代表优势种很可能来...
[期刊] 水产学报
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 张勇 杜富宽 顾若波
为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物...
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