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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
林奕岑 徐帅 倪学勤 曾东 周梦佳 曾燕
为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索，选取１５只饲养在相同条件下的科宝－５００肉鸡，利用ＩｌｌｕｍＩｎａ ｍＩＳｅｑ测序平台与ｑＩＩｍｅ等１６Ｓｒｒｎａ序列分析工具在２２日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示：１）测序共获得３５９ １５８条有效序列与３ ２１０个ＯＴｕ，并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。２）各样品菌群之间存在差异，得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。３）通过核心菌群分析可知，４个共享菌群在门水平上分别为：拟杆菌门ＢａｃＴｅｒＯＩｄｅＴｅＳ（７０．０％±１２．１％）、厚壁菌门ＦＩｒｍＩｃｕＴｅＳ（２５．４％±１１．２％）、变形菌门ＰｒＯＴｅＯＢ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周评平 李治华 董玲 赵驰 朱永清
【目的】分析蚕豆瓣醅微生物多样性并比较与过去采用16S、ITS等扩增子测序的差异。【方法】利用de novo测序方法研究微生物菌群多样性。【结果】嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)是蚕豆瓣酱醅的优势微生物,相对丰度占一半以上(m OTUs方法为64.26%,Metaphlan2方法为50.80%),Metaphlan2方法发现破布子乳酸菌(Lactobacillus pobuzihii)也是优势菌株,其相对丰度为17.60%,另外,存在大量未分离到的微生物有待进一步研究。【结论】该方法能分析到蚕豆瓣醅微生物中种或菌株的水平,研究结果不仅为后续深入研究提供了技术支撑,而且对郫县豆瓣的微生物安全性评价提供了有效的方法。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵刚 龚全 刘亚 赖见生 陈叶雨 杜军
为获得岩原鲤转录组信息，发掘功能基因，本研究采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序。结果获得６４ ２５７ ９１８个ＥＳＴ序列，经拼接和组装得到８３ ２５２条单基因序列（ｕｎＩｇＥｎＥ），平均长度７８７ ｂｐ，长度范围２０１～１６ ５７２ ｂｐ。利用ｎＣｂＩ的蛋白质非冗余数据库（ｎｒ）对所有ｕｎＩｇＥｎＥ进行相似性搜索，共有３７ １５７条ｕｎＩｇＥｎＥ（４４．６３％）与数据库中的已知序列同源。利用ｂｌａＳＴ２ｇＯ ｖ２．５软件对ｕｎＩｇＥｎＥ进行注释，共得到２９ ９１９条（３５．９３％）注释基因，根据ｇＯ功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能３大类５６亚类。经ＫＯｇ．．．
关键词：
高通量测序 岩原鲤 转录组
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郝庆玲 景炅婕 朱芷葳 吕丽华 李鹏飞
运用超声波监测技术,采集母牛发情期出现偏差前的第一大卵泡PDF1和出现偏差后的第二大卵泡ODF2,分别分离卵泡颗粒细胞(GCs),构建RNA文库,用Illumina2000测序;测序结果经数据库搜索和差异表达筛选,采用DAVID软件GO和KEGG pathway分析,经Genecards功能查询,筛选牛卵泡发育相关基因。结果表明:数据库搜索共获得35 325个基因,其中有意义的表达基因15 645个,从中筛选获得差异表达基因608个;GO分析表明,608个差异表达基因中参与生物过程的基因占60.46%,细胞组分的基因占20.08%,分子功能的基因占11.46%;KEGG pathway分析表明,608个差异表达基因通过9条信号通路参与牛卵泡发育调控(P<0.05),经Genecards功能筛选,共获得11个与牛卵泡发育密切相关的调控基因——SESN3、COL3A1、CCNE1、CAV1、CACNA1H、ITPR1、PIK3R3、MYC、PTGFR、CDK6、GAPDH,它们直接参与细胞增殖分化及信号通路调节。
关键词：
牛 卵泡 颗粒细胞 转录组 调控基因
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 水产学报
[作者]
张梦思 汤海青 欧昌荣 程三红
为比较日本鲭和大黄鱼肌肉中微生物和代谢功能的变化及其与鱼肉腐败特性之间的关系,本研究检测了2种鱼在冷藏过程中的理化指标和菌落总数的变化,利用Illumina Miseq测序技术分析细菌群落变化,并利用皮尔森相关性分析检验微生物与鱼肉腐败及组胺产生相关性,结合功能预测分析细菌群落组成与代谢功能之间的关系。结果显示,冷藏期间日本鲭和大黄鱼的pH、挥发性盐基氮、组胺、菌落总数等均呈上升趋势,且日本鲭上升较快;冷藏末期2种鱼TVB-N值和组胺含量分别达到76.34、59.98和59.92、3.11 mg/100 g;日本鲭肌肉中细菌丰富度和多样性先增加后减少,大黄鱼则整体呈下降趋势;2种鱼肌肉中的优势腐败菌均为希瓦氏菌属;日本鲭体内与TVB-N产生相关的菌共12种,其中10种与组胺产生具有显著相关性;大黄鱼体内与TVB-N产生相关的菌共7种,但未检测出与组胺产生具有相关性的细菌;冷藏过程中氨基酸代谢和碳水化合物代谢为最主要的代谢通路,日本鲭样品组氨酸、精氨酸、脯氨酸等氨基酸代谢相关基因和丁酸丁酯代谢、丙酸酯代谢及丙酮酸代谢丰度均显著高于同一时期的大黄鱼,本实验从微生物代谢水平解释了日本鲭比大黄鱼更易腐败的原因,为不同水产品腐败特性的研究提供新思路。
[期刊] 林业科学
[作者]
范垚城 覃林 王雅菲 邹慧 谭玲 何友均
【目的】研究不同经营模式对东北天然次生林土壤微生物碳源利用与功能多样性的影响，为合理确定东北天然次生林的经营模式提供科学参考。【方法】以哈尔滨市丹青河林场的传统森林经营（ＦＭ１）、目标树森林经营（ＦＭ２）、调整育林法森林经营（ＦＭ３）和无干扰森林经营（ＦＭ４）４种经营模式的东北天然次生林为研究对象，在每个经营模式林分中设置３块（上、中、下坡各１块）５０ Ｍ×５０ Ｍ样地，并将每块样地划分为２５个１０ Ｍ×１０ Ｍ样方，在每个样方中心采集０～２０ ｃＭ土层样品，采用Ｂｉｏｌｏｇ－Ｅｃｏ微平板法分析４种经营模式林地土壤微生物的碳源利用差异，并探讨土壤化学性质对土壤微生物碳源种类利用的影响，以及４种．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李忠佩 吴晓晨 陈碧云
【目的】研究亚热带地区不同土地利用方式下土壤生物和生物化学性状的变化特点,为制订合理的耕作施肥管理措施提供科学参考。【方法】选择亚热带地区的一个小流域,通过田间采样分析,比较了不同土地利用方式下土壤有机碳和养分含量、土壤有机碳矿化以及土壤微生物生物量和微生物群落功能多样性变化。【结果】土壤有机碳、全N含量、土壤微生物生物量碳氮以及土壤的呼吸强度变化均表现为稻田(菜地)>竹林>园(旱)地,0～15cm、15～30cm稻田(菜地)土壤有机碳和全N含量平均比园(旱)地土壤高76.4%、59.8%和80.8%、67.3%,0～15cm稻田土壤的微生物生物量碳、氮和土壤呼吸强度分别是园(旱)地土壤的6....
[期刊] 水产学报
[作者]
蔡秋杏 吴燕燕 李来好 杨贤庆 赵永强 杨少玲 王悦齐
通过比较研究多脂红肉鱼(蓝圆鲹)和白肉鱼(带鱼)腌干加工中菌相的变化规律,以探讨加工过程对菌相的影响并寻找具有抗氧化作用的优势菌。在腌干加工过程中采用Illumina平台的MiSeq技术比较分析了两种多脂鱼的菌相变化情况。结果显示,两种鱼的菌相主要分布在拟杆菌门、变形菌门;在科水平上,初始原料的蓝圆鲹和带鱼分别含7个和15个科的细菌,带鱼包括了蓝圆鲹的所有菌群,肠杆菌科作为共同的优势菌,在蓝圆鲹和带鱼中分别占47%和26%。从腌制开始,两种鱼的菌群数都大量减少,弧菌和芽孢杆菌科作为共同优势菌,前者平均占蓝圆鲹和带鱼的40.3%和42.2%,后者则平均占16.7%和13.3%。原料中,蓝圆鲹和带鱼都包含了肠杆菌科、假单胞菌、弧菌科和希瓦氏菌科这4种腐败菌,加工阶段,两种鱼的优势腐败菌都为弧菌科。乳酸菌包括链球菌科和乳杆菌科,仅出现在带鱼中。研究表明,在腌干加工中,带鱼的细菌减少程度大于蓝圆鲹,总体上均呈现下降趋势,两种鱼含共同的菌群和优势菌,却表现出明显的差异。腌干后两种鱼的腐败菌大大减少,说明腌干加工有利于降低鱼类腐败的可能性。可选择带鱼作乳酸菌的分离以进行后续的抗氧化研究。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
苗永旺 陈涛 霍金龙 刘丽仙 李大林 尹玉安 沈雪鹰
腾冲雪鸡是近年品种资源调查工作中发现的一个地方优良畜禽品种,具有羽毛洁白无斑、肉骨乌黑、肉质好、抗病性强等优良特性。为了从分子水平阐明其种质特性,采用PCR凝胶电泳技术对腾冲雪鸡33个微卫星座位(位于家鸡24条染色体上)进行了遗传变异检测。检测的样本量为53个个体,随机采自该鸡主产区自然群体,共检测到142个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到8个不等,平均等位基因数为4.3030±1.2621个;群体平均期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.6664±0.1368和0.6118±0.1443。研究结果表明:腾冲雪鸡群体内存在丰富的遗传变异,遗传多样性较高。
[期刊] 世界农业
[作者]
李宏科 费成煜 金星
拮抗微生物的开发与利用湖南省植物保护研究所李宏科深圳农业科技中心费成煜金星在植物病害，特别是土传病害综合防治中，广谱拮抗菌木霉属Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ起着重要的作用。向土壤中大量引进拮抗微生物木霉，可排挤、钝化病原繁殖体，减少其数量，因而阻滞病害的发...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄飘逸 马海涛 喻子牛 张跃环 高红梅 彭建军
利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王福升
在论述真正具有地下茎的散生竹生物多样性的基础上 ,提出竹子生物多样性的研究对竹产区的生态环境保护和多用途经济竹类开发利用具有重要意义。参 15
关键词：
散生竹 生物多样性 利用
[期刊] 世界农业
[作者]
MARK SHWARTZ 周亚丽
大部分甲烷来自于天然气这种化石燃料。斯坦福大学和宾夕法尼亚州立大学的科学家正在采取更环保的方法,利用微生物将可再生电能转化为碳中和甲烷。
关键词：
甲烷 微生物 可再生电能 碳中和
[期刊] 淡水渔业
[作者]
柯虹瑜 王瑗瑗 张鑫 姚文祥 李小勤 冷向军
本实验研究了饲料中添加有机酸复合物对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长性能、营养物质利用率、肝胰腺酶活、血清非特异性免疫酶活性和肠道微生物组成的影响。在含鱼粉10%的基础饲料中分别添加0、0.05%、0.10%、0.15%的有机酸复合物(organic acids complex, OC,主要成分为富马酸、三丁酸甘油酯),制成4种等氮、等脂饲料(OC-0,OC-5,OC-10,OC-15)。将1 000尾(1.0±0.1) g对虾随机分配到20个网箱(每组5个网箱，每网箱50尾虾)中，分别投喂上述4种饲料8周。结果显示，和对照组相比，饲料中添加0.10%和0.15%有机酸复合物，增重率分别提高了18.7%和17.9%,饲料系数分别降低了16.1%和18.5%。在全虾成分方面，添加OC显著降低了全虾粗脂肪含量，OC-5,OC-10的粗蛋白含量也较对照组显著提高。饲料中添加有机酸复合物对凡纳滨对虾的营养物质消化率无显著影响，但显著提高了肝胰腺淀粉酶活性和血清超氧化物歧化酶活性。对肠道菌群的分析表明，饲料中添加0.10%OC增加了凡纳滨对虾肠道菌群丰度。综上，在饲料中添加有机酸复合物可以促进凡纳滨对虾的生长，提高饲料利用率，有机酸复合物的适宜添加量为0.10%。
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