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[期刊] 水产学报
[作者]
李鸥 曹顶臣 张研 顾颖 张晓峰 鲁翠云 孙效文
饲料转化率是重要的经济性状,通过QTL定位获得的紧密连锁标记以及相关基因,是遗传育种的重要工具。本文利用70个鲤的EST-SSR,对鲤全同胞家系92个体的基因组DNA进行扫描,得到符合1∶1孟德尔分离类型的位点48个,3∶1孟德尔分离类型的位点22个。采用拟回交策略对符合1∶1分离的标记与鲤饲料转化率性状进行单标记回归分析。结果表明:HLJE335、HLJE253、HLE547、HLJE92、HLJE203、HLJE231等6个标记与饲料转化率性状相关(P<0.05)。其中,HLJE547和HLJE203两个标记与饲料转化率相关性达极显著水平(P<0.001),分别解释了表型变异的11.00%...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王宣朋 张晓峰 李文升 张天奇 孙效文
利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对鲤(Cyprinus carpio L.)F2群体进行单标记定位分析。用91个SSR标记、33个EST标记、364个SNP标记对鲤进行全基因组扫描,结果得到与食物转化率、体厚、体质量3个性状显著相关(P<0.05)的标记,分别为27、35、27个,其中与食物转化率相关的标记SNP0041、SNP0044,其相关性达到极显著水平(P<0.001),贡献率分别达到15%、16%。这些标记可作为分子标记辅助育种的参考标记。将得到的与食物转化率显著相关的EST座位HLJE14、HLJE253和与体质量显著相关的HLJE253座位在NCBI上...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
徐美佳 张研 鲁翠云 张晓峰 刘继红 孙效文
利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体进行QTL单标记定位分析.从70个微卫星座位对鲤鱼体重、体长、体厚、体高性状的标记回归研究中,共得到3个标记与性状相关.其中HLJE1、HLJE633与体长、体高、体厚相关,HLJE633、C88433与体重相关.将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵(ATPase)的基因相关.
关键词：
鲤鱼 EST-SSR 性状 相关性
[期刊] 华北农学报
[作者]
王金彦 潘丽娟 杨庆利 禹山林
利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到...
关键词：
花生 EST SSR 频率 特点
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蔺玉华 富惠光 梁志龙 卢建民
以 0 .5mg/kg铬盐饲料饲喂 1龄鲤 6 5d和 3月龄鲤 30d ,相对生长率分别提高 13.79%和 2 0 .6 9% ,饲料转化率提高 2 1.83%和 2 6 .0 %。表明铬盐有促进鱼类生长作用和提高饲料转化率的效应 ,而铬盐对鱼体营养成分的作用不明显。但铬盐对高血糖症鱼的作用是低剂量铬 (2 .5μg/kg体重 )使血糖明显下降 ,高剂量 (6 0 μg/kg体重 )则使血糖明显升高 ;铬盐含量 0 .5mg/kg饲料使高血糖症鱼的血糖下降 ,而使正常血糖鱼的血糖升高
关键词：
铬盐 鲤 生长率 饲料转化率 血糖
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨洋 田时炳 王永清 罗章勇 王之劲 王鹤冰 汝学娟 张世才 朱利泉
本研究通过分析茄子热胁迫抑制性消减杂交(SSH-cDNA)上调表达文库中获得EST序列以及基因组数据库中收集到的与耐热相关的EST序列,对茄子耐热相关的EST-SSR分子标记进行了搜索分析。在茄子热胁迫SSH-cDNA文库中找到了9个SSR位点,结合收集到的耐热EST序列中的25个位点,共设计了32对SSR引物。进一步的引物筛选结果表明,引物对EG6靶向文库EST序列YP249,在不同茄子材料中扩增显示多态性。YP249经实时荧光表达验证确定为热胁迫上调表达序列,考虑EG6的扩增位点为茄子热胁迫相关的SSR多态性候选位点。
关键词：
茄子 耐热 EST-SSR
[期刊] 水产学报
[作者]
常浩文 刘志峰 孙志宾 马爱军 王新安 徐荣静
饲料转化率(FCR)是大菱鲆重要的经济性状，通过选择育种提高饲料转化率，能够有效地降低大菱鲆的养殖成本，提高养殖利润，进而推动产业的发展。微卫星标记被是鱼类分子标记辅助选育中常用的分子标记，为了筛选出与大菱鲆饲料转化率相关的微卫星标记，提高育种效率，研究以300尾大菱鲆幼鱼为实验材料，通过特制的网箱养殖系统，测定个体饲料转化率，分别选取饲料转化率最高和最低的30个样本作为高饲料转化率组(H组)和低饲料转化率组(L组)。利用40对大菱鲆微卫星引物，对H组和L组的DNA混池进行PCR扩增，统计两组个体PCR产物的基因型，筛选两池之间出现差异等位基因片段的位点，通过进一步的群体验证和家系验证，分析微卫星位点与大菱鲆饲料转化率的相关性。结果显示，微卫星位点YSKr148在238 bp的等位基因片段与大菱鲆饲料转化率存在极显著正相关性，相关系数达到0.359，家系验证中该位点的阳性组的饲料转化率显著高于阴性组。本研究首次获得了与大菱鲆饲料转化率性状显著相关的分子标记，为研究该性状的遗传基础以及相关分子机制提供了依据，为该性状的分子标记辅助选育奠定基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
蔡健 祝旋 谢实龙 范海燕 邢彬 马同富
采用ＥＳＴ－ＳＳＲ分子标记技术和２年田间试验方法对３１个芍药品种的遗传多样性进行研究。用８０对来源于牡丹的ＥＳＴ－ＳＳＲ标记，以芍药品种雪山金辉、针刺莲、遍地红和紫檀生烟ＤＮＡ为模板，对引物进行筛选，共筛选到５２对多态性引物，多态率为６５％。进一步利用筛选的５２对多态性ＥＳＴ－ＳＳＲ引物对３１个芍药品种的亲缘关系进行分析。结果表明：５２对ＥＳＴ－ＳＳＲ引物在３１份材料中共扩增出了２６５．２个多态性基因型，平均每对引物５．１个，采用ＮＥｉ和Ｌｉ的方法，计算品种间的遗传距离；同时，以２年田间试验获得的３１个品种花色、花型、株高、株幅、花径、叶长、叶宽、株型和叶型等农艺性状表型平均数正态标准化后，利．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐道彬 张凯 吕长文 谢德斌 傅体华 王季春
【目的】利用分子标记技术，构建甘薯遗传连锁图谱，并分析甘薯淀粉含量性状的ＱＴＬ位点，为高淀粉含量甘薯种质资源利用及甘薯分子标记辅助育种提供理论和实践依据。【方法】以高淀粉含量品种万薯５号为母本、低淀粉含量品种商丘５２－７为父本建立杂交群体，利用ＥＳＴ－ＳＳＲ标记，采用＂双假测交＂策略和运用Ｊｏｉｎ Ｍａｐ４．０软件，分别构建双亲遗传连锁图谱，并结合Ｆ１（２０１２、２０１３年）群体表型数据采用区间作图法对淀粉含量性状进行ＱＴＬ检测。【结果】利用１ ６７９对ＥＳＴ－ＳＳＲ引物筛选出的１ ０４５对多态性引物检测Ｆ１群体的标记基因型，获得了１ ４１８个标记位点。分别对上述获得的父母本多态性标记进行遗传．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨雄 杨宁 袁启华 赵贵娟 李国雷 贾黎明 陈仲
【目的】白皮松作为我国濒危的乡土树种,具有重要的经济和园林观赏价值,为进一步开发和利用白皮松种质资源,本研究基于EST-SSR标记对北京地区3个不同种源地的白皮松群体遗传多样性开展评价。【方法】以白皮松转录组数据为依据,对其微卫星位点进行筛选并设计合成了96对引物,并对北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地(北京、山东、山西)的白皮松群体,共60个植株开展遗传多样性分析,对其群体内与群体间的遗传结构进行评价。【结果】96对引物中共筛选获得了5对多态性引物,其观察杂合度、期望杂合度、多态性信息含量和等位基因位点个数变化范围分别为0.203～0.433、0.211～0.530、0.187～0.484和2～5。3个白皮松样本群体中等位基因数量、有效等位基因数量、香农信息指数、观察杂合度和固定指数变化范围为2.400～3.000、1.516～1.761、0.484～0.606、0.295～0.362和-0.075～0.081,平均值分别为2.677、1.632、0.560、0.333和-0.007。遗传分化系数和基因流变化范围分别为0.021 6～0.115 3和1.399 6～11.340 0,平均值分别为0.090 2和2.521 2。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内,群体间差异较小,仅占据11%。【结论】本研究共获得了5对多态性的白皮松EST-SSR引物,可用于后续白皮松群体遗传多样性分析和分子标记辅助育种工作;北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地的白皮松群体分析结果表明,当地现有收集的白皮松种源群体遗传相似度较高,在未来种质资源保存和苗木繁育工作中应考虑增加其他种源地的白皮松群体。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李珊珊 曾艳飞 何彩云 张建国
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS
关键词：
沙棘 转录组 EST-SSR 引物
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李新凤 张作刚 王建明 高俊明 田宏先
【目的】探讨尖镰孢(Fusarium oxysporum)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列中简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点的分布特点,开发尖镰孢EST-SSR引物,为镰孢菌遗传多样性分析提供技术支持。【方法】从NCBI公共数据库下载尖镰孢EST 9 304条,利用SSRIT软件查找SSR位点,Primer Premier 5.0软件设计EST-SSR引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳分离SSR-PCR扩增产物,并选用能够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的引物,对23株尖镰孢菌株进行SSR遗传多样性分...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
宋跃朋 江锡兵 张曼 王泽亮 薄文浩 安新民 张志毅
利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙海悦 郭瑞雪 王佳卉 盖钰卓 刘禹姗 董梅 李亚东
【目的】探讨越橘ＥＳＴ序列中ＳＳＲ位点的分布规律，开发越橘ＥＳＴ－ＳＳＲ引物，并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以９１份越橘种质为材料，利用越橘果实转录组（ＲＮＡ－ＳＥｑ）的测序结果，通过ＳＳＲＩＴ在线搜索，利用ＰＲＩｍＥＲ ＰＲＥｍＩＥＲ ５．０软件设计３０对引物，并筛选扩增效果理想的引物，用筛选出的引物分析９１份种质的多态性，构建９１份种质的系统发育树。【结果】３４ ４６４条越橘ｕＮＩｇＥＮＥ序列中含有ＳＳＲ位点的序列有８２９条，ＳＳＲ位点有９１３个，其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的ＳＳＲ类型，分别占全部ＳＳＲ位点的１３．６９％和８１．２７％。不同核苷酸数目重复基元的重复．．．
关键词：
越橘 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 宋丛文 张亚东 杨彦伶 黄敏仁
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。
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