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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨慧荣 刘丽 龚世园 赵会宏 孙际佳 陈彦珍
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共24个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)个体mtDNA CR和Cyt b基因片段,并测定其序列。对1 345 bp的组合序列进行分析,共检测到23个单倍型,22个单突变位点,102个简约信息位点。在139个突变位点中:转换位点100个,颠换位点30个,插入/缺失位点14个;A+T的含量(61.5%)明显高于C+G的含量(38.5%)。4个水域个体间的遗传变异率在0～7.43%之间,组合序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K±SD)和核苷酸多样性(π)分别为0.977 8、17.271 0和0.029 7,均表现出较高的遗传多...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨慧荣 赵会宏 刘丽 陈彦珍 林权卓 黄宏辉
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘伟 代应贵 袁振兴 孙际佳 刘丽
以采自都柳江４０尾粗唇（Ｌｅｉｏｃａｓｓｉｓ ｃｒａｓｓｉＬａｂｒｉｓ）个体为样品，采用Ｐｃｒ和ＤＮａ测序技术对粗唇都柳江种群ｃｙｔ ｂ基因和Ｄ－ＬｏｏＰ序列进行了分析。获得了长度分别为１ １１８ ｂＰ、７７６～７７８ ｂＰ的粗唇ｃｙｔ ｂ基因、ＤＬｏｏＰ序列。２段序列的碱基组成均为ａ＋ｔ的含量高于Ｇ＋ｃ的含量，但ｃｙｔ ｂ基因碱基变异率（０．２７％）显著低于Ｄ－ＬｏｏＰ的碱基变异率（３．３４％～３．３５％）。对粗唇Ｄ－ＬｏｏＰ序列结构进行了分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇４０个个体ｃｙｔ ｂ基因、Ｄ－ＬｏｏＰ序列中分别有３、２０个多态位点，分．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
欧阳美 张晓宇 张富铁 刘焕章
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张成东 任战军 杨雪娇
【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因的全序列及D-loop的671bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNACyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNACyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.00...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李大命 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 张彤晴 潘建林
为了解江苏省湖泊大银鱼种群遗传多样性及遗传结构，基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体共160尾鱼的线粒体Cyt b基因序列进行分析。结果显示，160条Cyt b基因序列共发现25个变异位点，其中单一信息位点11个，简约信息位点14个。4个群体中共检测到23个单倍型，单倍型和核苷酸多样性分别为0.878±0.014和0.0021± 0.0001，呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式。4个群体中，高邮湖群体的单倍型多样性最高(0.871±0.031)，太湖群体的核苷酸多样性最高(0.0029±0.0001)。洪泽湖群体的单倍型和核苷酸多样性均最低，分别为0.755±0.455和0.0013±0.0001。分子方差分析结果显示，大银鱼群体间的遗传变异占15.13%，群体内的遗传变异占84.87%，遗传变异主要发生在群体内。遗传分化指数F_(st)值统计表明，高邮湖、洪泽湖和骆马湖群体之间无显著性差异，但均与太湖群体存在显著性差异，这表明应将太湖群体与其他3个群体作为不同的进化单元进行管理和保护。核苷酸不配对分布和中性检验结果均显示大银鱼经历了近期的群体扩张事件，推测扩张时间大约在10.3～4.1万年前，属于更新世晚期。虽然江苏省4个湖泊大银鱼种群的遗传多样性较高，但其资源量已经呈现出明显衰退迹象，应加强相应的渔业管理和保护措施，合理开发和利用大银鱼资源做到可持续发展。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨天燕 孟玮 马燕武 蔡林钢 郭焱
采用线粒体COI和Cyt b基因序列分析相结合的方法,对伊犁河和塔里木河水系6个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体遗传差异和分化水平进行了比较研究。AMOVA分析结果显示,斑重唇鱼群体间遗传差异显著大于群体内,群体平均遗传分化指数ΦST分别为0.980 2(COI)和0.886 3(Cyt b),除伊犁河水系两群体差异不显著外(P>0.05),其他两两群体间遗传差异均显著。基于Kimura双参数法计算群体间平均遗传距离发现,不仅两水系间群体存在差异,塔里木河水系内部群体也产生了较大的遗传分化。单倍型网络图和系统关系树显示库玛拉克河群体存在两组不同单倍型类群,分别与伊犁河和塔...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘伟 曾圣 王雪 詹会祥 周路 熊畔 向燕
【目的】研究贵州毕节地区四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)养殖群体的遗传多样性，为其选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】PCR扩增、DNA测序获取四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列，采用相关软件分析序列变异和群体遗传多样性。【结果】四川裂腹鱼养殖群体D-loop区和Cyt b基因序列分别检测到9、34个核苷酸多态位点(S),对应定义7和8种单倍型，单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.765、0.842和0.00 519、0.00 826;中性检测和核苷酸错配分析显示四川裂腹鱼养殖群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。【结论】毕节地区四川裂腹鱼养殖群体具有较为丰富的遗传多样性，四川裂腹鱼养殖群体选择压力主要受到负向选择的影响，当前的人工选择对其Cyt b基因进化的影响有限。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
麻智芳 潘秋芝 安苗 余科 黄胜 李珊 何孝宽
通过mtDNACytb基因和D-Loop区测序技术，分析了清水江287尾野生斑鳜(Sinipercascherzeri)的遗传结构及遗传多样性，阐明贵州省境内清水江流域野生斑鳜群体的遗传多样性现状。结果表明：分别获得287条斑鳜的完整Cytb基因序列(1141bp)和D-Loop区部分序列(840～841bp)；两个基因序列的碱基组成中A+T含量分别为51.6%和64.1%，均高于C+G含量的48.4%和35.9%，多态位点分别有23和44个，单倍型数分别为25和43种；单倍型多样性指数（核苷酸多样性指数）分别为0.821±0.018(0.0020±0.0001)和0.919±0.009(0.0083±0.0003)；群体内平均遗传距离分别是0.0021和0.0087；AMOVA分析显示，群体内个体间变异是变异的主要来源（Cytb基因为97.54%，D-Loop区为97.32%）；NJ系统发生树显示，Cytb和D-Loop区都聚为两支，两支的单倍型在河流的上中下游均有分布；清水江野生斑鳜群体的mtDNACytb的Fu’sFs值呈显著负值（﹣0.9553（P=0.007）），检测出了种群扩张，据公式推算出清水江斑鳜种群于0.176Ma年前发生了种群扩张，而D-Loop区符合中性进化的假设，未检测到种群扩张。综上所述，清水江野生斑鳜没有发生明显的遗传分化现象，遗传多样性高，呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。研究可为清水江野生斑鳜资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李大命 杨子萍 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蔡永久 唐晟凯 张彤晴
本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(F_(ST))为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
苏雨 张成 李清清 郑海地 成永旭 吴旭干
中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)是中国最重要的淡水养殖蟹类,广泛分布于东亚地区,养殖区域主要集中在长江、黄河和辽河流域。本研究基于线粒体DNAD-loop区评估辽河野生群体(LW)和养殖群体(LC)、黄河野生群体(HW)和养殖群体(HC)及长江野生群体(YW)和养殖群体(YC)的遗传多样性和种群结构。结果显示:(1)用于本研究的D-loop基因片段长度为477 bp,共包含234个变异位点和131个简约信息位点, 6个群体的262个个体中共有110个单倍型,包括90个独有单倍型和20个共享单倍型;(2)6个种群的单倍型多样性指数(Hd)范围为0.88889～0.96522,核苷酸多样性指数(π)范围为0.00887～0.01602,养殖和野生群体遗传多样性水平依次为:HC>YC>LC及HW>LW>YW;(3)6个群体的遗传距离(Da)范围为0.0119～0.0173,不论是养殖群体还是野生群体,辽河群体和长江群体之间的遗传距离均最小,且6个群体间遗传分化指数FST为0.12938。对6个群体进行中性检验显示Tajima’s D和Fu’s Fs的值均为负值。综上,基于线粒体D-loop基因的研究结果表明,三水系养殖和野生群体均具有较高的遗传多样性,且辽河和长江水系中华绒螯蟹的亲缘关系相对较近,该研究为中华绒螯蟹的种质资源评估、保护和开发提供了参考。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 水产学报
[作者]
肖同乾 鲁翠云 李超 张明昭 顾颖 孙效文
对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8%、29.0%、29.7%、14.5%,A+T含量(56.5%)高于G+C含量(43.5%),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析。140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5%的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap 1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种。AMOVA分析结果...
关键词：
鲤 遗传多样性 细胞色素b
[期刊] 淡水渔业
[作者]
蒲艳 田辉伍 陈大庆 段辛斌 刘绍平 汪登强
为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构。结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.000 77,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏。分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化。单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化。中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前)。综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测。
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