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[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 彭士明 尹飞 施兆鸿
通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个。东海区的3种鲳属鱼类种群中,翎鲳的单倍型多样性(h)与核苷酸多样性(Pi)水平均为最高(在COⅠ序列中分别为0.779和0.003 25,在Cytb序列中分别为0.847和0.003 33),而银鲳和灰鲳的h和Pi水平较低。FU’S FS中性检验和歧点分布分析结果显示,3种鲳属鱼类种群均经历了种群扩张现象...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马春艳 赵峰 孟彦羽 施兆鸿 庄平 赵云龙
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺...
关键词：
线粒体DNA 细胞色素b 鲳属 系统进化
[期刊] 水产学报
[作者]
孙鹏 尹飞 彭士明 施兆鸿
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.00...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 马春艳
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
岳丽佳 熊良伟 王帅兵 王权 王米雪 陈浩然
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P<0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。
关键词：
宽体金线蛭 Cytb 遗传多样性
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑将臣 万全 程起群 赵金良
用PCR和测序的方法,获得13种龟鳖类的线粒体16SrRNA基因片段序列,结合NCBI收录的47种龟鳖的线粒体16SrRNA基因序列,分析龟鳖类的遗传分化和系统发生。结果表明,对60条序列进行比对后得到480 bp的一致序列,其中,可变位点229个,总变异率为47.7%;简约信息位点186个,插入/缺失80个。腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)4种碱基的平均含量分别为33.6%、24.3%、18.5%、23.7%,转换与颠换比为1.95。7种闭壳龟种间的遗传距离为0.004～0.063,平均为0.03;潮龟科17个属间的遗传距离为0.053～0.120,平均为0.091;...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
赵峰 马春艳 庄平 章龙珍 施兆鸿
应用多变量形态度量学方法研究了鲳属中常见鱼类银鲳、翎鲳和中国鲳的形态差异,同时对3种鲳鱼线粒体DNA 16S rRNA基因序列差异进行了分析,并根据3种鲳鱼的形态和分子数据对其系统进化关系进行了探讨。聚类分析表明,银鲳和翎鲳形态较为相似,而与中国鲳形态差异较大。判别分析表明,3种鲳鱼形态上存在着明显差异,利用4个形态参数就可以将3种鲳鱼100%予以区分,同时利用该参数建立了3种鲳鱼的判别公式。典型变量分析也表明3种鲳鱼形态存在着一定的分化,变异部位主要集中在头部和尾部。不同的生活史及栖息环境可能是导致3种鲳鱼形态差异的主要原因。在所测定的3种鲳鱼线粒体DNA 16S rRNA部分基因序列中,共...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张志翔 林善枝 薛娴
以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草(Eriocaulon nepalense)、白药谷精草(E.cinereum)、高山谷精草(E.alperstre)、华南谷精草(E.sexangulare)、南亚谷精草(E.oryzetorum)等5个种为研究对象,通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列,并对ITS序列进行分析.结果发现,供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致,其ITS1的长度范围为171~306 bp,G+C含量为38.24%~55.04%;ITS2的长度范围为184~288 bp,G+C含量为36.46%~57.02%.在此基础上,采用Clustal...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谌微 张凤英 王景 魏鸿擎 姜亚洲 张辉 凌建忠 程家骅 马凌波
为研究野生与养殖大黄鱼（Ｌａｒｉｍｉｃｈｔｈｙｓ ｃｒｏｃｅａ）群体的遗传多样性，对大黄鱼８个野生群体及６个养殖群体共３３６个样本的线粒体ｃｏⅠ基因部分序列进行了扩增和测序分析。实验最终获得序列片段长６２１ ｂｐ，总变异位点３８个，简约信息位点２３个，单变异位点１５个，其中野生群体包含３８个变异位点，占总变异的１００％，养殖群体包含８个变异位点，占总变异的２１．０５％。在所有样本中共检测出单倍型３４个，单倍型多样性为０．５８７，核苷酸多样性为０．００１９４，野生及养殖群体单倍型多样性指数分别为０．７１４～０．９５２、０．０００～０．５８１。大黄鱼养殖与野生两个组群间的遗传分化指数为０．０４９８．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2～9.0,期望杂合度(He)为0.806～0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942～1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6～0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4～0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分...
关键词：
缢蛏 微卫星 线粒体DNA 遗传结构
[期刊] 水产学报
[作者]
鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎
为了解梭鲈种群的遗传结构现状，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(CO I)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的CO I基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(55.56%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(π)最高(H_(d)=0.514±0.069; π=0.000 80±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.207 360.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
鲁翠云 孙志鹏 曹顶臣 耿龙武 那荣滨 吴学工 郑先虎
为了解梭鲈种群的遗传结构现状，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(CO I)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的CO I基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(55.56%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4～Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1～2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1～4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(π)最高(H_(d)=0.514±0.069; π=0.000 80±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.207 360.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。
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