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[期刊] 中国农业科学  [作者] 何勇   范晓珠   陈新月   段书静   胡婷婷   谢如雪   王宇晴   陈静  
【目的】辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus,PMMoV)是世界范围内危害辣椒的主要病毒之一。126 kDa蛋白是PMMoV编码的重要致病因子,但致病机制目前仍不清楚。本研究旨在筛选与126 kDa蛋白互作的辣椒寄主因子,为解析PMMoV的致病机制提供理论依据。【方法】首先,通过同源重组法构建诱饵载体pGBK-126 kDa;并以辣椒叶片为试验材料,利用Trizol法提取辣椒叶片总RNA,制备辣椒酵母cDNA文库;之后,使用pGBK-126 kDa对cDNA文库进行筛选,并通过NCBI和Uniprot等对筛选结果进行序列比对和生物信息学功能分析,根据比对分析结果,选取可能参与到植物抗病通路的寄主因子,克隆其全长CDS构建到pGADT7载体,酵母双杂交(Y2H)、双分子荧光互补(BiFC)和荧光素酶互补(LCI)进一步验证126 kDa与寄主因子之间的互作;最后,通过瞬时过表达寄主蛋白分析其在PMMoV侵染过程中的作用。【结果】提取获得高质量辣椒RNA,无降解;获得高质量酵母c DNA文库,成功构建诱饵质粒p GBK-126 kDa,筛选得到与126 kDa蛋白互作的辣椒寄主因子18个;生物信息学分析结果显示,18个寄主因子广泛参与到植物酶系统、物质及能量代谢调节过程、DNA结合转录过程、激素合成过程以及防御响应等多个通路;选取的其中3个寄主因子(LA2、PDHE1、BXL1)在一对一酵母双杂交互作验证中均存在与126 kDa的相互作用,表明初筛的结果可靠;通过Bi FC和LCI进一步验证了126 kDa与BXL1之间体内外互作;瞬时过表达BXL1发现PMMo V的侵染受到了显著抑制。【结论】成功构建了p GBK-126 kDa诱饵质粒,基于该质粒对酵母c DNA文库进行筛选得到18个互作的寄主因子,广泛涉及植物生命活动过程中的多个通路,筛选结果验证可靠,其中,BXL1存在与126k Da的体内外相互作用,并能够抑制PMMo V的侵染。研究结果可为深入探究PMMo V的侵染机制提供良好的理论和材料基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 刘崇  高颖  杨洪一  
为探索辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus,PMMo V)的分子杂交技术检测方法,以感病辣椒叶片为试材,用改良CTAB法从辣椒叶片中提取总核酸,运用RT–PCR技术扩增出PMMo V特异片段。以带有PMMo V特异片段的质粒DNA为模板,以用PCR技术制备的地高辛标记PMMo V c DNA探针检测PMMo V。结果表明:1)干燥叶片、新鲜叶片中提取的总核酸稀释80、640倍(相当于12.5、1.60μg叶片)后仍可检测到其中的PMMo V;干燥叶片利于保存及长距离转运,利于对大批量样品进行集中检测;2)采用快速提取法提取叶片总核酸,可从稀释80倍(约12.5μg叶...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李帅  蒋西子  梁伟芳  陈思涵  张享享  左登攀  胡亚会  江彤  
【目的】草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)是侵染草莓的主要病毒,但其侵染草莓的机制尚不清楚。论文以SVBV的P6蛋白为诱饵筛选森林草莓(Fragaria vesca)c DNA文库的寄主因子,为解析SVBV侵染草莓的分子机制提供理论依据。【方法】SVBV接种森林草莓,提取出现明显症状叶片的总RNA,Dnase I处理后,用SMART法反转录合成ds c DNA,均一化处理c DNA并酶切纯化,将1 kb,表明森林草莓c DNA文库符合试验标准。最终利用SD
[期刊] 中国农业科学  [作者] 何乙坤  钟敏  胡同乐  王树桐  段豪  丁丽  王亚南  曹克强  
[目的]利用酵母双杂交系统筛选与苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)外壳蛋白(coat protein,CP)互作的寄主因子,利用生物信息学方法分析其在病毒与寄主互作过程中可能发挥的作用。[方法]首先构建ACLSV CP的酵母双杂交诱饵载体p GBKT7-CP,转化至酵母菌株Y2H gold中,测定转化菌在SD/-Trp、SD/-Trp/-His和SD/-Trp/-Ade-X-α-Gal平板上的生长情况,从而判断其在酵母双杂交过程中对报告基因的自激活活性。将p GBKT7-CP及p GBKT7分别转化至酵母菌株Y2H gold,培养不同...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 宾羽  张琦  王春庆  赵晓春  宋震  周常勇  
【目的】柑橘黄化脉明病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)是威胁我国柑橘产业稳定发展的主要病毒,但其在柑橘上的侵染和致病机制尚不清楚。本文以CYVCV的外壳蛋白(coat protein,CP)为诱饵筛选尤力克柠檬(Citrus limon Burm.f.)c DNA文库,利用生物信息学方法分析与其互作的寄主因子在病毒侵染和致病过程中可能发挥的作用。【方法】Trizol法提取尤力克柠檬叶片总RNA,用SMART法反转录合成First-Strand c DNA,以其为模板通过Long-Distance PCR获得ds c DNA,均一化处理后与线性化p GADT7质粒重组链接构建尤力克柠檬初级c DNA文库,重组质粒转化大肠杆菌DH10B获得尤力克柠檬大肠杆菌c DNA文库并对文库质量进行鉴定;PCR扩增CYVCV的CP序列并构建到载体p GBKT7上,鉴定诱饵质粒对酵母细胞的毒性以及CP蛋白对酵母报告基因的自激活性。将尤力克柠檬c DNA文库质粒转化含有诱饵质粒p GBKT7-CP的Y2H Gold酵母菌株,共转化子依次涂布SD/-Leu-Trp、SD/-Leu-Trp-His/X-α-Gal和SD/-Leu-Trp-His-Ade/X-α-Gal平板,最终筛选蓝色且长势较好的阳性菌落,提取酵母质粒并测序比对获得候选基因,利用Uniprot在线网站的gene ontology(GO)注释候选基因,分析候选互作蛋白的生物学功能。根据分析结果,选取可能参与寄主抗病或症状发展的候选因子,扩增其CDS全长序列并构建到靶标载体p GADT7后分别与p GBKT7-CP共转化酵母细胞进行点对点酵母双杂交互作验证。【结果】尤力克柠檬大肠杆菌c DNA文库滴度为1.02×10~(8 )cfu/m L,库容符合试验标准;成功构建酵母双杂交诱饵载体p GBKT7-CP,该载体没有自激活性且对酵母菌没有毒性;在SD/-Leu-Trp-His-Ade/X-α-Gal平板上筛选得到41个酵母阳性克隆,经序列相似性比对,去除重复,共筛得32个候选寄主因子;GO通路注释结果表明这些寄主因子参与多个叶绿体相关的生物过程,包括碳水化合物代谢、光合作用、光刺激反应、代谢分解和生物合成等过程;这32个寄主因子的分子功能多样,包括催化活性、水解酶活性、转移酶活性、蛋白质结合、转录因子活性和翻译因子活性等,其细胞组分涉及叶绿体、类囊体、膜、细胞质、细胞核和高尔基体等。从候选寄主因子中选取14个重要的蛋白与CP的一对一酵母双杂交验证结果表明,CP与这14个蛋白均发生互作。【结论】成功构建了尤力克柠檬c DNA文库,筛选出32个与CYVCV CP互作的尤力克柠檬寄主因子,分析重要的寄主蛋白功能,推测CYVCV CP通过与光系统Ⅱ放氧强化复合物组分蛋白(Psb P)、光系统I叶绿素结合蛋白(Lhca3)和1,5-二磷酸核酮糖羧化酶小亚基(Rbc S)等多个叶绿体相关蛋白的互作,影响光系统稳定、类囊体结构和叶绿素合成,从而导致光合作用降低以及叶绿体形态和功能受损,酵母点对点验证了CP与这些叶绿体相关因子的互作,这为揭示CYVCV CP参与病毒致病的分子机制提供了理论依据。
[期刊] 沈阳农业大学学报  [作者] 李晓冬  安梦楠  王冠中  赵秀香  吴元华  
采用鉴别寄主、血清学及RT-PCR检测的方法对采自辽宁省葫芦岛地区的辣椒病毒进行了分离与鉴定,并将克隆得到的病毒CP基因进行测序及同源性比较。结果表明:该病毒分离物可侵染辣椒(CaPsiCum fRuTesCens)产生局部枯斑、系统斑驳或花叶;局部侵染普通烟(niCoTiana TabaCum)、心叶烟(niCoTiana gluTinosa)、三生烟(niCoTiana TabaCum.vaR.samsun)、矮牵牛(PeTunia hybRida)产生坏死枯斑,在曼陀罗(daTuRa sTRamonium)、洋酸浆(Physalis PubesCens)和苋色藜(ChenoPodium ...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 赵艺泽  刘艳  王锡锋  
【目的】利用分离泛素酵母双杂交膜系统(split-ubiquitin yeast membrane system),以小麦矮缩病毒(Wheat dwarf virus,WDV)的外壳蛋白(CP)基因为诱饵对异沙叶蝉(Psammotettix alienus L.)c DNA文库进行筛选,研究异沙叶蝉传播WDV的分子机制。【方法】以笔者实验室饲养的异沙叶蝉为材料,提取其总RNA后取100 ng进行纯化,利用SMART法反转录合成ds c DNA,经过Sfi I酶切纯化,连接到p PR3-N文库载体上,构建得到以p PR3-N为载体的异沙叶蝉分离泛素酵母双杂交膜系统c DNA文库。同时,构建带有S...
[期刊] 华北农学报  [作者] 陈思宇  杨雪  杨灵玲  燕照玲  韩晓玉  李庆伦  李洪连  陈琳琳  孙炳剑  施艳  
为阐明瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)的侵染机制,筛选与P22互作的寄主因子。采用免疫沉淀技术结合质谱分析共获得128个寄主蛋白。KEGG分析发现,所获得的寄主因子主要参与到寄主体内的碳水化合物代谢、能量代谢以及信号转移等代谢途径中。将所获得的128个基因进行GO分析,发现筛选到的与P22蛋白相互作用的寄主蛋白分为39个功能组,分别属于生物过程、分子功能和细胞组分三大类别。在生物过程类别中光合作用、蛋白质折叠、葡萄糖代谢过程及碳代谢过程为主要功能组。在分子功能类别中,ATP结合和金属离子结合为主要功能组。在细胞组分类别中生物膜、细胞质和光系统Ⅱ氧化复合体为主要功能组。结合质谱分析结果,根据富集肽段数目和蛋白质功能筛选出8个候选寄主蛋白。KEGG数据库分析表明,8个候选寄主蛋白可能参与或涉及的代谢通路大类可以归为碳水化合物代谢、能量代谢以及信号转移等3个代谢途径。利用酵母双杂交验证8个寄主因子与P22互作。结果表明,甘油醛-3-磷酸脱氢酶A(GAPDH-A)能够与P22蛋白在酵母中互作,推测P22可能影响寄主抗性并参与寄主黄化症状的产生。筛选鉴定了与P22互作的寄主因子,为阐明P22蛋白在CCYV侵染过程中的作用机制奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 秦发亮  刘文文  李莉  王锡锋  
【目的】筛选介体灰飞虱(Laodelphax striatellus,SBPH)中与水稻条纹病毒(RSV)病害特异蛋白(disease-specific protein,SP)可能发生相互作用的蛋白质,为明确介体灰飞虱传播RSV的分子机制及SP在传毒过程中的作用打下基础。【方法】提取高质量灰飞虱总RNA并通过TaKaRa D9086 OligtexTM-dT30 mRNA Purification Kit对mRNA进行纯化。利用SMART技术合成双链cDNA,利用Axygen的PCR纯化回收试剂盒将ds cDNA回收纯化,纯化后的ds cDNA再经SfiⅠ限制性内切酶处理纯化后与文库载体pPR...
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 燕丽萍  吴德军  王因花  李丽  任飞  高铖铖  
【目的】绒毛白蜡是重要的盐碱地造林树种,挖掘绒毛白蜡的耐盐潜力,对推动黄河流域盐碱地生态保护和修复具有重要意义。CAMTA是植物抗逆胁迫信号通路中的重要转录激活因子,但绒毛白蜡盐胁迫信号途径中包括FvCAMTA1在内的大部分关键基因,尚未被克隆与鉴定,与FvCAMTA1发生互作的蛋白也不清楚,严重阻碍绒毛白蜡抗盐分子机理研究的瓶颈。本研究挖掘绒毛白蜡钙调素结合转录因子FvCAMTA1的互作蛋白,为解析其抗盐性机制奠定基础。【方法】采用酵母双杂交技术对其互作蛋白进行探究,提取绒毛白蜡‘盐蜡’新品种幼苗的总RNA,利用SMART技术合成ds cDNA,依据FvCAMTA1基因的CDS序列设计引物,通过PCR扩增出FvCAMTA1基因的编码序列(约2 700 bp),构建重组诱饵载体pGBKT7-FvCAMTA1转化酵母菌株Y2HGold,并在缺陷型培养基上检测诱饵载体的毒性与自激活活性,筛选与绒毛白蜡钙调素结合转录因子FvCAMTA1互作的猎物蛋白,对部分互作蛋白进行了回补验证,并对互作的猎物蛋白进行Gene Ontology(GO)注释分析。【结果】成功构建了受盐诱导的绒毛白蜡全株幼苗的cDNA酵母双杂交文库,文库滴度为4.58×109CFU·mL~(-1),插入片段长度为250~2 000 bp,重组率为100%。经检测诱饵载体无法自我激活也无毒性,所筛选的猎物蛋白经测序和Blast比对分析,并对其进行了共转验证,分离得到相互作用的46个阳性克隆。GO注释显示互作蛋白参与生物过程有11种,分子功能7种,细胞组分12种。研究结果补充和完善了FvCAMTA1的信号传递途径,为进一步研究绒毛白蜡钙调素结合转录因子FvCAMTA1及其共生互作蛋白的作用机制提供了新的分子证据。【结论】成功构建了绒毛白蜡酵母双杂交文库,为鉴定FvCAMTA1的互作蛋白并解析抗盐机理研究提供了重要理论依据。
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 燕丽萍  吴德军  王因花  李丽  任飞  高铖铖  
【目的】绒毛白蜡是重要的盐碱地造林树种,挖掘绒毛白蜡的耐盐潜力,对推动黄河流域盐碱地生态保护和修复具有重要意义。CAMTA是植物抗逆胁迫信号通路中的重要转录激活因子,但绒毛白蜡盐胁迫信号途径中包括FvCAMTA1在内的大部分关键基因,尚未被克隆与鉴定,与FvCAMTA1发生互作的蛋白也不清楚,严重阻碍绒毛白蜡抗盐分子机理研究的瓶颈。本研究挖掘绒毛白蜡钙调素结合转录因子FvCAMTA1的互作蛋白,为解析其抗盐性机制奠定基础。【方法】采用酵母双杂交技术对其互作蛋白进行探究,提取绒毛白蜡‘盐蜡’新品种幼苗的总RNA,利用SMART技术合成ds cDNA,依据FvCAMTA1基因的CDS序列设计引物,通过PCR扩增出FvCAMTA1基因的编码序列(约2 700 bp),构建重组诱饵载体pGBKT7-FvCAMTA1转化酵母菌株Y2HGold,并在缺陷型培养基上检测诱饵载体的毒性与自激活活性,筛选与绒毛白蜡钙调素结合转录因子FvCAMTA1互作的猎物蛋白,对部分互作蛋白进行了回补验证,并对互作的猎物蛋白进行Gene Ontology(GO)注释分析。【结果】成功构建了受盐诱导的绒毛白蜡全株幼苗的cDNA酵母双杂交文库,文库滴度为4.58×109CFU·mL-1,插入片段长度为250~2 000 bp,重组率为100%。经检测诱饵载体无法自我激活也无毒性,所筛选的猎物蛋白经测序和Blast比对分析,并对其进行了共转验证,分离得到相互作用的46个阳性克隆。GO注释显示互作蛋白参与生物过程有11种,分子功能7种,细胞组分12种。研究结果补充和完善了FvCAMTA1的信号传递途径,为进一步研究绒毛白蜡钙调素结合转录因子FvCAMTA1及其共生互作蛋白的作用机制提供了新的分子证据。【结论】成功构建了绒毛白蜡酵母双杂交文库,为鉴定FvCAMTA1的互作蛋白并解析抗盐机理研究提供了重要理论依据。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 张月娟  赵廷昌  杨玉文  
【目的】利用酵母双杂交系统在感病番茄中蔬四号中筛选分别与AvrPto、AvrPtoB互作的蛋白,研究AvrPto、AvrPtoB作为毒性因子在感病番茄中的作用通路。【方法】提取感病番茄中蔬四号的总RNA,合成中蔬四号cDNA文库,分别构建AvrPto和AvrPtoB的诱饵载体,从中蔬四号cDNA文库中筛选分别与AvrPto、AvrPtoB互作的蛋白,并对阳性克隆进行分析和鉴定。【结果】最终筛选到7个与AvrPto互作的蛋白,2个与AvrPtoB互作的蛋白,核酮糖-1,5-二磷酸(RuBP)羧化酶/加氧酶小亚基和AvrPto、AvrPtoB都能够互作,说明AvrPto、AvrPtoB参与破坏植物...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 王川  盛鸥  窦同心  李斌  胡春华  杨乔松  邓贵明  董涛  李春雨  易干军  毕方铖  
[目的]本文旨在鉴定香蕉果实后熟关键调控因子MaMADS2的互作蛋白,深入解析MaMADS2影响香蕉果实后熟过程的分子机制。[方法]以MaMADS2为诱饵利用酵母双杂交文库获得候选互作蛋白,通过克隆候选互作基因编码区进行点对点酵母双杂交试验来验证互作情况;利用转录组学分析互作蛋白相关基因在后熟过程中的表达情况;利用双分子荧光互补试验鉴定重要互作蛋白与MaMADS2的互作;最后用蛋白免疫印迹分析MaMADS2蛋白在香蕉后熟过程中的表达。[结果]成功构建了果实在乙烯利催熟下的cDNA文库,初级和次级文库的库容分别为2.9×10~6和3.2×10~6 CFU·mL~(-1),平均插入片段大小在1 200 bp以上,可满足后续酵母双杂交筛选的要求。最终共鉴定出7个互作蛋白,其中有2个MADS-box转录因子,3个E3泛素连接酶,2个具有转录抑制作用的蛋白。转录组数据表明,乙烯利可抑制2个MADS-box基因的表达,而1-甲基环丙烯(1-MCP)对其表达起诱导作用。双分子荧光互补试验表明,MaMADS2与MADS-box转录因子Ma04_p30020.1存在互作关系。蛋白免疫印迹分析显示,MaMADS2在后熟过程中蛋白水平逐渐降低,这与其可以和E3泛素连接酶互作是一致的。[结论]通过构建高质量的果实cDNA文库与酵母双杂交筛库技术,鉴定出多个与MaMADS2互作的蛋白,并明确了MaMADS2与另一MADS-box转录因子Ma04_p30020.1之间存在明显的互作关系。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 王中一  刘庆慧  卢翠玉  黄倢  
对虾白斑综合征病毒(WSSV)开放阅读框wsv112编码脱氧尿苷焦磷酸酶(dUTP pyrophosphatase,dUTPase)。为研究wsv112与宿主的互作关系,本研究采用酵母双杂交Gal4系统从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道cDNA文库中筛选与wsv112互作的候选蛋白。以WSSV为模板,构建pGBKT7-112诱饵载体,转化到Y2H Gold酵母菌感受态细胞中,转化菌液涂布到不同缺陷型培养基上,检测诱饵载体的自激性和毒性。将凡纳滨对虾肠道cDNA文库与诱饵菌株pGBKT7-112接合,通过筛选力度不同的缺陷型培养基、颜色反应、PCR、测序鉴定等步骤筛选阳性克隆,将阳性菌株提取质粒,再经过回复杂交实验验证筛选出的阳性质粒与诱饵载体的作用。研究表明,诱饵载体pGBKT7-112无自激性和毒性,可用于酵母双杂交实验;经初筛和回复杂交实验最终得到2个阳性质粒,经过NCBI数据库对比,其编码的蛋白分别与日本囊对虾(Penaeus japonicus)C型凝集素(AGW27416.1)和克氏原螯虾(Procambarus clarkii)40S核糖体蛋白S20小亚基蛋白(ALE99171.1)具有37%和98%同源性。本研究为wsv112的调控机制提供新的线索。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 杨锷  朱文娟  伍晓雄  杨述林  李奎  牟玉莲  崔文涛  储明星  马月辉  
【目的】利用酵母双杂交系统研究与猪Calsarcin-1相互作用的蛋白,了解Calsarcin-1在猪骨骼肌纤维类型形成和信号通路的调控功能。【方法】首先用长白猪Calsarcin-1基因构建既无自激活性又无毒性的pGBKT7-CS1诱饵载体;然后从猪的骨骼肌组织样中提取mRNA,利用SMART技术合成并纯化双链cDNA;最后通过酵母双杂交系统的共转化法筛选与Calsarcin-1相互作用的蛋白,在GenBank中比对分析相互作用基因,分析Calsarcin-1在骨骼肌中的功能。【结果】构建了pGBKT7-CS1诱饵载体,获得具有完整3′端的猪骨骼肌单链cDNA,并合成双链cDNA。筛选出4个...
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