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[期刊] 中国水产科学
[作者]
麦俊晓 张帅 郑若丹 王腾 赖晓芳 蒋佩文 王文欣 陈作志 李敏
本研究通过提取南海西沙海域水体样本的环境DNA,利用鲸类线粒体12S r RNA和16S r RNA通用引物进行扩增和高通量测序,并结合目视观测的结果探讨环境DNA技术在鲸类物种多样性研究中的应用前景。结果显示,4种通用引物在鲸类鉴定方面具有一定的有效性,利用4种通用引物在西沙海域19个站点的样品中检测到5种鲸类,分别为热带斑海豚(Stenella attenuata)、长吻飞旋海豚(Stenella longirostris)、弗氏海豚(Lagenodelphis hosei)、小布氏鲸(Balaenoptera edeni edeni)和短鳍领航鲸(Globicephala macrorhynchus),采样过程中观测到的3种鲸类分别为:热带斑海豚、长吻飞旋海豚和瑞氏海豚(Grampus griseus)。两种方法检获的优势物种一致,利用环境DNA技术检测到了未被观测到的物种。结合引物Cet-12S和Marver3的检测结果可以涵盖所有站点(n=17)和所有鲸类物种(n=5),表明针对不同基因片段的引物结合使用有利于检测效果的提高。对于检出的鲸类序列和物种数,4种引物之间不存在显著差异,其中Cet-12S检出的鲸类序列数和物种数占比最高,分别为33.0%和21.1%,而其他引物检出的鲸类序列数和物种数占比仅为0.2%～0.6%和2.0%～4.1%。此外,Cet-12S非特异扩增的序列数和物种数显著低于其他3种引物,是特异性较高的鲸类环境DNA通用引物。相较目视观测,环境DNA技术具有灵敏度高、效率高且成本低等优势,适用于鲸类的物种多样性研究。本研究丰富了西沙海域的鲸类物种多样性信息,为鲸类保护和研究提供了技术参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘洋 梁绪虹 王丛丛 戴小杰
为了解淀山湖主要鱼类群落的种类组成和多样性特征，利用环境DNA技术对淀山湖鱼类进行物种多样性分析。结果显示，从淀山湖10个站点的环境DNA样本中共检测出7目、12科、36属、43种鱼类，其中6月（夏季）共检测出24种，11月（秋季）32种，大部分种类在淀山湖传统渔业资源调查中均有出现。其中，刀鲚（Coilia nasus）、鲫（Carassius auratus）、大■（Acheilognathus macropterus）、翘嘴红鲌（Culter alburnus）、鲻鱼（Mugil cephalus）为主要优势种。α多样性分析表明，淀山湖秋季的Chao1指数、Observed species指数、Shannon多样性指数、Simpson指数和Pielou均匀度指数平均值都高于夏季的平均值，表明秋季鱼类物种相对丰富，多样性较高。站点间鱼类物种差异分析表明，多样性和丰富度较高的站点为S1、S2、S3、S5，均为初级生产力较高、人为干扰较小的站点。研究表明，环境DNA技术检测灵敏度高，可以作为淀山湖鱼类物种多样性调查的有效补充手段。
关键词：
环境DNA 淀山湖 生物多样性 鱼类
[期刊] 水产学报
[作者]
俞晔伟 刘洋 朱国平 王丛丛
欺骗岛是位于南极南设得兰群岛西南方向的火山岛，该岛附近海域受岛上活火山的影响显著，生物资源丰富。为探究该海域内鱼类物种组成，本研究通过对欺骗岛海域环境DNA样本采集、高通量测序开展鱼类物种多样性研究。结果显示，从欺骗岛海域5个采样站点的环境样本中共检测出南极鱼类1目、6科、23属、31种，调查得到的大部分鱼类物种均在以往南极传统渔业资源调查中出现。eDNA序列相对丰度最高的鱼类物种为裘氏鳄头冰鱼和花纹南极鱼，分别占鱼类总丰度的53.52%和28.27%。近岸站点和远岸站点间的α和β多样性的各项指数差异较大，但远岸站点间鱼类物种组成相差不大。研究表明，环境DNA技术作为传统渔业调查方法的补充，对环境干扰小，可以对欺骗岛海域鱼类物种多样性进行快速检测。本研究结果可为欺骗岛海域的鱼类多样性监测和渔业资源管理与保护提供数据支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李媛洁 陈作志 张俊 江艳娥 龚玉艳 蔡研聪 杨玉滔
为探讨以西沙群岛七连屿(16°55′～17°00′N,112°12′～112°21′E)为代表的典型小尺度范围内珊瑚礁生态系统的物种组成及分类多样性，文章以20世纪70年代、2018—2019年南海七连屿鱼类调查资料为基础，总结七连屿礁栖鱼类物种组成，并利用分类学多样性指数和G(属级)-F(科级)多样性测度指数对七连屿珊瑚礁鱼类物种组成及生物多样性进行研究。结果显示，七连屿海域礁栖鱼类隶属于8目33科70属175种，其中鲈形目(Perciformes)鱼类占绝对优势，占比81%；平均分类差异指数(Δ~(+))约为54.19，分类差异变异指数(Λ~(+))约为112.35。与国内外不同区域的鱼类群落组成对比发现，七连屿鱼类的Δ~(+)低于东海陆架、大亚湾和渚碧礁；其Λ~(+)则均低于东海陆架和大亚湾，高于渚碧礁；科级多样性指数(F-指数)平均值为6.23，属级多样性指数(G-指数)平均值为3.09，标准化的G-F 指数平均值为0.40。以上结果表明，七连屿鱼类群落物种间的分类多样性较高，亲缘关系比东海陆架、大亚湾和渚碧礁更为接近。从G-指数、F-指数、G-F指数综合来看，七连屿礁栖性鱼类物种多样性较高，且其科、属的分布较为合理，具有重要的保护价值。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
梁绪虹 王丛丛 刘必林 刘洋 俞晔伟 宋成辉
西北太平洋黑潮-亲潮交汇区是世界上最高产的渔区之一，鱼类资源众多。为了解交汇区鱼类群落的生物多样性，保护和合理开发利用该海域的渔业资源，利用环境DNA（Environmental DNA，eDNA）技术对夏季西北太平洋黑潮与亲潮交汇区进行鱼类多样性分析，通过22个站点水样的采集、DNA提取及测序，共检测出22目，30科，44属，51种海水鱼类，其中灯笼鱼科种类最多，共17种，占鱼类物种总数的33.33%。此外，相对丰度较高的物种为宽尾臂灯鱼、西钻光鱼、日本背灯鱼、远东拟沙丁鱼、斑点多纪鲀、瓦氏角灯鱼、斑头六线鱼、日本鲭、日本海鰶、黑潮眶灯鱼。站点间Alpha多样性差异较大，总体上呈现高纬度断面生物多样性低，低纬度断面生物多样性高的特点。冗余分析表明，影响交汇区鱼类群落结构的主要环境因子为溶解氧。研究证明了eDNA技术用于监测西北太平洋黑潮-亲潮交汇区鱼类多样性及其空间分布的可行性。
[期刊] 水产学报
[作者]
钟兰萍 高天翔 张浩博 陈治 王晓艳
岛礁生境支撑着极高的水生生物多样性，而鱼类物种多样性是水生生物多样性的重要组成部分。为准确了解岛礁海域的鱼类时空分布格局和多样性特征，依靠传统的渔业资源调查方式存在诸多的困难与挑战，亟需建立灵敏、高效的生物多样性监测方法。本研究于2019年在中街山列岛海域设置了4个采样站位，并在2、5、8和11月4个季节采集了海水表层样品，采用环境DNA metabarcoding技术进行高通量测序。结果显示，中街山列岛近岸海区共检测出37种鱼，隶属于10目26科36属；鱼类种数呈现夏季>冬季>秋季>春季的趋势；四季共有种仅2种，约占鱼类总种数的5.41%；只在一个季节被检测出的鱼类约占总种数的54.05%。结合NMDS分析和ANOSIM检验的结果显示，鱼类群落在不同季节间有显著差异（P<0.05），而在不同站位间无显著差异。鱼类群落的均匀度较为稳定，多样性和丰富度指数在站位间无明显变化，但在季节间表现为夏季最高、春季最低。研究表明，中街山列岛近岸海区的鱼类分布受季节影响较大，而在不同采样站位的差异不大，可能受站位较为集中的影响。本研究将为其他岛礁海域的鱼类多样性调查提供环境友好的新方法，并为渔业资源的管理和保护提供技术参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈子越 陆化杰 童玉和 唐悦 刘维 程馨 陈新军
角质颚是头足类重要的硬组织之一,被广泛用于研究类头足类渔业生物、生态学。根据我国灯光罩网渔船2016年1—3月和2017年1—3月在中国南海西沙群岛海域采集的818尾鸢乌贼样本,研究了鸢乌贼角质颚的外部形态生长特性。主成分分析表明,鸢乌贼的上头盖长(UHL)、上脊突长(UCL)、上翼长(UWL)、上侧壁长(ULWL)、下头盖长(LHL)、下脊突长(LCL)、下翼长(LWL)和下侧壁长(LLWL)可以作为鸢乌贼角质颚外形变化的特征参数。协方差分析表明:UHL、LWL与胴长的生长关系存在性别间显著性差异,其余参数均不存在显著性差异;所有外形特征参数与体质量间的生长关系均存在性别间显著性差异。AIC分析表明:除LLWL和雄性个体的UHL与胴长的关系最适合用线性方程表示外,其余均最适用指数方程表示;雌性个体所有外形参数与体质量的生长关系均最适合用对数函数表示,而雄性个体除UCL和UWL最适合用指数函数表示外,其余均最适合用线性方程表示。
[期刊] 水产学报
[作者]
史赟荣 李永振 艾红 陈国宝 卢伟华 李希国 李娜娜 于杰 董丽娜 崔科 孙冬芳
为评价南中国海西沙群岛珊瑚礁海域鱼类分类学多样性和更好地保护其鱼类,根据西沙群岛珊瑚礁海域鱼类物种组成的历史资料对西沙群岛及其16座岛礁的珊瑚礁水域鱼类物种数目、平均分类差异指数和16座岛礁的G-F多样性指数作了分析。结果显示,西沙共记录鱼类661种,隶属于25目、93科、305属。其中,永兴岛(351种),华光礁(173种),东岛(160种)记录鱼类物种数目较多。西沙鱼类平均分类差异指数(Δ+)约为60.2,各岛礁的Δ+与物种数目无关。中建岛、晋卿岛、玉琢礁等岛礁鱼类平均Δ+显著低于西沙鱼类Δ+。西沙鱼类Δ+小于陆架和河口区鱼类Δ+,说明珊瑚礁海域鱼类亲缘关系比陆架和河口区域的都要接近,此外...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
仝亚东 匡箴 刘鹏飞 梁翼东 凡迎春 徐东坡
东平湖是黄河下游重要滞洪湖泊,也是南水北调东线最后一个调蓄湖泊。为探究东平湖鱼类多样性现状及鱼类群落特征,本研究采用环境DNA (environmental DNA, eDNA)技术,与传统网具捕捞调查进行对比分析,阐述东平湖鱼类群落多样性特征,探讨环境DNA技术在东平湖鱼类多样性长期监测中的可行性。结果显示,应用环境DNA技术共检测到5目7科23属23种鱼类。进一步分析显示,Shannon-Wiener多样性指数平均值为1.04,变幅在0.21～2.36;Pielou均匀度指数平均值为0.54,变幅在0.29～0.81;Margalef丰富度指数平均值为0.75,变幅在0.13～2.09。相似性分析(analysis of similarities, ANOSIM)表明,多样性指数在湖区与河道之间没有显著差异。非度量多维尺度分析(non-metricmultidimensionalscaling,NMDS)显示,东平湖鱼类群落可划分为4个群聚结构,分别位于东平湖沿岸、湖心以及两条河道内,群聚结构总体差异显著(R<1,P<0.05)。传统网具捕捞调查共捕获4目6科21属24种鱼类,其中有18种鱼类在两种方法中均检测到。两种方法检测到的鱼类中均以鲤形目(Cypriniforms)最多。研究结果表明,环境DNA技术与传统网具捕捞两种方法调查得到的鱼类种类数相似度较高,达到62.06%。东平湖鱼类群落呈现一定空间分布特征,自柳长河、至小清河,东平湖鱼类群落总体呈现南北差异性。本研究证明环境DNA技术在东平湖渔业资源监测中具有可行性,可有效补充鱼类资源监测手段,在禁捕以及开捕时期可根据实际情况采用不同方法对东平湖渔业资源进行监测,同时也为东平湖渔业资源管理和保护提供资料支持与技术参考。
关键词：
东平湖 环境DNA 鱼类多样性 黄河
[期刊] 水产学报
[作者]
张旭 陆化杰 童玉和 唐悦 刘维 刘凯 陈新军
耳石是头足类重要的硬组织,被广泛用于研究头足类的年龄与生长、种群结构和生活史等。根据我国灯光罩网渔船2016年1—3月和2017年1—3月在中国南海西沙群岛海域调查生产期间采集的鸢乌贼样本,测量了513枚鸢乌贼耳石外部形态参数(雌性276枚、雄性237枚),结合耳石的日轮数据,对西沙群岛海域鸢乌贼耳石的微结构及其生长特性进行了研究。主成分分析显示,耳石总长(TSL)、最大宽度(MW)、侧区长(LDL)和翼区长(WL)可以作为鸢乌贼耳石外形生长的特征参数。协方差分析表明,耳石的特征参数与日龄、与胴长的生长均不存在性别间显著性差异,TSL、MW和LDL与日龄的关系均最适合用幂函数表示,与胴长的关系则均最适合用对数函数表示。TSL、MW和LDL的绝对和瞬时相对生长率均随着日龄的增加而呈现先增加、后减少的趋势,且在181～210 d分别达到峰值,因此,181～210 d可能是鸢乌贼耳石外形生长的拐点。
[期刊] 水产学报
[作者]
陆化杰 张旭 童玉和 唐悦 刘凯 刘维 陈新军
耳石是头足类重要的硬组织,被广泛用于研究头足类的年龄与生长、种群结构和生活史等。根据我国灯光罩网渔船2016年1—3月和2017年1—3月在中国南海西沙群岛海域调查生产期间采集的鸢乌贼样本,测量了513枚鸢乌贼耳石外部形态参数(雌性276枚、雄性237枚),结合耳石的日轮数据,对西沙群岛海域鸢乌贼耳石的微结构及其生长特性进行了研究。主成分分析显示,耳石总长(TSL)、最大宽度(MW)、侧区长(LDL)和翼区长(WL)可以作为鸢乌贼耳石外形生长的特征参数。协方差分析表明,耳石的特征参数与日龄、与胴长的生长均不存在性别间显著性差异,TSL、MW和LDL与日龄的关系均最适合用幂函数表示,与胴长的关系则均最适合用对数函数表示。TSL、MW和LDL的绝对和瞬时相对生长率均随着日龄的增加而呈现先增加、后减少的趋势,且在181～210 d分别达到峰值,因此,181～210 d可能是鸢乌贼耳石外形生长的拐点。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
闫东锋 朱滢 杨喜田
利用河南省宝天曼国家级自然保护区32块样地资料,通过划分不同的群落类型,利用Simpson指数(D),Shannon-Wiener指数(H)和Pielou指数(R)等3个物种多样性指数及改进的M-Godron稳定性测定方法分别对该区物种多样性和群落稳定性进行测度,研究了栎类Quercus天然林群落物种多样性和稳定性的耦合相关关系。结果表明:群落A,群落B,群落C和群落D的稳定性数值分别为0.084 6,0.239 4,0.291 7和6.456 6,除群落D处于不稳定状态,其他3个群落类型均处于稳定状态,且稳定值差别不大;所有植物Simpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielo...
[期刊] 水产学报
[作者]
徐茂真 张崇良 薛莹 徐宾铎 纪毓鹏 任一平
当前山东近海的渔业资源与生态环境面临较大压力，对海洋中的生物多样性水平有着较大影响。为探究山东近海生物多样性的空间分布特征及影响多样性水平的环境因子，本研究基于2017年冬季在山东近海进行的渔业资源和环境调查数据，分析了整体与山东近海3个不同海域的物种数、辛普森多样性（Simpson’s index of diversity）、香农·威纳多样性指数（Shannon-Wiener index of diversity）、皮尔洛均匀度（Pielou Evenness Index）等物种多样性指数的空间分布，利用随机森林算法（random forest）评估了多样性指数与环境因子所构建模型的拟合优度并且探究两者间的依存关系，研究将山东近海分三个区域并将分区作为空间因子加入到算法模型中。结果显示，山东近海的多样性水平空间分布上呈现半岛南部海域高于北方的烟威渔场及其临近海域、莱州湾渔场的趋势。物种数的模型拟合效果较好，方差解释率达到77.46%，而对均匀度指数的拟合效果较差。无论整体海域的模型还是分区模型，海底温度、海底盐度以及海水深度三种环境因子都是对多样性指数最为显著的影响因子，其中水深与海底温度在一定区间内与各个多样性指数间都存在显著正相关性；物种数随海底盐度的升高而升高，两种多样性指数随盐度变化不明显，而离岸距离与均匀度指数呈负相关关系。本研究系统分析了山东近海生态系统的多样性水平，对海洋生态系统长期监测和针对性的海洋管理提供了基础数据支持。
关键词：
物种多样性 空间分布 随机森林 山东近海
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
范得芳 王得祥 柴宗政 胡有宁 保积存 王涛
【目的】探讨秦岭锐齿栎群落物种分布及多样性与环境因子间的关系，并确定关键影响因子。【方法】在秦岭南坡火地塘林区锐齿栎群落中共设置典型样地３０个，分乔、灌、草３层进行群落学调查，通过计测样地物种重要值、Ｓｈａｎｎｏｎ－Ｗｉｅｎｅｒ物种多样性指数以及海拔、坡度、坡向、坡位、土壤全氮、全磷、全钾、有机质、ｐｈ、含水量和土层厚度１１个环境因子，采用冗余分析（ｒＤａ）探讨锐齿栎群落物种分布与各环境因子间的关系，偏ｒＤａ法分析各个环境因子对物种分布的总效应和净效应，用通径分析法探析环境因子对物种多样性的影响。【结果】（１）坡度、土壤全磷和全氮含量对物种分布的净效应达显著水平（ｐ＜０．０５），且影响强度为坡．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
杨洪晓 卢琦 吴波 罗天祥 杨恒华
以 195 8年以来青海省沙珠玉治沙站流沙治理实验为基础 ,研究了高寒沙区植被人工修复过程中种子植物物种多样性变化的规律。结果表明 :人工治理初期沙地植物群落的物种丰富度、Shannon_Wiener指数和Pielou均匀度指数不断增大 ,并逐渐达到最大值 ;但是随着恢复的继续进行 ,赖草会逐渐占据优势 ,上述三项指数降低。设置人工沙障后削弱了沙丘表面风沙活动对植物定居的不良影响 ,促进植物物种顺利定居并启动植被的恢复重建。
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