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[期刊] 西南农业学报
[作者]
曾黎琼 张伟 段玉云 李援亚 程在全 黄兴奇
通过GenBank搜索已发布的花序发育基因序列,设计特异性的引物,采用PCR法扩增,获得了50个相应的基因片段,利用这些基因片段制备基因芯片。应用此芯片与已标记的非洲菊cDNA杂交,比较分析了同一基因在非洲菊不同发育时期的表达情况和同一基因在不同肥料条件下的表达情况。选取基因NM118013、AJ009726和AJ554702分别进行了RT-PCR验证,结果与芯片检测一致。本研究揭示了非洲菊花序基因时空和营养因子作用下的表达规律,有助于了解非洲菊花序的生长发育机理,进而指导非洲菊的遗传育种。
关键词：
基因芯片 非洲菊 花序发育基因
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
雷东阳 旷浩源 陈立云
极端温度、干旱和高盐等逆境胁迫影响作物的正常生长,会导致作物大幅度减产。分子遗传和基因组学研究表明,大量基因受到逆境胁迫的诱导,包含转录因子在内的许多信号因子参与了逆境响应。基因芯片能够进行整个基因组范围的基因表达分析,利用基因表达谱分析,结合代谢组学和蛋白组学研究,已在阐明植物抗逆机制和发掘植物逆境胁迫响应相关基因方面取得重要进展。综述利用基因芯片对植物在极端温度、干旱和高盐等非生物逆境胁迫下基因表达的研究进展。
关键词：
植物 逆境胁迫 基因芯片 基因表达
[期刊] 林业科学
[作者]
蒋瑶 戚晓利 唐芳 赵树堂 陈军 卢孟柱
顶端分生组织的分化影响茎及根的生长,从而形成具有不同形态的植株,拟南芥因其在适当条件下与木本植物分生组织分化以及次生生长的共性而被运用到研究当中。花异常株系(AFDL)由于AP1表达的显著降低导致分枝增多。用拟南芥基因芯片对AFDL的幼苗进行基因表达分析,结果显示在临近抽薹期,AFDL与野生型相比有111个变化倍数大于2且P<0.01的基因;其中大部分参与对外界环境及内源刺激的感知和应答,表明AP1下降可能是由于植株对内外环境刺激的过度反应所导致。从基因芯片中挑选出表达量变化显著的2个基因,分别构建相应的植物表达载体并转化拟南芥,其中AT1G56300基因的超表达植株及AT1G65490基因的...
关键词：
基因芯片 融合茎 植物形态建成 拟南芥
[期刊] 林业科学
[作者]
杨海峰 王敏杰 赵树堂 唐芳 卢孟柱
木材形成是木本植物特有的生物学过程,拟南芥在适当的诱导条件下也能形成类似"木材"的维管组织,因而可以借助拟南芥丰富的基因资源研究木材形成的分子机制。利用前期建立的毛白杨次生维管系统再生实验体系,通过拟南芥表达谱芯片分析再生过程中的基因表达变化,获得149个差异表达基因。选择其中转录因子等调控基因及功能未知基因共89个基因的总计151个拟南芥突变体,经次生诱导培养发现,20个突变体的发芽率或成活率降低,10个突变体表型变化明显,出现维管系统次生生长发育受到抑制、生长速度减慢等,推测这些基因参与调控拟南芥的次生生长。将木本植物与草本植物的研究体系相结合,利用拟南芥次生生长诱导体系研究木材发育相关基...
关键词：
木材发育 拟南芥 突变体 次生生长 基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵国红 王晟 贾银华 孙君灵 王杰 杜雄明
【目的】筛选亚洲棉短绒分化发育相关基因。【方法】利用cDNA芯片技术在棉纤维发育前期开花前3天(-3DPA)、开花当天(0DPA)、开花后3天(+3DPA)、5天(+5DPA)、7天(+7DPA)筛选野生型DPL971与其短绒突变体DPL972的差异基因。通过与模式植物拟南芥数据库相结合,找到与棉纤维起始发育相关基因,并通过RT-PCR和Real-TimePCR(QRT-PCR)验证部分侯选基因。【结果】筛选出与亚洲棉纤维起始分化发育相关基因8个,其中相对应的与拟南芥同源性较高的蛋白有7个,分别为KAK(DR461366)、MYB5(ES812048)、TTG1(ES811600)、MYB23...
关键词：
亚洲棉 cDNA芯片 棉纤维 光籽
[期刊] 林业科学研究
[作者]
暴帅 孔雪 邢磊 张翠霞 官民晓 赵丽红 刘闯 刘雪梅
白桦雄花发育周期较长,从出现雄花序至花粉成熟经历近一年,其发育早期和中期是决定雄配子体发育的重要时期。采用cDNA-AFLP方法对白桦早期和中期发育雄花序进行了差异表达谱分析,共得到了62个TDFs,其中30个TDFs与Genbank中的基因具有较高的同源性,其它32个是未知序列。GO分析结果显示,这些已知基因主要参与代谢过程、细胞过程、刺激应答、生殖、信号传导和生物调控等生物学过程,其分子功能主要涉及催化活性、结合分子功能、酶调节活性和转运活性等;发现了参与生殖和雄花发育的两个重要TDFs,Bplbs658和Bplbs199。另外,选择11个TDFs进行不同组织的qRT-PCR转录表达分析,...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙丽静 张玮 纪军 李辉 李俊明
利用Affymetrix小麦基因芯片技术,比较了高产氮高效小麦品种科农9204和对照京411在不同发育时期和不同组织器官的基因表达谱。结果表明,孕穗期根中,2个品种中差异表达的基因共有2 955个,其中科农9204中表达量高于京411的基因为1 201个,科农9204中表达量低于京411的基因为1 754个。孕穗期旗叶中,2个品种中差异表达的基因共有2 738个,其中科农9204中表达量高于京411的基因为1 323个,科农9204中表达量低于京411的基因为1 415个。花后10 d旗叶中,2个品种中差异表达的基因共有2 294个,其中科农9204中表达量高于京411的基因为839个,科农9...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵宝存 赵芊 葛荣朝 沈银柱 黄占景
【目的】研究小麦在不同盐胁迫时间下根部基因的应答反应。【方法】利用基因芯片技术,分析盐胁迫下耐盐小麦RH8706-49的小麦根部基因的表达情况。【结果】获得了61215个小麦基因的差异表达图谱。在不同盐胁迫时间下大量根部基因的表达发生很大变化,即有盐诱导表达的基因,也有盐抑制表达的基因,同时对杂交数据进行多种聚类分析,并对基因表达差异的原因进行了初步分析。【结论】小麦耐盐机理非常复杂,是大量基因协调表达的结果,其中盐诱导表达基因的作用非常重要。
[期刊] 林业科学
[作者]
钮世辉 袁虎威 陈晓阳 李伟
生殖调控是针叶树种遗传改良与良种生产过程中的重要环节,已经有许多实践经验积累,然而对其中雌雄球花发育及调控的分子生物学基础研究仍相当匮乏。以油松多个体多组织样本均一化cDNA文库为材料,通过转录组测序,获得46 584个油松单基因簇;基于这些基因信息,设计并定制油松表达谱芯片;通过对雌雄球花基因表达芯片分析,筛选到2 460个在球花发育后期显著差异表达的基因,其中1 309个在雄球花优势表达,1 151个在雌球花优势表达。分别从雄球花与雌球花优势表达的基因中各挑选1个表达水平差异超过800倍的基因,由于其功能未知,分别命名为MCE1(Male Cone Expressed 1)与FCE1(Fe...
[期刊] 林业科学
[作者]
胡玉玲 姚小华 任华东 王开良 林萍
通过对油茶成花过程的转录组测序及其成花相关基因的表达分析,结果表明:转录组测序总共获得28 448 847个reads,5 742 023 480 bp数据量,GC含量为46.52%;拼接成大于200 bp以上的Unigenes有94 476条,N50长度为806 bp,其中1 kbp以上的Unigenes共12 643条,占Unigene总数的13.38%;Unigenes在各数据库中功能注释数目,在COG中有9 095条,在GO中有27 201条,在KEGG中有6 431条,在Swissprot中有24 534条,在TrEMBL中有36 393条,在Nr中有36 400条,在Nt中有30 ...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈聪 宋江波 孟刚 童晓玲 代方银 鲁成
【目的】鉴于sirtuin家族基因重要而多样性的功能,从家蚕全基因组中鉴定sirtuin家族基因,并进行基因结构、蛋白结构及其理化性质、基因进化、组织表达芯片分析及在不同组织中的定量表达情况分析,为研究家蚕sirtuin家族基因的功能和推动家蚕模式生物系统化的研究奠定基础。【方法】基于家蚕基因组数据库,通过生物信息学手段,利用比较基因组学方法,鉴定家蚕sirtuin家族成员;开放阅读框(ORF)的预测用ORFfinder进行;使用SIM4进行ORF的内含子和外显子的预测;用GSDS和ExPaSy在线工具分别进行基因结构图和蛋白序列理化性质的预测;用CLUSTAL_X软件进行多序列联配及对其二级...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈建省 陈广凤 李青芳 张晗 师翠兰 孙彩铃 邓志英 刘凯 谷植群 田纪春
【目的】小麦遗传图谱是进行小麦染色体分析和研究表型变异的遗传基础。通过利用传统分子标记和现代基因芯片技术相结合,构建高密度遗传图谱,重点开展主要产量主要构成要素——粒重的初级基因定位,确定影响粒重的主效QTL位点,为开发粒重CAPS分子标记及在分子标记辅助育种提供依据和指导,并为利用小麦粒重次级群体进行精细定位和基因挖掘奠定基础。【方法】利用90 K小麦SNP基因芯片、DArt芯片技术及传统的分子标记技术,以包含173个家系的RIL群体(F9:10重组自交系)为材料,构建高密度遗传图谱,并利用QTL network2.0进行了3年共4环境粒重QTL分析。【结果】构建了覆盖小麦21条染色体的高密...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吕素慧 郗琳 聂静 温超 袁存权 马男 赵梁军
以切花菊‘神马’（Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ‘Ｊｉｎｂａ’）为材料，利用ｒａＣｅ技术与同源克隆方法获得菊花ＣｍＰｉｎ１基因全长，通过ｑｒｔ－ＰＣｒ技术比较ＣｍＰｉｎ１在不同组织器官的表达，同时对ＣｍＰｉｎ１响应外施ｎａａ和去顶进行研究。结果表明：１）ＣｍＰｉｎ１基因ｏｒｆ全长１ ７６１ｂＰ，编码５８６个氨基酸，跨膜域位于蛋白ｎ端与Ｃ端；通过蛋白序列比对分析，菊花ＣｍＰｉｎ１蛋白与百日草ＺｖＰｉｎ１蛋白相似性最高；亚细胞定位结果显示ＣｍＰｉｎ１位于细胞膜；２）对ＣｍＰｉｎ１表达分析表明，该基因在菊花茎部与芽部具有相对较高的表达量，同时，在离体茎段中的ＣｍＰｉｎ１受到生长素诱．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李鹏飞 孟金柱 景炅婕 毕锡麟 王锴 朱芷葳 吕丽华
【目的】通过不同生理状态牛卵泡高通量测序筛选与卵泡发育相关的基因。【方法】母牛同期发情后,B超声波连续监测并适时采集第一卵泡波出现偏差前的最大卵泡(the largest follicle at predeviation,PDF1)和第二大卵泡(the second largest follicle at predeviation,PDF2),构建RNA文库后Illumina平台测序,经数据库比对,设定参数筛选高表达基因、差异表达基因并进行GO分析,Genecards基因功能查询进一步筛选与卵泡发育直接相关的调控基因,q RT-PCR对筛选的基因进行表达量验证分析。【结果】两个转录本中共获得263个差异表达基因;GO功能聚类分析共分为三大类90组:其中生物学过程占64.4%,细胞组分占17.8%,分子功能占17.8%;获得一些重要的功能富集通路,如调控信号转导和细胞因子应答的生物途径;基因表达量分析筛选出10个高表达的上调和下调基因,获得参与雌激素合成和胎儿性别发育的CYP17A1、参与类固醇激素合成的LOC785462、细胞发育过程中调节细胞凋亡的DACH1以及调节ERK和MEK1/2信号通路的MAP3K3。Genecards功能查询共获得6个基因与卵泡发育关系较为密切,其中上调基因分别为PRSS35,PTGRF,ARID4B,GPR116;下调基因为APOA1和CPXM1;q RT-PCR结果显示,PRSS35和ARID4B在DF中的表达量显著高于SF(P<0.05),CPXM1在SF中的表达量极显著高于DF(P0.05),但其表达变化趋势与高通量测序结果相一致。【结论】转录组测序结果真实可靠,PRSS35和ARID4B在卵泡发育过程中发挥正调控作用,CPXM1在卵泡发育过程中发挥负调控作用,获得的牛卵泡发育相关基因和重要调节途径,对后期深入探讨卵泡发育调控机理的研究具有重要意义。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李麟坤 梁重钧 宁楚龙 张薇 姜国维 张鑫 王利兵
[目的]验证ACT基因是否适用于文冠果种子发育的相关基因表达分析，并筛选出在文冠果基因表达分析中最稳定的内参基因。[方法]本研究采用了4种数学算法（ΔCT、BestKeeper、NormFinder、geNorm）评估12个候选内参基因的表达稳定性，并利用在线工具RefFinder综合评价。[结果]在文冠果不同发育时期种子内参基因综合评分排名为PP2A>Tip41> EF-1α>18r>UCE>β-TUB>UBQ>α-TUB>CYP>SAM>ACT>GADPH；在文冠果不同组织内参基因综合评分排名为PP2A>Tip41>CYP>18r>UBQ>SAM>EF-1α>UCE>GADPH>α-TUB>ACT>β-TUB。[结论] PP2A和Tip41基因是文冠果基因表达分析最稳定的内参基因。
关键词：
文冠果 内参基因 基因表达 种子发育
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