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[期刊] 海洋渔业
[作者]
李月月 田晓清 韩清华 樊成奇 马丽艳 陆亚男
为揭示产腹泻性贝类毒素(diarrheic shellfish poisoning, DSP)典型赤潮甲藻-利玛原甲藻(Prorocentrum lima)PL11的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了PL11的共附生菌群种类及相对丰度,并且对其可培养共附生菌株进行了选择性分离及其16S rRNA基因序列扩增与系统发育的分析。利玛原甲藻PL11高通量测序结果显示:样品共附生细菌包括5门,14纲,26目,38科及54属。其中优势门(>5%)为3个,包括变形菌门(Proteobacteria,75.5%)、拟杆菌门(Bacteriodetes,11.5%)以及浮霉菌门(Planctomycetex,8.5%);优势纲(>5%)为4个,包括α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,51.7%)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria,31.8%)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria,9.9%)以及OM190纲(8.9%);优势属(>5%)为6个,侏囊菌科下未知属(norank Nannocystaceae,21.8%)、Pyruvatibacte属(11.6%)、Phaeodactylibacter属(9.4%)、生丝单胞菌科下未知属(norank Hyphomonadaceae,8.5%)、OM190纲下未知属(8.1%)以及Roseovarius属(7.9%)。从利玛原甲藻PL11培养物中分离获得可培养微生物菌株9株,分属于8个属,包括Ochrobactrum sp.(2株)及Microbacterium sp.、Algoriphagus sp.、Ponticoccus sp.、Hoeflea sp.、Labrenzia sp.、Sphingopyxis sp.、Erythrobacter sp.各1株。其中PL11-1为Ponticoccus属潜在新种。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
唐莹莹 乔玉宝 蒋志伟 张静 张若男 田晓清 马丽艳 张晓玲 陆亚男 樊成奇 杨桥
有害赤潮(harmful algal bloom,HABs)是全球性的严重海洋生态灾害及重大环境热点问题,其产生的赤潮毒素经食物链传递严重威胁人类健康与生命安全。其中,麻痹性贝类毒素(paralytic shellfish poison,PSP)是已知贝类毒素中分布最广、毒性最强、对人类威胁最严重的贝毒,但PSP来源问题仍悬而未决。藻菌相互作用关系是揭示PSP产生机制的关键,为揭示产PSP典型赤潮甲藻——东海链状亚历山大藻(Alexandrium catenella LZ1706)的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了LZ1706的共附生菌群种类及相对丰度,同时对其可培养共附生菌株进行了选择性分离及其16S rRNA基因序列扩增与系统发育分析。结果表明,链状亚历山大藻(LZ1706)共附生菌群包括6门,10纲,19目,25科及34属。其中优势门4个,包括变形菌门(Proteobacteria,53. 9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,27. 5%)、蓝藻门(Cyanobacteria,16. 8%)及螺旋菌门(Spirochaetae,1. 5%);优势属5个,包括Cryomorphaceae科未知属(22. 9%)、Cyanobacteria纲未知属(16. 8%)、红细菌科(Rhodobacteraceae)未知属(7. 9%)、糖螺菌属(Saccharospirillum,14. 7%)及Maricaulis属(5. 6%),其未知属种群比例高达50. 6%。分离获得的12株可培养菌株中LZ-27及LZ-7分别为Ponticoccus属与Pseudooceanicola属潜在的新种。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘欢 俞勇 廖丽 刘双 陈波
研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘巧红 苑丽东 田晓清 马丽艳 周宏农 樊成奇 杨宪时 杨桥 张晓玲
产毒赤潮藻与其共生菌的互作关系是揭示麻痹性贝毒（ＰＳＰ）产生机制的关键，而其共培养菌群的分离及其多样性解析是开展此研究的必要前提。塔玛亚历山大藻（ＡｌｅｘＡｎｄｒｉｕｍ ｔＡｍＡｒｅｎＳｅ）是典型产ＰＳＰ赤潮原因甲藻，为揭示其共培养菌群的物种多样性信息，本文通过免培养海洋微生物高通量测序技术，解析了东海塔玛亚历山大藻（Ａｔ３＃）共培养菌群的种类、丰度及多样性信息。结果表明，其共培养菌群共有８７个种与已有数据库匹配，此外尚有５％的未知种。其包含５７个属，其中优势菌属５个，分别为ｒｈｏｄｏｂＡｃｔｅｒＡｃｅＡｅ、ｍＡｒｉｎｏｂＡｃｔｅｒ、ｍｅｔｈｙｌｏＰｈＡｇＡ、ｎｉｔｒＡｔｉｒｅｄｕｃｔｏｒ及Ｐ．．．
[期刊] 海洋渔业
[作者]
杨珍珠 赵明 迟海 何建国 郭长军 何建 马凌波
为研究南极大磷虾(Euphausia superba)中共附生微生物的功能性,并探讨南极大磷虾与其相关微生物的相互作用关系,采用宏基因组测序技术分析了南极大磷虾中共附生微生物的物种多样性,同时采用细菌纯培养技术获得可培养菌株,对菌株进行了抑菌活性、耐氟化钠特性分析。宏基因组测序结果表明,在南极大磷虾眼柄、尾部和肠道中,变形菌门(Proteobacteria)的群落相对丰度最高,分别占各组织细菌总量的41.4%、35.8%、59.5%;在南极大磷虾胃部,厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度最高,占细菌总量的32.2%。微生物多样性分析表明,南极大磷虾眼柄和尾部的微生物多样性和丰度高于胃部和肠道组织,肠道和胃部的微生物组成差异较大。采用细菌纯培养技术共获得60株细菌,其中有一株细菌对革兰氏阳性菌[单增李斯特菌LFM2813(Listeria monocytogenes LFM2813)、金黄色葡萄球菌LFM3263(Staphylococcus aureus LFM3263)、蜡样芽孢杆菌LFM2805(Bacillus cereus LFM2805)]有抑菌活性,并鉴定为马胃葡萄球菌(Staphylococcus equorum NJ2),该细菌的抑菌产物具有耐高温和蛋白酶处理后失活的细菌素基本特征;同时,可培养细菌的最大氟化钠耐受浓度为1%,且耐受菌株占比为10%。研究初步揭示了南极大磷虾不同组织的微生物多样性和相对丰度,并探讨了微生物对宿主的防御功能,可为进一步开发利用南极大磷虾资源提供参考。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张若男 田晓清 陆亚男 樊成奇 张静 杨桥 张晓玲
藻菌关系是揭示赤潮生消与防控、赤潮毒素产生机制的关键,而产毒甲藻共附生菌群多样性及可培养菌株的获得是解析藻菌关系的前提。微小亚历山大藻(Alexandrium minutum)是全球性典型赤潮甲藻,其产生的麻痹性贝类毒素(PSP)危害巨大,但目前对其共附生菌群尚缺乏系统性研究。通过高通量测序首次解析了产毒微小亚历山大藻amtk-4共附生菌群的物种种类及相对丰度信息;分离获得可培养菌株并对筛选获得的产毒细菌新种Z1-D的毒素合成基因sxt A1进行了基因进化分析,结果表明,amtk-4共附生菌群包括85个OTU,其中包括10门、20纲、40目、59科及87属。其6个优势属包括Phycisphaeraceae科未知属(11. 8%)、Muricauda属(10. 3%)、腐螺旋菌科未鉴定属(9. 1%)、Hyphomonadaceae科未鉴定属(8. 9%)、Haliea属(5. 7%)及红细菌科未鉴定属(5. 1%)。amtk-4共附生菌群中未鉴定属比例高达53. 4%。藻生长稳定期所分离获得的可培养细菌数量及种类最多。5株细菌中菌株Z1-D及Z1-4经分子鉴定分别为亚硫酸杆菌属(Sulfitobacter)及Mesorhizobium属新种。其中Z1-D发酵代谢产物含微量石房蛤毒素(STX),其基因片段orf-01498与蓝藻sxt A1基因高度同源,与产毒蓝藻间可能存在着基因共同进化。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
乔玉宝 田晓清 唐莹莹 樊成奇 马丽艳 陆亚男
在前期研究发现星座短腹海鞘(Aplidium constellatum)脂溶性提取物具有降血脂功效的基础上,为深入了解该海鞘的生物学背景,开展了其共附生微生物的多样性研究,为进一步从该海鞘及相关共附生微生物中发现可能存在的降血脂活性次生代谢产物奠定基础。通过Illumina Mi Seq高通量测序技术,分析了星座短腹海鞘样品中共附生微生物的物种多样性和物种丰度信息。测序共获得37 911条序列,310个OTU;稀释曲线表明测序深度足够;多样性指数Simpson值为0.373,Shannon值为2.494。样品共附生细菌分属于24个门,优势门有变形菌门(Proteobacteria,78.86%)、放线菌门(Actinobacteria,6.01%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,4.67%)、蓝藻门(Cyanobacteria,2.62%)、厚壁菌门(Firmicutes,1.79%)、柔膜菌门(Tenericutes,1.76%)、螺旋菌门(Spirochaetae,1.33%);分属于197个属,优势属有Ruegeria(60.83%)、SAR116_clade科下未知属(3.27%)、Rhodococcus(2.40%)、Cyanobacteria纲下未知属(2.26%)、Candidatus_Hepatoplasma(1.76%)、Pe M15目下未知属(1.61%)、Spirochaetaceae科下未分类属(1.33%)等10个。通过纯培养技术共分离获得15株可培养共附生菌,分属于8个属,分别为弧菌属Vibrio(7株)、希瓦氏菌属Shewanella(2株),以及Pseudomonas、Pseudovibrio、Thalassobius、Exiguobacterium、Flavobacterium、Thalassospira属各一株。本研究首次为星座短腹海鞘提供了准确的共附生微生物背景数据,为进一步开展活性次生代谢产物研究提供了丰富的微生物菌株材料;同时研究还提示该海鞘有水产病原菌感染,在开发利用过程中应格外关注水产病原菌的安全风险防控。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李峰 黄雪颖 姚坤志 何林文
为了解条斑紫菜叶状体和丝状体附生菌群的组成及差异，本研究利用16S rDNA高通量测序技术对条斑紫菜叶状体和丝状体附生菌群进行检测和分析。结果表明，叶状体和丝状体附生菌群丰度最高的门为蓝细菌门、其次为变形菌门，门水平组成相似但丰度存在差异，科和属水平的组成有较大差异。叶状体和丝状体菌群丰度差异分析采用t检验。在叶状体附生菌群中，生丝单胞菌科及其包含的Algimonas属、根瘤菌科及其包含的黏着杆菌属和黄杆菌科等菌群丰度显著高于丝状体（P＜0.05）；在丝状体附生菌群中，Microtrichaceae科及其包含的Sva0996＿marine＿group属、腐螺旋菌科及其包含的赖文氏菌属和Gemmataceae科等菌群丰度显著高于叶状体（P＜0.05）。叶状体和丝状体附生菌群中均鉴定出红杆菌科与黄杆菌科等有益菌，有利于条斑紫菜的生长发育。但也存在低丰度的Alteromonas属、Kordiimona属和Loktanella属等“机会主义”致病菌，当环境改变时藻体存在患病风险。本研究揭示了条斑紫菜叶状体和丝状体附生菌群的组成和差异，讨论了附生菌群对条斑紫菜潜在的功能作用，为藻菌相互作用以及紫菜附生菌群研究提供了参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李爱峰 韩刚 于仁成
近年来,欧洲沿海地区频繁出现一种新毒素Azaspiracid(AZA)导致的中毒事件,给水产品质量安全工作带来了新的挑战。目前对这类新型毒素的毒性及致毒机理还不清楚,缺少相应的贝类毒素检测方法。为此,本文对有关AZA毒素的来源、理化性质、毒性、致毒机理、检测方法等内容进行了综述,并建议中国开展相关的研究工作,以期帮助人们认识这一新型毒素,为进一步开展相关研究提供参考依据。
关键词：
原多甲藻酸 原多甲藻 贝类毒素
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
董辉 张泽华 高松 农向群 丛斌
绿僵菌治蝗是一项低耗、无公害、可持续的生物治理蝗害措施,对保护草原生态系统生物多样性具有重要意义。通过对内蒙古锡林郭勒盟草原蝗虫不同防治区昆虫群落的组成和结构多样性调查与研究,揭示了化学农药对生物多样性的负面影响;评价了绿僵菌制剂在保护和调节生物多样性方面的作用;明确了目前的主要优势种害虫和可能上升为主要害虫的次要害虫,对建立草原蝗虫的综合治理和其他害虫控制提供参考依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
宣淮翔 安树青 孙庆业 刘梅
采用限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)方法,研究了巢湖西半湖北岸湖滨带蓝藻堆积处不同深度层次的细菌多样性。利用直接法提取了蓝藻堆积处3个不同深度层次样品(A层0～2 cm、B层2～10 cm、C层10～20 cm)中的细菌总DNA,并进一步构建各层细菌的16S rDNA克隆文库。结果表明,蓝藻堆积处各层细菌的Margalef丰富度指数(dMa)、Shannon-Wiener指数(H)和Simpson指数(D)均伴随深度的增加而减小。系统发育树分析显示,各层的细菌优势类群主要归属于厚壁菌门(Firmicutes)和变...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
侯建军 黄辉 雷红灵 赖红艳 黄邦钦
对近年来发生在厦门海域的裸甲藻(Gymnodinuum)和原甲藻(Prorocentrum)赤潮的发生情况进行了监测分析,采用了采样、分离、单种培养、显微镜和扫描电镜观察r、DNA序列分析等系列监测、分离培养和赤潮生物鉴定技术,重点观察并确证了厦门海域存在的赤潮原因种为微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、Takayama pulchellum、无纹环沟藻(Gyrodinium instriatum)。光学显微镜观察表明,赤潮发生海域存在着许多原甲藻和裸甲藻种类,但不能进一步确认到种。利用电子显微镜观察,可根据微小原甲藻体表规则的花纹等特征,根据Takayama pulche...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
沈瑞清 商鸿生 查仙芳 南宁丽 王宽仓
为了进一步了解菌物物种的多样性,为植物病害防治及合理利用菌物提供科学依据,2003~2006年,通过实地考察、标本采集和鉴定,对宁夏回族自治区菌物物种多样性进行了系统研究。结果表明,宁夏回族自治区境内共有菌物6门、15纲和亚纲、38目、92科、241属、862种,其中中国新记录属4个,中国新纪录种19个,宁夏新纪录种74个,中国寄主新纪录种18个,种类最多的门、纲、目、科、属依次是担子菌门、担子菌纲、伞菌目、淡色孢科、柄锈菌属,种类分布最多的地区是银川市。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
乔玉宝 樊成奇 唐莹莹 田晓清
分别对采集自防城港白龙的皱瘤海鞘(Styela plicata)和北海南汅的冠瘤海鞘(Styela canopus)样品的共附生真菌Purpureocillium sp. FBZ-1和Penicillium sp. BNG-1进行研究。通过显微镜观察鉴定其形态,并通过分析生物学特征鉴定其种属。通过对两种真菌的次级代谢产物进行分离和结构鉴定,共分离鉴定28个小分子化合物,从中未发现新的化合物,主要的化合物类型是芳香胺类、生物碱类和二酮哌嗪类,分别为:lumichrome、 1,2,3,4-四氢-β-咔啉-3-羧酸、β-咔啉、环(异亮氨酸-脯氨酸)、环(亮氨酸-羟基脯氨酸)、环(色氨酸-缬氨酸)、环(亮氨酸-脯氨酸)、环(苯丙氨酸-脯氨酸)、环(异亮氨酸-丙氨酸)、环(色氨酸-亮氨酸)、苯乙胺、N-乙酰苯乙胺、吲哚乙胺、N-甲基色胺、N-(4-羟基)丁酰苯乙胺、对羟基苯乙胺、 5,7,4-三羟基异黄酮、 7,4-二羟基异黄酮、 5,7,3,4-三羟基异黄酮、邻苯二甲酸异辛酯、 2,4-N,N-dimethyl-lumichrome、 3,4-二氢-3-甲基-β-咔啉-1-酮、色氨酸、 2-羟基-3-吲哚丙酸、环(缬氨酸-脯氨酸)、环(亮氨酸-丙氨酸)、环(苯丙氨酸-5-甲基-3,4-脱氢脯氨酸)、环(色氨酸-天冬酰胺)。研究结果对利用我国丰富的海鞘及其共附生微生物资源并研究其次级代谢产物结构多样性,发现其中可能含有的结构新颖的化学物质以开发抗菌、抗病毒及抗肿瘤新药,具有十分重要的理论意义和潜在的应用价值。
关键词：
海鞘共附生微生物 次级代谢产物 分离鉴定
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张梦雪 李欢欢 邵峰 李宏基 吴文惠 孙鹏
海绵共附生放线菌是活性次级代谢产物的重要来源,对海绵共附生放线菌Streptomyces parvulus MA1076进行菌株鉴定和化学成分分析。通过16S rDNA序列分析、构建系统发育树进行菌株鉴定;利用硅胶柱色谱、Sephadex LH-20凝胶柱色谱以及半制备高效液相色谱等技术对其发酵产物进行分离和纯化,通过核磁共振、高分辨质谱等方法,并结合文献数据对化合物进行结构鉴定。从放线菌Streptomyces parvulus MA1076中分离鉴定出6个化合物,分别为放线菌素D(化合物1)、胡萝卜苷(化合物2)、环-((S)-脯氨酸-(R)-亮氨酸)(化合物3)、胸腺嘧啶核苷(化合物4)、3′-氧-乙酰胸腺嘧啶核苷(化合物5)和3-羧基吲哚(化合物6)。化合物2～6为首次从该种属放线菌中分离得到。活性筛选结果显示,化合物1对两株胰腺癌细胞系有明显的增殖抑制活性,研究结果丰富了海绵共附生放线菌次级代谢产物的结构多样性,可为开发利用海洋微生物资源提供参考。
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