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[期刊] 中国水产科学
[作者]
杜富宽 聂志娟 徐钢春 徐跑 顾若波
运用同源克隆的方法和RACE技术,从刀鲚(Coilia nasus)肌肉组织中克隆了肌肉生成抑制素基因(Myostatin,MSTN)的cDNA全长并分析了肌肉生长抑制素基因在刀鲚不同组织的表达情况。结果表明,刀鲚MSTN基因的cDNA全长2 252 bp,编码区1 125 bp,编码374氨基酸。二级结构预测显示,刀鲚MSTN具有MSTN家族的典型结构域,包含Pfam和TGFB结构域。运用荧光定量的方法检测了该基因在刀鲚不同组织中的表达。结果显示,MSTN基因在健康刀鲚肌肉和脑中呈高表达,鳃、肝、脾、肠、肾和头肾中微量表达。根据以上研究结果认为,刀鲚MSTN基因的序列具有高度保守性,组织表达...
关键词：
刀鲚 MSTN基因 克隆 组织表达
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨扬 许炎坤 舒琥 李强 蓝召军 刘丽
采用同源克隆、生物信息学方法及荧光定量PCR(Real-time PCR)对缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因进行克隆,分析和组织表达状况研究。结果显示:缩骨鲫基因组MSTN基因全长4 737 bp,含有两个内含子和三个外显子;编码区长度为1 128 bp,编码375个氨基酸,包括信号肽(1aa23aa),TGF-β前肽保守区域(34aa256aa),TGF-β功能区(281aa375aa),保守的RXXR蛋白酶酶切位点以及C
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘恩秀 朱仙珍 李云 吴荣华 英士娟 杨帆 胡鑫 郭鹤
运用同源克隆的方法获得岩原鲤(Procypris rabaudi(Tchang))肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)c DNA全长序列,并通过逆转录PCR(RT-PCR)检测MSTN基因的组织差异性表达以及饥饿胁迫对MSTN基因表达的影响。结果显示,岩原鲤MSTN基因1 547 bp的c DNA序列,编码区为1 128 bp,编码375个氨基酸。PCR检测显示,该基因在肌肉和脑组织中大量表达,在眼、肠、心、鳃、肾和头肾组织中少量表达,在肝胰脏、脾脏组织中未见表达。饥饿再投喂实验表明肌肉组织中MSTN基因表达含量随着饥饿时间的延长逐渐升高,恢复投喂后3d表达含量急剧下降,投饵后6 d升至正常水平。结果表明,MSTN的表达对营养摄入敏感,在饥饿状态下岩原鲤通过上调MSTM表达来抑制肌肉生长,节约能量消耗。
[期刊] 水产学报
[作者]
王聪 朱国利 唐文乔 刘东 杨金权
嗅觉是鱼类感知周围环境的重要工具，可能参与生殖洄游的过程。嗅觉由嗅觉受体（ｏｌｆａｃｔｏｒｙ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）基因所编码的受体蛋白识别气味分子所引发，主嗅觉受体（Ｍｏｒ）基因是数量最大的一类嗅觉基因，可识别水溶性气味分子。为了弄清刀鲚定居型与洄游型种群的主嗅觉基因差异，本研究通过ｒａｃｅ技术获得了洄游型刀鲚Ｍｏｒ－２ａＫ２基因，其开放阅读框长度９７２ ｂｐ，为单外显子结构，可编码３２３个氨基酸残基。预测表明，Ｍｏｒ－２ａＫ２基因所编码的蛋白为７个疏水性的α－螺旋跨膜结构，属于Ｇ－蛋白偶联受体。对１０种组织所作的定量分析表明，Ｍｏｒ–２ａＫ２基因在嗅囊和性腺中的表达量远远高于其他组织器官，并且．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
郁建锋 张营 王星果 徐建荣 卢祥云 李建林 顾志良
以鳡肌肉总RNA为模板,采用RT-PCR和RACE的方法,获得了鳡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的3个重叠片段,测序后拼接得到2177bp全长cDNA序列,其包含了5′端非翻译区的89个核苷酸和3′端非翻译区1052个核苷酸以及1125个核苷酸的开放性阅读框,翻译编码375个氨基酸,其中前22个氨基酸为鳡MSTN的信号肽。鳡MSTN具有MSTN的共同特征,有蛋白酶水解位点RIRR和在C端生物活性区含9个保守的半胱氨酸残基。核苷酸和氨基酸同源性分析发现鳡MSTN与厚颌鲂、草鱼和鲤等鲤形目鱼类的同源性较高,与鲈形目的同源性较低,与哺乳动物和鸟类的同源性最低;系统发育分析表明鳡M...
关键词：
鳡 肌肉生长抑制素 开放性阅读框 表达
[期刊] 水产学报
[作者]
艾加林 栗志民 刘建勇
肌肉生长抑制素(MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子。为了解MSTN基因在九孔鲍中的功能,本研究采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍右侧壳肌中获得了MSTN基因c DNA全长,并运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了MSTN在各组织和发育时期的表达水平。结果显示,九孔鲍c DNA全长3 755 bp,其中5′非编码区(5′UTR)324 bp,3′非编码区(3′UTR)1 985 bp,开放阅读框(ORF)1 446 bp,编码481个
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
魏广莲 徐钢春 顾若波 杜富宽 徐跑
利用RT-PCR和RACE技术获得刀鲚(Coilia nasus)Δ6脂肪酸去饱和酶(Δ6 fatty acyl desaturase,FAD6)的全长cDNA序列2 032 bp,开放阅读框(ORF)为1 338 bp,编码445个氨基酸。其具有3个保守的组氨酸簇(HDXGH、HXXHH和QXXHH)、2个跨膜区和含亚铁血红素结合基序(HPGG)的细胞色素b5结构域等典型的Δ6脂肪酸去饱和酶结构特点。氨基酸同源性分析显示,刀鲚FAD6与海鳗(Muraenesox cinereus)和军曹鱼(Rachycentron canadum)等海水鱼类的相似性达75%~79%,而与淡水鱼类的相似性较低...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
隋娟 张志峰 邵明瑜 胡景杰
vasa基因编码DEAD-box家族成员中一种ATP依赖的RNA解旋酶,在生殖系分化过程中发挥着重要的作用。本研究采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从刺参(Apostichopus japonicus)精巢中克隆得到vasa的全长cDNA序列。该cDNA序列全长2167bp,开放阅读框1593bp,编码530个氨基酸,具有DEAD-box家族蛋白的全部9个保守域。经同源比对和系统进化分析,确定其属于DEAD-box家族的VASA亚家族成员。利用半定量RT-PCR检测,vasa mRNA专一性的在刺参性腺中表达,据此,刺参vasa基因有望用于其生殖系起源和分化的研究。
[期刊] 华北农学报
[作者]
贺彩霞 李长忠 保长虹 王丽楠 严青春 金文杰 赵娟 王国杰 简生龙 王振吉 陈艳霞
花斑裸鲤是黄河上游重要的冷水性土著鱼类，其生长、发育缓慢，性成熟又较晚，故多年来其种群一直呈下降趋势。MSTN(肌肉生长抑制素)是一种对肌肉生长具有负调控作用的因子，通过克隆花斑裸鲤MSTN-1基因并检测其表达特性，为花斑裸鲤生长缓慢的分子调控机理提供基础资料。采用PCR、5′-RACE和3′-RACE法获得花斑裸鲤MSTN-1基因全长cDNA序列，采用qPCR检测MSTN-1基因在花斑裸鲤不同组织的表达特征和在不同鲤科鱼类肌肉组织中的差异性表达。花斑裸鲤MSTN-1基因的cDNA序列全长为2 190 bp,其中ORF长1 128 bp, 5′UTR长96 bp, 3′UTR长966 bp,共编码375个氨基酸。该蛋白是带有一个信号肽、无跨膜结构的不稳定亲水性分泌蛋白，主要分布在细胞核、线粒体和细胞质中。MSTN-1蛋白质二级结构以无规卷曲为主，存在2个TGF-β结构域：即TGF-β前肽区域(37—268 aa)和TGF-β功能区域(281—375 aa),有1个蛋白酶水解位点RIRR和9个位于TGF-β功能区域保守的半胱氨酸残基。氨基酸序列同源性分析表明，花斑裸鲤MSTN-1氨基酸序列与其他鲤科鱼类MSTN-1具有较高的相似性，而与禽类和哺乳动物的相似性较低。系统发育分析显示，花斑裸鲤MSTN-1与其他鲤科鱼类聚于同一进化支。qPCR检测结果表明，MSTN-1在花斑裸鲤的脑、肌肉、鳃、心、肝脏和肾脏组织中均有表达，但在脑和肌肉组织中表达量较高。该基因在不同鲤科鱼类肌肉组织中均有表达，在青海湖裸鲤肌肉组织中的表达量最高，其次在花斑裸鲤和黄河鲤鱼肌肉组织中。通过克隆获得花斑裸鲤MSTN-1基因cDNA序列，进行生物信息学分析和qPCR检测，MSTN-1在这几种土著鱼类肌肉组织中的特征性表达差异有助于进一步了解高原鱼类生长缓慢的分子机理。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高俊 徐钢春 杜富宽 聂志娟 顾若波
旨在研究刀鲚(Coilia nasus)过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptor, PPARγ)基因的应激调控表达,克隆并获得了刀鲚PPARγ基因的cDNA全长。刀鲚PPARγ基因的cDNA全长1951 bp,开放阅读框1470 bp,预测编码489个氨基酸。刀鲚PPARγ包括4个功能结构域,即A/B区, DNA结合区(DNA binding domain, DBD区),铰链区,配体结合区(ligand binding domain, LBD区)。运用荧光定量PCR (real time quantitative PCR, RT-qPCR)检测刀鲚PPARγ基因在不同组织、运输胁迫和胚胎发育时期的表达。结果显示,刀鲚PPARγ在各组织中均有表达,其中在肝中表达量最高,在脑、肠、心脏、肾、头肾、肌肉中相对高表达,在鳃和脾中微量表达。运输胁迫过程中, PPARγ基因表达显著上调(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王美垚 杨健 徐跑 徐钢春 徐东坡 尤洋 刘凯 段金荣 周彦锋 方弟安 张敏莹 俞振飞
采用cDNA末端快速扩增技术(Rapid Amplification of cDNA Ends,RACE)克隆获得了刀鲚(Coilia nasus)水通道蛋白1(AQP1)全长cDNA序列。其碱基序列全长为1299 bp,5′端、3′端非翻译区(untranslated regions,UTR)长度分别为107 bp和458 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)长度为777 bp,共编码258个氨基酸。理论等电点是6.13,蛋白分子量为27.1 kD。结构分析表明,刀鲚AQP1
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾成霞 张照斌 张清靖 刘盼 朱华
克隆了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptor,PPAR)αmRNA全序列。对其序列分析发现,虹鳟PPARα与其他脊椎动物PPARα有较高的同源性,其中mRNA序列有66.4%~97.5%相同,氨基酸序列有69.2%~98.9%相同。DNA结合结构域和配体结合结构域从鱼类到人类高度保守,其中DNA结合结构域有88.0%~98.8%的氨基酸序列相同;配体结合结构域有74.6%~99.6%的氨基酸序列相同。系统发生树分析表明,虹鳟的PPARα基因与同属鲑科鱼类的大西洋鲑(Salmo...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王威威 李德鑫 李秋娥 廖海 张富丽 周嘉裕
【目的】:克隆名贵药材暗紫贝母(Fritillaria unibracteata)鲨烯合酶(Squalene synthase, SQS)基因的全长ORF序列(FuSQS),并对其进行生物信息学分析和不同组织表达水平分析。【方法】利用PCR方法,克隆得到FuSQS,利用生物信息学方法预测FuSQS蛋白的基本理化性质、保守结构域、二级及三级结构等蛋白特性,利用Clustal W和MEGA 7.0分别进行氨基酸序列对比和系统进化分析,通过Real-time PCR分析FuSQS在暗紫贝母不同组织的表达水平。【结果】FuSQS长度为1230 bp(GenBank登录号MW365404),编码1条长度为409个氨基酸残基的肽链,相对分子质量为46.84 kDa,等电点(pI)为6.33,含有法尼基焦磷酸结合口袋和Mg~(2+)结合位点等保守结构域。系统进化树表明FuSQS与油棕、宽瓣重楼、水稻、玉米等单子叶植物进化关系较近。Real-time PCR结果显示,FuSQS在不同组织中表达量有显著差异。【结论】FuSQS的克隆、生物信息学分析及其在鳞茎中的高表达特征,这为进一步研究FuSQS在暗紫贝母生物碱生物合成途径的调控机制提供科学依据。
关键词：
暗紫贝母 鲨烯合酶 基因克隆 表达分析
[期刊] 水产学报
[作者]
朱颖 孟亮 胡乔木 王晓夏 常亚青 陈松林
利用半滑舌鳎性腺转录组测序获得的StAR基因部分序列,设计RACE引物,克隆了半滑舌鳎StAR基因的cDNA序列,全长为1 294 bp,5'端UTR为132 bp,3'端UTR为310 bp,开放阅读框(ORF)为852 bp,共编码283个氨基酸。将半滑舌鳎StAR基因与其他物种StAR基因进行氨基酸同源性分析,结果显示,半滑舌鳎StAR与塞内加尔鳎、大口黑鲈、花鲈、金头鲷的同源性都达到了85%,与虹鳟、斜带石斑鱼及日本鳗鲡的同源性分别为81%、83%和76%。雌、雄鱼不同组织StAR基因的表达分析表明,StAR基因在雄鱼性腺中高表达,在雄鱼的肝脏、脑及心脏中表达量较低,而在雄鱼的其他组织...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
占思远 董尧 李利 仲涛 王林杰 张红平
【目的】克隆获得南江黄羊ＩＧＦＢＰ－２（ＩｎｓｕｌＩｎ－ｌＩｋｅ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＢＩｎｄＩｎＧ ＰｒｏｔｅＩｎ－２）基因的ｃｄｓ区全序列，对其进行生物信息学分析，并分析ＩＧＦＢＰ－２的ｍｒｎａ和蛋白组织表达特征，为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ｎｃＢＩ的Ｇｅｎ Ｂａｎｋ数据库中公布的绵羊（ｏｖＩｓ ａｒＩｅｓ，ｎｍ＿００１００９４３６）和牛（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ，ｎｍ＿１７４５５５）的ＩＧＦＢＰ－２基因的ｍｒｎａ序列，经序列比对后采用保守区域序列并利用ＰｒＩｍｅｒ ＰｒｅｍＩｅｒ ６．０软件设计克隆引物，经Ｐｃｒ扩增后采用ｔ．．．
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