全同胞家系是遗传分析的重要材料。采用自然交配法建立了62个凡纳滨对虾第一代全同胞家系,对其中17个家系进行了比较研究。结果表明,各家系的孵化率、出苗率与雌性亲本的大小相关性不显著。17个家系中有7个家系显示生长优势,其大小顺序依次是A02>A11>A01>A17>A06>A08>A16;7个家系在40周内的生长速度较17个家系的平均值高23.2%。在所有家系中,A01、A02、A11等3个家系的体重显著大于其它家系(P<0.05),其平均生长速度较所有家系平均生长速度分别快25.5%、31.6%和31.0%。这3个家系的整齐度良好,在养殖中期的个体变异系数分别为11.58%、9.95%和8.4...

为进一步补充凡纳滨对虾核心育种群收获体质量的遗传进展工作,设计了包括10个家系数量梯度(100~1 000)和11个家系内测试个体数梯度(100~5 000)的育种方案,利用计算机模拟技术,执行家系间(留种50%家系)和家系内选择(留种1雄、2雌),连续选择19次,比较核心育种群与扩繁群收获体质量育种值和群体近交系数的变化,为进一步优化大规模家系选育提供基础参数。结果显示,与对照方案(家系数量100个、家系内测试个体数100个、体质量遗传力0.35)相比,增加参与测试的家系内个体数,选择强度不断提高,核心育种群收获体质量育种值均值增加了48%(62.75~92.87 g),但增加幅度在不断降低(100~2 500:40.60%;2 500~5 000:7.40%);核心育种群收获体质量育种值标准差降低了2.90%(1.38~1.34 g)。受限于选择强度,随着家系数量的扩大,核心育种群收获体质量育种值仅增加了1.88%(62.75~63.93 g),育种值标准差增加了4.35%。扩繁群收获体质量育种值随家系规模变化的趋势同核心育种群,但在家系水平上的提高幅度更大(63.63~65.48 g,2.91%)。随着家系数量的增加,核心育种群的近交系数降低了90.32%(0.093~0.009),下降幅度不断减少(100~500:79.57%;500~1 000:10.75%);家系数量为200个的育种群体,连续选择19次后,每代平均近交率为0.25%。增加参与测试的家系内个体数,不影响核心育种群的近交水平。研究表明,扩大家系内测试个体数,可以进一步提高核心育种群与扩繁群收获体质量的遗传进展。

对虾繁殖性状的相关分子遗传标记一直是甲壳动物中研究极少的部分,为了筛选与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)繁殖性状(产卵与产卵量)相关的SNP(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分子标记,为凡纳滨对虾的良种选育提供参考,选择卵黄蛋白原(vitellogenin,VG)基因作为筛选基因。本实验采用PCR产物直接测序法对VG基因进行SNP位点筛查,并与繁殖性状进行关联分析。结果表明:(1)在150个凡纳滨对虾样品中,VG基因的4个结构域一共可以检测到37个SNP位点,8个能引起蛋白质氨基酸的同义突变,3个错义突变,26个无义突变。(2)对37个位点进行分析,发现4个可能的SNP候选位点。(3)多态性分析结果显示,4个候选位点都在中等多态水平,多态信息较为丰富。(4)对4个候选位点与产卵次数、产卵总量、平均产卵量和单位体质量产卵量繁殖性状进行单因素方差分析,结果显示位点3 839与总产卵量和单位体质量产卵量存在显著性差异(P 0. 05)。

基于SSR标记研究凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。本研究利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星，约占基因组序列总长度的18.56%，其中，二碱基微卫星最丰富，占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体桂海1号（CG）、海兴农2号（CH）和山东养殖群体（CT），及3个国外群体厄瓜多尔1号（FO）、厄瓜多尔2号（FT）和墨西哥群体（FM）的遗传特征，结果表明，14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异，等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918；遗传多样性丰富程度从高到低分别为CH > FO > FM > CT > FT > CG。桂海1号与山东养殖群体、3个国外群体间属于中等程度的遗传分化；聚类分析显示，国内群体桂海1号和海兴农2号聚为一大类，山东养殖群体与国外群体厄瓜多尔1号、厄瓜多尔2号和墨西哥群体聚为一大类。本研究结果表明，筛选的14个SSR标记可用于凡纳滨对虾群体遗传多样性的评估；3个国外群体的遗传多样性相对较高，且与国内群体桂海1号和海兴农2号的亲缘关系较远。本研究对凡纳滨对虾种质资源的开发利用与新品种选育具有十分重要的意义。

2002—2007年在人工感染白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的基础上进行一代个体选育(G1)后,对凡纳滨对虾连续进行4代家系选育,共建立120个抗WSSV家系,感染实验结果显示,G2～G5选育家系对虾平均成活率分别为5.57%±9.83%,8.66%±11.52%,9.52%±8.84%和13.79%±12.86%;G2～G5选育家系对虾平均成活率的变异系数分别为1.77、1.40、0.97和0.87。根据每个家系对虾的成活情况每个世代可分为敏感、中等抗性和高抗性家系,G2～G5敏感家系在各代选育家系中的比例逐年下降,分别占76.5%、55.2%...

本实验室前期研究中基于全基因组关联分析(GWAS)方法筛选到抗白斑综合征病毒(WSSV)候选基因：parkin共调基因(PACRG)。PACRG与帕金森病相关基因parkin共用一个双向启动子，二者共同参与细胞自噬过程，从而在细胞保护方面发挥作用。本研究对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) PACRG和parkin在抗WSSV中的功能进行探讨。对mRNA和氨基酸序列进行特征分析，利用real-time PCR技术检测对虾感染WSSV后不同时间、不同组织中的表达水平。通过荧光原位杂交技术(FISH)进行空间定位。利用PCR和Sanger测序技术获得单核苷酸多态性位点(SNP)并进行抗WSSV的关联分析。结果显示，PACRG开放阅读框(ORF)序列全长600 bp，编码199个氨基酸，预测包含一个ParcG结构域。parkin ORF序列全长1 653 bp，编码550个氨基酸，预测包含UBQ、IBR结构域和一个信号肽结构。与多物种进行同源序列比对发现，凡纳滨对虾PACRG氨基酸序列与日本对虾(Penaeus japonicus)的同源性高达89.70%；凡纳滨对虾parkin氨基酸序列与中国对虾(Penaeus chinensis)和斑节对虾(Penaeus monodon)的同源性高达93.45%。PACRG和parkin蛋白的保守性较高。感染WSSV后，PACRG和parkin在对虾肝胰腺、鳃、肌肉和眼柄中的表达水平发生显著变化，其中，眼柄中PACRG和parkin表现出极相似的组织表达模式。在肌肉中，PACRG mRNA和WSSV在空间位置上呈现高度重叠状态。结合上述结果，推测PACRG和parkin在凡纳滨对虾与WSSV的互作中发挥功能。在PACRG中筛选到2个SNP位点，在parkin中筛选到15个SNP位点，其中位于parkin非翻译区(UTR)的5个SNP位点与抗WSSV性状显著相关。本文为研究凡纳滨对虾抗WSSV的分子机制和抗病分子育种提供了理论依据和参考数据。

本研究从家系水平上比较凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)保种群体出肉率的差异,评估出肉率性状的选择潜力,寻找替代出肉率的间接选择性状,可为出肉率性状的遗传改良提供技术参数。2012年,保种群体养殖350 d后,测定42个家系(2094尾凡纳滨对虾)的8个表型性状(净肉重、体重、头胸甲长、腹节长、头胸甲-腹节长、体长、全长、肥满度),然后将虾杀死,剖取虾肉,计算出肉率;利用单因素方差分析方法,比较不同家系间出肉率的差异;计算各表型性状与出肉率之间的相关系数,利用逐步回归方法构建表型性状对出肉率的多元线性回归方程。结果显示,凡纳滨对虾家系出肉率的均值为(53.59±3.26)%...

本研究从家系水平上比较凡纳滨对虾（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ）保种群体出肉率的差异，评估出肉率性状的选择潜力，寻找替代出肉率的间接选择性状，可为出肉率性状的遗传改良提供技术参数。２０１２年，保种群体养殖３５０ ｄ后，测定４２个家系（２０９４尾凡纳滨对虾）的８个表型性状（净肉重、体重、头胸甲长、腹节长、头胸甲－腹节长、体长、全长、肥满度），然后将虾杀死，剖取虾肉，计算出肉率；利用单因素方差分析方法，比较不同家系间出肉率的差异；计算各表型性状与出肉率之间的相关系数，利用逐步回归方法构建表型性状对出肉率的多元线性回归方程。结果显示，凡纳滨对虾家系出肉率的均值为（５３．５９±３．２６）％．．．

为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本，本研究从已报道的凡纳滨对虾（Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ）微卫星位点中选取多态性较高的位点，基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合。通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序，成功建立了１个五重、２个四重和１个三重ｐＣＲ反应体系，并将其应用于１１个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定。结果显示，四组多重ｐＣＲ体系中的１６个微卫星位点在１１个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数（ｎａ）为６，平均多态信息含量（ｐｉＣ）为０．５８１３，平均观测杂合度（Ｈｏ）为０．５１３，平均期望杂合度（Ｈｅ）为０．６３６。利用ＣｅＲｖｕｓ３．０软件，对已知系谱．．．

为研究物理诱变对虾类前期幼体发育及抗逆性状的影响，探讨通过诱变技术增加选育群体遗传多样性和可利用遗传变异的可行性，本研究利用常压室温等离子体(ARTP)诱变技术对4尾来自不同家系(A、B、C和D)的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)个体所产的受精卵(原肠胚期)分别进行相同功率(360 W)、不同时间(2、4、8和12 min)的批量诱变处理，并对孵化率、肢芽期孵化畸形率、存活率、变态率以及仔虾低氧耐受性和氨氮胁迫指标进行分析。结果显示，ARTP对凡纳滨对虾进行诱变处理后在不同家系间有一些共性的规律，在幼体发育前期阶段，4个家系随着诱变时间的增加，肢芽期畸形率均呈上升趋势，孵化率均呈下降趋势；与未经过诱变的对照组相比，除A和D家系诱变2 min组外，其余处理组肢芽期孵化畸形率均显著升高(P<0.05)；除A家系诱变2 min组外，其余各家系处理组孵化率均显著降低(P<0.05)；肢芽期孵化畸形率和孵化率与诱变时间均呈现中度或高度相关；与对照组相比，A、B、C和D 4个家系在相同阶段的同一处理组存活率表现具有不定向性，A家系诱变8 min组存活率显著降低(P<0.05)，而C家系诱变4和8 min组存活率显著升高，D家系诱变2和4 min组存活率显著降低，而诱变8 min组则显著升高。可能是诱变的不定向性以及诱变作用于个体造成的。通过存活率和各期变态率综合分析可得，低剂量(2 min组)诱变死亡高峰期多发生于幼体发育后期，高剂量(4、8和12 min组)诱变幼体死亡高峰期多发生于幼体发育中前期。对A家系幼体的低氧耐受性和氨氮胁迫测试结果表明，低剂量的辐射可能会在一定程度上提高低氧耐受能力；诱变2 min组和8 min组分别在氨氮胁迫实验第4天、第7天存活率很高，诱变对该家系幼体对抗氨氮胁迫的能力有一定的影响。说明ARTP诱变凡纳滨对虾受精卵在不同家系中幼体发育前期具有一些共性趋势，在幼体发育后期和性状的改变上具有不定向性。研究结果对凡纳滨对虾新种质创制及功能研究材料的制备提出了新的方法，并为凡纳滨对虾诱变育种提供了基础数据和科学依据。

35个第四代凡纳滨对虾抗WSSV选育家系和未选育对虾按每克体重注射103拷贝WSSV病毒量,根据选育家系的抗病性能分3个类群:高抗性类群,成活率达24.45%±6.56%;中抗性类群,成活率为10.70%±1.41%;敏感类群,成活率为2.72%±2.76%,各类群间差异显著(P<0.01)。对分别代表高抗、中抗和敏感类群的12、7和3号家系以及未选育对虾按每克体重注射102、103、104和105拷贝WSSV,高抗性对虾在102、103、104及105感染水平下的存活率分别为100%、23.3%±3.5%、7.8%±1.9%和0%;中抗对虾分别为87.7%±3.9%、12.2%±1.9%、0...

【目的】开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记,并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析。【方法】本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据,利用MISA软件搜索SSR标记,设计并筛选SSR多态性引物,对8份山茶种质进行了UPGMA聚类。【结果】共检索到13 197个SSR位点,SSR的发生频率和分布频率分别为19.52%、26.12%,平均分布距离为4.33 kb;在6种SSR重复类型中,以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主,分别占48.420%、34.917%和15.473%;出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA,占总SSR位点的79.61%;三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多;在设计出的10 974对引物中,随机选用其中90对引物进行多态筛选,73对引物扩增产物与预期大小一致,有效扩增率为81.11%,29对引物存在扩增多态性,占39.73%。扩增得到72个等位基因,有效等位基因数平均达到3.264;观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.208和0.638,引物多态信息含量平均为0.496;8份山茶种质在相似系数为0.58时,可以分为4类:山茶原种为Ⅰ类,‘黑蛋石’、‘红叶黑魔法’和‘黑骑士’为Ⅱ类,‘黑魔法’和‘金华美女’分别为Ⅲ类和Ⅳ类。【结论】山茶转录组测序的Unigenes信息可作为SSR标记开发的有效来源,为山茶的遗传多样性研究、亲缘关系鉴定以及分子标记辅助育种等奠定了一定的理论基础。

准确估计育种目标性状的遗传参数,评估其改良潜力,是制定育种方案、进行选择育种工作的重要前提条件。本研究对100个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系15000尾仔虾个体进行淡化和低盐养殖实验,分析了2个阶段家系间存活率的差异,并进一步估计存活性状的遗传力。结果显示,2个阶段存活率范围分别为19.3%100.00%和11.86%99.22%,平均存活率分别为66.7%和67.5%。家系幼虾期总体存活率为6.67%90.67%,平均存活率为46.91%。统计分析显示,2个阶段家系间存活率

利用人工授精技术,通过双列杂交和巢式交配设计,以7个凡纳滨对虾群体生产家系130个,建立育种基础群体。利用混合线性模型和广义线性模型,结合约束极大似然法估计不同引进群体体质量和存活性状的一般配合力(general combining ability,GCA)和特殊配合力(special combining ability,SCA)。结果显示,对于体质量性状,UA5、UA4和SIN 3个群体的GCA值最高,分别为0.42、0.32和0.19;17个杂交组合中,UA5×SIN、UA1×UA2、UA4×UA5、UA4×SIN和UA1×SIN 5个组合体质量和存活性状的SCA值正向优势较明显,是生产优...