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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李旭鹏 栾生 曹宝祥 罗坤 谭建 孔张伟 孟宪红 孔杰
本研究选取了来自国内6个不同育苗场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体,对8个SSR位点的基因型信息进行分析。结果显示,观察等位基因数(N_a)平均值为3.67～9.33,有效等位基因数(N_e)平均值为2.20～5.67,观察杂合度(H_o)平均值为0.12～0.71,期望杂合度(H_e)平均值为0.41～0.81,多态性信息含量(PIC)平均值为0.36～0.76。聚类分析结果显示,来自于同一个育苗场的对虾聚在一个分支。不同品牌来源的对虾分别聚在几个不同分支。6个群体间的遗传一致度为0.4229～0.8265,遗传距离为0.1905～0.8607。遗传分化系数(F_(ST))是0.1837,群体内近交系数(F_(IS))是0.2514,H_o
关键词：
凡纳滨对虾 遗传多态性 遗传距离 SSR
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 马洪雨 马凌波 杨柯
利用8个微卫星标记对引进的SPF凡纳滨对虾G0和两个养殖群体(G1,G2)进行遗传多样性分析。8个座位共获得64个等位基因,位点的等位基因数在5~l3之间。多态信息含量PIC在0.405 2~0.869 3之间,其中有6个位点为高度多态位点,适合于多态性分析。8个座位丢失的和新产生的等位基因共30个,占总数的47%。3个群体的平均观测杂合度分别为0.193 8、0.196 1、0.232 5,说明3个群体的遗传多样性较低。对近交系数Fis分析显示3个群体中存在近交,通过对哈迪温伯格平衡检验,显示所有座位均显著偏离平衡,存在杂合子缺失。通过配对Fst和Ne i遗传距离分析,显示3个群体之间有明显...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王豪杰 蔡生力 叶斐菲 刘红
利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术对4个不同世代的凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)群体进行遗传分析,探讨亲本、F1、F2和Fn4个世代群体间的遗传差异。选取10对AFLP引物组合对4个世代凡纳滨对虾群体共80尾个体进行比较分析,共扩增出483个位点,其中348个为多态位点;4个群体的多态位点比例为:61.90%、49.28%、50.52%、46.38%;4个群体的Shannon多样性指数分别为:0.3134、0.2621、0.2594、0.2262;结果表明亲本与F1,F2与Fn相互间遗传距离更为紧密。通过对4个...
关键词：
凡纳滨对虾 AFLP 遗传多样性 世代
[期刊] 水产学报
[作者]
叶宁 包秀凤 刘建勇
为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71%。4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5%,57.29%,61.21%,61.46%;3个国内养
[期刊] 水产学报
[作者]
王佳佳 王琼 秦桢 陈耀辉 李健 李吉涛
基于SSR标记研究凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构，为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。本研究利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记，基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星，约占基因组序列总长度的18.56%，其中，二碱基微卫星最丰富，占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体桂海1号（CG）、海兴农2号（CH）和山东养殖群体（CT），及3个国外群体厄瓜多尔1号（FO）、厄瓜多尔2号（FT）和墨西哥群体（FM）的遗传特征，结果表明，14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异，等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918；遗传多样性丰富程度从高到低分别为CH > FO > FM > CT > FT > CG。桂海1号与山东养殖群体、3个国外群体间属于中等程度的遗传分化；聚类分析显示，国内群体桂海1号和海兴农2号聚为一大类，山东养殖群体与国外群体厄瓜多尔1号、厄瓜多尔2号和墨西哥群体聚为一大类。本研究结果表明，筛选的14个SSR标记可用于凡纳滨对虾群体遗传多样性的评估；3个国外群体的遗传多样性相对较高，且与国内群体桂海1号和海兴农2号的亲缘关系较远。本研究对凡纳滨对虾种质资源的开发利用与新品种选育具有十分重要的意义。
[期刊] 水产学报
[作者]
徐如卫 钱昭英 刘小林 路正 任晋东 杨福生
采用平衡巢式设计方法和人工授精技术,每个雄体配3个雌体,构建了18个父系半同胞家系和54个母系全同胞家系。分别测定了每个母系生长到5月龄60个全同胞个体的体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高、第一腹节背高、第三腹节背高和第一腹节背宽9个生长性状,应用数量遗传学原理,采用方差和协方差分析的方法,估算了5月龄凡纳滨对虾生长性状的遗传力及各性状间的遗传相关及表型相关。结果表明,利用父系半同胞组内相关法估计的遗传力是凡纳滨对虾各生长性状遗传力的无偏估计值。其中,体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高、第一腹节背高、第三腹节背高和第一腹节背宽狭义遗传力的估计值分别为0.460、0....
[期刊] 水产学报
[作者]
王浩 罗坤 栾生 孔杰 许圣钰 陈宝龙
利用人工授精技术,通过双列杂交和巢式交配设计,以7个凡纳滨对虾群体生产家系130个,建立育种基础群体。利用混合线性模型和广义线性模型,结合约束极大似然法估计不同引进群体体质量和存活性状的一般配合力(general combining ability,GCA)和特殊配合力(special combining ability,SCA)。结果显示,对于体质量性状,UA5、UA4和SIN 3个群体的GCA值最高,分别为0.42、0.32和0.19;17个杂交组合中,UA5×SIN、UA1×UA2、UA4×UA5、UA4×SIN和UA1×SIN 5个组合体质量和存活性状的SCA值正向优势较明显,是生产优...
关键词：
凡纳滨对虾 杂交 一般配合力 特殊配合力
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东宇 孟宪红 孔杰 栾生 曹宝祥 罗坤
选取连续3年选育的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体作为选育群体(SP),选育群体与引进的凡纳滨对虾群体的杂交F_1代群体(HP),探究了这2个群体在低温条件下的生长性能及遗传多样性的差异。结果显示,在生长性能方面,HP群体与SP群体的平均体重分别为(13.18±3.65)g和(12.20±3.14)g,变异系数(CV)分别为27.69%和25.74%。HP群体的体重和其他可测量性状的平均值均大于SP群体。单因素方差分析(One-way ANOVA)表明,2个群体体重(BW)和第3
[期刊] 海洋渔业
[作者]
杨柯 马春艳 马凌波 胡卫国 顾德平
采用PCR-RFLP方法,对2008年引进的SPF凡纳滨对虾群体(G0)与2006年引进亲虾繁育的两代群体(G1、G2)的遗传结构进行了分析。使用AluI、TaqI、M boI、SpeI、SspI共5种限制性内切酶对线粒体DNA控制区进行单酶切分析,酶切得到的单倍型在2~4个之间,三个群体的复合单倍型类型分别有3个、7个和9个,没有为三个群体所共有的复合单倍型,复合单倍型的分布显示群体间差异显著。三个群体(G0、G1、G2)的核苷酸多样度π值逐渐增加,分别为0.033 3、0.128 6、0.134 9,复合单倍型多样度h分别为0.622 2、0.850 0、0.847 0,说明养殖群体的遗传...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
樊云鹏 谭建 栾生 罗坤 隋娟 孟宪红 陈宝龙 曹家旺 孔杰
种虾资源的好坏影响着整个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)产业的发展，从国外引进不同的种虾群体可以在一定程度改善我国的种虾资源。本研究以凡纳滨对虾种虾(所选种虾均为雌虾，在12～15月龄之间)为研究对象，运用聚类分析、主成分分析和判别分析等方法对4种不同来源的引进群体(PRIMO群体、SIS群体、厄瓜多尔群体和API群体)进行形态差异比较分析。结果显示，各性状的变异系数除了体质量外，其他均低于15.000%。单因素方差分析结果显示，在10个性状的比例参数中，头胸甲宽/头胸甲长和腹部宽/腹部长在4个种虾群体中无显著差异。聚类分析结果显示，PRIMO与SIS群体形态差异最小，与厄瓜多尔和API群体的趋异程度逐渐增加。主成分分析构建了4个主成分，累积贡献率为88.861%，其中，主成分1、2、3和4的贡献率分别为32.606%、23.982%、17.569%和14.704%。判别分析建立了4种不同来源的引进群体的判别函数，判别准确率P1为33.3%～67.1%，P2为30.8%～69.5%，综合判别准确率为52.1%。4个凡纳滨对虾种虾群体在某些性状比例参数上差异显著，在一定程度上产生了形态差异，但尚未达到亚种水平。
关键词：
凡纳滨对虾 形态差异 多元分析
[期刊] 水产学报
[作者]
阮晓红 罗坤 栾生 孔杰 许圣钰 陈荣坚 陈国良
为了对凡纳滨对虾7个引进群体的生长性能进行评估,通过巢式交配和人工授精的方式,用2011年源自不同国家和地区的7个凡纳滨对虾群体建立了130个全同胞家系,包括17个杂交组合(正反交合并)和7个自交组合。各家系的仔虾、幼虾经中间暂养和标记后混合,在河北黄骅(HBHH)和青岛鳌山(QDAS)两个养殖场养殖,测定了153日龄虾体质量性状。用混合线性模型估计不同群体和家系体质量最小二乘均值,计算不同杂交组合杂种优势率,评估不同群体和杂交组合的生长性能。结果表明,凡纳滨对虾各群体体质量变异系数变化范围为13%～26%;UA5、UA4和SIN三个群体为亲本的153日龄虾体质量最小二乘均值均较高,分别比群体...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘绵宇 李旭鹏 孔杰 孟宪红 陈美佳 罗坤 隋娟 代平 张雅文 强光峰 谭建 陈宝龙 曹家旺 李波波 赖晓芳 栾生
为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值，实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(Vp_(AHPND))侵染实验，利用自主研发的40K SNP液相芯片“黄海芯1号”获得146尾个体的基因型信息，对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力。Vp_(AHPND)浸染实验结果显示，不同群体间存在抗病差异，PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%。利用质控后的38 148个SNP信息构建系统进化树，结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起，进而同属一个群体的多个家系聚在一起。主成分和遗传结构分析显示，可以准确地将146尾个体划分为3个组，与系统进化树聚类结果一致。遗传多样性分析显示，3个群体的观测杂合度(H_o)平均值为0.25～0.29，多态信息含量(PIC)平均值为0.20～0.23，上述遗传参数达到极显著水平。3个群体间的遗传分化系数(F_(ST))为0.11～0.21，存在中高度遗传分化。基因组近交分析表明，EE、PP和SS群体的近交系数均值分别为-0.05±0.06、0.20±0.09和0.37±0.07，后2个群体内部分个体表现出较高的近交水平。使用ssGBLUPMF (Single Step Genomic BLUP with Metafounders)模型，复合基因型、表型和系谱信息，获得Vp_(AHPND)侵染后存活状态的遗传力估计值为0.24±0.07，表现为中等水平，表明基础群体具有较好的选育潜力。研究表明，利用液相芯片“黄海芯1号”开展辅助育种，可以进一步提高基础群体构建和评估的效率。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
段毓佳 谭建 栾生 罗坤 王宏杰 隋娟 孟宪红 孔杰
在水产养殖中，尤其是高密度养殖情况下，缺氧会短期内造成个体的大量死亡，从而影响生产效益。本研究以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)高抗和快大2个品系作为研究对象，利用高致死溶解氧(DO)胁迫的方式对2个品系各41个家系共计6 560尾幼虾进行低氧耐受性测试，统计高致死溶解氧水平下幼虾的存活性状，分析不同品系间及同一品系不同家系间耐低氧性状的差异，评估其遗传参数；对耐受性有显著差异的家系个体的鳃、肌肉、肝胰腺组织进行组织学观察，并比较其细胞水平上的差异。结果显示，在0.3 mg/L低氧条件下，高抗品系和快大品系的家系半致死存活率SS_(50)均表现出显著差异(P<0.05)，高抗品系SS_(50)为49.30%，快大品系SS_(50)为42.52%；家系间存活时间的变异系数分别为60%和45%。利用阈值性状动物模型，以半致死时的个体存活状态作为观测值(存活为1，死亡为0)估算的遗传参数为(0.345±0.031)～(0.378±0.029)，经过转换后在连续变化的观测值尺度上的遗传力为(0.219±0.031)～(0.237±0.029)，表现为中等遗传力水平。高抗品系中低氧耐受家系和低氧敏感家系的鳃、肌肉、肝胰腺组织均出现不同程度的损伤，但不同的家系间表现出不同程度的抗逆生理特征差异，这可能与高抗不同家系抗逆耐受力强弱有关。不同家系间在低氧胁迫下的存活时间、生理特性差异以及各品系遗传力估算结果表明，凡纳滨对虾对高致死溶解氧水平的耐受性状存在丰富的遗传变异，具有选育的可行性。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王军 王清印 孔杰 孟宪红 曹家旺 王明珠 冯亚萍 吕丁
利用微卫星标记技术分析了中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和‘黄海2号’第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为344个和229个,多态信息含量(PIC)为0.5180.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810
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