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[期刊] 水产学报
[作者]
陈秀荔 赵永贞 彭敏 杨春玲 蒋伟明 李咏梅 曾地刚 马宁 黎铭 陈晓汉 吴铁军
为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 谢达祥 王大鹏 彭敏 杨春玲 杨彦豪 韦嫔媛 陈晓汉
克隆了凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白基因全长cDNA并进行了序列分析。该基因由1042bp的碱基组成,开放阅读框长411bp,编码由136个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在113bp(5'端)和518bp(3'段)的非翻译区。聚类分析表明,凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白氨基酸序列与斑节对虾脂肪酸结合蛋白紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为刀额新对虾、意大利蜜蜂、斑马鱼、大西洋鲑、鸡、猪和人。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析表明,该基因在抗IHHNV对虾肠、胃、肝胰腺和肌肉组织中表达较高,在心肌中表达较低,在眼柄中不表达。比较该基因在抗IHHNV对虾和IHHNV易感对虾心、肝胰腺、肠、胃、眼...
[期刊] 水产学报
[作者]
邹枘峰 李丹蕾 张亦陈 刘逸尘 耿绪云 孙金生
含溴结构域蛋白(bromodomain/BRD-containing protein, BCP)是一种高度保守的蛋白,属于含溴结构域和额外终端域(bromodomain and extraterminal, BET)蛋白超家族成员。该蛋白在有丝分裂过程中通过募集不同的染色体修饰蛋白,达到了广泛调控基因复制及转录的作用,其表达水平的变化常与肿瘤及炎症的发生相关联。本研究根据实验室前期转录组结果提示信息,首次获得了凡纳滨对虾2 229 bp的BCP基因cDNA序列(LvBRD, GenBank注册号:MH638256),利用在线软件进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR (qPCR)技术分析了该基因的组织表达特征和其在对虾白斑综合征病毒(WSSV)、苏云金芽孢杆菌以及副溶血性弧菌侵染过程中的表达变化特征。结果显示,LvBRD编码的蛋白质有一个保守的可以参与细胞周期调控过程的溴结构域(bromodomain,BRD);组织表达分析表明该基因主要在凡纳滨对虾血细胞、肝胰腺和鳃组织中表达;在WSSV和病原菌感染后早期(0.5～12 hours past infection,hpi),Lv-BRD的表达可以被显著诱导,在血细胞中呈明显上调的表达趋势,表明该基因在一定程度上参与了对虾体内由病原引发的天然免疫应答反应。上述研究结果为进一步研究Lv-BRD基因在对虾抗病毒免疫及干扰素调控过程中的功能和作用机制奠定了基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
朱威霖 吕丽红 陈秀荔 彭敏 赵永贞 杨春玲 蒋伟明 邵鹏威 陈晓汉
通过克隆凡纳滨对虾钙蛋白酶Ｂ（Ｃａｌｐａｉｎｓ，Ｃａｌｐ－Ｂ）、钙蛋白酶Ｄ（Ｃａｌｐａｉｎｓ，Ｃａｌｐ－Ｄ）、钙蛋白酶Ｍ（Ｃａｌｐａｉｎｓ，Ｃａｌｐ－Ｍ）基因序列，并对其进行生物性息学预测和分析。根据同源比对设计引物，以凡纳滨对虾肌肉组织的Ｃ Ｄｎａ为模板ｐＣＲ扩增目的基因，克隆测序和拼接。结果：首次获得凡纳滨对虾的Ｃａｌｐ－Ｍ和Ｃａｌｐ－Ｄ基因序列，Ｃａｌｐ－Ｍ、Ｃａｌｐ－Ｂ和Ｃａｌｐ－Ｄ３个基因的部分Ｃ Ｄｎａ序列长度分别为５９７、１７３９、６２３ Ｂｐ，分别含有５０７、９２４、２３２ Ｂｐ的开放阅读框（ＯＲＦ），分别编码１６９、３０７和７７个氨基酸的蛋白前体，分子量为１９．３５０、３５．．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
叶旻玉 刘利平 戴习林 沈默忱 徐灿
对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Toll样受体基因的cDNA片段进行了克隆。从凡纳滨对虾提取肌肉、鳃和肝胰腺中的总RNA,根据黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Toll样受体的TIR区设计引物,从鳃中逆转录扩增得到cDNA序列,进行测序。所得序列结果与其他物种的已知TIR及TLR氨基酸序列进行聚类分析建立系统进化树,并进行氨基酸序列同源性比较。结果表明所得序列与斑节对虾(Penaeus monodon)、赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、果蝇(Drosophila melanogaster)、意大利蜜蜂(Apis mellife...
关键词：
凡纳滨对虾 Toll样受体 基因克隆
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙杰 王宝杰 孙姝娟 李晓华 姜珊 刘梅 蒋克勇 王雷
利用3’和5’RACE技术从中国对虾Fenneropenaeus chinensis肝胰腺中克隆了1个血蓝蛋白基因FCHc,FCHc基因cDNA全长为2161bp。其中,开放阅读2 034bp,编码678个氨基酸,预测分子量为77.59 kDa。FCHc序列与凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei血蓝蛋白同源性为82%,与日本囊虾Marsupenaeus japonicas同源性为85%。Real-timePCR实验结果表明,FCHc在肝胰腺中的相对表达量最高,在心脏和表皮中几乎不表达。该基因在鳗弧菌和对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的...
关键词：
中国对虾 血蓝蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 水产学报
[作者]
马欢 褚吉兴 王丽燕 李富花 相建海
围食膜蛋白最早是从昆虫围食膜中解离得到的,在保护昆虫免受外源微生物侵染过程中发挥了重要作用。为了解围食膜蛋白在对虾免疫过程中的作用,实验前期进行了凡纳滨对虾转录组分析,并克隆获得了凡纳滨对虾2条类围食膜蛋白基因LvPT1和LvPT2,其编码的2条氨基酸序列相似性极高,同已报道的其他虾类围食膜蛋白具有较高同源性。利用Real-time PCR方法进行组织表达分析发现,LvPT1和LvPT2与对虾卵巢围食膜蛋白(SOPs)类似,在卵巢中高度表达,利用半定量PCR方法,分析LvPT2在对虾早期发育中的表达情况。
关键词：
凡纳滨对虾 围食膜 围食膜蛋白 胚胎发育
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
梁高峰 梁艳 成君军 张士璀 黄倢
虾造血激素(astakine,AST)是节肢动物中具有促进造血组织细胞分化和增殖的一种细胞因子。在对白斑综合征病毒(WSSV)感染分子机制的研究中发现,WSSV的一个可能受体蛋白与AST存在特异性结合。为进一步了解WSSV感染与对虾细胞分化之间的关系,本研究应用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增(RACE)技术,成功克隆了凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei造血激素基因(lvast)全长cDNA(GenBank登录号:HM594944),并对该基因进行了生物信息学分析。lvast全长共1846bp,含有1个372bp的开放阅读框,编码124个氨基酸,估算...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王家庆 张丽丽 马爽 李代宗 付玉洁 李绍明
采用逆转录PCR(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术从虹鳟(Oncorhynchus mykiss)脑组织中克隆了Y-box基因cDNA全长序列(GenBank登录号:FJ492962)。该基因cDNA全长为1 452 bp,其中5'端非翻译区(5'UTR)长137 bp,3'端非翻译区(3'UTR)长409 bp,开放阅读框(ORF)长906 bp,编码301个氨基酸。蛋白质相对分子质量为33.1×103。PSORTⅡ亚细胞定位显示该蛋白位于细胞核,富含两类核定位信号,分别为pat4与pat7。虹鳟的Y-box蛋白序列与大西洋鲑、斑马鱼和大菱鲆的同源性分别为99%、80%和...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄晓 叶巧真 何建国 谢俊峰 王顺强
根据已发表的外膜蛋白基因ompII的核苷酸序列设计引物 ,从分离自患红底板病的中华鳖的嗜水气单胞菌中扩增得到了ompTS基因。对ompTS基因进行序列分析 ,发现其与ompII基因的核苷酸序列有 83.5 %的同源性。ompTS基因最长的开放阅读框 (ORF)为 10 6 8nt,编码由 35 5个氨基酸组成 ,分子量为 38.9kDa的蛋白质OmpTS ,其氨基酸序列的前 2 0个氨基酸残基可能组成信号肽。由ompTS基因推导的编码氨基酸序列与其它细菌外膜蛋白的氨基酸序列的比较结果 ,进一步证实细菌外膜蛋白氨基酸序列的N端存在高度保守区。根据序列分析结果推测 ,ompTS基因很可能是一个新的...
关键词：
嗜水气单胞菌 外膜蛋白 ompTS基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔军 夏咸柱 胡桂学 谢之景 闫芳 杨松涛 黄耕
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王宇 王中康 廖玉凤 殷幼平
丝氨酸蛋白酶是眼斑芫菁消化系统内重要的消化酶,为了更好地了解丝氨酸类蛋白酶在芫菁消化系统中的作用,本研究利用5'cDNA末端快速扩增(5'RACE)和3'RACE的方法获得该基因的全长cDNA序列,登录号为KC954650。该基因的开放阅读框长816 bp,编码271个氨基酸,预计分子质量为28.22kDa,pI为5.09,预测分子式为C1255H1975N321O400S8,不稳定系数为23.35,总亲水性系数为0.286,为疏水性稳定蛋白。序列分析表明该基因编码的蛋白含有丝氨酸蛋白酶的保守功能位点,与赤拟谷盗在系统进化关系上最近。本研究首次从眼斑芫菁体内克隆得到丝氨酸蛋白酶基因,为后期研究...
关键词：
丝氨酸蛋白酶 眼斑芫菁 RACE
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点。结果显示:本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的4个可变剪切体,其编码的蛋白质均具有Troponin超家族结构域特征,同源性比对发现该蛋白的氨基酸序列在节肢动物中高度保守。系统进化分析发现凡纳滨对虾Tn-Ⅰ3和Tn-Ⅰ4与中国对虾和小龙虾的Tn-Ⅰ遗传距离较近,而Tn-Ⅰ1和Tn-Ⅰ2单独聚为一支,且与其他物种Tn-Ⅰ遗传距离较远;通过测序比较不同个体凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因序列发现在Tn-Ⅰ的4种不同剪切体编码区共同序...
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