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[期刊] 水产学报
[作者]
洪斌 牛犇 陈萍 李薇 刘海泉 潘迎捷 赵勇
探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
汪毅 闫明磊 李航 黄旭雄 李松林
以商品饲料为对照组(A组)、喷涂市售光合细菌菌液(B组)、红假单胞菌菌液(C组)和红螺菌菌液(D组)饲料为试验组,研究饲料喷涂不同光合细菌对凡纳滨对虾幼虾[(1.21±0.24) g]生长、肝胰腺消化酶活性及肠道微生物群落组成的影响。结果显示:光合细菌处理组(B、C和D组)的增重率高于对照组,但差异不显著(P>0.05); C组和D组对虾肝胰腺淀粉酶活力显著高于对照组(P0.05)。高通量测序结果表明,随着对虾的生长,其肠道微生物丰富度和多样性均提高。摄食喷涂光合细菌饲料后对虾肠道γ-变形细菌纲所占百分比减少,其中C组和D组γ-变形细菌纲比例显著低于对照组(P<0.05)。各组对虾肠道中检测到的占比大于0.5%的主要微生物属有9个,分别为希瓦氏菌属(Shewanella)、气单胞菌属(Aeromonas)、嗜冷菌属(Algoriphagus)、纤维弧菌属(Cellvibrio)、GpXIII、小梨形菌属(Pirellula)、浮霉状菌属(Planctomyces)、假单胞菌属(Pseudomonas)和红细菌属(Rhodobacter)。使用光合细菌没有显著改变对虾肠道微生物群落的整体丰富度和多样性,但在一定程度上丰富对虾肠道微生物属水平的组成。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郭慧 朱旭枫 陈锦霖 李广丽 朱春华
为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P<0.05),肝体比均显著降低(P
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李云莉 高权新 张晨捷 施兆鸿 彭士明 王建钢
在水产养殖中,抗生素是用来治疗细菌性疾病最有用的药物。但近些年的研究发现,过度使用抗生素,反而诱导产生了一系列带有抗性基因的致病菌,严重制约了水产养殖业的发展。本文以近15年来国内外相关研究的文献为依据,概括介绍了抗生素抗性基因(ARGs)的产生及其传播途径、ARGs污染的危害性、国内外ARGs污染研究现状及加强ARGs污染研究的必要性等4个方面的研究进展,围绕抗性基因的检测、ARGs的传播、扩散及作用机制和控制、消除ARGs的方法等方面进行了后续研究重点的展望,以期为我国水产养殖行业的可持续发展提供依据
关键词：
抗生素 抗生素抗性基因 水产养殖
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨逸尊 罗国芝 谭洪新
为探究不同浓度硫酸新霉素对于生物絮团处理氨氮及抗生素抗性基因的影响，本实验对生物絮团水质及絮团指标、水体中抗生素含量和生物絮团中6种抗生素抗性基因的含量进行了检测。结果显示：在氨氮转化的速率上，初次加药连续监测显示未添加组(A组)、0.5 mg/L硫酸新霉素组(B组)、1 mg/L硫酸新霉素组(C组)和3 mg/L硫酸新霉素组(D组)的氨氮去除速率分别为(3.88±0.02) mg TAN/(g TSS·h)、(2.22±0.03) mg TAN/(g TSS·h)、(2.17±0.04) mg TAN/(g TSS·h)和(1.72±0.02) mg TAN/(g TSS·h),氨氮去除速率A组>B组>C组>D组。而间隔一个休药期(500℃·d)的第二次加药连续监测显示4个组的氨氮去除速率分别为(2.99±0.08) mg TAN/(g TSS·h)、(2.98±0.03) mg TAN/(g TSS·h)、(2.97±0.08) mg TAN/(g TSS·h)和(5.10±0.03) mg TAN/(g TSS·h),氨氮去除速率D组>A组>B组>C组。对水体抗生素检测发现，两次检测都未能测出水体中硫酸新霉素的存在。对抗生素抗性基因检测发现硫酸新霉素对于aph(3′)-Ia、aph(3′)-Ⅱa、aac(6′)-Ⅰb、aac(3)-Ⅱ这四种基因具有较大的选择和富集的能力。但B组的各抗生素抗性基因的拷贝数均为最低。实验结束后对4个实验组的异养菌菌落数量进行检测，发现了B组的菌群群落数量相较其他3组有明显提升。比较结果表明硫酸新霉素在第一次加药时随着浓度提高，对氨氮转化速率的影响越大。但在第二次加药时，添加的硫酸新霉素浓度对氨氮转化速率无负面影响，而高浓度的硫酸新霉素可以促进生物絮团氨氮的转化，但会显著增加抗生素抗性基因的拷贝数。
[期刊] 水产学报
[作者]
金若晨 江敏 孙世玉 戴习林 吴昊 周俊芳 于忠利 张峰
为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化，本实验采用Illumina测序平台，基于16S rRNA基因的测序结果，对46 d和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水体、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示，86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d，水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道；有35个门、71个纲、155个目、274个科以及277个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到，其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间发生变化，46 d与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6，相对丰度随时间增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群，在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门，优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲，除此以外，虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲，从目、科、属的分类水平上看，水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异，鲜有明显重叠的优势菌类，在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位，水样中优势属为hgcI＿clade，底泥和虾肠道中优势属为ambiguous＿taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张琳 马晓磊 朱葆华 于文功 杨官品 潘克厚
为了筛选到微拟球藻Nannochloropsis oculata的筛选标记,研究了微拟球藻对新霉素(Neomycin)、链霉素(Streptomycin)、潮霉素(Hygromycin)、壮观霉素(Spectinomycin)和博来霉素(Zeocin)的敏感性。每种抗生素都设置液体培养和固体培养实验并且浓度梯度相同。新霉素和链霉素的浓度梯度为:0、100、200、400、600、800μg/ml。潮霉素的浓度梯度为0、25、50、100、125、150μg/ml。壮观霉素浓度梯度为0、40、80、100、150、200μg/ml。博来霉素浓度梯度则为0、0.1、0.2、0.4、0.5、1μg/...
关键词：
微拟球藻 遗传转化 筛选试剂 博来霉素
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘文亮 许华 唐杨 宋晓玲 黄倢
为了研究外源补充蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)生物膜对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长、抗病力及对其肠道微生物组成的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌游离态活菌作为游离态组(活菌含量为108 CFU/g);在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌活菌生物膜作为生物膜组(活菌含量为108 CFU/g);每组8个平行。在养殖大棚暂养7 d后,对凡纳滨对虾进行40 d的养殖实验。在第17天进行白斑综合征(White Spot Syndrome Virus,WSS
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李玉宏 柴鹏程 胡修贵 孙艳 黄倢 宋晓玲
本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张苗苗 张文飞 董冰雪 韩雪梅 杨家顶 刘丰瑜
【目的】通过探索海南东寨港红树林抗生素抗性基因（ARGs）的分布情况及微生物和ARGs之间的关联特征，了解红树林的抗性污染现状，为环境中抗性基因风险评估提供理论支撑。【方法】采用宏基因组学技术，探索海南东寨港红树林沉积物与水体中抗生素抗性基因的组成、多样性以及与微生物的相互关系。【结果】利福平抗性基因rpoB mutants、达托霉素类药物抗性基因rpoC、氟喹诺酮类药物抗性基因mfd、氨基香豆素抗性基因alaS、乙酰氧基耐药基因EF-Tu mutants、大环内酯类抗性基因macB以及异烟肼耐药基因katG是海南东寨港红树林水域的优势基因。沉积物和水体中抗生素抗性基因种类组成相似，但水体中抗性基因的多样性皆高于沉积物。NMDS分析发现，沉积物与水体ARGs的组成、分布明显不同。ARGs与微生物类群的关联分析表明，α-变形菌纲、γ-变形菌纲、β-变形菌纲以及黄杆菌纲是与ARGs关联较强的主要微生物类群，占比高达70%。水体中抗性基因主要来源于α-变形菌纲、β-变形菌纲和黄杆菌纲，而沉积物中抗性基因主要来源于γ-变形菌纲和δ-变形菌纲。【结论】红树林沉积物和水体中具有不同的ARGs组成特征，沉积物与水体具有不同的抗性基因风险特征，因此对红树林耐药微生物和ARGs进行生态监测和治理时，除重点监测微生物的组成特征外，还应关注水体中ARGs的变化规律，从而预测海南东寨港红树林沉积物微生物的耐药性风险。
关键词：
红树林 抗生素抗性基因 沉积物 水体
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周俊雄 马荣琴 李冬松 田容川 李敏昱 罗艺彬 刘平平 田宝玉
采用微生物培养和影印法对家养禽类鸡、鸭和肉鸽肠道可培养细菌抗生素抗性的种类、数量和分布进行了调查．结果表明：在调查的鸡、鸭和肉鸽３种禽类中，肠道可培养细菌抗生素抗性的分布非常普遍，所有测试细菌至少可以抗一种抗生素，抗５种以上抗生素的细菌占测试细菌的比例分别为７５．０％、５８．９％和９７．４％；个别细菌对测试的１０种抗生素均具有抗性．在抗生素方面，肠道可培养细菌对萘啶酮酸、盐酸四环素、盐酸克林霉素、磺胺嘧啶和红霉素的抗性分布比较广泛．提取细菌基因组并扩增１６Ｓ ｒｒＮＡ基因，并对这些细菌进行分子鉴定的结果表明，分离的肠道可培养细菌为埃希氏大肠杆菌．在美国国家生物技术信息中心数据库进一步搜索的结果．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张健龙 江敏 王城峰 童晓岚 金婧 顾德平 胡伟国 于忠利 戴习林
为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程中挂膜式生物滤器内不同位置间微生物群落结构多样性的差异,采集已运行46 d的挂膜式生物滤器内挂膜上部外侧和内侧、下部内侧和外侧及收集盘5个不同位置的微生物,采用分子生物学手段,通过16S r RNA基因高通量测序法对生物滤器内微生物进行多样性分析,并对不同位置间功能性微生物进行对比。结果显示,在门水平上,5个不同位置共鉴定出10个主要类群,其中,变形菌门(Proteobacteria)所占丰度比例较大,为主要优势类群,硝化螺旋菌门(Nit
[期刊] 中国农业科学
[作者]
章程 冯瑶 刘元望 成登苗 郑宇 李兆君
【目的】研究抗生素在土壤中残留情况及其对土壤细菌多样性的影响,为今后抗生素类污染物的土壤微生物修复和环境风险评价提供依据。【方法】通过在种植菠菜土壤中添加抗生素的盆栽试验,以庆大霉素和泰乐菌素及对应功能降解微生物(庆大霉素降解真菌FZC3和泰乐菌素降解细菌无色杆菌)为研究对象,设计7个处理,分别为庆大霉素(CG)、庆大霉素+FZC3(CGF)、泰乐菌素(CT)、泰乐菌素+无色杆菌(CTW)、两种抗生素(CM)、两种抗生素+两种降解菌(CMM)和空白(CC),其中庆大霉素残留率的对比组为CG、CGF、CM和CMM处理;泰乐菌素残留率的对比组为CT、CTW、CM和CMM处理。借助固相萃取-液质联用及Illumina高通量测序技术,对试验过程中抗生素残留及其对土壤细菌多样性影响进行研究。【结果】添加FZC3和无色杆菌可分别显著提高土壤中庆大霉素和泰乐菌素的去除效果,但随着菠菜的生长,各处理间抗生素残留率差异逐渐变小:第一周不同处理抗生素残留率差异最为显著,其中CMM处理中庆大霉素的残留率最低,为53.93%;CTW处理中泰乐菌素的残留率最低,为3.92%。第一周CGF处理比CG处理中庆大霉素残留率下降了约3.3%,CTW处理比CT处理中泰乐菌素的残留率降低了4.1%。同时,添加抗生素及其降解菌会不同程度影响土壤细菌丰富度和多样性:与CC相比,CG、CTW和CMM 3个处理中土壤细菌的丰富度和多样性有显著差异(P<0.05)。FZC3可以缓解庆大霉素对土壤细菌的抑制作用,与CC处理相比,CG处理马赛菌和芽胞杆菌的相对丰度更高,而CGF与CC组群落结构相似;无色杆菌对土壤细菌菌群的影响程度大于其对缓解泰乐菌素毒性抑制作用的影响,相较于CT和CC处理,CTW处理中无色杆菌的添加抑制了土壤其他细菌的生长,而CT与CC处理各属细菌菌群相对丰度差异不显著。CM与CC处理相比,土壤中细菌丰富度、多样性和细菌群落结构均无显著差异,表明两种抗生素同时添加其相互间呈现拮抗作用。【结论】土壤中庆大霉素和泰乐菌素的残留对土壤微生物群落结构有不同程度的影响。添加功能微生物可以提高两种抗生素的去除效率,FZC3添加可以缓解庆大霉素对土壤细菌的影响,而无色杆菌添加对土壤细菌菌群影响较大。
[期刊] 水产学报
[作者]
尚碧娇 左志晗 李文悦 邵迎春 刘逸尘 孙金生
以霍氏肠杆菌(E3)和乳酸菌(R3)2株益生菌对凡纳滨对虾进行为期4周的养殖饲喂实验,饲喂后期利用Biolog-ECO方法对实验组及空白组的凡纳滨对虾肠道微生物菌群多样性的差异进行比较分析,以评价益生菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群代谢功能的影响。结果显示,添加霍氏肠杆菌(E3)或乳酸菌(R3)的实验组,与空白组相比较,平均每孔颜色变化率显著上升,表明益生菌增强了肠道微生物活性;凡纳滨对虾肠道微生物利用各类碳源的整体能力显著增强,表明益生菌可以促进水产动物的代谢功能;肠道微生物多样性指数(包括Shannon、Simpson和McIntosh指数)有明显差异,表明饲喂2株益生菌可以提高凡纳滨对虾肠道菌群的丰富度。其中,停喂霍氏肠杆菌后第1天和第5天取样结果表明,Shannon指数显著降低,Simpson和McIntosh指数显著升高;停喂乳酸菌后的第1天和第5天取样结果表明,Shannon指数无显著差异,Simpson和McIntosh指数显著升高;二者在第10天取样的结果中均无显著差异,表明饲料中添加益生菌可以改变凡纳滨对虾肠道内原有菌群的数量和结构,促进对虾肠道内微生物群落间复杂的相互作用,进而在维持或者促进对虾健康方面发挥着重要的作用,同时也表明此两株益生菌在凡纳滨对虾肠道中停留时间最少为5 d。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
魏清甜 李平华 汪涵 石磊 牛清 林明新 吴望军 周波 黄瑞华
为研究粪肠球菌替代饲用抗生素的可行性,将150头25日龄断奶仔猪[(8.41±0.17)kg,杜×长×大],随机分为基础日粮、100 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅰ组)、200 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅱ组)、400 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅲ组)和抗生素组共5组,每组4个重复,每个重复7或8头仔猪。试验1~14 d和15~28 d测定各组猪只生长性能和腹泻率;试验开始和结束时测定基础日粮组、抗生素组和处理Ⅱ组血清IgA、IgM、IgG含量,同时试验结束时测定上述3组肠道微生物数量。结果表明:1~14 d阶段,各处理组平均日增重、料肉比和腹泻率较基础日粮组均显著改善(P<0.05),且与抗生素组差...
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