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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马骞 吴雨薇 王刘永 赵晓龙 周启苓 陈刚 黄建盛
为更好地开发军曹鱼(Rachycentron canadum)高多态性微卫星分子标记，本研究基于军曹鱼全基因组测序结果，利用MISA1.0软件对其简单重复序列(simple sequence repeat， SSR)的位点信息进行检索及分析。结果显示，基因组中共筛选出1～6个核苷酸为重复单元的SSR位点344 820个，其中以单核苷酸重复序列最多(174 146个)，占SSR总数的50.50%；其次为二核苷酸重复和三核苷酸重复序列，分别占SSR总数的30.23%和14.02%。在SSR包含的重复单元中，单核苷酸重复以A/T类型为主，AC/GT是二核苷酸的优势重复单元类型。军曹鱼基因组SSR核心序列重复次数在4～275次范围内波动，单核苷酸SSR重复数为10的最多，二核苷酸SSR重复次数为6的最多。本研究设置长度≥12 bp为筛选高多态性SSR位点的标准，共获得361 684个位点。在上述位点中随机选取100个候选位点进行基因分型检测，利用从中筛选到多态性较高的10个SSR标记分别对北海、陵水、硇洲、徐闻和三亚5个养殖群体进行遗传多样性分析，145尾个体中共检测到69个等位基因，观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))及多态信息含量(PIC)平均值分别为0.628、0.706及0.653。相关研究结果表明，军曹鱼基因组中SSR位点类型较为丰富、多态性潜能较高，从中筛选获得的多态性SSR标记可为军曹鱼分子标记辅助育种、群体遗传多样性评价等研究提供有力支持。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王旭蕾 高进 齐鑫 王永波 陈傅晓 刘金叶 符书源
为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)、鞍带石斑鱼(E. lanceolatus) 5种石斑鱼全基因组中微卫星的分布特征，本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选，分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示，在5种石斑鱼全基因组中，均筛选出超过28万个微卫星位点，相对丰度介于271～296个/Mb之间，平均长度在22 bp左右，微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%～0.67%，其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致，二碱基重复最多，其次为单碱基，且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN、AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大，但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致，即随着拷贝数增加，微卫星数目随之递减，拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中，各个重复类型中均有数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别重复了502、803和48次，云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别重复了205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致，鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考，并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。
关键词：
石斑鱼 全基因组 微卫星 分布特征
[期刊] 水产学报
[作者]
黄纬杰 郭向召 张子豪 董强 熊雪梅 高泽霞
为分析草鱼全基因组微卫星特征并开发高多态性微卫星标记亲子鉴定平台，实验利用已发布的草鱼全基因组序列，开发高度多态、准确度高、重复单元在4～6碱基范围的微卫星标记。结果显示，在草鱼900.51 Mb基因组序列中共筛选到微卫星序列677 363个，总长度12 835 407 bp，占全基因组长度的 1.425 4%，平均跨度为1 329.43bp。其中单碱基重复序列出现最多，占比52.85%；二碱基重复序列其次，占比31.44%；再次是四碱基重复，占比8.05%，三碱基重复序列占比6.47%，五碱基重复序列占比1.12%；六碱基重复出现最少，仅占比0.07%。1～6碱基重复类型中优势重复单位分别是A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、AATAT/ATATT、AACCCT/AGGGTT。随机挑选重复序列为4～6个碱基的110个位点设计引物，在草鱼繁殖亲本群体中扩增，筛选出15对多态性引物，经CERVUS 3.0软件分析15个位点平均期望杂合度0.802～0.959，模拟分析结果鉴定准确率为100%，置信度为95%。通过对20个家系子代192个个体进行亲本来源鉴定，所有子代均成功匹配到正确父母本，鉴定准确率达到100%。本研究分析了草鱼全基因组微卫星特征，并利用多态性微卫星位点进行草鱼亲子鉴定，为草鱼微卫星的功能和应用研究以及草鱼的育种工作奠定基础。
关键词：
草鱼 全基因组 微卫星 亲子鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
董秋芬 刘楚吾 郭昱嵩 刘丽 徐田军
微卫星DNA,又称短串联重复序列(STR)或简单序列重复(SSR),是广泛存在于真核生物基因组中的简单重复DNA片段,一般每个重复单位仅1～6个碱基,重复数为10～20次,其中动物体中以双核苷酸(CA/GT)n最为常见。根据微卫星DNA核心序列两端的保守序列设计引物
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵蕊蕊 徐胜勇
绒杜父鱼(Hemitripterusvillosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类,近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势。为评估绒杜父鱼基因组基本信息,开发基因组范围内遗传标记,以期为资源管理和保护工作提供参考,本研究对绒杜父鱼开展全基因组survey分析, k-mer分析表明绒杜父鱼基因组大小约为713.18 Mb,杂合率为0.26%,重复序列的比例为38.61%。基因组初步组装结果显示, Contig N50和Scaffold N50分别为7433 bp、19388 bp。在整个基因组范围内,总共检测到583498个微卫星位点,相对丰度为1010个/Mb。其中二碱基重复比例最高(55.61%),单碱基重复次之(33.39%)。在二、三碱基重复中主要是AC/GT和AGG/CCT类型,微卫星重复拷贝数主要集中在5～17次。研究结果表明,绒杜父鱼基因组为简单基因组,可以用“Illumina+PacBio+Hi-C”的测序策略组装出高质量全基因组序列,而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记。本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈微 张全启 于海洋 胡景杰 齐洁 包振民
以牙鲆(Paralichthys olivaceusTemminck et Schlegel)为材料,基因组DNA经Sau3AⅠ进行部分酶切后,选取400~1 200 bp大小的片段连接到经BamHⅠ酶切的pUC19质粒中,连接产物转化大肠杆菌DH5α,构建牙鲆酶切片段基因组文库。采用菌落杂交的方法,以(AC)10(、AG)10为探针从文库中筛选阳性克隆16个,共得到20个微卫星序列,其中完全型13个,不完全型5个,复合型2个。对其中18个进行引物设计,有11对引物扩增出目的片段,其中8对引物在群体中具有扩增多态性。在威海野生牙鲆30个个体中,各座位上得到的等位基因数为4~19个,观测杂合度(...
关键词：
牙鲆 菌落杂交 微卫星 多态性
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 常玉梅 徐丽华 刘春雷 梁利群 韩国苍 高玉奎 柳玉海
通过磁珠富集法筛选东北雅罗鱼的微卫星分子标记。采用限制性内切酶Sau 3AI对东北雅罗鱼基因组DNA进行酶切,选取400～900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CAG)8、(TGA)8、(AGAT)6、(GATT)6 4个探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后以SaulA为引物对长出的菌落进行PCR扩增,挑取扩增后片段大小符合条件的菌落送生物公司测序。结果表明:1 416个阳性克隆中有1 047个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列,完美型占67.99%,非完美型为15.31%;混合性标记占16.70%。从中选出160个微卫星序...
关键词：
东北雅罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 华北农学报
[作者]
郝卓然 梁利群 常玉梅 任波
通过磁珠富集法筛选扁吻鱼的微卫星分子标记。利用限制性内切酶Sau3AI对扁吻鱼的基因组DNA进行酶切,并选取片段大小在250～750 bp间的片段,利用PCR技术进行全基因组扩增,采用生物素标记的(CA)8探针对微卫星片段进行富集。富集后的片段与T载体连接后利用DH5α大肠杆菌进行转化,然后以Sau3AI为引物对菌落进行PCR扩增,扩增后选片段大小符合条件的菌落挑取至测序板,进行测序。结果表明:PCR筛选共获得563个阳性克隆,其中测序192个阳性克隆后发现有53个微卫星序列;序列分析表明,完美型占67.92%,非完美型为22.64%;混合性标记占9.43%。根据测序结果设计微卫星引物24对,...
关键词：
扁吻鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 草业科学
[作者]
刘倩倩 谭宇尘 姚宝辉 康宇坤 苏军虎
利用第二代高通量测序技术对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)大脑组织进行转录组测序,筛选微卫星标记,分析其组成与特征,并检验其多态性,为高原鼢鼠微卫星标记的开发及后续研究等奠定基础。结果发现:在获得的29 090个微卫星标记中单核苷酸重复A/T是重复次数最多的类型(54.31%),其次为二碱基重复CA/TG (10.46%),其他碱基重复类型仅占16.79%。随机选取104个微卫星位点进行引物设计,发现有43个位点扩增成功。12个多态性位点经毛细管电泳检测发现,等位基因数为3～12个,观测杂合度(Ho)为0.263～0.937,平均值为0.651,期望杂合度(He)为0.285～0.844,平均值为0.600。使用Bonferroni校正后,有2个微卫星位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(P 0.01)。多态信息含量(PIC)在0.251～0.816,全部为中度多态性(0.250 0.500)。这些微卫星标记为高原鼢鼠的亲权关系鉴定、种群遗传学等研究提供了基础数据。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
马海涛 鲁翠云 于冬梅 孙效文
采用新型的生物素-磁珠吸附微卫星富集法与传统的放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中存在的微卫星资源。结果,从1 000个细菌中,挑出90个阳性克隆,把其中45个进行测序分析,在这些序列中共含有68个微卫星核心序列,有55个含有重复次数大于5次的微卫星核心序列。其中,单一型标记49个,占72%,包括CA重复单元共22个,GT重复单元共18个,其他重复单元为9个;在72%的单一型标记中,完美单一型微卫星标记为44个,占65%。另外,混合型标记共19个,13为完美混合型;在所有微卫星标记中,CA重复类型最普遍,依次为GT、GA等。在68...
关键词：
草鱼 生物素 磁珠 微卫星
[期刊] 水产学报
[作者]
张潇峮 徐亘博 廖小林 张家波 陈松林
将牙鲆基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ和Bst UI双酶切后采用FIASCO法构建酶切片段基因组文库。共挑取269个克隆,177个为阳性克隆,阳性克隆率为65.79%。经测序后获得191条微卫星序列,其中完美型占74.35%;非完美型占14.66%;混合型占10.99%。用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物153对,挑选其中的50对合成并在32个野生牙鲆个体中进行扩增,共31个位点具有多态性,统计结果后使用POPGENE软件进行分析,平均等位基因个数为3.939 4,平均有效等位基因数为3.052 2,平均观测杂合度为0.650 1,平均期望杂合度为0.586 6,各引...
关键词：
牙鲆 微卫星 FIASCO 多态性
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 张亚东 彭婵 宋丛文 杨彦伶
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗
关键词：
水杉 基因组 微卫星 标记开发
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李伟强 陈刚 马骞 黄建盛 施钢 潘传豪 周晖 谢瑞涛 张健东 汤保贵
利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833～6.750,平均有效等位基因数为2.284～3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481～0.635和0.533～0.681,平均多态信息含量为0.463～0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.055～0.150,遗传距离(D)为0.240～0.635,其中,BH和NZ的F_(st)最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei′s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。
关键词：
军曹鱼 养殖群体 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
徐宇辉 马志杰 郭卫兴 莫延新 陈生梅
为探究牦牛全基因组中重复序列的组成特征，本研究以染色体水平的牦牛全基因组（BosGru3.1）为研究对象，利用生物信息学方法对牦牛基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测，并对其分布特征进行综合分析。结果表明：1）在牦牛全基因组（2.83 Gb）中，共筛选出778 413个单纯型SSRs，总长度为14.42 Mb，占全基因组序列总长的0.51%，相对频率和相对密度分别为274.92 loci/Mb和5 094.43 bp/Mb。2）牦牛31条染色体中，1号染色体所含的SSRs数量最多（48 592个，6.24%）,29号染色体所含的SSRs数量最少（11 758个，1.51%），染色体DNA序列长度与其所含SSRs数量呈显著正相关（P<0.001）。3)6种重复类型的单纯型SSRs在牦牛基因组中分布不均匀，其中单碱基重复类型的SSRs数量最多（320 592个，41.19%），其次是两碱基（197 824个，25.41%）、三碱基（130441个，16.76%）、五碱基（75 056个，9.64%）、四碱基（52 523个，6.75%）和六碱基（1 977个，0.25%）。4）各重复类型分别以A、AC、AT、AGC、AAC、AAAT、AAAC、AACTG、AGATC和AACCCT类别的SSRs分布较多，表现出明显的A(T)碱基组成优势。5）各重复类型的SSRs其重复拷贝数分别集中在12～25次（单碱基）、7～26次（两碱基）、5～13次（三碱基）、4～8次（四碱基）、4～7次（五碱基）和4～6次（六碱基）。综上，本研究揭示了牦牛全基因组中单纯型SSRs的分布特征，表明各重复类型的SSRs其频率、密度、优势碱基类别及重复拷贝数均存在差异，呈现出一定的规律性。本研究为深入了解牦牛基因组中重复序列特别是单纯型SSRs的组成和分布特征提供参考，也为后续发掘牦牛特异性SSRs标记、构建遗传图谱及开展标记与性状间的关联分析等研究奠定基础。
关键词：
牦牛 基因组 单纯型微卫星 丰度
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王蕾 刘继红 张立冬 孙效文
通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau3A I对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400～900bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库。用生物素标记的微卫星探针(CAG)15对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库。利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含...
关键词：
牙鲆 微卫星 磁珠富集
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