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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李靖 廖梅杰 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用 刘安然
采用传统细菌培养方法,对养殖刺参(Apostichopus japonicus)早期发育各阶段幼体体内及环境(投入饵料及培育用水)菌群的组成与结构展开研究,对分离的优势细菌进行分子鉴定,在此基础上,进行了刺参幼体体内菌群结构与环境菌群结构相关性分析。幼体各发育期的细菌培养结果显示,在幼体开口前的各发育时期(性腺、卵、受精卵、原肠胚)均无可培养细菌,在投饵以后,耳状幼体、樽形幼体体内可分离到可培养细菌,幼体发育到稚参以后,消化道可培养细菌总数急剧增加,并在4月龄时达到10~8 CFU/g数量级。在幼体体内可培养细菌中,弧菌(Vibrio)占比为2.2%～77.3%。对环境菌群的细菌培养结果显示,培育用水中细菌含量变化不显著,随着幼体发育期饵料的转变,不同时期饵料中细菌含量差异显著。整个养殖系统中共分离到65株优势细菌,16S rDNA鉴定结果显示,所分离的65株优势菌鉴定为14个属43种细菌。相关性分析结果显示,随着幼体的发育,生物饵料中的细菌对消化道中的菌群结构影响越来越大。本研究结果为解析刺参消化道菌群的形成过程和演替规律以及养殖用益生菌的筛选与应用奠定了基础。
关键词：
刺参 早期发育 可培养细菌 菌群特征
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘艳霞 张靖婧 周叶青 王荦 林志萍 丁君 常亚青
为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果旨为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史秀清 张正 王印庚 于永翔 邓威 李华
采用传统的细菌培养方法，对大菱鲆（ＳｃｏｐｈｔｈａｌｍｕＳ ｍａｘｉｍｕＳ）育苗生产过程中不同发育时期仔稚鱼的消化道、投喂饵料和养殖水源中的可培养细菌进行了菌群结构分析和优势菌株的１６Ｓ ｒ ＤＮａ同源性比较，揭示其形成过程和演替规律。结果显示，在大菱鲆仔稚鱼５－３６日龄的不同发育时期，消化道中的细菌数量呈现了先升高后降低的变化趋势，在１７－２６日龄期间，仔稚鱼消化道可培养细菌数量级在１０５－１０６ ｃＦｕ／ｇ以上，并且与其他时期存在极显著差异（ｐ＜０．０１）。弧菌总量呈现先升高后稳定的变化趋势，１７日龄之前与之后存在显著差异（ｐ＜０．０５）。至投喂颗粒饵料期，细菌总量和弧菌总量均稳定在１０４．．．
关键词：
大菱鲆 苗种繁育 消化道菌群 细菌培养
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史秀清 张正 王印庚 于永翔 邓威 李华
采用传统的细菌培养方法,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)育苗生产过程中不同发育时期仔稚鱼的消化道、投喂饵料和养殖水源中的可培养细菌进行了菌群结构分析和优势菌株的16S r DNA同源性比较,揭示其形成过程和演替规律。结果显示,在大菱鲆仔稚鱼5-36日龄的不同发育时期,消化道中的细菌数量呈现了先升高后降低的变化趋势,在17-26日龄期间,仔稚鱼消化道可培养细菌数量级在105-106 CFU/g以上,并且与其他时期存在极显著差异(P<0.01)。弧菌总量呈现先升高后稳定的变化趋势,17日龄之前与之后存在显著差异(P<0.05)。至投喂颗粒饵料期,细菌总量和弧菌总量均稳定在104...
关键词：
大菱鲆 苗种繁育 消化道菌群 细菌培养
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张晓静 宋晓玲 万晓媛 杨冰 黄倢
采用常规细菌分离、培养与纯化，结合细菌１６ＳｒＤＮＡ序列分析等方法，调查分析了山东、天津、浙江部分苗种场凡纳滨对虾（ＬｉｔｏｐｅＮＡｅｕＳ ｖＡＮＮＡｍｅｉ）和中国明对虾（ＦｅＮＮｅｏｒｐｅＮＡｅｕＳ ｃｈｉＮｅＮＳｉＳ）苗种体内的可培养细菌总数以及优势菌的种类和数量，并用ｐｃｒ的方法检测对虾苗种携带病毒情况。结果显示，凡纳滨对虾和中国明对虾苗种体内的可培养细菌总数均在１０～５–１０～７ ｃＦｕ／ｇ之间，分离出的细菌分属于弧菌属（ｖｉｂｒｉｏ）、发光杆菌属（ｐｈｏｔｏｂＡｃｔｅｒｉｕｍ）、芽孢杆菌属（ｂＡｃｉＬＬｕＳ）、盐单胞菌属（ｈＡＬｏｍｏＮＡＳ）等８个属，其中，弧菌属在对虾苗种体内占绝对．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
林淑婷 钟金仙 王火珠 刘亚婷 姜兆华 赖正锋 吴立东
[目的] 探究苦瓜皂苷坐果期间不同发育阶段的变化特征、差异性以及相关性研究，为苦瓜的功能性育种、最佳采收期确定及品质调控提供科学依据。[方法] 以自主选育的苦瓜‘明绿5号’为研究对象，通过香草醛法、高效液相色谱-质谱法、离子发射光谱仪等对苦瓜皂苷的组成、含量及其理化因子进行探究，并对结果进行化学计量学分析。[结果] 不同发育阶段苦瓜总皂苷含量差异极显著（P<0.01），总体呈下降趋势，含量变幅为3.14～10.64 mg·g~(-1)，而单果总皂苷含量呈上升趋势，含量变幅为9.03～77.14 mg。特征图谱共标定共有峰55个，包含了苦瓜皂苷的大部分信息，不同发育阶段共有峰峰面积RSD的变幅为14.68%～193.01%，其中变幅在50%以上的共有峰占比达85.45%。聚类分析与主成分分析结果一致，均将幼果期3个批次聚成一类，膨大期聚为一类，3个成熟期聚为一类。通过偏最小二乘分析，青熟期至完熟期差异较小，但与幼果期、膨大期差异显著，经质谱确证，最终确定了10个特征差异代谢物。相关性分析表明，在坐果期间，差异代谢物总体与总皂苷、果形指数、氮元素、磷元素和铜元素呈极显著正相关（P<0.01），与果实纵径、果实横径、单果重、果肉厚和含水率呈极显著负相关（P<0.01）。[结论] 不同发育阶段苦瓜皂苷组成较稳定，总皂苷及其组分含量有显著性差异。转色期可作为以皂苷收获为目标的最佳采收期。苦瓜皂苷L、苦瓜皂苷K等10个单体皂苷组分是不同发育阶段的主要活性单体，其变化与总皂苷、果形指数以及氮、磷、铜元素密切相关。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张盛静 赵小金 宋晓玲 张晓静 万晓媛 黄倢
为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表...
关键词：
对虾 肠道 可培养细菌 优势菌 WSSV
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李彬 廖梅杰 荣小军 张正 王印庚 陈贵平 王岚 范瑞用
２０１４年１０月，利用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术分析了标准化养殖池塘中仿刺参（ＡＰｏｓｔｉＣｈｏＰｕｓ ｊＡＰｏｎｉＣｕｓ）肠含物及附着基和底泥中细菌的菌群结构及其相关性。结果显示，仿刺参肠含物、附着基、底泥中细菌多样性较高，分别平均获得３０．００±１．００、１５．３３±１．７０、２１．６７±２．６２条带，肠含物中细菌种类数显著高于附着基和底泥。聚类分析和戴斯系数表明，不同池塘的仿刺参肠含物样本单独聚为一支，相似性达到０．７８５，附着基和底泥样品聚为一支，平均相似性达到０．５３２。不同样品ＤＧＧＥ图谱中２０条优势条带的切割、克隆、测序，共获得了２０条细菌序列，表明肠含物细菌种类以聚球藻属（ｓｙｎＥＣ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
于清武 胡丽琴 李菲 易湘茜 孙玉林 高程海
模拟低温（１０℃）环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌，基于１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析，并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明，从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌３２株，分属于３个菌门（变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门）的１９个种，其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有１７株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌４种指示菌均表现出抑制作用，占分离菌株种类的８９．５％。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杨泽禹 万夕和 史文军 王李宝 黎慧 沈辉 乔毅 蒋葛 成婕
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程多使用微生态制剂来调节水质，为避免破坏池塘菌群结构，养殖过程中很少使用抗生素。为了解凡纳滨对虾肠道细菌耐药性与不同生长阶段的关系，本研究选取江苏地区4种主要养殖模式凡纳滨对虾成虾和虾苗作为研究对象，利用K-B纸片法和qRT-PCR技术，研究了对虾样本肠道可培养细菌对四环素等12种抗生素的耐药性和tetA等9种抗生素耐药基因(ARGs)的丰度。结果显示，不同养殖模式中凡纳滨对虾肠道可培养细菌优势属为弧菌属(Vibrio)；成虾肠道内可培养细菌种类和数量较虾苗显著上升(P<0.05)；不同养殖模式之间规律不明显。研究表明，各模式下成虾肠道细菌耐药性和ARGs丰度均低于虾苗，提示，养殖过程中通过施用微生态制剂来减少抗生素使用量的方法能降低凡纳滨对虾肠道可培养细菌的耐药性。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
陈朋 马燕武 祁峰 陈牧霞 谢春刚 李红
为研究博斯腾湖河鲈（Ｐｅｒｃａ ｆｌｕｖｉａｔｉｌｉｓ）早期发育阶段繁殖水域的生境特征，于２０１４年３－４月对白海子及相邻水域的水体理化因子、鱼类组成、高等水生植物、底栖动物群落结构进行了调查。结果表明：河鲈在３月进入繁殖期，４月结束；虽然鱼类种类组成相似，但繁殖期白海子河鲈优势度明显高于相邻水域，白海子是河鲈主要繁殖水域；繁殖期水温８～１７℃，繁殖盛期水温１１～１４℃，繁殖水深（１．４±０．２）ｍ，ＤＯ（６．８±０．１）ｍｇ／ｌ，ＰＨ ７．９，电导率（４６．５±０．４）ｍｓ／ｍ，矿化度（３５１．７±２．４）ｍｇ／ｌ，总磷（０．０２±０．００）ｍｇ／ｌ，总氮（１．１８±０．０７）ｍｇ／ｌ，氨氮．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
申云鑫 沈广材 包玲凤 濮永瑜 张庆 周旭东 尹兴盛 张荣琴 陈齐斌 何永宏 杨佩文
【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征，揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系，为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡（镇）、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品，利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群，基于Illumina-MiSeq高通量测序结果，分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比，在门分类水平上，患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高，Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低；在纲分类水平上，γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）和拟杆菌纲（Bacteroidia）的相对丰度提高；杆菌纲（Bacilli）和放线菌纲（Actinobacteria）的相对丰度降低；在属分类水平上，假单胞菌属（Pseudomonas）、无色杆菌属（Achromobacter）和剑菌属（Ensifer）的相对丰度提高；假节杆菌属（Pseudarthrobacter）、赖氨酸芽胞杆菌属（Lysinibacillus）和土壤芽孢杆菌属（Solibacillus）的相对丰度降低。鞘脂单胞菌目（Sphingomonadales）、鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）、苯基杆菌属（Phenylobacterium）、假诺卡氏菌目（Pseudonocardiales）和假诺卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）是健康烟株根际土壤中富集的细菌种群，而Chitinophaga＿sp＿＿MHS12、Azospirillaceae、Azospirillum和Flavitalea则是患病烟株根际土壤中富集的细菌种群。【结论】保山健康烟株与患病烟株土壤根际可培养细菌群落呈分化趋势，烟草青枯病的发生发展可能与烟株根际细菌种群丰度变化有关，利用有差异的可培养细菌种群可进行烟草青枯病的生物防控。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李达 刘长琳 李昂 杜腾飞 柳淑芳 庄志猛
为揭示金乌贼(Sepia esculenta)早期发育阶段内壳生长发育规律和形态学特征,本研究采集其红珠与黑珠期、心跳期、出膜期、初孵化幼体、5日龄、10日龄6个时期的金乌贼,分别测量其胴腹长(DML)、胴宽(MB)、体重(BW)、壳长(CL)、壳宽(CB),壳重(CW)、生长纹数(LN)7项指标,进行内壳形态学的主成分分析。结果显示,红珠与黑珠期、出膜期和10日龄时期各生长指标间均呈显著性正相关,心跳期、初孵化幼体期和5日龄时期部分生长指标间相关性不显著。主成分分析显示,红珠与黑珠期、心跳期的第1主成分
关键词：
金乌贼 生长性状 内壳 主成分分析
[期刊] 地理科学进展
[作者]
仝迟鸣 周成虎 程维明 张文杰 王娇 刘海江
基于DEM的地形分析方法已被广泛应用于地貌学研究中,但当前研究以定性或半定量居多,利用各类参数对大面积区域的量化分析研究较少。本文以黄土高原为研究区,利用GIS及DEM地形分析方法,将坡度小于15°的正地貌提取出来,然后利用坡度与起伏度结合分析得到黄土塬顶面,两者相减得到黄土塬坡面,最终提取黄土塬1106个;选取黄土塬核心区的106个样本,分别计算坡面平均坡度、顶面长短轴比、沟壑密度、顶面与底面比、地面裂度5个指标,然后对其分别进行等级划分,计算5个指标的几何平均值,作为评价研究区黄土塬相对年龄的指标;对组合指标(I)进行分析后,将其划分为3级,分别为早期(I<1.74)、中期(1.74≤I<2.12)和晚期(I≥2.12)。研究结果显示,在黄土塬的不同发育阶段,各个形态指标整体上存在差异,各子类型内部也存在发育先后不一致的情况。在对黄土塬各子类型计算发育阶段指数之后发现,从黄土塬、黄土残塬到黄土梁塬,I值逐渐增大。形态指标的有序变化与前人研究所得的黄土地貌发育过程十分一致。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘志刚 卢迈新 可小丽 王淼 张德锋
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。
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