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[期刊] 西南农业学报
[作者]
詹永勤 余敏 杨长平
本文研究了SCIE数据库中中美两国生物信息学文献,用定量分析法研究了文献产出年代,机构和论文被引频次,比较了中美生物信息学研究现状和存在的差距,对中国生物信息学研究发展提出了建议。
关键词：
生物信息学 研究现状 被引频次
[期刊] 世界农业
[作者]
郑国清 高亮之
[期刊] 情报学报
[作者]
黄科 曹家树 吴秋云 温庆放
生物信息学是生物技术的核心 ,是一门由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科。本文介绍了生物信息学的概念 ,分析了发展生物信息学对现今科学发展的重大意义。根据生物信息学的发展特点 ,具体分析了生物信息学研究的内容 :基因组序列的分析 ;基因进化 ;药物设计 ;基因区域预测 ;基因功能预测 ;蛋白质结构预测。评述了生物信息学发展的现状 ,指出我国生物信息学发展中存在的问题 ,并对我国发展生物信息学提出了一些建议。最后分析了生物信息学发展的方向 ,展望了生物信息学的发展前景
关键词：
生物信息学 生命科学 新兴学科
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
萧浪涛
综合分析了生物信息学这一现代新兴学科的定义和内涵 ,据此提出现代生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究生命科学中各种生物信息的表述、采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学 ,是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透和高度交叉形成的学科 .介绍了近年来国内外对于现代生物信息学的认识及其主要研究领域
关键词：
生物信息学 基因组 蛋白组 数据库
[期刊] 华北农学报
[作者]
李晓东 白晨 郭九峰 于卓 孙国琴 张惠忠
为了分离克隆强旱生植物沙冬青的ERF基因,研究其结构和功能,在已对沙冬青cDNA文库和EST分析的基础上,设计了1对特异性引物,利用PCR技术分离克隆了1个沙冬青ERF基因。该基因全长899bp,没有内含子,开放阅读框633bp,编码211个氨基酸,编码的蛋白理论MW=23216.0,理论pI=8.20。
关键词：
沙冬青 ERF基因 克隆
[期刊] 图书情报知识
[作者]
韩涛
科学数据的高速增长和科研工作者对信息获取日益提升的需求,要求科学数据库与科学文献库能实现集成信息服务,达到跨异构库知识发现的目的。本文以生物信息学为例,重点研究了生物信息学科学数据库与文献库的两种相关关系:外部关联和内部关联。前者主要是基于两者的外部相似性建立的交叉引用关系,后者则在内容层面直至知识层面实现两者的聚合和知识关联。
[期刊] 情报学报
[作者]
万跃华 何立民
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进...
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
朱庆华 李亮
本文重点介绍了国内外生物信息学的研究现状,分析了情报学与生物信息学的联系,并提出了情报学在生物信息学研究中的切入点。
关键词：
情报学 生物信息学 理论研究
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
高坤 张林巧 熊琴 王奎杰 徐晶 王克荣
寻找栗疫菌的凋亡抑制蛋白(inhibitor of apoptosis proteins,IAPs)类蛋白,明确该蛋白与其他物种IAPs的进化关系,并对CpIAP基因功能进行初步研究。以IAPs家族的典型结构域"BIR"为靶标,对栗疫菌基因组数据库进行BLAST搜索。运用生物信息学对预测的CpIAP蛋白结构进行分析并构建系统进化树;采用同源重组的策略,构建CpIAP基因缺失突变体,并重新导入该基因全长片段获得互补株。结果从栗疫菌中鉴定了1个IAP基因,Southern blot验证为单拷贝。生物信息学分析表明:CpIAP基因全长2 997 bp,编码920个氨基酸,具有2个BIR结构域;进化关...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
赵婷 彭敏 姜明珠 王树杰 任喜峰
对短日、低温不育条件下小麦光温敏雄性不育系337S上调表达的TaNDPK1基因的生物信息学特性进行分析，利用农杆菌介导法转化获得转基因拟南芥株系，并对其生物学功能进行研究，结果表明：TaNDPK1基因编码的蛋白定位于细胞核，属于稳定的亲水性蛋白质；TaNDPK1蛋白含有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的21个磷酸化识别位点，表明TaNDPK1蛋白可被上述3种氨基酸磷酸化修饰而激活，调控下游基因的表达。与野生型相比，TaNDPK1转基因纯系拟南芥株系的开花时间更迟，莲座叶数量更多，荚果发育不良，种子质量下降。由此推测，TaNDPK1基因可作为一个关键因子参与不育系337S的营养生殖转换等调控过程。
关键词：
小麦 TaNDPK1基因 理化特性 功能
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
曾佳 刘玲 周天顺 荣秀琴 袁定阳 段美娟
为鉴定水稻RR(response regulators)家族成员OsSSRP(salt–sensitive RR protein,LOC＿Os08g35670)是否响应盐胁迫，以日本晴为背景材料，采用Blast比对、结构域预测和启动子元件分析等方法，分析发现Os SSRP仅含REC结构域基序，其启动子元件中含有大量脱落酸和茉莉酸响应元件；诱导表达谱分析发现，Os SSRP响应盐和干旱逆境胁迫及细胞分裂素、脱落酸和茉莉酸诱导；利用CRISPR/Cas9技术定向敲除后获得纯合突变体ssrp，通过0、40、100 mmol/L NaCl进行种子萌发期盐胁迫处理和150 mmol/L NaCl的苗期耐盐性鉴定，发现纯合突变体ssrp对盐胁迫更为敏感，盐胁迫后纯合突变体ssrp存活率远远低于野生型植株。说明OsSSRP与非生物胁迫、激素响应密切相关，可为水稻非生物胁迫抗性育种提供基因资源。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
曾佳 刘玲 周天顺 荣秀琴 袁定阳 段美娟
为鉴定水稻RR(response regulators)家族成员OsSSRP(salt–sensitive RR protein,LOC＿Os08g35670)是否响应盐胁迫，以日本晴为背景材料，采用Blast比对、结构域预测和启动子元件分析等方法，分析发现Os SSRP仅含REC结构域基序，其启动子元件中含有大量脱落酸和茉莉酸响应元件；诱导表达谱分析发现，Os SSRP响应盐和干旱逆境胁迫及细胞分裂素、脱落酸和茉莉酸诱导；利用CRISPR/Cas9技术定向敲除后获得纯合突变体ssrp，通过0、40、100 mmol/L NaCl进行种子萌发期盐胁迫处理和150 mmol/L NaCl的苗期耐盐性鉴定，发现纯合突变体ssrp对盐胁迫更为敏感，盐胁迫后纯合突变体ssrp存活率远远低于野生型植株。说明OsSSRP与非生物胁迫、激素响应密切相关，可为水稻非生物胁迫抗性育种提供基因资源。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张凯遥 赵浩东 张艺琼 赵萧 高旭泽 邹培缘 张奎昊 陈大福 郭睿 牛庆生
[目的]对前期鉴定所获得的东方蜜蜂微孢子虫的nce-miR-11248进行表达和序列验证,预测、分析其靶基因,并检测nce-miR-11248及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达谱,为进一步开展nce-miR-11 248调控东方蜜蜂微孢子虫侵染的功能及作用机制研究提供参考。[方法]利用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-11248的真实性;利用相关生物信息学软件预测nce-miR-1 1248的靶基因,并分析其编码蛋白的分子特性;使用MEME和TBtools软件预测SGT1蛋白的保守基序和结构域,通过Mega 11.0软件进行氨基酸序列多重比对,采用邻接法构建系统进化树。采集东方蜜蜂微孢子虫孢子侵染1,2,4,6和8 d的意蜂工蜂中肠组织,采用RT-qPCR检测nce-miR-11248及其靶基因SGT1的表达谱。[结果]nce-miR-11248在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在,其序列长度为25 bp。nce-miR-11248的靶基因为SGT1。SGT1蛋白分子式为C_(765) H_(1213)N_(195)O_(241)S_4,分子质量约为17.10 ku,脂溶系数为82.67,等电点为5.50,亲水系数为-0.709,不含典型的信号肽和跨膜结构域,可同时定位于细胞核、线粒体和过氧化物酶体。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、泛胞虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1中均含有4个保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3和Motif 4)和1个结构域(SGT1超家族结构域)。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1聚为一支,且东方蜜蜂微孢子虫与家蚕微孢子虫的SGT1进化距离最近。相较于侵染东方蜜蜂微孢子虫后1 d,侵染后2,4,6和8 d nce-miR-11248的表达量均显著下调(P
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
周小东 万莉 蔡国才 雷行华
使用生物信息学的方法,分析武汉地区不同基因型、亚型的丙肝病毒的包膜E1蛋白,预测其二级结构、核苷酸变异性、糖基化位点、亲水性、跨膜区、信号肽、蛋白修饰位点、B细胞抗原.结果显示各HCV的包膜E1蛋白二级结构差距不大;序列始末段有数个氨基酸残基的差距,序列上存在高变异位点,基因型2a的型内一致性最高;序列大量糖基化,有多个糖基化基化位点;序列分布着亲水性区域,基因型1b的分值很高;基因型1b、6a、3b、3a多数亚型有1个跨膜区,基因型2a多数亚型有两个跨膜区;基因型1b、6a、3b、3a无信号肽,基因型2a都有信号肽;蛋白序列上存在多个不同修饰位点和B细胞抗原,各基因型、亚型之间有明显差距,具有较大异质性.该研究为揭示病毒感染机制和研制地区性疫苗提供一定的科学依据.
关键词：
丙型肝炎 生物信息学 武汉 包膜蛋白E1
[期刊] 图书馆杂志
[作者]
许丹 杨颖 韩爽 徐爽
梳理国际上生物信息学领域发展至今的脉络态势及热点研究,为行业领域内科研人员提供文献信息支撑依据,也为我国未来生物信息学科的发展提供建议和指导。以SCIE11种国际生物信息学期刊1998-2019年发表的文献为信息源,结合文献计量学方法对发文国家、机构等情况进行阐述。利用Histcite、Pajek对1998-2014年文献进行脉络梳理及可视化分析并筛选出主要路径。运用BICOMB、gCluto对2015-2019年文献进行关键词聚类分析来探析研究热点。根据引文编年图和主要路径中的文献信息总结出1998-2014年生物信息学领域9个方面的研究热点并筛选出3条主要路径;获得2015-2019年生物信息学领域的6类研究热点。
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