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[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
为了探讨八眉猪DRA基因的遗传特性及其在抗病育种和猪-人异种器官移植中的应用前景,采用克隆测序的方法对该基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测该基因编码氨基酸的理化特性和结构功能,同时对该基因进行同源性分析。结果显示,八眉猪DRA基因编码252个氨基酸,编码区有5个核苷酸和2个氨基酸变异位点。DRA基因编码产物是一种不稳定的不可溶蛋白,二级结构为混合型,无规则卷曲所占比例最高。蛋白质功能预测结果显示,DRA基因免疫应答几率最高(4.405)。同源性分析发现,八眉猪DRA氨基酸与其他猪种的相似度在98%以上,与人的相似度达到83%,在CD4分子结合部位与人类相应的DRA仅存在1个氨基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
采用克隆测序的方法对八眉猪DQA基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测八眉猪DQA基因的理化特性及其编码产物的结构功能。结果显示:八眉猪DQA基因编码255个氨基酸,编码区序列有14个碱基变异,11个氨基酸变异,外显子2区域表现出丰富的多态性。DQA基因编码产物是一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能预测结果显示,信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率较高。研究结果为八眉猪的抗病分子育种和经济性状相关基因筛选提供理论依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄晓宇 袁军虎 杨巧丽 马艳萍 滚双宝
为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示:SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs,导致7个氨基酸发生变异,exon 3没有突变产生,exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸
[期刊] 华北农学报
[作者]
王朝风 岳耀敬 张勇 刘建斌 韩吉龙 赵兴绪 杨博辉
为研究藏羊VEGF-A基因编码区多态性与藏羊耐高寒、缺氧环境的相关性,以藏羊的血样为材料,运用DNA池测序和直接测序法检测VEGF-A基因的序列变异,比较其基因型频率和等位基因频率的差异,并对不同的多态位点间进行连锁不平衡和单倍型分析。然后预测蛋白质序列的改变,并用生物信息学软件对蛋白质序列的结构及性质进行分析。结果表明,在藏羊VEGF-A的编码区中有3个多态性位点,SNP2(g.15020T/A)碱基的突变导致了半胱氨酸变为丝氨酸。此氨基酸的变化并没有引起基因所编码蛋白的二级结构的变化。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。SNP1(g.15005T/A)的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体...
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄晓宇 袁军虎 杨巧丽 马艳萍 滚双宝
采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ、克隆测序和生物信息学等方法对烟台黑猪ＳＬＡ－ＤＱＡ基因多态性进行研究，预测其蛋白质结构并分析其功能特征。结果显示：ＳＬＡ－ＤＱＡ基因ｅｘｏｎ ２、ｅｘｏｎ ３、ｅｘｏｎ ４分别检测出４种等位基因，５种基因型、６种等位基因，８种基因型、４种等位基因，７种基因型，包括３种新等位基因。ＳＬＡ－ＤＱＡ基因共编码２５５个氨基酸，编码区共发现３２个核苷酸突变和１３个氨基酸变异，ｅｘｏｎ ２多态性最为丰富。蛋白质结构预测结果显示二级结构中无规则卷曲和延伸链比例最高，α螺旋数量多且集中，β折叠最少。功能预测结果显示，ＳＬＡ－ＤＱＡ基因蛋白质在能量代谢、结构蛋白和生长因子等方面几率较高。本．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨秋丽 哈福 李大林 袁跃云 袁峰 霍金龙 苗永旺
促卵泡素是动物垂体前叶分泌的重要繁殖调控激素。采用PCR产物直接测序法对河流型和沼泽型水牛、牦牛和大额牛的FSHβ基因外显子3编码区进行群体变异检测,并进行了生物信息学分析。牛科物种FSHβ基因外显子3编码区均为231 bp。在水牛中共发现16个SNP位点,其中异义替换13个,推测4个异义替换对FSH功能有显著影响(subPSEC<-3)。沼泽型水牛中发现的SNP位点均与河流型水牛共享,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。在普通牛、牦牛和大额牛中分别确定8,3,1个SNP位点,但只有SNP307是异义替换,普通牛与牦牛共享该位点,推测其对FSH功能无显著影响(subPSEC>-3)。在山羊中...
[期刊] 华北农学报
[作者]
范新阳 张永云 邱立华 陈涛 周芳廷 哈福 苗永旺
胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分。为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析。在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中S
[期刊] 华北农学报
[作者]
范新阳 张永云 邱立华 陈涛 周芳廷 哈福 苗永旺
胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分。为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析。在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中S
[期刊] 西南农业学报
[作者]
封竣淇 罗卫星 张依裕 蔡惠芬 罗铮 徐伟 翁吉梅 陈说
【目的】为黔北麻羊种质资源的综合开发利用提供参考。【方法】应用DNA池结合PCR产物直接测序方法检测黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性,应用生物信息学方法对黔北麻羊DKK1基因的蛋白特性进行预测和分析。【结果】在黔北麻羊的DKK1基因CDS区及部分内含子序列中筛选出8个SNP位点,分别为第1内含子C1626T位点,第3内含子A3083G位点,编码区的T3000C、T3228C、T3238C、G3240A、T3271A和T3411C位点。其中,T3271A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)变为
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙超 王力 齐仁立 姜东凤
【目的】克隆猪Musclin基因,分析和预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】从猪肌肉组织中提取总RNA,RT-PCR扩增获得Musclin基因,对其进行克隆和测序,并根据生物信息学分析方法,利用Tmpred、SignalP3.0、TargetP 1.1等分析软件,对猪Musclin蛋白的跨膜结构、信号肽、细胞定位、结构特征等进行分析和预测。【结果】猪Musclin蛋白主要集中在分泌途径上,存在于细胞外,其核苷酸序列与家兔的具有较高的相似性,氨基酸序列32～45位和55～63位存在2个可能的强跨膜螺旋区,该蛋白的空间结构以α螺旋、β转角和无规则卷曲为主;其1～26位氨基酸序列是一段信号肽,在26...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
祖盘玉 李维 林家栋 李洪林 简华峰 刘洋 牟腾慧 龙广丽 张福平
采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α–螺旋、β–转角、无规则卷曲组成。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
包斌武 任倩倩 王晋鹏 李彦霞 冯芬 罗仍卓么 王兴平
【目的】旨在进行牛钙调蛋白依赖性蛋白激酶4（Calmodulin-dependent protein kinase 4，CAMK4）基因编码区（Coding sequence，CDS）的克隆、CAMK4蛋白的功能预测分析及CAMK4基因在西门塔尔牛各组织中的组织表达谱分析。【方法】采用RT-PCR结合测序技术获得牛CAMK4基因的CDS区，利用PortParam、ProtScale、SOPMA和DNAMAN等生物信息学在线工具进行CAMK4基因及其所编码蛋白质的序列分析，并利用qRT-PCR检测CAMK4基因在西门塔尔牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和睾丸组织中的表达量。【结果】牛CAMK4基因CDS区的长度为801 bp，编码一条266个氨基酸组成的不稳定且无跨膜结构域的亲水的酸性蛋白质。牛CAMK4蛋白存在丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基的19个磷酸化位点，主要在细胞质中发挥作用。该蛋白质含有1个蛋白激酶C超家族（PKc＿like superfamily）结构域和1个尿嘧啶DNA糖基化酶（PHA03201）结构域，同时，蛋白互作网络预测发现CAMK4蛋白可能与HDAC5、HDAC4、CAMKK1、CALM、CREB1、CALM2、PLCG2、CAMKK2、CALML3和CALML5蛋白有相互作用。CAMK4基因在西门塔尔牛睾丸组织中的表达量极显著高于心、肝、脾、肺、肾和肌肉组织。结合生物信息学分析结果，提示CAMK4基因可能参与调控细胞周期和免疫反应，并在精子发生及运动、精原干细胞自我更新等生物学过程发挥重要作用。【结论】本研究为进一步揭示牛CAMK4基因的功能和促进高繁殖力肉牛分子育种技术的研发提供基础资料。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙雪婧 杜晓华 杨孝朴 罗玉柱 刘霞
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构...
关键词：
牦牛 胞红蛋白 基因克隆 生物信息学
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘光清 张玉颖 云涛 倪征 张淼涛 梁华丽 华炯刚 李双茂 杜青云 盛祖恬
采用3′RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX／CHA／97株基因组3′端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用ONAstar和DNAman软件分析了RHDV JX／CHA／97株与各参比毒株3′NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3′NCR的二级结构进行了预测和分析。结果表明,所扩增的目的基因片段长1500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3′端非编码区(3′Non Coding Region,3′NCR)和poly(A)尾巴,其中 3′NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3′NCR序列具有较高的同源性...
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