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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
任勤 姬聪慧 龙小飞 罗文华 王瑞生 陈恒 高丽娇 曹兰 刘佳霖
【目的】解析重庆武隆中华蜜蜂的遗传变异及种群分化特征，为该地区传粉昆虫的遗传多样性研究提供理论参考。【方法】对重庆武隆中华蜜蜂进行全基因组重测序，并结合我国其他地区57群中华蜜蜂的重测序原始数据进行种群遗传分化分析。【结果】测序共获得武隆中华蜜蜂有效数据(clean data) 33.53 Gb,发现高质量单核苷酸多态性(SNP)位点共3 886 321个，小片段的插入与缺失(small indel)位点1 392 028个。在武隆中华蜜蜂样品中筛选出具有相同变异位点的非同义SNP突变基因589个，编码区发生small indel的基因214个。这些基因主要富集于赖氨酸降解、轴突导向、细胞外基质受体互作和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。最终获得16个具有相同SNP和small indel的突变基因，其中包括嗅觉受体基因2个、细胞色素P450基因1个。武隆中华蜜蜂与我国其他地理型中华蜜蜂可能存在显著的遗传分化，与华中中蜂和北方中蜂(陕西安康)种群的亲缘关系较近。【结论】推测氨基酸代谢、神经系统发育、嗅觉进化、抗逆性能改善以及对温度偏好性的转变与武隆中华蜜蜂适应重庆本地自然环境有关。随意引种可能导致优质中华蜜蜂品种混杂，生产性能和抗逆性能下降。因此，需要保护本土优质中华蜜蜂种质资源。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘宇 郑勇奇 李长红 林富荣 黄平
[目的]本研究旨在分析刀状黑黄檀基因组基本特征，发掘一套多态性好、重现性高的基因组SSR分子标记并用于评估其野生种群遗传变异程度。[方法]利用二代测序（NGS）方法初步评估刀状黑黄檀基因组大小、杂合度和重复序列；利用MISA对基因组上潜在的SSR位点进行检索，解析SSR类型与特征；利用Primer Premier v 5.0设计合成300对引物，通过琼脂糖凝胶电泳、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对潜在的SSR位点进行初筛与复筛，最后采用荧光标记毛细管电泳进行SSR位点多态性与种群遗传多样性分析。[结果]刀状黑黄檀基因组特征分析结果显示：其基因组大小约为706.92 Mb，杂合度为1.26%，重复序列比率为55.74%。通过筛选实验，发掘了27个具有良好多态性的SSR标记，并进行了验证。结果显示27个SSR位点共扩增得到117个等位基因，多态性信息含量（PIC）介于0.149～0.803。对3个野生种群遗传多样性分析结果显示：种群水平的平均期望杂合度（H_e）为0.504，遗传分化系数（F_(ST)）为0.034;AMOVA分析显示：种群间变异占比3.46%，种群内变异占比96.54%，这表明遗传变异主要来源于种群内。[结论]刀状黑黄檀基因组属于高杂合、高重复的复杂基因组，研究结果为制定基因组精细组装策略提供了参考依据；发掘与验证的27个SSR标记具有较好的多态性与扩增稳定性；3个野生种群具有中等遗传多样性和较低的遗传分化，本研究为开展刀状黑黄檀的种质资源收集保存与分析评价提供科学依据。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
朱翔杰 周冰峰 吴显达 徐新建 王青
对龙栖山国家级自然保护区及其周边地区的中华蜜蜂31个形态指标进行测定,发现6个形态指标存在显著差异.与周边地区人工饲养的中华蜜蜂相比,龙栖山野生中华蜜蜂的翅长、蜡镜长、蜡镜间距分别为8.6655、1.1568、0.2083 mm,分别减少0.0728、0.0382、0.0730 mm;翅脉角D7为95.6°,增大1.8°;翅脉角N23和J16分别为83.3°和101.2°,分别减小4.0°和3.2°(P<0.05).对采用判别式分析得到的样点重心的判别函数值进行聚类分析的结果显示,龙栖山中华蜜蜂已从周边地区的中华蜜蜂种群中分化,形成独立的种群.
关键词：
中华蜜蜂 种群分化 遗传 形态
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘子宁 魏津 汤新明 梁琳 崔尚金
为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%～97.0%,氨基酸相似性为31.8%～95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
赵阳 冯延芝 杨超伟 王保平 乔杰 殷世雨 周海江 李芳东
【目的】基于全基因组重测序技术(WGRS)开发的SNP标记，对泡桐属的种间亲缘关系和群体遗传结构进行解析，为揭示泡桐属植物的系统发育关系及进行分类提供理论依据。【方法】对泡桐属11个桐种的典型株进行全基因组重测序，评估数据质量；以白花泡桐基因组为参考，获得高质量SNP位点，并进一步通过VCF2Dis、MEGA11和fast STRUCTURE等软件对其进行主成分分析(PCA)、系统发育分析和群体遗传结构分析；采用cluster Profiler包对基因进行富集分析。【结果】通过WGRS技术对泡桐属11个桐种的典型株进行测序，11份材料比对至白花泡桐参考基因组的平均比对率为81.87%，通过有效过滤筛选后获得7 492 966个SNP位点。基于这些SNP位点估算材料间的遗传距离，种间的遗传距离为0.15～0.59，毛泡桐与白花泡桐的遗传距离最大为0.59，宜昌泡桐与山明泡桐，鄂川泡桐与山明泡桐的遗传距离最小，均为0.15。PCA、系统发育树和遗传结构分析结果均将泡桐属划分为3个类群，类群Ⅰ为毛泡桐；类群Ⅱ包括川泡桐和台湾泡桐；类群Ⅲ包括白花泡桐、楸叶泡桐、山明泡桐、鄂川泡桐、宜昌泡桐、华东泡桐、建始泡桐和兰考泡桐。高突变率基因被富集到细胞壁代谢、花粉代谢、次生代谢物代谢和形态建成相关的生物学过程。【结论】利用WGRS技术挖掘覆盖全基因组的SNP标记可以有效地对泡桐属植物的亲缘关系及遗传结构进行解析，为泡桐属种质资源的系统分类和高效利用奠定基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张素贞 何超 王艳丽 马振刚 张小燕 周泽扬 许金山
采用PCR扩增、克隆与测序的方法,对重庆东南地区引起意大利蜜蜂(意蜂)蜂群出现明显下降趋势的病原微孢子虫的遗传标记基因SSU r DNA(小亚基核糖体脱氧核糖核酸,small subunit ribosomal DNA)和ITS(内转录间隔区,internal transcribed spacer)以及3个单拷贝座位分子标记肌动蛋白基因(Actin),热激蛋白基因(Hsp70)和RNA聚合酶基因(RPB1)进行分子水平扩增及测定,并与国内外不同地理分布的蜜蜂微孢子虫种群进行了分子遗传多样性比较及单倍型分析。结果显示,该蜜蜂微孢子虫分离种群为东方蜜蜂微孢子虫,命名为CQYX。序列分析表明东方蜜蜂...
关键词：
蜜蜂微孢子虫 遗传多样性 单倍型 起源
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
段春燕 王晓凌
【目的】对重瓣榆叶梅Prunus triloba ‘Multiplex’全叶绿体基因组序列进行测序，探究其系统发育位置并分析其叶绿体基因组成特点。【方法】以重瓣榆叶梅叶片为材料，采用2×CTAB法提取叶绿体DNA，利用Illumina NovaSeq平台进行叶绿体基因组的测序，组装、注释并分析其叶绿体基因组遗传特征。联合美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库数据，基于全叶绿体基因组序列构建了重瓣榆叶梅系统进化关系。【结果】重瓣榆叶梅叶绿体基因组全长为157 827bp,NCBI登录号MT937181，其结构为经典的四分体结构，由1个大单拷贝区域(LSC),1个小单拷贝区域(SSC)及反向重复区域(IRa/IRb)构成，其序列长度分别为86 032、19 023、26 386 bp。GC和AT的总占比分别为36.80%和63.20%。重瓣榆叶梅的完整叶绿体基因组序列注释到132个基因，包括tRNA基因、编码蛋白基因、rRNA基因，分别为37、87、8个。重瓣榆叶梅叶绿体基因组共编码26 678个密码子和236个符合条件的SSR位点。SSR位点中A/T碱基占优势，碱基偏好性十分明显。【结论】系统进化树分析表明，重瓣榆叶梅和榆叶梅P. triloba聚合成一分支结构，与同属植物长柄扁桃P. pedunculata亲缘关系较近。图4表4参26
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周姝婧 朱翔杰 徐新建 吴显达 周冰峰
为了研究福建东方蜜蜂的遗传变异和遗传多样性，在全省采集９个样点，共４２４群东方蜜蜂样本，进行线粒体ＤＮＡ ｔＲＮＡｌｅｕ－ＣＯⅡ序列分析．结果表明，ｔＲＮＡｌｅｕ－ＣＯⅡ片段序列包括９３ ｂｐ的非编码区和２５９ ｂｐ的ＣＯⅡ编码区．在整个３５２ ｂｐ序列中，共检测到２３个多态位点和２７种单倍型，平均单倍型多样度为０．４８４ ３，平均核苷酸差异数为０．６８７，平均核苷酸多样度为０．００１ ９３．福建东方蜜蜂各样点间不存在遗传分化，总体遗传分化系数为０．００３，各样点的基因流参数为４９．７５～２４９．７５．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈豪泰 张杰 孙德惠 马丽娜 刘湘涛 刘永生
【目的】明确口蹄疫病毒基因组的结构特征及其变异与结构、功能的关系以及系统发生关系。【方法】利用DNAstar和Clustalx程序进行184个口蹄疫病毒基因组序列的同源性分析、多重排比。【结果】口蹄疫病毒基因组ORF大小有所差异,范围为6963～7120 nt,编码2320～2339 aa的多聚蛋白。核苷酸和氨基酸序列的同源性,7个不同血清型间>77.6%和>78.3%,本研究发现了可能和生物学功能相关的新的保守和变异区域。【结论】口蹄疫病毒RNA的变异类型丰富和多样性程度较高,自然界存在的毒株可能大于血清学和测序发现的FMDV的毒株数目。
关键词：
毒株数目 口蹄疫 遗传变异
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛运波 李兴安 葛凤晨 蒋滢 历延芳 李志勇 王志
【目的】比较和揭示12个长白山中蜂(长白山地方采样点中华蜜蜂)基因组多态性的分布规律。【方法】采用RAPD-PCR技术选择性扩增基因组RAPD位点分子,以NTsys-PC方法建立基因组分子标记系统树状结构和计算基因组分子标记相似系数。【结果】1104号等6个蜂基因组分子标记多态性图谱同时具有240、400、700、和1 500 bp等4个条带,其系统树状结构在相似系数值为0.568时呈现相对独立的一个分支;1083号等6个蜂基因组分子标记多态性图谱同时具有240、400、600和1 200 bp等4个条带,其系统树状结构在相似系数值为0.586时呈现相对独立的另一个分支;相似系数值二维矩阵与系...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
熊翠玲 王海朋 郑燕珍 付中民 徐国钧 童新宇 赵红霞 陈大福 郭睿
利用前期获得的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定:利用Cufflink软件对reads进行转录本重构,通过与参考转录本序列进行比较,共对3 366个东方蜜蜂的基因结构进行了优化;利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出527个东方蜜蜂的新基因,其中234个新基因在Nr数据库中存在注释信息;随机选取12个新基因进行PCR鉴定,有11个能够扩增出符合预期的目的片段,表明多数预测出的新基因真实存在;GO分类和KEGG代谢通路分析结果显示上述新基因可能在东方蜜蜂的生长发育、物质代谢、遗传信息传递等方面具有重要功能。本研究结果丰富和完善了东方蜜蜂基因组的基因结构与功能注释信息,也为新基因的功能研究打下基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张春香 张学锋 陈廷珠 滕跃中 刘文忠 姜玉锁
【目的】通过研究中国境内东方蜜蜂不同群体间及其与西方蜜蜂和大蜜蜂间的群体遗传多样性,深入了解蜜蜂种(群)间遗传变异及其分化状况,为蜜蜂种质资源的保护与合理开发利用提供理论依据。【方法】采用AFLP分子标记技术,用19对引物组合对中国10个省市的10个东方蜜蜂群体、1个大蜜蜂群体和1个西方蜜蜂群体共12个群体的基因池DNA进行分析。【结果】蜜蜂种间的遗传相似系数较低,而东方蜜蜂群体间的遗传相似系数较高。东方蜜蜂群体与意大利蜜蜂间的相似系数介于0.2335—0.2823,与大蜜蜂间的介于0.2439—0.2871;大蜜蜂与意大利蜜蜂间为0.2650。东方蜜蜂群体间为0.3639—0.6134。12...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
葛清秀 周冰峰 张明丽 孙旭 孙亮先
根据中华蜜蜂(Apis cerana cerana)基因组序列,鉴定抗氧化酶系统的主要组分,并用RNA-Seq数据分析了工蜂行为发育中抗氧化基因在脑组织中的转录水平.研究表明,共有47个抗氧化基因,包括34个抗氧化酶基因和13个硫氧还蛋白基因.比较东方蜜蜂(Apis cerana)、西方蜜蜂(Apis mellifera)和黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的抗氧化基因,抗氧化酶系统的主要组分在进化上保守,但抗氧化酶基因家族的成员存在物种间差异.如东方蜜蜂和黑腹果蝇的SOD基因家族含3个成员,而西方蜜蜂有2个;果蝇有43个GST基因,而东方蜜蜂和西方蜜蜂仅有14和13个...
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