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[期刊] 中国水产科学
[作者]
曾爽 刘宣歌 王鹏飞 胥鹏 曾雷 周磊 唐琴冬 陈挚 李桂峰
翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)是中国重要的经济水产养殖品种,对翘嘴鳜基因表达模式进行研究有助于筛选优势个体,培育生长特性优良的品种。为了解体重明显差异翘嘴鳜个体的差异基因表达信息,为翘嘴鳜培育提供基因指导,本研究从同一家系中挑选体重明显差异的3月龄翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)个体进行肌肉转录组测序,研究不同体型个体间基因表达模式差异。结果显示,来自同一家系的翘嘴鳜个体在相同养殖条件下仍出现明显体重差异,养殖3个月后,极大个体(overweight)平均体重可达到极小个体(underweight)的4倍。分别对极大个体和极小个体的肌肉组织进行转录组测序,共获得73353个非重复序列基因(unigenes),通过基因表达量比较共获得8942个差异基因,对差异表达基因进行定义发现,GHR2、IGFR1、4ebp、Mhc、Mlc、Troponin等基因在极小个体中具有更高的表达水平。通过KEGG通路富集显示,蛋白质生成、蛋白质消化、RNA转运通路富集了大量差异表达基因。本研究发现体重差异明显的翘嘴鳜个体具有不同基因表达模式,转录组测序获得了大量差异表达基因信息,为翘嘴鳜生长研究提供了丰富的基因资源。
关键词：
翘嘴鳜 转录组 体重差异 差异表达基因
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱鑫海 张紫瑞 周丽颖 汤环宇 敖士奇 周一凡 高晓建 姜群 张晓君
嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是严重危害翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)养殖生产的主要病原之一，为揭示嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜后宿主基因表达水平的变化，筛选免疫相关基因，解析翘嘴鳜应答病原细菌感染的分子机制，本研究以病原嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜，于感染24 h后，采集感染组与对照组翘嘴鳜头肾组织，采用Illumina Hiseq 2000进行了RNA-Seq分析，原始数据拼接后组装共获得53，040个单基因(unigene)。基因差异表达分析结果显示，感染组和未感染组翘嘴鳜存在526个差异表达基因，包括254个上调基因和272个下调基因，其中免疫相关的显著上调的差异基因主要有炎症和免疫原性细胞因子白介素、补体系统、MHCⅠ型抗原提呈、溶菌酶、丝氨酸蛋白酶抑制因子、泛素蛋白连接酶等。GO富集分析发现，差异基因主要涉及免疫应答反应和炎症反应等，经KEGG富集分析显示，89个通路富集显著，免疫相关的代谢通路主要有内吞作用和吞噬体等。此外，实时荧光定量PCR验证结果表明，所选取7个差异表达免疫相关基因与RNA-seq结果具有相似的表达趋势。本研究为揭示翘嘴鳜对病原微生物感染的防御分子机制奠定了理论基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱鑫海 张紫瑞 周丽颖 汤环宇 敖士奇 周一凡 高晓建 姜群 张晓君
嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是严重危害翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)养殖生产的主要病原之一，为揭示嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜后宿主基因表达水平的变化，筛选免疫相关基因，解析翘嘴鳜应答病原细菌感染的分子机制，本研究以病原嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜，于感染24 h后，采集感染组与对照组翘嘴鳜头肾组织，采用Illumina Hiseq 2000进行了RNA-Seq分析，原始数据拼接后组装共获得53，040个单基因(unigene)。基因差异表达分析结果显示，感染组和未感染组翘嘴鳜存在526个差异表达基因，包括254个上调基因和272个下调基因，其中免疫相关的显著上调的差异基因主要有炎症和免疫原性细胞因子白介素、补体系统、MHCⅠ型抗原提呈、溶菌酶、丝氨酸蛋白酶抑制因子、泛素蛋白连接酶等。GO富集分析发现，差异基因主要涉及免疫应答反应和炎症反应等，经KEGG富集分析显示，89个通路富集显著，免疫相关的代谢通路主要有内吞作用和吞噬体等。此外，实时荧光定量PCR验证结果表明，所选取7个差异表达免疫相关基因与RNA-seq结果具有相似的表达趋势。本研究为揭示翘嘴鳜对病原微生物感染的防御分子机制奠定了理论基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
胡云 胡泽军 高大雄 朱玫 宋亚莉 肖宋高 王珍 周欢 张卓文
以湖北省京山县太子山林场管理局马尾松无性系嫁接种子园半同胞8年生子代林为研究对象,在对胸径、树高、枝下高、冠幅和材积等生长因子进行实地调查的基础上进行遗传力分析.结果表明:不同半同胞家系林木各生长因子之间存在极显著性差异,显示马尾松半同胞家系林木间存在较为丰富的遗传变异,具有较大的选育潜力;8年生马尾松半同胞家系子代林树高、胸径和材积的遗传力分别为0.7436、0.6055和0.6500;采用20%的入选率时,筛选出5个优良半同胞家系且入选半同胞家系的材积、树高和胸径遗传增益分别为51.34%、17.45%和22.19%.
[期刊] 水产学报
[作者]
李明云 郑岳夫 管丹东 史雨红 陈炯 林恒潺 陈萍
实验对象山港海区网箱养殖的岱衢洋家系、官井洋家系以及它们的正交和反交家系大黄鱼背肌肉进行了一般营养成分、氨基酸和脂肪酸组分分析,从营养学的角度分析和评价不同家系大黄鱼的品质。结果表明,四个家系之间大黄鱼蛋白质含量和灰分含量没有显著差异;脂肪含量反交家系与正交家系、岱衢洋家系和官井洋家系有显著差异,官井洋家系含量最高(13.51%),反交家系家系含量最低(10.59%);水份含量的变化与脂肪含量的变化成反比,反交家系水份含量与正交家系、岱衢洋家系和官井洋家系同样都有显著差异。岱衢洋家系、官井洋家系、正交家系和反交家系氨基酸总量分别为57.83%±1.19%、54.45%±1.01%、54.80%...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
尹洪滨 尹家胜 徐伟 孙中武
采用国标生化分析方法对兴凯湖野生翘嘴红(Erythroculterilishaeformis)和养殖翘嘴红肌肉的营养成分(粗蛋白、粗脂肪、水分、灰分、氨基酸、脂肪酸及微量元素)进行分析。野生样品体重246.5～342.6g,采于2001年6月;养殖样品体重297.5～389.7g,采于2000年9月。结果表明,野生翘嘴红与养殖翘嘴红肌肉中的营养成分在组成上是一致的,在含量上存在着差异,野生翘嘴红肌肉中必需氨基酸含量以及微量元素K、Na、Mg、Se均高于养殖品种,但脂肪含量低于后者。
关键词：
翘嘴红 营养成分 肌肉
[期刊] 水产学报
[作者]
何周玲 刘少军 肖军 胡方舟 文明 叶利海 张纯 徐康 陶敏 罗凯坤 刘筠
为研究新型杂交鱼翘嘴鳊(二倍体鲂鲌F1♀×团头鲂♂)的肌肉营养价值,实验运用生化方法测定和分析了翘嘴鳊、翘嘴红鲌、团头鲂、二倍体鲂鲌F1(团头鲂♀×翘嘴红鲌♂)的肌肉营养成分,包括这些样品的水分、脂肪、蛋白质和灰分含量,以及脂肪酸组成和氨基酸组成。结果表明,翘嘴鳊与其原始亲本相比具有较高的蛋白质和较低的碳水化合物含量;脂肪酸分析发现翘嘴鳊的不饱和脂肪酸,尤其是油酸、DHA等含量显著高于其原始父母本和其他有关鱼类(P<0.05);翘嘴鳊肌肉中具有较高呈味氨基酸比例,该比例高于其父母本的相应比例。研究表明,翘嘴鳊是一种营养价值高、口感好的优质鱼类。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
闫允君 卢霞 孟宪红 栾生 陈宝龙 孔杰
Myostatin (Mstn)即肌肉生长抑制素，在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一，通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因，为肌肉生长调控机理奠定基础，本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示，Mstn表达被抑制后共筛选到1657个差异表达基因，其中，805个显著上调，852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路和差异基因功能的已有报道，初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和Mapk通路的16个基因中，除ActRI被检测到略微上调外，其他基因均表现出不同程度的下调；在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中，促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明，Mstn可能同脊椎动物功能类似，在中国对虾中负向调控肌肉生长，而本研究结果提供了进一步的证据，为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王家燚 陈焕伟 张蕊 肖纪军 高凯 骆珍莎 沈斌 杜克久 周志春
【目的】揭示木荷Schima superba F1代全同胞家系的生长与分枝性状的遗传变异规律，为木荷科学育种提供依据。【方法】以2015年在浙江龙泉营建的4×4半双列交配设计的木荷全同胞家系测定林为研究对象，对木荷亲本组合生长与分枝性状的遗传变异参数、一般配合力(GCA)和特殊配合力(SCA)等进行分析。【结果】6年生木荷全同胞家系间的生长和分枝性状存在极显著差异(P<0.01)。生长和分枝性状的GCA和SCA效应均达到显著(P<0.05)和极显著(P<0.01)水平。根据GCA和SCA的结果，认为江西上犹和福建连城的优树为优良亲本，两者组合具有速生性状的特殊配合力效应，初选的6株优良全同胞子代可作为2代育种亲本材料。【结论】6年生木荷全同胞家系生长和分枝性状受较强遗传控制，生长性状父本控制力更强，分枝性状母本控制力更强。根据生长性状和分枝性状分别对亲本进行选配，可以得到速生优质的超级亲本组合。图1表7参27
关键词：
全同胞家系 半双列 遗传率 配合力 木荷
[期刊] 西南农业学报
[作者]
余文才 宁连云 刘忠亮 许彦国 和丽岗
通过对橡胶树3个全同胞家系927株1.5年生苗木的株高、茎围调查和变异分析,结果表明,3个性状在家系内变异系数为17.09%~29.92%,家系间平均值变异系数为2.60%~7.98%,其中家系间株高变异系数为17.72%~27.26%,茎围变异系数为16.80%~26.70%。橡胶树3个全同胞家系中家系云研277-5×IAN873的株高和茎围生长量均明显优于家系GT1×热研8-79和家系RRIC103×云研73-477(P<0.01),家系GT1×热研8-79的株高生长量优于家系RRIC103×云研73-477(P<0.01),而家系GT1×热研8-79和家系RRIC103×云研73-477...
关键词：
橡胶树 全同胞家系 生长量性状 变异分析
[期刊] 水产学报
[作者]
张吕平 吴立峰 沈琪 杜少波 胡超群
全同胞家系是遗传分析的重要材料。采用自然交配法建立了62个凡纳滨对虾第一代全同胞家系,对其中17个家系进行了比较研究。结果表明,各家系的孵化率、出苗率与雌性亲本的大小相关性不显著。17个家系中有7个家系显示生长优势,其大小顺序依次是A02>A11>A01>A17>A06>A08>A16;7个家系在40周内的生长速度较17个家系的平均值高23.2%。在所有家系中,A01、A02、A11等3个家系的体重显著大于其它家系(P<0.05),其平均生长速度较所有家系平均生长速度分别快25.5%、31.6%和31.0%。这3个家系的整齐度良好,在养殖中期的个体变异系数分别为11.58%、9.95%和8.4...
关键词：
凡纳滨对虾 全同胞家系 生长 变异系数
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨凯 高银爱 丹成 曾可为 王青云 朱思华 夏儒龙 郑翠华 罗峰 程颖红 王辉 李波
通过5个翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的微卫星标记,对收集的湖北、广东翘嘴鳜养殖与长江野生3个群体及其家系的遗传结构进行了分析和比较。结果表明:筛选的5个微卫星位点具有高度可提供信息性,平均多态信息含量(PIC)>0.5,三个群体遗传多样性关系为:湖北养殖群体(BF)>长江野生群体(WBF)>广东养殖群体(DF),不同家系的期望杂合度在0.4～0.7之间,家系间的遗传分化显著。分子方差分析结果显示,家系群体内的变异(83.33%)是总变异的主要来源。可见,湖北养殖群体具有较高的遗传多样性,具备进一步繁育筛选优良群体的潜质,微卫星分子标记技术可用于翘嘴鳜家系育种过程中的亲子鉴定。
[期刊] 水产学报
[作者]
张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速度较快的体质量均值为(527.1 ± 83.6) g的个体182尾、生长速度较慢的体质量均值为(238.4 ± 52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj < 0.05、abs(log_(2)FoldChange) > 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出了一些与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。WGCNA分析发现，purple模块与体质量性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。这些研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
陈艺 吴际友 程勇 陈明皋 刘球 龚玉子 黄明军 张珉 吴其军
以8年生20个红椿半同胞家系测定试验林为研究对象,测定了20个红椿半同胞家系的树高、胸径、枝下高、冠幅等生长性状,并进行了遗传分析。红椿家系间的树高生长存在极显著差异,胸径生长存在显著差异。树高家系遗传力是0.231 9,单株遗传力是0.122 1,变异系数为4.7%。8年生20个红椿半同胞家系胸径家系遗传力是0.530 2,单株遗传力是0.264 6,遗传变异系数为12.9%,且胸径的遗传力高于树高。本次测定选出TC12,TC20,TC02,TC04,TC15等5个优良家系。
关键词：
红椿 半同胞家系 生长性状 遗传分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈之航 董浚键 孙成飞 田园园 叶星
肌球蛋白重链(Myosin heavy chain,MYH)是骨骼肌粗肌丝的重要组成单位,其表达量高低影响肌纤维的组成和肌肉生长。为了解其在翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)早期生长过程中的作用,本研究从前期生长差异显著的2组(快长组和慢长组)翘嘴鳜幼鱼转录组差异表达Unigene中筛选出2个MYH基因,RACE(Rapid amplification of c DNA ends)克隆到其全长c DNA(MYH-7a,MYH-7b)。MYH-7a全长为6071 bp,开放阅读框为5820 bp;
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