为探究病害发生后健康与患病凡纳滨对虾肠道菌群结构和功能的差异,并筛选肠道指示菌群来评估宿主健康状况,评价凡纳滨对虾肠道菌落的功能冗余性。实验采集健康和患病凡纳滨对虾样品,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群组成,并利用PICRUSt进行功能预测,以此比较健康与患病凡纳滨对虾肠道微生物的群落结构和功能差异,并预测功能与群落组成的相关性。结果显示,病害的发生伴随着肠道菌群结构的显著变化,而多样性无显著差异。与健康凡纳滨对虾肠道细菌组成相比,患病凡纳滨对虾肠道中放线菌门(Actinobacteria)

凡纳滨对虾养殖过程中，早期阶段是病害易感阶段，而消化道菌群结构与对虾健康关系密切。因此，探讨幼虾的消化道菌群尤其是弧菌类细菌与对虾发病的关系对病害有效防治具有重要意义。本实验采用ＩｌｌｕｍＩｎａ测序研究了凡纳滨对虾健康和患病幼虾的消化道细菌群落结构，并基于纯培养和１６Ｓ ｒ Ｄｎａ，ｒｅｃ ａ和ｐｙｒ Ｈ基因序列比对，分析了幼虾消化道中弧菌的主要种类组成。结果发现，健康幼虾消化道中α－变形菌纲和厚壁菌门丰度较高，而患病幼虾中γ－变形菌纲、拟杆菌门、放线菌门和β－变形菌纲较高，其中放线菌门丰度差异显著。基于科水平的响应比分析，发现患病幼虾消化道中动性球菌科和噬菌弧菌科的丰度显著降低，而弧菌科的丰．．．

为研究病害发生后卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异及其与养殖环境的关系,分析不同样品中的菌群组成和细菌多样性。实验采用Illumina HiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,分别构建了健康鱼水样、患病鱼水样、健康鱼肠道、患病鱼肠道和饵料颗粒5个样品中菌群的16S rRNA基因测序文库。研究表明,与健康鱼肠道细菌组成相比,患病鱼肠道中螺旋体门相对丰度显著升高,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著降低;患病后肠道中的细菌种类仅为健康鱼肠道细菌种类总数的54.94%;健康卵形鲳鲹肠道菌群中有73.46%的可操作分类单元(OTUs)与水体样品中OTUs一致,有70.58%与饲料样品一致,而患病后分别只有17.98%和38.95%的OTUs与水体和饲料样品一致。健康卵形鲳鲹肠道中黑海弧菌的相对丰度为17.19%,患病后该菌的相对丰度大幅提高,达到78.90%;健康鱼肠道中鳆发光杆菌占比54.53%,患病鱼肠道中不含鳆发光杆菌。健康和患病鱼肠道菌群种类组成类似,但存在一定差异,病害的发生会导致肠道细菌多样性显著降低。健康鱼肠道菌群与养殖环境和颗粒饲料中菌群组成关系密切,而患病后鱼肠道细菌多样性受环境中菌群的影响较小。黑海弧菌在患病鱼肠道中的大量增殖可能是引起其患病的重要原因。

为研究低盐胁迫(盐度3)下,饲料添加不同含量的甘露寡糖(mannan oligosaccharide, MOS)对凡纳滨对虾生长性能、抗氧化能力、免疫力和肠道微生物的影响。低盐条件下,给实验组对虾(0.68±0.01)g分别饲喂含有2、4和8 g/kg MOS的实验饲料,并将在盐度25和3条件下饲喂0 g/kg MOS饲料的对虾作为海水对照组和低盐对照组,养殖周期42 d。结果显示:(1)相比于低盐对照组,海水对照组、4和8 g/kg MOS组对虾生长性能显著升高。(2)与海水对照组相比,低盐条件下各处理组对虾肝胰腺总超氧化物歧化酶、谷胱甘肽硫基转移酶活力显著降低(P

为研究不同锌水平对凡纳滨对虾生长、非特异性免疫指标、抗病力以及肠道菌群结构的影响,实验以ZnSO_4·7H_2O作为锌源,在对虾基础饲料中分别添加0(对照组)、20、40、60、80、100、150 mg/kg有效锌配制成7种等氮等脂饲料,分别投喂初始体质量为(0.45±0.01) g的健康凡纳滨对虾幼虾8周。结果显示:(1)随着饲料中锌水平的提高,对虾增重率(WGR)、特定生长率(SGR)、存活率(SR)和蛋白质效率(PER)呈先上升后下降的趋势,饲料系数(FCR)呈先下降后上升的趋势。其中60 mg/kg组WGR和SGR均显著高于对照组;80 mg/kg组FCR最低,PER和SR最高,均显著优于对照组。(2) 80～150mg/kg组虾体粗脂肪含量显著高于对照组;40～80 mg/kg组虾体粗灰分含量显著高于对照组。(3) 40～150 mg/kg组对虾血清总蛋白(TP)、总胆固醇(TC)及甘油三酯(TG)含量均显著高于对照组。(4)饲料中添加锌提高了血清超氧化物歧化酶(SOD)、酚氧化酶(PO)、碱性磷酸酶(AKP)和酸性磷酸酶(ACP)活性及总抗氧化能力(T-AOC),同时显著降低了血清中的丙二醛(MDA)含量,表明锌可改善凡纳滨对虾的非特异性免疫功能。(5)在人工急性感染哈维氏弧菌的实验中,随着锌水平的提高,对虾存活率呈先上升后下降的趋势,锌添加组存活率均显著高于对照组,且80 mg/kg组存活率最高,抗病力最强。(6)在对虾肠道物种多样性分析中,40和100 mg/kg组对虾肠道有效OTU数目显著高于对照组。随着锌水平的增加,Ace指数和Chao1指数均显著提高,而Shannon指数和Simpson指数无显著变化。研究表明,在本实验条件下,添加适宜水平的锌可促进凡纳滨对虾幼虾的生长、提高抗病力;当饲料中缺乏锌时,对虾的生长和抗病力较差;而过量的锌在一定程度上抑制了对虾的生长,但未出现不良病症。以增重率作为评价指标,饲料中添加94.46 mg/kg锌可显著改善凡纳滨对虾幼虾的生长;以抗病力作为评价依据,凡纳滨对虾幼虾饲料中锌的最适添加量为80 mg/kg。

为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)可能的微生物致病原因，通过对养殖水体环境细菌16S rRNA基因进行高通量测序和生物信息学分析，研究比较了健康虾塘(HSP)、少量死虾塘(MinUH)和大量死虾塘(MajUH)水体细菌群落组成。结果表明，MajUH氨氮、亚硝酸盐、细菌总数均显著高于其他组(P<0.05),HSP细菌群落香农指数显著高于MajUH(P<0.05)。养殖水体中优势菌门为变形菌门、蓝藻门、放线菌门、拟杆菌门、绿菌门，其丰度在3类虾塘中有很大差异，其中，蓝藻门在HSP、MinUH、MajUH的丰度分别为6.17%、5.94%、46.85%。对虾的大量死亡伴随着细菌群落的变化，RDA分析表明，细菌群落的分布主要由亚硝酸盐氮和氧化还原电位决定。通过文献检索和方差分析对HSP与MajUH进行比较后发现，当微生物群落多样性下降时，其对高pH的抑制和调控作用将会减弱，从而影响对虾健康状况。此外，研究还确定了24个可区分健康和大量死亡虾塘主要细菌指示物，明确了水体细菌群落结构作为虾类健康状态指示指标的可行性。研究结果可为凡纳滨对虾养殖过程中的病害防治及新微生物资源开发提供基础数据。

为分析荚膜红细菌和蜡样芽孢杆菌2株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响,本实验对凡纳滨对虾进行为期30 d的养殖饲喂实验,饲喂后期利用高通量测序凡纳滨对虾肠道微生物的16S rDNA V4区,来分析不同益生菌饲喂后凡纳滨对虾肠道菌群的结构特征,并结合对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的宏观指标来进行分析。结果显示:(1)空白组(CK)、荚膜红细菌组(Rc)和蜡样芽孢杆菌组(Bc)样品OTU范围为374～506,其中CK组对虾肠道菌群OTU数量最低,饲喂益生菌后的2组对虾肠道菌群中OTU数量相对较高;(2)在门分类水平上,3组的变形菌门数均为最多,CK组主要为变形菌门和少量拟杆菌门,Bc组主要有变形菌门、拟杆菌门、无壁细菌门、厚壁细菌门和假单胞菌,Rc组主要是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门、放线细菌、梭杆菌门和蓝细菌;(3)稀释曲线和Shannon指数结果可见,CK组样品物种丰度和复杂度最低,且Bc组样品丰度和复杂度相对较高;(4)PCA分析发现,Rc组和CK组样品微生物组成较为接近,结合宏观对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的结果分析,可见相较于荚膜红细菌,蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群影响更显著,且益生效果更佳。研究表明,饲喂益生菌可以扩增对虾肠道微生物菌群丰度,并能抑制弧菌属等有害菌群的生长,提高对虾体质量增加率并降低死亡率,从而达到益生效果,其中以饲喂蜡样芽孢杆菌菌株效果更佳。

运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。

比较了同一养殖池中的感染白斑综合征病毒(WSSV)和未感染WSSV的凡纳滨对虾的肠道菌群,旨在探讨对虾肠道菌群与机体健康状态之间的关系。感染WSSV对虾肠道的细菌总数为1.06×106CFU/尾,显著高于未感染WSSV的对虾(1.78×105CFU/尾;P<0.05),且其肠道中的细菌分别属于弧菌属、气单胞菌属、海水球菌属、盐水球菌属和乳酸杆菌属;染WSSV的对虾(P<0.05),气单胞菌的比例显著的低于感染WSSV的对虾(P<0.05);盐球菌所占的比例两者之间差异不显著。结果显示,两种对虾在肠道菌群组成和细菌组成和细菌数量上存在显著的差异,初步表明对虾肠道菌群区系和机体的健康状态密切相关。

以初体质量为(0.11±0.00)g的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)为研究对象,在室外水泥池进行10周饲喂实验,研究饲料中添加单一益生菌和复合益生菌对凡纳滨对虾生长、消化酶、肠道和粪便菌群及部分免疫指标的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中分别添加地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、虾乐333(复合益生菌)、地衣芽孢杆菌+枯草芽孢杆菌(1∶1)、虾乐333+地衣芽孢杆菌+枯草芽孢杆菌(1∶1∶1)各1g/kg,配制5种实验饲料。实验结果显示,复合益生菌饲喂组对虾的特定生长率显著高于对照组(P...

以基础饲料为对照组,在基础饲料中分别添加坚强芽孢杆菌活菌(Bacillus firmus)、坚强芽孢杆菌活菌(1.0×108 CFU/g)+美人鱼发光杆菌(Photobacterium damsela)灭活菌(1%)、坚强芽孢杆菌活菌(1.0×108 CFU/g)+溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)灭活菌(1%)配制3种免疫饲料。每组3个重复,对个体质量为(3.2±0.26)g的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)进行了为期30 d的养殖实验。每5 d取样,以血清中的酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(AKP)、一氧化氮合酶(NOS)、超氧化物歧化酶(SOD)...

为获得具有消化酶活性且安全的益生菌，从凡纳滨对虾肠道中初步分离得到５７６株细菌，对菌株进行产蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶能力的定性及定量测试，筛选出产酶种类多且产酶能力强的菌株１１株。对筛选出的１１株菌进行了幼虾浸浴实验、药敏性实验和溶血性实验，以评价其生物安全性。将１１株菌的菌悬液添加到凡纳滨对虾幼虾的养殖水体中进行浸浴实验，浸浴结束后用鳗弧菌进行刺激，测定不同浸浴组幼虾相关免疫基因的相对表达量，以确定其对幼虾的保护效果。综合消化酶活性、菌株对幼虾的保护效果及生物安全性，筛选得到４株效果较好的菌株。菌株的１６Ｓ ｒ ＤＮＡ分子鉴定结果表明，细菌１号、２号和４号分别与芽孢杆菌（ＢＡｃｉｌｌｕＳ Ｓｐ．．．

本研究筛选了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道铁载体高产菌株，并探究了饲料中添加铁载体高产菌株对凡纳滨对虾的生理功效。结果显示，从凡纳滨对虾肠道中筛选出1株铁载体产量高达74.87%的菌株SDVGH3，经鉴定属于泛菌属(Pantoea sp.)，产生的铁载体属于异羟肟酸型，该菌株无溶血性，对大部分抗生素敏感；优化了该菌株铁载体产量的培养条件：最适温度为28℃，pH为7.5，盐度为0，装液量为10 mL，Fe~(3+)浓度为0.01 mmol/L；采用滤纸片扩散法检测了菌株抑制病原菌的特性，能够抑制5种凡纳滨对虾致病菌。通过在饲料中添加SDVGH3菌液，凡纳滨对虾增重率和饲料利用率明显升高，血细胞数量、吞噬率和血浆酚氧化酶、抗菌活性均有不同程度地升高，副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)攻毒后，实验组的死亡率显著低于对照组，10~(10) CFU/g实验组的死亡率最低为61.4%；添加10~(7) CFU/g SDVGH3菌液处理组，凡纳滨对虾肠道菌群多样性显著提高，弧菌属(Vibrio sp.)在肠道菌群中所占比例明显下降。由此可见，铁载体高产菌株SDVGH3能明显促进凡纳滨对虾生长、免疫防御能力，增强肠道菌群健康，具有应用于水产养殖中的潜力。

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程多使用微生态制剂来调节水质，为避免破坏池塘菌群结构，养殖过程中很少使用抗生素。为了解凡纳滨对虾肠道细菌耐药性与不同生长阶段的关系，本研究选取江苏地区4种主要养殖模式凡纳滨对虾成虾和虾苗作为研究对象，利用K-B纸片法和qRT-PCR技术，研究了对虾样本肠道可培养细菌对四环素等12种抗生素的耐药性和tetA等9种抗生素耐药基因(ARGs)的丰度。结果显示，不同养殖模式中凡纳滨对虾肠道可培养细菌优势属为弧菌属(Vibrio)；成虾肠道内可培养细菌种类和数量较虾苗显著上升(P<0.05)；不同养殖模式之间规律不明显。研究表明，各模式下成虾肠道细菌耐药性和ARGs丰度均低于虾苗，提示，养殖过程中通过施用微生态制剂来减少抗生素使用量的方法能降低凡纳滨对虾肠道可培养细菌的耐药性。