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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谢尚潜 耿青春 章元明
为使偏分离群体连锁图矫正方法能被广泛应用,在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的DistortedMap软件包。结果显示:DistortedMap软件包具有遗传群体模拟、偏分离群体连锁图矫正和数量性状基因座定位的功能。使用该软件包可获得偏分离标记间遗传距离的无偏估计值并消除标记偏分离对QTL定位的影响。
关键词：
偏分离 连锁图 QTL定位 软件包
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曹锡文 刘兵 章元明
近十几年来,利用双亲分离群体数量性状表型观测值来鉴定数量性状主基因+多基因混合遗传模式的研究时有报道,其结果可指导作物育种实践。然而,随着计算机技术的进步,本课题组研制的软件操作性、算法和功能模块等方面都存在一定缺陷。在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的植物数量性状分离分析(segregation analysis,SEA)软件包,其中采用了线性算法包Clapack V3.1.1解线性方程组并估计一阶遗传参数,更精确地计算适合性检验的概率,增加了结果输出模块和计算分离群体植株或家系的主基因型后验概率。新软件包计算更稳...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁云涛 潘英华 徐志健
【目的】挖掘水稻粒型相关QTL位点可为水稻的粒型遗传机制研究和优质化分子育种提供理论基础。【方法】以广西普通野生稻高代自交系材料ZY03为父本,栽培稻品种日本晴为母本,通过常规杂交获得包含160个单株的F_2分离群体,并开展粒长、粒宽及粒长宽比等粒型性状的调查。利用分布于水稻12条染色体上的184个SSR标记对F_2群体单株进行分子检测。应用MAPMAKER EXP 3.0软件进行数据分析,构建分子标记连锁图。应用QTLmapping3.0软件,采用复合区间作图法(composite interval m
关键词：
粒长 粒宽,粒长宽比 QTL
[期刊] 中国农业科学
[作者]
何冉 关荣霞 刘章雄 朱晓丽 常汝镇 邱丽娟
【目的】大豆分枝数与大豆株型及产量关系密切,检测世代间可稳定遗传的大豆分枝数QTL,为大豆株型和产量育种的分子标记辅助选择奠定基础。【方法】根据科新3号×中黄20杂交组合F2群体构建的分子遗传图谱,对F2:4群体进行QTL定位,并利用定位QTL两侧的标记选择残余杂合个体,构建残余杂合系,对分枝数相关的QTL进行验证。【结果】在F2:4群体将分枝数QTL(qBN-c1-1)定位在C1连锁群区间Satt294-Satt399,贡献率为12.01%,来自于科新3号亲本的加性效应为-0.51;用F2:5选出残余杂合系,将控制大豆分枝数QTL定位在C1连锁群Satt399-Satt361区间,贡献率为1...
关键词：
大豆 分枝数 残余杂合系 QTL
[期刊] 统计与决策
[作者]
马建群
为满足统计部门对计算机软件技术的迫切需要,从这一期起,我们辟出专栏陆续介绍一些比较实用的适合于基层统计人员掌握的软件知识。欢迎广大读者为本栏写稿。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒲志刚 王大一 谭文芳 吴洁 阎文昭
利用甘薯高淀粉品种绵粉一号与甘薯低淀粉品种红旗四号杂交F1代分离群体,根据淀粉含量,选择F1分离群体中各22个高、低淀粉极端类型材料构成选择性基因型作图群体。构建的连锁图包括130个AFLP标记和13个连锁群(父本7个连锁群,母本6个连锁群),在绵粉1号遗传图的第2连锁群上检测到E1M7-2可作为淀粉的临近QTL。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张维理
【目的】在农业与环境研究领域,受研究条件和手段限制,多数研究实际上只能集中于点过程、局部地区或某一时段问题,只能关注某些特定主题相关现象和机制。由此产生大量分散数据。通过坐标关联可以对原先在各自独立研究中获取的不同类型数据与证据进行关联,这种连接可能赋予原先所认知的过程以新的涵义。海量空间数据分析方法能够从多渠道、多角度获得对事物的认知,并能够利用新的数据与证据不断修订假设。大数据分析的主要难点是海量空间信息不仅体量大,还要根据数据异质类型进行差异化抽提、整合和表达,难以采用现有主流软件工具,针对这一问题,本研究旨在创建一个能够以自动化和人机交互方式对异源、异质海量空间信息进行抽提、整合与大尺...
关键词：
智能制图工具 大数据 农业 环境
[期刊] 水产学报
[作者]
徐清腾 吴昊天 江丽华 陆颖
为了帮助水生动物学研究者解决群体遗传学基础分析的困难，本实验在调研现有的水生动物重测序数据分析研究和成果的基础上，基于水生动物群体遗传学的常用方法和通用分析软件，构建可于本地运行的、能够完成大部分基因组重测序数据基础计算的软件包。软件包首先将质控过滤后的重测序数据与参考基因组序列进行比对，利用比对结果检测基因组的遗传变异，对群体进行系统发育分析、群体结构分析、主成分分析、遗传多样性重要量化指标的计算和选择性消除分析等，并通过R或Python语言工具包对分析结果进行可视化。根据该软件包对来自3个群体、共约30尾大黄鱼个体的简化基因组测序数据进行分析测试的结果，完成了软件包携带的测序数据比对、单核苷酸多态性(SNP)鉴定、系统进化树构建、群体结构预测、连锁不平衡检测和多样性指标等计算功能，并且较好地图形可视化了分析结果。该群体基因组重测序分析的简易软件包可用于野生和自然群体的群体遗传学分析的大部分基础统计、计算和绘图，适合包括水生生物学在内的相关领域的生物学研究者进行群体基因组学研究。本研究为水生动物重测序数据分析提供便利，节约科研时间，减少人力物力成本。相关源码和使用说明文档已公开上传至GitHub:https://github.com/xqteng/Re-seq＿analysis。
[期刊] 统计与决策
[作者]
张在金
国家统计局曾经从系统论的角度,就社会、经济、文教、卫生等方面选择出有代表性的12项指标,经过科学计算和量化分析,评定出中国农村综合实力百强县,并于去年12月与经济日报社等单位联合在中国革命博物馆举办的"百舸争流"展览.那么,百强县是如何产生的呢?这就是本文将要介绍的国际上著名的统计分析软件包SAS.
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李晨 穆平 陈亮 王象坤 孙传清
本研究用江西东乡普野和桂朝 2号的 115株 BC1群体 ,构建了一个长度为 1418.2 c M、包含 12 0个RFL P标记的遗传图谱 ,标记间的平均距离为 11.8c M。该图谱除第 1染色体短臂上的标记的顺序与日本水稻基因组计划发表的图谱不同外 ,其他染色体上相对应的标记的顺序及标记之间的遗传距离基本一致。该图谱为定位栽、野之间重要的分类性状和农艺性状以及进一步研究野生稻进化到栽培稻的分子进化机理奠定了基础。利用该图谱 ,对控制株高的 QTL s分析结果表明 ,控制株高有 6个 QTL s,他们分别位于第 1,3,4 ,5 ,8和 9染色体上 ,其中位于第 1染色体 C95 5— R...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
潘英华 温国泉 徐志健 梁云涛
【目的】利用野栽杂交分离群体定位水稻结实率,为能更好地挖掘和利用野生稻中控制穗结实率基因的QTL位点提供参考。【方法】分别以广西普通野生稻资源Y03为父本和栽培稻品种日本晴为母本,经过杂交构建包含142个单株的F2定位群体,然后利用覆盖水稻基因组的184对SSR分子标记,采用复合区间作图法(CIM),以LOD=2.5为阈值检测控制结实率的QTL。【结果】共检测到3个影响结实率的QTL。其中,2个QTL位于第1染色体,1个QTL位于4号染色体上,并分别命名为q SSR1-1,q SSR1-2和q SSR4-
关键词：
普通野生稻 杂交 控制穗结实率 QTL
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘新龙 吴才文 毛钧 蔡青 应雄美 马丽 陆鑫 刘家勇 赵俊 赵培方 范源洪
分离群体是甘蔗基因发掘的重要前提条件,开展甘蔗分离群体数量性状及分子标记数据的评价研究,为甘蔗遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位及遗传育种提供依据。对甘蔗杂合商业品种与野生种割手密远缘杂交的F1群体(Co419×Y75/1/2)的产量性状(有效茎数、单茎重、株高、茎径、公顷产量)和糖分性状(蔗汁糖度、锤度、商业糖分)的频率分布、变异系数进行分析评价;同时对12对AFLP引物和36对SSR引物获得的505个分离标记进行χ2检测。研究结果表明,F1群体的产量和糖分性状符合正态分布,变异丰富,并表现为明显的超亲分离,属于多基因控制的数量性状。AFLP和SSR标记的分离比例检测表明,群体单双剂量标记的...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
屈彦纯 邓昌彦 熊远著 苏玉虹 郑嵘 刘桂兰
筛选了以 2 0cM左右均匀分布于 6号染色体的 9个多态性微卫星位点 ,构建了猪 6号染色体的遗传连锁图谱 ,并进一步进行了重要经济性状位点的定位。试验结果表明 :9个微卫星位点均为中、高度多态性位点 ,所有位点平均杂合度为 0 .5 81 71,多态信息含量为 0 .30 8 98～ 0 .74 7 5 8,平均多态信息含量为 0 .5 0 9 94。构建的资源家系遗传连锁图谱总长 198.6cM ,与USDA图谱位点顺序一致 ,图谱总长和多数区间距离长于USDA图谱。并进一步进行了猪数量性状位点定位的研究 ,在 6号染色体发现了显著影响肌内脂肪、肌肉大理石纹等肉质性状和板油重的数量性状位...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
詹庆才 朱克永 陈祖武 曾曙珍
利用典型粳稻品种北海289和典型籼稻品种Dular杂交的118个F2分离群体为材料,构建了一张包含79个微卫星标记的水稻分子连锁图谱.以低温下幼苗生长高度、叶绿素含量、致死温度处理后的枯萎和死苗为耐冷性指标,进行了苗期耐冷性数量性状位点(QTLs)分析.以低温下幼苗高度为指标,定位了3个分别位于染色体1,3和9上的3个QTLs;而在染色体2,8,9和11上分别检测到与低温下叶绿素含量有关的4个QTLs;用枯萎和死苗定位的4个QTLs则分别位于染色体5,9和12(两个)上.这些QTLs控制的表型变异最小的仅为3.82%,最大的达34.66%.位于染色体9上的RM160位点是一个同时具有抵御低温下...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜晓芬 王军 李云飞 王智兰 袁国保 杜国华 韩芳 彭建祥 张文娜 蔡伟 袁峰 崔巨多 郭二虎 邹洪锋 张林义 彭书忠
分蘖是与农作物产量相关的重要农艺性状之一,分蘖对于谷子产量的提高具有重要意义,但是目前谷子分蘖遗传分子机制还不清楚。利用简化基因组测序技术(RAD-seq),以2个F2群体(命名为Cross AJ和Cross HC)为研究对象,分别对2个F2群体的543个和131个单株及其亲本进行RAD-seq,利用MSTmap和Win QTLCart 2. 5软件进行遗传图谱构建和QTL分析,结果共鉴定出8个控制分蘖相关的QTL。其中,利用Cross AJ共鉴定了6个QTL,分别为qAJTN1、qAJTN5、qAJTN7-1、qAJTN7-2、qAJTN7-3和qAJTN9,可解释表型变异0. 7%～9. 8%;利用Cross HC群体共鉴定了2个QTL,分别为qHCTN5和qHCTN7,可解释表型变异1. 4%～8. 3%。在这8个QTL中,qAJTN1、qAJTN5、qAJTN7-2、qAJTN9和qHCTN5为该研究新鉴定的位点,其余3个QTL(qAJTN7-1、qAJTN7-3和qHCTN7)与前人研究结果相一致。另外,通过将亲本的测序结果与参考基因组进行比对,搜索插入缺失位点InDel(Insertion-deletion),新开发了谷子分蘖相关QTL(qAJTN7-3和qHCTN7)紧密相关的InDel标记。结果为谷子分蘖机制的研究奠定一定基础,所开发的分子标记对于分蘖型谷子的分子标记辅助育种具有重要意义。
关键词：
谷子 分蘖 QTL定位 连锁标记
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