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[期刊] 中国农业科学
[作者]
李英慧 常汝镇 邱丽娟
【目的】遗传完整性是种质安全保存和更新的核心问题,从分子水平上鉴定大豆品种的纯度,为有效保存种质遗传完整性提供理论依据。【方法】利用均匀分布在大豆基因组的59个SSR标记对中国2794份大豆种质纯度进行分析。【结果】鉴定出2517份高纯度种质(占总体的90.1%),其中有1099份为纯系,说明中国栽培大豆资源中绝大部分种质的纯度较高;在277份低纯度种质中,94.2%为地方品种,占地方品种总数2475份的10.5%。t检验发现,地方品种的纯合率(0.965,P=0.001)显著低于选育品种或品系的纯合率(0.976,P=0.001)。【结论】低纯度种质在种子繁殖时需要保持较大的群体规模,否则将...
关键词：
大豆 种质资源 SSR标记 纯度
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘岩 程须珍 王丽侠 王素华 白鹏 吴传书
【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源(共272份种质)的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数(NA)为3.1个,平均有效等位基因数(NE)为1.8个,平均Nei’s基因多样性(H)为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度(He)为0.4241,平均Shannon信息指数(I)为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度(Ho)为0.1001,种群内...
关键词：
绿豆 SSR 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王丽侠 程须珍 王素华 徐宁 梁辉 赵丹
【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2～13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量(PIC值)为0.014～0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227～0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS...
关键词：
小豆 SSR 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵波 叶剑 金文林 曾潮武 吴宝美 濮绍京 潘金豹 万平
【目的】研究野生、半野生、栽培型小豆的遗传多样性,进一步阐明小豆的起源进化与传播,提高小豆种质的利用效率。【方法】从69对小豆和黑吉豆SSR引物中,筛选出11对多态性好的SSR标记,并结合植株形态性状特征鉴定,对558份来自中国、日本、韩国、不丹、缅甸的野生、半野生和栽培小豆种质资源进行遗传多样性分析和性状关联分析。【结果】共检测到86个等位变异,平均每个位点等位变异数为7.82个,变幅6—10个。野生、半野生、栽培型小豆都有其特征带,栽培小豆的特征带绝大多数来源于中国;野生小豆的特征带仅出现在中国西南、不丹和日本南部地区的种质中。遗传离散度是野生型>半野生型>栽培型,半野生型小豆更接近野生型...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
许占友 邱丽娟 常汝镇 李向华 郑翠明 刘立宏 郭蓓
利用SSR标记与农艺性状间的对比,探索利用SSR标记鉴定大豆种质的可行性。首先利用计算机从大豆数据库中的22637 份种质中筛选出90 份栽培大豆种质和从野生大豆中选出1 份野生大豆,共计91 份种质。以这些种质中的9 个农艺性状为考察对象,取每个性状两边的极端材料10 份。其次利用各试材9 个农艺性状表型的量化值进行聚类分析。然后利用SSR 标记对大豆的遗传多样性进行多态性分析和聚类分析。两种方法聚类都能有效地把91 份种质分开,但农艺性状的聚类分析与SSR 标记的聚类分析结果吻合率很低,同时,山西省的入选种质27 份占全部所选种质的30% ,27 份种质分布于9 类中的7 类上。表明利用S...
关键词：
大豆 SSR标记 遗传多样性分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
白志元 张瑞军 武国平 连世超 杨玉花 卫保国
为明确山西已有杂交大豆主要亲本的遗传多样性和亲缘关系,利用64对SSR引物对32份杂交大豆亲本包括15份保持系与17份恢复系进行了遗传多样性分析。结果共检测到357个等位基因变异,单个位点检测到的等位基因数变化为2~12个,平均为5. 578个,其中,保持系检测到322个等位基因变异,变化为2~9个,平均为5. 031个,恢复系检测到320个等位基因变异,变化为2~12个,平均为5个;总的位点多态性信息含量(PIC)变辐为0. 368~0. 900,平均为0. 666,其中,保持系PIC变辐为0. 370~0. 868,平均为0. 661,恢复系PIC变辐为0. 329~0. 904,平均为0. 630。聚类分析结果表明,保持系间的遗传相似系数(GS)平均为0. 637,在相似系数为0. 61处,可将供试的保持系聚为两大类;其中,第Ⅱ类在相似系数为0. 65处又可分为3个亚类;恢复系间的遗传相似系数平均为0. 669,在相似系数为0. 65处,将供试的恢复系聚为两大类;聚类结果与品种地理来源具有一定的相关性。
关键词：
大豆 遗传多样性 SSR标记
[期刊] 中国农业科学
[作者]
秦君 李英慧 刘章雄 关荣霞 张孟臣 常汝镇 李广敏 马峙英 邱丽娟
【目的】绥农14是目前中国推广面积最大的大豆品种,该品种由17个亲本经5次杂交而成,其中包括5个祖先亲本和2个国外种质。对绥农14系谱亲本的遗传关系进行深入研究,为大豆育种的亲本选择提供理论依据。【方法】用分布于大豆基因组的550个SSR位点结合系谱分析的方法研究绥农14系谱亲本间的遗传关系。【结果】利用Treecon(Neighbour-joining方法)对绥农14系谱亲本进行聚类,发现绥农14系谱亲本随培育时期不同而聚在不同类别,与亲本来源及组合方式存在一定的关系。分析绥农14系谱中遗传物质的传递,发现在12.97%的位点上子代拥有与父母本均不相同的等位变异,品种育成年代越早这种现象越明...
关键词：
绥农14 系谱 SSR 遗传关系
[期刊] 林业科学研究
[作者]
黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 朱高浦
杜仲(Eucommia ulmoides Oliver)属杜仲科(Eucommiaceae),单科单属单种,为第四纪冰川侵袭后残留下的古老树种,仅存于中国,属国家二级保护植物[1-2]。杜仲的适应性极强,分布在我国亚热带至温带的27个省(市、区),美国、法国、日本、韩国等都有引种[1-2]。杜仲是我国特有的优质天然橡胶和中药资源,杜仲的皮、叶、雄花、果实等具有很高的药用价值及经济效益,尤其是杜仲富含天然橡胶—杜仲
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李思广 陈少瑜 付玉嫔 尹艾萍 司马永康 祁荣频 周云 王绍昌
【目的】揭示黑老虎5个群体70份种质资源的遗传多样性水平和遗传结构状况，为种质资源评价、保护及利用提供理论依据。【方法】用筛选出的17对引物进行所有样本SSR-PCR扩增，扩增产物经毛细管电泳后采用Gen Alex v6.502、Ntsys V2.2及Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】17对引物的70份样本中共检测到147个等位基因，平均每对引物扩增出8.647个等位基因。17个位点的Shannon信息指数（I）平均值为1.421，期望杂合度（H_e）平均值为0.648，多态信息指数（PIC）平均值为0.612。5个群体中马关群体（MGH）的遗传多样性最高，I和H_e分别为1.070和0.544。群体遗传分化系数（F_(st)）平均值为0.323，有32.3%的变异来源于群体间。分子方差分析（AMOVA）显示群体间方差分量比为28.8%，群体间的遗传变异占总变异量的28.8%。17个位点群体内近交系数（F_(is)）的平均值为0.161(F_(is)>0），黑老虎存在较强的近亲交配，5个群体中只有广西群体（GXH)F_(is)<0。基因流（N_m）为0.876，属中等水平。UPGMA聚类和STRUCTURE分析将70份黑老虎种质资源划分成了3个类群：类群Ⅰ由来自于MGH的样本资源组成，类群Ⅱ主要由屏边群体（PBH）的样本资源组成，类群Ⅲ主要由GXH、贵州群体（GZH）及湖南群体（HNH）的样本资源组成。【结论】黑老虎种质资源具有丰富的遗传多样性，群体间存在极高的遗传分化，遗传变异主要来源于群体内的个体。大部分种质的遗传背景比较单一，同一群体的不同种质遗传组分基本相同。在黑老虎育种及资源保护和开发工作中，应在尽量涵盖全部群体类别的基础上，特别重视遗传多样性丰富的群体以及各群体内不同类型个体的选择、保存和利用。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
姚俊修 毛秀红 李善文 刘学良 吴德军
【目的】进行白杨派种质资源的遗传多样性研究,为毛白杨种质资源保存、评价与利用提供参考。【方法】对所收集的白杨派无性系采用毛细管电泳法进行荧光SSR-PCR产物检测,利用所得结果评价种源及无性系间的遗传变异和遗传多样性水平。【结果】16对SSR引物对272个无性系进行检测,共检测到106个等位基因,每位点的等位基因数为4~11个,平均等位基因数为6.625个;平均观测杂合度(Ho)值为0.561,平均期望杂合度(He)值为0.432,表明遗传多样性比较丰富;有9个位点的Ho/He大于1,表明杂合度比较高。对其中来自毛白杨6个集中分布区的234个无性系进行遗传变异分析,结果表明:2%的遗传变异来源于种源间,98%的遗传变异来自于种源内无性系间;由不同种源间的等位基因模型可知,山西、陕西、河南、山东和河北5个种源的无性系均有特有等位基因,杂交时可以适当选择不同种源的无性系作杂交亲本以拓宽杂交种的遗传基础,或种源间适当引种增加毛白杨种源间的遗传多样性。【结论】聚类分析和主坐标分析结果均表明,北京与河北种源亲缘关系最近,河南与陕西、山东与山西亲缘关系也较近,分别聚为3大类群,而相同种源的无性系并没有完全聚到一类,其原因可能是由于种源间相互引种或遗传变异造成的。研究结论为毛白杨种质资源保存和利用提供了理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈少瑜 李江 陈伟 罗婷 陈绍安
【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况，为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增，产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】思茅松种质资源的遗传多样性较为丰富。18对SSR引物共检测到120个等位基因，平均每个位点的等位基因数为6.667个；种质资源的平均期望杂合度（H_(e)）为0.524；平均Shannon信息指数（I）为1.016；平均多态信息指数（PIC）为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数（F_(ST)）平均为0.091，即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%，分子方差分析（AMOVA）得到了同样的结果。各位点的基因流（N_(m)）平均为4.627（N_(m) > 1），较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群，基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类将11个群体划分成3组，普洱市6个群体聚为一组；西双版纳州的2个群体、临沧市和保山市的各1个群体聚为一组；德宏州的1个群体单独为一组。【结论】思茅松种质资源具有丰富的遗传多样性，遗传变异主要来源于群体内，在进行思茅松的遗传改良时，应根据其遗传结构特征，重点选择多样性高的群体，也要特别关注对群体内优良单株的选择。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孙虎 刘昌燕 李莉 刘良军 韩雪松 万正煌 沙爱华 陈宏伟
【目的】旨在通过转录组测序开发的SSR分子标记分析蚕豆种质资源遗传多样性，挖掘与蚕豆抗豆象性状相关的分子标记，为蚕豆抗豆象种质资源的保护利用及新品种选育提供参考依据。【方法】采用PacBio 三代全长测序技术结合RNA-seq的方法，对2个蚕豆品种Y134和Y078进行转录组测序，在此基础上，使用软件MISA对转录组的所有Unigene序列进行搜索，寻找包含SSR核心基序的Unigene序列，并利用Primer 3.0批量设计引物。随机挑选100对SSR引物对80份蚕豆种质资源进行遗传多样性分析。【结果】100对SSR引物中有50对扩增出产物，有效扩增率为50%；其中32对引物表现出多态性。占有效产物的64%，占总引物的32%。在32对多态性引物中，每对引物扩增等位基因2～21个，平均值为6.875个；多态信息量（PIC）值为0.25～0.82，平均值为0.58；Shannon信息指数变化范围为0.34～2.31，平均值为1.21。基于UPGMA聚类分析将80份蚕豆材料在相似系数0.70处分为两大类：第1类包含65份种质，其中高抗（HR）品种62份，高感（HS）品种2份，感（S）品种1份；第2类包含15份种质，其中高感（HS）品种7份，感（S）2份，高抗（HR）品种5份，中抗（MR）1份。【结论】利用开发的SSR标记分析了80份蚕豆种质资源的遗传多样性，为蚕豆抗豆象种质资源鉴定与分子标记辅助选择育种等方面的研究奠定了理论基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张德双 张娜 于拴仓 张凤兰 隋光磊 余阳俊 赵岫云 汪维红 苏同兵 卢桂香
芥蓝的研究多集中在分类、常规种资源遗传多样性等方面。随着芥蓝杂交种的问世,杂交种的优势越来越突出,市场效果明显,因此,对芥蓝自交系的遗传多样性等研究尤为重要。选取分布在甘蓝9条染色体上的55对SSR引物,从中筛选出多态性好、分布均匀的15条SSR引物对98份芥蓝自交系进行分析,共得到65个多态性带型。采用UPGMA方法构建了一张聚类图,在相似系数为0.71时,将98份芥蓝自交系初步分为1,2,3,4,5组。研究结果为芥蓝育种中的亲本选配、杂交种鉴定和资源保护等提供了依据。在试配芥蓝新组合时,应选择遗传距离较远的自交系作为重点材料,后代的杂种优势会更显著。
关键词：
芥蓝 SSR 多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘警 李扬 刘金利 张馨方 白仲奎 于秋香
为研究核桃种质资源涩味的遗传多样性,以4个不同核桃涩味群体共118份种质资源为材料,利用SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性研究,并构建树状聚类图。结果表明:12对引物共检测到93个等位变异位点,变异范围为2～18,平均每对SSR引物可检测到7.75个等位位点;多态性信息量(PIC)为0.357 9～0.785 2,平均0.541 1。4个群体的多态位点数Np为91、多态位点百分率PPB为97.85%、观测等位基因数Na为1.978 5、有效等位基因数Ne为1.198 5、Shannon′s信息指数I为0.209 7、Nei′s多样性指数H为0.126 3、总遗传多样性指数Ht为0.126 7、群体内遗传多样性指数Hs为0.122 2,说明4个核桃群体的遗传多样性和变异度不高。群体间遗传分化系数Gst为0.035 5,说明群体内遗传变异占总变异的96.45%。其中稍涩群体多态性位点百分率最大,为72.04%,说明稍涩群体在4个群体中遗传多样性最丰富。UPGMA聚类分析表明,4个群体的遗传相似系数在0.989 8～0.997 1,群体的整体相似系数高,说明这4个群体的遗传距离很近。当相似系数为0.993 4时,可将4个群体分成2组。其中,第1组包括不涩、稍涩和较涩3个群体,剩余涩群体单独为一组。通过计算不同群体93个位点的基因频率,发现12对引物的41个位点可将不同涩味等级的资源区分开。利用SSR分子标记技术对4个核桃群体进行与涩味相关的遗传多样性分析,根据转录组测序结果筛选出12对引物用于SSR分析,共扩增出93个SSR位点,多态位点百分率为97.85%,说明引物的多态性高,适用于核桃的遗传多样性分析,为培育轻涩味的优良品种提供技术指导,可用于后续核桃涩味的遗传多样性及育种研究。
[期刊] 林业科学
[作者]
廖柏勇 王芳 陈丽君 刘明骞 欧阳昆唏 阙青敏 惠文凯 李培 陈晓阳
【目的】利用相关序列扩增多态性（ＳＲＡＰ）分子标记对来自１７个省（区）的３１个苦楝种源进行遗传多样性分析，为苦楝种质资源的保存和育种计划的制订提供依据。【方法】通过ＳＲＡＰ分子标记获得１／０数据矩阵，计算ＳＲＡＰ分子标记各项遗传参数，同时进行分子方差分析（ＡＭＯＶＡ）。随后计算遗传距离矩阵并进行主坐标分析（ＰＣＯ Ａ）、邻接法聚类分析（ＮｅｉｇｈｂＯｕＲ－ＪＯｉＮｉＮｇ）以及遗传距离和地理距离ＭＡＮｔｅｌ相关性分析。【结果】从７８３对ＳＲＡＰ引物中筛选出的２０对引物可扩增出２５７条清晰的条带，其中１４５条具有多态性。引物多态性信息指数（ＰｉＣ）为０．２６２～０．４７８，均值为０．３８５。ＰｉＣ．．．
关键词：
苦楝 SRAP 遗传多样性 亲缘关系
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