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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
江彤 何志龙 李祥宇 张享享
［目的］测定水稻黑条矮缩病毒（Ｒｉｃｅ ｂｌａｃｋ－ｓｔＲｅａｋｅｄ ｄｗａＲｆ ｖｉＲｕｓ，Ｒｂｓｄｖ）安徽分离物全基因组序列，分析Ｒｂｓｄｖ安徽分离物与Ｒｂｓｄｖ其他分离物以及斐济病毒属（ｆｉｊｉｖｉＲｕｓ）其他成员之间的分子差异，为明确Ｒｂｓｄｖ遗传变异与进化规律提供重要信息。［方法］采用Ｒｔ－ＰｃＲ法从安徽玉米粗缩病样本中扩增Ｒｂｓｄｖ的全基因组，克隆、测序并进行序列分析。［结果］获得Ｒｂｓｄｖ安徽分离物全基因组序列。序列比对发现，Ｒｂｓｄｖ安徽分离物与其他Ｒｂｓｄｖ各个分离物ｓ１到ｓ１０的序列相似性较高，为８７．６％～９９．５％，其中与Ｒｂｓｄｖ韩国分离物（Ｒｂｓｄｖ－ｋＯＲ）序列相．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李文红 卢训 方琦 苏晓霞 丁铭 孔宝华
从云南省楚雄州和大理市采集到圆叶锦葵(Malva rotundifolia Linn.)病株,主要表现为叶片金色花叶症状,从中选取典型症状病株分离物YN2131和YN2276进行PCR扩增、克隆和测序,获得两个分离物的全基因组核苷酸序列。分析表明,2个分离物具有典型的双生病毒基因组结构,长度分别为2747 nt和2743 nt,其中YN2131与云南赛葵黄脉病毒同源性最高,YN2276与保山赛葵黄脉病毒同源性最高。YN2131和YN2276都伴随有致病相关的DNA卫星分子,YN2131β和YN2276β分别属于MYVYNV和MYVV伴随的卫星分子。这是首次在国内报道双生病毒侵染圆叶锦葵。
[期刊] 华北农学报
[作者]
方守国 王朝辉 韩成贵 李大伟 于嘉林
水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarfvirus,RBSDV)是引起我国水稻黑条矮缩病和玉米粗缩病的病原。引起玉米粗缩病的RBSDV湖北分离物10条基因组dsRNA全序列已被确定,其中基因组片段6(S6)全长序列为2 645bp,只含有一个阅码框(82~2460 nt),编码一个分子量约为89.6 kDa的蛋白(P6)。为进一步研究该蛋白的生物学功能,在大肠杆菌中表达了RBSDV基因组片段6编码的P6蛋白并制备了相应的抗血清。Western blotting分析显示,P6抗血清不与纯化的RBSDV粒子蛋白发生反应,而在被RBSDV感染的玉米叶片和带毒的传播介体——...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱俊子 周倩 崔亚 高必达
2010年,由南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)引起的新水稻矮缩病在湖南省大面积爆发。为确定南方水稻黑条矮缩病毒的自然寄主范围,采集湖南省永州零陵、邵阳隆回、郴州宜章等地发病田块及附近的禾本科作物及杂草,提取RNA后,用自行设计的专利引物对,对其进行RT-PCR检测,发现高粱、野燕麦、牛筋草是新的SRBSDV自然寄主。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
丁铭 何跃峰 杨莉 王玉 董家红 张仲凯
对侵染云南烟草的粉虱传双生病毒致病性相关分子DNAβ进行PCR扩增和克隆。对9份采自不同时间和地区的样品中的DNAβ分子的全基因组序列分析发现,9个DNAβ都具有典型双生病毒DNAβ卫星分子的基因组结构特征:在互补链上编码1个大小约为118个氨基酸的βC1蛋白,含有1个卫星分子保守区(Satellite conserved region,SCR)和1个A富含区。核苷酸同源性分析显示,9个分离物的DNAβ分子中,7个分离物的DNAβ属于TYLCCNV伴随的DNAβ分子,1个属于MYVYNV伴随的DNAβ分子,2个属于TYLCTHV伴随的DNAβ分子,1个属于TbCSV伴随的DNAβ分子。系统进化...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王玉 丁铭 杨莉 杨长楷 杨向东 张仲凯
从云南元谋采集表现曲叶症状的番茄样品中分离粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTGs)分离物YN678。序列分析表明其DNA-A为单链环状,全序列长度为2739 bp,编码6个ORFs。BLAST比对发现,该分离物与双生病毒科菜豆金色黄花叶病毒属的中国番木瓜曲叶病毒HeNZM1分离物(PaLCuCNV-[HeNZM1])最为接近,相似性为98.5%,表明番茄中的分离物YN678是PaLCuCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ特异引物Beta01/Beta02进行PCR扩增、克隆和测序,在YN678中扩增到DNAβ分子,全长为1357 ...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周彤 杜琳琳 范永坚 周益军
【目的】建立一种快速、灵敏的逆转录环介导等温扩增方法(RT-LAMP)检测寄主植物和传毒介体体内的水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)。【方法】合成4条针对RBSDV S10核苷酸序列6个位点的特异性引物。分别对引物浓度、MgSO4浓度、反应温度和时间进行优化。将感病水稻总RNA梯度稀释后进行灵敏性检验并与RT-PCR比较分析。选择RBSDV和南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)验证该方法的特异性。用本RT-LAMP方法检测田间病株。【结果】RT-LAMP检测方法可排除SRBSDV的干扰而特异地检测植物和飞虱体内的RBSDV,与RT-P...
关键词：
水稻黑条矮缩病毒 RT-LAMP 检测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冷东蔚 韦学锋 张洪保 马志锋 蒋卫 吴慧子 田维强 蔡璘
【目的】明确辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus，ChiVMV）在贵州烟草上的发生情况及其与我国其他省份不同ChiVMV株系之间的遗传进化关系，为制定科学合理的防控措施提供依据。【方法】从贵州省贵阳、遵义、安顺和铜仁的烟田采集表现叶片斑驳、皱缩、坏死和花叶等症状的疑似病毒侵染的烟叶样品80份。采用RT-PCR法，设计多种病毒引物对所采集的样品进行检测，对检测出的ChiVMV进一步进行PCR分段扩增以获得贵州烟草ChiVMV的全基因组序列，基于NCBI已公布的所有ChiVMV基因组序列进行序列一致性分析并构建系统发育进化树以研究贵州ChiVMV烟草分离株的遗传进化关系。【结果】RT-PCR检测结果显示，ChiVMV在贵州烟区检出率为37.50%，烟草普通花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV）检出率为48.75%，马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）的检出率为35.00%，黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）检出率仅8.75%；检测出4种复合侵染类型TMV＋PVY、PVY＋ChiVMV、PVY＋CMV和ChiVMV＋PVY＋TMV，检出率分别为26.25%、6.25%、10.00%和3.75%。PCR分段扩增获得贵州省烟草分离株ChiVMV-GZ（GenBank：OP589298），其与来自四川的番茄分离株（No：KC711055）和四川烟草分离株（No：MK405594）具有较高的序列一致性（98.70%和98.50%）；构建系统发育进化树发现其与来自四川和云南的ChiVMV株系聚为一支。【结论】辣椒脉斑驳病毒在贵州烟草上的为害已日趋严重，应当引起足够重视，本研究在贵州烟草上分离获得分离株ChiVMV-GZ并扩增获得该病毒全基因组；基于遗传进化分析发现，ChiVMV-GZ与来自四川和云南的ChiVMV株系间的亲缘关系最近。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李林 李青 王立博 张祖新 李建生 严建兵
【目的】尝试利用分子标记和QTL定位技术直接定位影响重组频率的QTL,探索物种遗传变异难易的分子基础。【方法】分别借助3张玉米和3张水稻分子标记连锁图,以所有染色体上标记的交换次数为性状进行分析。【结果】分别定位了7个和11个影响玉米和水稻重组频率的QTL。以玉米和水稻高密度分子标记连锁图IBM302和Genetic98每条染色体上标记的交换次数为性状,分别在玉米和水稻上定位了12个和57个QTL。【结论】影响重组频率的基因真实存在。培育高重组频率材料将有助于加速基因的定位和克隆、比较图位克隆基因和遗传育种进程。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄所生 吴碧球 秦碧霞 李战彪 李成 孙祖雄 谢慧婷 黄凤宽 蔡健和
为完善水稻对南方水稻黑条矮缩病抗性的评价方法提供理论依据,运用RT-PCR检测法及其他常规方法研究不同虫态、不同接虫密度对白背飞虱传播SRBSDV的能力、不同水稻生育期对白背飞虱传毒效率影响、白背飞虱饲毒时间和传毒时间对南方水稻黑条矮缩病发病率的影响。结果表明,同一虫态白背飞虱不同的接虫密度水稻发病率不同,接虫密度增加发病率增高;随着虫龄增大而白背飞虱传毒效率增高。接虫密度2头/苗、3头/苗时,45龄和长、短白背飞虱型成虫传毒引起水稻发病率均达到100.00%。不同水稻生育期影响白背飞虱传毒效率。接虫后,
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨杰 王军 周彤 陈志德 仲维功
为了明确江苏新发生的矮缩病害为水稻黑条矮缩病,采用RT-PCR和序列测定方法对其病原进行了精确鉴定。根据水稻黑条矮缩病病毒基因组序列的信息,设计扩增RNA聚合酶基因、外壳蛋白基因和RNA沉默抑制子基因以及核心蛋白基因部分编码区的4对引物,提取感染水稻黑条矮缩病病毒的水稻植株总RNA并进行RT-PCR扩增,可以在感病植株中分别扩增出水稻黑条矮缩病病毒基因组特有的4个条带,测序结果表明,来源于江苏南京的分离物的4个基因部分编码片段与已登录的对应基因片段核苷酸序列同源性达99%以上,共发现7个碱基的突变。经生物信息学分析发现7个单碱基突变都是同义突变,氨基酸序列没有改变。根据以上结果确认该病病原为水...
关键词：
水稻黑条矮缩病 RT-PCR 病毒检测
[期刊] 中国农业科学
[作者]
卢嫣红 张金凤 熊如意 徐秋芳 周益军
【目的】分析南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)基因组S6编码的SP6蛋白的抑制子活性,明确SRBSDV是否编码RNA沉默抑制子来干扰植物的沉默。【方法】将分别含有SP6与GFP质粒的农杆菌共浸润转GFP基因的16c本氏烟纯合系,观察SP6对局部沉默和系统沉默的抑制作用;将含有SP6,GFP和dsGFP质粒的农杆菌三者共浸润,观察SP6对由dsRNA引起的沉默的抑制作用;在同一植株不同部位接种GFP和SP6,观察SP6对RNA沉默信号传导的影响;通过马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)在本氏烟上表达SP6,观察SP6是否能增强PVX的致病性。【结果】SP6能抑制由GFP正义RN...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王朝辉 周益军 范永坚 薛宝娣 吴淑华 程兆榜 张文荟
用RT PCR技术、PCR标记的探针点杂交和SDS PAGE检测了生产上严重危害玉米和水稻的水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)。由RT PCR扩增的RBSDV第 7片段第 92 1～ 14 11碱基作探针 ,用PCR法DIG标记后点杂交 ,可以从 10 0ng玉米病叶中检测到RBSDV ,灵敏度是RT PCR的 1/10 ;10 %SDS PAGE只能检测到从 1g玉米病叶中提取的病毒dsRNA ,但对江苏玉米田间分离的不同的RBSDV样品电泳发现 ,该病毒基因组dsRNA有差异 ,表明该技术是研究RBSDV基因组多样性的简单有效的方法
[期刊] 林业科学
[作者]
闫文凯 林文武 杨文婷 杜雅馨 吴祖建 杨靓
【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片
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