从云南省楚雄州和大理市采集到圆叶锦葵(Malva rotundifolia Linn.)病株,主要表现为叶片金色花叶症状,从中选取典型症状病株分离物YN2131和YN2276进行PCR扩增、克隆和测序,获得两个分离物的全基因组核苷酸序列。分析表明,2个分离物具有典型的双生病毒基因组结构,长度分别为2747 nt和2743 nt,其中YN2131与云南赛葵黄脉病毒同源性最高,YN2276与保山赛葵黄脉病毒同源性最高。YN2131和YN2276都伴随有致病相关的DNA卫星分子,YN2131β和YN2276β分别属于MYVYNV和MYVV伴随的卫星分子。这是首次在国内报道双生病毒侵染圆叶锦葵。

对侵染云南烟草的粉虱传双生病毒致病性相关分子DNAβ进行PCR扩增和克隆。对9份采自不同时间和地区的样品中的DNAβ分子的全基因组序列分析发现,9个DNAβ都具有典型双生病毒DNAβ卫星分子的基因组结构特征:在互补链上编码1个大小约为118个氨基酸的βC1蛋白,含有1个卫星分子保守区(Satellite conserved region,SCR)和1个A富含区。核苷酸同源性分析显示,9个分离物的DNAβ分子中,7个分离物的DNAβ属于TYLCCNV伴随的DNAβ分子,1个属于MYVYNV伴随的DNAβ分子,2个属于TYLCTHV伴随的DNAβ分子,1个属于TbCSV伴随的DNAβ分子。系统进化...

从云南元谋采集表现曲叶症状的番茄样品中分离粉虱传双生病毒(Whitefly-transmitted geminivirus,WTGs)分离物YN678。序列分析表明其DNA-A为单链环状,全序列长度为2739 bp,编码6个ORFs。BLAST比对发现,该分离物与双生病毒科菜豆金色黄花叶病毒属的中国番木瓜曲叶病毒HeNZM1分离物(PaLCuCNV-[HeNZM1])最为接近,相似性为98.5%,表明番茄中的分离物YN678是PaLCuCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ特异引物Beta01/Beta02进行PCR扩增、克隆和测序,在YN678中扩增到DNAβ分子,全长为1357 ...

［目的］测定水稻黑条矮缩病毒（Ｒｉｃｅ ｂｌａｃｋ－ｓｔＲｅａｋｅｄ ｄｗａＲｆ ｖｉＲｕｓ，Ｒｂｓｄｖ）安徽分离物全基因组序列，分析Ｒｂｓｄｖ安徽分离物与Ｒｂｓｄｖ其他分离物以及斐济病毒属（ｆｉｊｉｖｉＲｕｓ）其他成员之间的分子差异，为明确Ｒｂｓｄｖ遗传变异与进化规律提供重要信息。［方法］采用Ｒｔ－ＰｃＲ法从安徽玉米粗缩病样本中扩增Ｒｂｓｄｖ的全基因组，克隆、测序并进行序列分析。［结果］获得Ｒｂｓｄｖ安徽分离物全基因组序列。序列比对发现，Ｒｂｓｄｖ安徽分离物与其他Ｒｂｓｄｖ各个分离物ｓ１到ｓ１０的序列相似性较高，为８７．６％～９９．５％，其中与Ｒｂｓｄｖ韩国分离物（Ｒｂｓｄｖ－ｋＯＲ）序列相．．．

【目的】为深入研究植物病毒—介体昆虫—寄主植物三者互作关系及机制提供科学的理论基础。【方法】以3个不同番茄品种为供试植物,MED烟粉虱为供试昆虫及近年来发现的云南本地双生病毒的优势种PaLCuCNV和TYLCTHV为供试病毒,探究烟粉虱取食、双生病毒侵染及烟粉虱与双生病毒互作对番茄生长发育特性及SA和JA信号途径防御基因表达的影响。【结果】与对照相比,不同处理均能引起番茄植株高度、地上部鲜重和干重的降低,不同处理与不同材料之间差异较大,总体表现为烟粉虱与双生病毒互作较烟粉虱取食、双生病毒侵染对植株高度、地上部鲜重和干重的影响较大。此外,不同处理普遍引起番茄JA和SA信号途径防御基因不同程度的上调表达,只是SA信号途径基因上调幅度较JA信号途径基因的上调幅度大。【结论】植物病毒—介体昆虫—寄主植物之间的互作关系及机制复杂多样,因植物种类、昆虫种类及病毒种类的不同而不同程度地影响植物生长发育及防御基因的表达。

为明确引起福建省福州市长乐地区番茄上曲叶症状的病原，提取样品总ＤＮＡ，利用简并引物ＰＡ／ＰＢ进行ＰＣＲ扩增，从１０个样品中均可扩增到５００ ＢＰ左右的特异条带．ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ序列比对表明，该序列与番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣＶ）核苷酸序列相似性最高，达９９．０％．再根据已知５００ ＢＰ序列设计１对反向引物，扩增ＴＹＬＣＶ分离物Ｆｚ０１全基因组近全长，克隆并测序．经序列拼接发现，ＴＹＬＣＶ分离物Ｆｚ０１基因组全长２７８１ ＮＴＳ（ＫＰ６８５５９８），与已报道的ＴＹＬＣＶ其他各分离物相似性均在８９．３％以上，而与来自中国不同地区的ＴＹＬＣＶ分离物的相似性均在９８．７％以上．因此，Ｆｚ０１属于Ｔ．．．

【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片

以建兰花叶病毒(CyMV)南京分离物侵染本氏烟的叶片为材料,利用RT-PCR扩增CyMV基因组cDNA,并进行测序,得到全长序列(GenBank登录号:JQ860108),然后插入到pCass4-Rz载体中,构建CyMV侵染性克隆载体。序列分析表明,与已报道的石斛兰、蝴蝶兰、香草兰分离物序列同源性高达96%以上,并且具有相同的基因组结构;不同国家和地区的序列进化树分析表明,其与我国台湾地区的病毒分离物亲缘关系最近。侵染性克隆通过农杆菌侵染接种本氏烟,与CyMV分离物具有相同的症状,并可利用RT-PCR检测到其外壳蛋白基因,表明成功构建了具有生物活性的CyMV侵染性克隆。

【目的】明确辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus，ChiVMV）在贵州烟草上的发生情况及其与我国其他省份不同ChiVMV株系之间的遗传进化关系，为制定科学合理的防控措施提供依据。【方法】从贵州省贵阳、遵义、安顺和铜仁的烟田采集表现叶片斑驳、皱缩、坏死和花叶等症状的疑似病毒侵染的烟叶样品80份。采用RT-PCR法，设计多种病毒引物对所采集的样品进行检测，对检测出的ChiVMV进一步进行PCR分段扩增以获得贵州烟草ChiVMV的全基因组序列，基于NCBI已公布的所有ChiVMV基因组序列进行序列一致性分析并构建系统发育进化树以研究贵州ChiVMV烟草分离株的遗传进化关系。【结果】RT-PCR检测结果显示，ChiVMV在贵州烟区检出率为37.50%，烟草普通花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV）检出率为48.75%，马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）的检出率为35.00%，黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）检出率仅8.75%；检测出4种复合侵染类型TMV＋PVY、PVY＋ChiVMV、PVY＋CMV和ChiVMV＋PVY＋TMV，检出率分别为26.25%、6.25%、10.00%和3.75%。PCR分段扩增获得贵州省烟草分离株ChiVMV-GZ（GenBank：OP589298），其与来自四川的番茄分离株（No：KC711055）和四川烟草分离株（No：MK405594）具有较高的序列一致性（98.70%和98.50%）；构建系统发育进化树发现其与来自四川和云南的ChiVMV株系聚为一支。【结论】辣椒脉斑驳病毒在贵州烟草上的为害已日趋严重，应当引起足够重视，本研究在贵州烟草上分离获得分离株ChiVMV-GZ并扩增获得该病毒全基因组；基于遗传进化分析发现，ChiVMV-GZ与来自四川和云南的ChiVMV株系间的亲缘关系最近。

【目的】烟草花叶病毒属（Tobamovirus）是危害辣椒、烟草等茄科作物的主要病毒之一，严重影响蔬菜作物的种植和生产。本研究旨在探明侵染江苏省南京市辣椒的烟草轻绿花叶病毒（tobacco mild green mosaic virus,TMGMV）分离物（TMGMV-JS）的基因组结构特征、系统进化关系及其致病性，为TMGMV的防控提供科学依据。【方法】从江苏省南京市采集的辣椒病样，提取总RNA，利用TMGMV特异检测引物确认阳性后，设计病毒特异性全长引物扩增TMGMV-JS全基因序列，通过同源重组的方法克隆至pCB301植物表达载体上，获得TMGMV-JS分离物基因组序列和全长cDNA侵染性克隆。BLAST分析TMGMV-JS分离物与已报道分离物的同源性，利用MEGA7软件的邻接法进行系统进化分析。将侵染性克隆通过农杆菌浸润本氏烟和辣椒，经RT-PCR和Western blot检测验证侵染效果，测定TMGMV-JS分离物的致病性。【结果】侵染江苏省南京市辣椒的TMGMV全长序列为6 356 nt，编码4个功能蛋白，分别为126K复制相关蛋白、183K复制酶、运动蛋白MP和外壳蛋白CP。同源性分析结果显示TMGMV-JS与重庆分离物TMGMV-TN29(MF139550)同源性最高，厦门分离物（JX534224）次之，系统进化分析结果也显示TMGMV-JS与其他TMGMV聚于同一大分支，其中与重庆、厦门两个分离物在同一小分支，相对近缘。构建的pCB301-TMGMV-JS侵染性克隆载体可以系统侵染本氏烟，引起叶片黄化，植株系统性坏死；也可以系统侵染辣椒，引起叶片斑驳、卷曲和植株矮化等症状。【结论】侵染江苏省南京市辣椒的TMGMV-JS分离物基因组全长6 356 nt，与国内重庆、厦门TMGMV分离物具有较近的亲缘关系，同属于一个分支；构建的TMGMV-JS侵染性克隆可以系统侵染本氏烟和辣椒，在本氏烟上会导致系统性坏死。

【目的】分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒（Zygocactus virus X，ZyVX）和火龙果X病毒（Pitaya virus X，PiVX）基因组序列，探讨其序列差异和遗传变异。【方法】利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品，然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基因组相关序列，进行序列组装、一致性比较、基因重组和系统进化分析。【结果】获得4条ZyVX贵州分离物和3条PiVX贵州分离物基因组近全长序列，长度分别为6 570～6 600 bp和6 649～6 657 bp，分别覆盖参考基因组序列的99.2%～99.6%和99.3%～99.8%。4条ZyVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为96.7%～99.5%，与其他已报道分离物的序列一致性为91.4%～96.9%，其ORF编码的氨基酸序列一致性为93.8%～100%。3条PiVX贵州分离物之间基因组序列一致性为98.2%～98.5%，与其他已报道分离物序列一致性为98.0%～99.1%，其ORF编码的氨基酸序列一致性为97.8%～100%。ZyVX和PiVX贵州分离物基因重组分析表明未发现明显的重组事件，系统进化分析表明未发生明显的遗传分化。【结论】当前贵州ZyVX和PiVX群体的基因组序列一致性高，其变异均为单核苷酸变异，未发生基因重组和遗传分化。

从中国广州番木瓜上检测获得双生病毒分离物GT,核苷酸序列测定表明,GT分离物DNA-A全长2769个核苷酸,编码6个ORFs,其中病毒链编码AV1(CP)和AV2两个ORFs,互补链编码AC1～AC4四个ORFs。DNA-A全序列、基因间隔区核苷酸序列及各ORF编码的氨基酸序列比较表明,GT与广东番木瓜曲叶病毒分离物GD2亲缘关系最近(96.7%)。生物学初步测定表明,该病毒可通过烟粉虱(Bemisiatabaci)传播到番木瓜、烟草和番茄植株上。

为了确定北京菊花产区是否发生了番茄斑萎病毒病,了解该病毒北京分离物的序列变异情况,对该地区发生的TSWV进行了分子检测,并对该病毒编码的依赖RNA的RNA聚合酶(RDRP)、多糖蛋白(Gn-Gc)、运动蛋白(NSm)、外壳蛋白(N)、非结构蛋白(NSs)等5个基因进行了序列分析。结果表明,TSWV北京地区菊花分离物(Beijing-jh)的5个编码基因与国内各分离物的进化关系较远,与来自韩国和西班牙的分离物亲缘关系较近。相似性分析表明,N基因是最为保守的基因,核酸平均相似性为97.2%,蛋白为98.6%,RDRP的变异性最大,核酸平均相似性为95.4%,蛋白为96.8%,且Beijing-jh分离物的5个基因编码的氨基酸与来自西班牙分离物的相似性最大,初步表明,该分离物可能是由于贸易活动由国外传入我国。

【目的】探明采自云南和海南表现为黄化、皱缩等表型的花叶青木病毒种类。【方法】首先，利用转录组测序技术对来自云南省昆明市的花叶青木样品进行检测；然后，根据转录组测序结果，采用RT-PCR对采自云南省昆明市和海南省海口市的73份花叶青木样品开展转录组测序结果中发现的病毒种类检测验证，并扩增获得相关病毒基因片段，对这些病毒的基因序列进行比对分析。【结果】转录组测序结果发现，送测的花叶青木样品中含有蚕豆萎蔫病毒2号（broad bean wilt virus 2,BBWV2）、菜豆黄花叶病毒（bean yellow mosaic virus,BYMV）、黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）、豌豆耳突花叶病毒1号（pea enation mosaic virus 1,PEMV-1）和豌豆耳突花叶病毒2号（pea enation mosaic virus 2,PEMV-2）5种病毒的侵染。但随后对来自云南和海南的73份花叶青木样品的RT-PCR验证中，只检测到BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2 4种病毒。其中，云南和海南的样品中均能检测到BBWV2，总检出率为11.0%；而BYMV、CMV和PEMV-2仅在云南的样品中被检测到，检出率分别为5.5%、1.4%和1.4%。从两地采集的花叶青木样品中既未发现PEMV-1的侵染，也未发现BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2的复合侵染。为了进一步分析BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2花叶青木分离物与来自其他寄主植物相关病毒分离物的分子变异，选取检测到上述4种病毒的样品，分别对BBWV2、BYMV和CMV 3种病毒的cp及PEMV-2的RdRp序列进行扩增，并对扩增获得的BBWV2 490 nt的small cp(GenBank登录号：OQ137565、OQ137566)、BYMV 499 nt的cp核心区域（GenBank登录号：OQ137568）、CMV 880 nt的cp(GenBank登录号：OQ137567)和PEMV-2 800nt的RdRp核心区域序列（GenBank登录号：OQ137569）进行分析。序列比对分析结果表明，BBWV2云南与海南花叶青木分离物间存在85.9%的核苷酸序列一致性，二者与GenBank中其他BBWV2分离物分别存在79.8%—94.5%和80.2%—92.0%的核苷酸序列一致性；BYMV、CMV和PEMV-2云南花叶青木分离物与GenBank中相应病毒的核苷酸序列一致性分别为79.8%—99.0%、71.5%—99.4%和84.9%—98.0%。利用以上病毒相应基因核苷酸序列构建系统发育树，发现BBWV2云南和海南花叶青木分离物分别属于I组中的a亚组和b亚组；BYMV云南花叶青木分离物与伊朗（GenBank登录号：MN241051,MN241060）和伊拉克（GenBank登录号：JQ026005）蚕豆分离物具有较近的亲缘关系；CMV云南花叶青木分离物属于I组中的IB亚组，但与IB亚组的其他成员具有较远的亲缘关系；PEMV-2云南花叶青木分离物与云南豌豆分离物亲缘关系最近并聚为一组，但与其他分离物存在较远的亲缘关系。【结论】首次报道了花叶青木被病毒感染，同时也是BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2在花叶青木乃至桃叶珊瑚属植物上的首次报道，BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2花叶青木分离物与来自其他植物的相关病毒分离物存在较大的分子变异。

【目的】明确引起广西百色市辣椒呈现叶片上卷、皱缩等症状的病毒病原，并对各病毒分离物的遗传进化关系进行分析，旨在为辣椒病毒病的防控提供科学依据。【方法】从广西百色市采集4份疑似被菜豆金色花叶病毒属病毒感染的辣椒样品，利用PCR、分段克隆、核苷酸序列比对分析、进化树构建等方法对疑似样品进行鉴定及遗传进化分析。【结果】PCR结果显示，4个样品中均能扩增出约570bp目标PCR条带，将PCR产物直接送样测序，所得序列进行blastn分析发现，4条序列分别与已登录GenBank的TYLCV和PaLCuCNV各分离物的序列具有较高的核苷酸相似性，证实所采集的辣椒植株受到菜豆金色花叶病毒属病毒侵染。参考已登录GenBank的TYLCV（GenBank登录号:MG904859和KY783940）、PaLCuCNV（GenBank登录号:KU892661和MW779523）的序列设计2对背靠背引物，随机选择2份阳性样品进行全基因组扩增和序列测定，将所得PCR产物纯化后克隆至pMD18T载体上，挑选阳性克隆进行测序，从2份阳性样品中共获得3条病毒全长基因组序列，将所得序列在GenBank中进行Blastn分析，发现其中2条序列与已登录GenBank的部分TYLCV分离物的核苷酸相似性达到91%以上，1条序列与已登录GenBank的部分PaLCuCNV分离物核苷酸相似性在91%以上。根据双生病毒的分类标准，确定侵染广西辣椒的双生病毒为TYLCV和PaLCuCNV的不同分离物。进化树分析发现，TYLCV广西辣椒分离物BS66-1与TYLCVSG1分离物（GenBank登录号为：MT969010，寄主为番茄）具有较近的亲缘关系，而TYLCV广西辣椒分离物BS67-1则与TYLCV GX和TYLCV BS3分离物（GenBank登录号为：MW389934、MT375610，寄主均为番茄）具有较近的亲缘关系；PaLCuCNV广西辣椒分离物BS66-2则与PaLCuCNV GX01分离物（GenBank登录号：MW779523，寄主为番茄）具有较近的亲缘关系。【结论】侵染广西辣椒呈现叶片上卷、皱缩等症状的病原为TYLCV和PaLCuCNV，本研究为菜豆金色花叶病毒属病毒侵染广西辣椒的首次报道。