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[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁威 吴容宇 严彩瑞 杨铁柱 顾冰宁 沈和定
长期栖息于潮间带的动物能够感知当地的潮汐规律,形成潮汐记忆的能力。本研究以栖息于潮间带的瘤背石磺(Onchidium reevesii)为对象,研究其通过感知潮汐来临时产生的低频声音来调节其行为与潮汐节律相协调的分子机制。通过RACE-PCR技术克隆到CaM-like基因的cDNA序列,并进行生物信息学分析和qRT-PCR实验。结果显示,瘤背石磺CaM-like基因的cDNA全长2321 bp,包括5′非编码区(UTR)366 bp,3′非编码区(UTR)1337 bp,618 bp的开放阅读框编码206个氨基酸;预测该基因编码的多肽链的原子数量是3165,分子量约为23029.64 kD,理论等电点4.64,分子式是C_(1018)H_(1544)N_(274)O_(320)S_9。N端信号肽由29个氨基酸组成。氨基酸序列比对构建系统进化树,结果显示瘤背石磺CaM-like基因与静水椎实螺(Lymnaea stagnalis)、光滑双脐螺(Biomphalaria glabrata)的CaM-like基因的亲缘关系最接近,这与传统形态学分类相吻合。在实验室内模拟潮汐中低频声音刺激瘤背石磺,应用qRT-PCR检测CaM-like基因在不同组织的分布情况,结果显示CaM-like mRNA在瘤背石磺不同组织均有表达,但神经节部位的表达量显著高于背部皮肤、腹足、肠、肝胰腺、口器和蛋白腺等组织(P
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陈锡林 钱畅 肖海明 饶榕城 张小明 沈和定
从瘤背石磺不同频率声音基因转录组中将有显著差异表达的基因与IMPC人类听觉感知耳聋相关基因对比发掘出与听力相关的基因NXN。利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得OrNXN基因cDNA全长序列，并对其序列进行生物信息学分析；利用实时定量PCR(qPCR)技术分析了OrNXN在瘤背石磺不同组织、不同声音频率及不同潮汐节点的表达水平。结果显示，OrNXN cDNA全长为1593bp，开放阅读框长度为432bp，共编码143个氨基酸，分子量为15.57 ku；结构域预测分析表明OrNXN含有Thioredoxin家族典型的硫氧化还原蛋白结构；多序列比对以及进化树构建结果表明，OrNXN与其他物种的相似度较高，保守性较强；荧光定量结果表明在瘤背石磺7个组织中OrNXN在肠、神经节、性腺和腹足均有表达，在肠中表达量最高，其次为神经节。不同声音频率刺激下OrNXN在200Hz和50H处有差异表达（P＜0.05），在不同潮汐节点OrNXN表达量均不同，表达量基本随着潮汐水位变化一致。研究表明，OrNXN可能在瘤背石磺参与感知潮汐节率时对潮汐发出的低频声音产生了响应。
[期刊] 水产学报
[作者]
钱畅 肖海明 陈锡林 张小明 土志涵 沈和定
长期栖息于潮间带的瘤背石磺能感知潮汐来临时产生的低频声音，本研究模拟潮汐的低频声音刺激瘤背石磺，探讨NR1型受体基因在瘤背石磺感应低频声音的行为中发挥的作用。首先通过cDNA末端扩增法(RACE)得到瘤背石磺NR1基因(OrNR1)cDNA全长，进行生物信息学分析，并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测OrNR1基因在各组织以及不同低频声波刺激下神经节中的表达。结果显示，OrNR1基因全长2 434 bp，其中5'非编码区 (UTR) 长357 bp， 3'UTR长184 bp，1 893 bp开放阅读框共编码630氨基酸。瘤背石磺OrNR1蛋白分子量约为70.29 ku，等电点为5.93，分子式为C_(3153)H_(4911)N_(833)O_(924)S_(32)。OrNR1基因含有信号肽，一个预测的甘氨酸和谷氨酸结合位点，一个跨膜域，多序列比对结果表明各物种间NR1具有较高的保守性，系统进化树结果显示瘤背石磺OrNR1基因与加州海兔亲缘关系最高，符合传统形态学分类。qRT-PCR结果显示，OrNR1在瘤背石磺不同组织均有表达，在神经节中相对表达量最高，其次是肝胰腺、腹足，而在口器和背部皮肤中表达量较低OrNR1在频率为200、160 Hz的低频声音刺激下表达量在不同时间组均显著高于对照组，40 Hz的低频声音刺激下2 h后表达量显著高于对照组；在120 Hz时OrNR1基因表达量受到抑制，不同组的表达量有显著差异。推测该基因在瘤背石磺低频声音感知中起到了重要作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘欣 史艳梅 王冬凤 沈和定 杨铁柱 李杰 李柏航
为探究石磺由海洋向陆地进化过程中肌肉生长和发育的分子机制,实验以石磺科贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到MSTN cDNA的全长并做了相应的组织表达分析。结果显示,瘤背石磺MSTN基因cDNA全长2667 bp,包括1650 bp的开放阅读框,374 bp的5′端非翻译区,643 bp的3'端非翻译区,共编码549个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质原子总量为8776,分子式为C2774H4331N783O862S26,分子质量约为63.27 ku,理论等电点为6.02,信号肽预
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
顾冰宁 刘欣 沈和定 王冬凤 杨铁柱 朱敏 史艳梅 李柏航
肌球蛋白是动物体内重要的功能性马达蛋白,调控机体的信号传导、肌肉收缩和细胞器运动,为探究肌肉在瘤背石磺(Onchidium struma)由海洋向陆地进化过程中发挥作用的分子机制,实验以石磺科4种贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到肌球蛋白重链(Myosin heavy chain,MyHC)基因cDNA的全长并进行组织表达分析。研究结果显示,瘤背石磺MyHC基因cDNA全长为7566 bp,包括5895 bp的开放阅读框,228 bp的5’端非翻译区,1443 bp的3’端非翻译区,共编码1964个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质由31713个原子组成,分子式为C_(9765)H_(15897)N_(2849)O_(3150)S_(52),分子量约为225.28 kDa,理论等电点为5.56,N端信号肽具有29个氨基酸长度。瘤背石磺MyHC具有2个保守结构域MYSc_class_Ⅱ和Myosin_tail_l,且亲水性氨基酸集中在Myosin_tail_l区。系统进化树分析显示,瘤背石磺MyHC与光滑双脐螺(Biomphalaria glabrata)MyHC的亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,MyHC基因在各个组织中均有表达,腹足和背部皮肤表达量最高,腹部皮肤、口球、肺囊中高表达,肝胰腺、蛋白腺、两性腺中微量表达(P<0.05)。MyHC基因在瘤背石磺的主要运动器官腹足中高表达,说明肌肉运动对瘤背石磺湿地环境的两栖适应性具有至关重要的作用。实验结果为今后进一步研究瘤背石磺肌球蛋白重链基因进行原核表达及多克隆抗体的制备奠定了良好基础,更为深入探讨海洋无脊椎动物从海洋向陆地进化的研究提供有参考意义的分子依据。
关键词：
瘤背石磺 MyHC 基因克隆 组织表达
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴乾锋 刘贺贺 张涛 罗俊 胡博 王继文
采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位
关键词：
鸭 肌细胞生成素 启动子 DNA甲基化
[期刊] 水产学报
[作者]
梁威 杨铁柱 沈和定 许国绿 顾冰宁 薛宝宝
钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅳ(CaMKⅣ)是一种广泛存在于真核生物中的调控因子,在生物体内具有多种生理功能。为了探究瘤背石磺中Ca MKⅣ的作用和分子机制,为进一步阐述Ca MKⅣ的生理功能提供科学的理论依据。本实验以瘤背石磺神经节为实验材料,利用RACE-PCR技术克隆得到CaMKⅣ基因的cDNA序列,并进行生物信息学分析和q RT-PCR实验。结果显示,瘤背石磺Ca MKⅣ基因的c DNA全长1 603 bp,开放阅读框为1 032bp,5′非编码区315 bp,3′非编码区256 bp,共编码343个氨基酸;预测该基因编码的多肽链原子数量是5 490,分子量约为3.87 ku,理论等电点6.12,分子式为C1741H2768N452O514S15,N端信号肽由1～29个氨基酸组成。氨基酸序列比对及系统进化树结果显示,瘤背石磺CaMKⅣ基因与加州海兔、光滑双脐螺CaMKⅣ基因的亲缘关系最为接近,其系统进化分析与传统的形态学分类相吻合。荧光定量PCR结果显示,CaMKⅣ基因在各个组织均有表达,其中在腹足的相对表达量最高,其次是背部皮肤、口器,而在神经节组织、蛋白腺、肠、肝胰腺等脏器组织的相对表达量较低,初步推测,该基因在瘤背石磺的神经调节中发挥重要作用,或为生物机体感知外界环境变量因素的分子基础。本实验为今后进一步了解瘤背石磺神经结构生理功能的调节以及与CaMKⅣ基因功能研究奠定理论支撑,也为探究海洋动物由海洋向陆地进化过程中对环境的适应机制提供参考。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
陈瑞英 王宜怀 冯德旺
利用福建１０种主要树种法向吸声系数（ａ＿ｐ）的测定结果，探讨了法向吸声系数与入射声波频率（ｆ）的关系。回归分析发现ａ＿ｐ与ｆ满足：ａ＿ｐ＝ｂ＿０＋ｂ＿１ｆ＋ｂ＿２ｆ￣２＋ｂ＿３ｆ￣３，并且发现此关系式与树种、切面无关，可以认为是一个普遍规律。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谢苏明 王裕玉 聂志娟 孙毅 徐钢春
为研究池塘工程化循环水养殖模式下投喂频率对大口黑鲈(Micropterussalmoides)生长、生理及肝脏生长激素基因(GH)、类胰岛素生长因子-I基因(IGF-I)相对表达丰度的影响,选用初始体重为(5.0±0.4) g的大口黑鲈为研究对象,设置3个投喂频率组(2次/d、3次/d、4次/d),每组3个重复,开展为期120 d的养殖试验。结果表明,第30天和第60天时,大口黑鲈末体重、增重率和特定生长率均未受到投喂频率的显著影响(P>0.05),而在第90天时, 2次/d组试验鱼的生长显著高于4次/d组(P0.05);第120天时, 2次/d组试验鱼的生长显著高于3次/d组和4次/d组(P0.05)。随着投喂频率的增加,肝脏过氧化氢酶(CAT)活性及血清总蛋白(TP)、血糖(Glu)含量呈降低的趋势且血清总胆固醇(TC)呈上升的趋势;第30天时投喂频率对肝脏总超氧化物歧化酶(T-SOD)活性无显著性影响,而第60天、第90天和第120天时,4次/d组T-SOD活性显著低于2次/d组(P0.05);第30天和第60天时,肝脏GH基因相对表达量未受到投喂频率的影响(P>0.05),而第90天和第120天时4次/d组肝脏GH基因相对表达量显著低于2次/d组(P
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
文劲松 王成
在日本光电ECG-6511型心电图机上以不同频率的脉冲为模拟信号,按未漏波(OFF)、肌电漏波(EMG)、交流电漏波(HUM)和肌电漏波+交流电漏波(EMG+HUM)4种滤波状态绘制幅频线.结果显示,在OFF状态下电压无衰减,使用EMG、HUM、(EMG+HUM)时电压幅度随信号频率变化而变化,心脏病变(特别是心肌疾病)时,滤波可能会造成部分极具临床诊断价值的心电信号的衰减与失真,从而造成漏诊,临床心电图工作者要尽量不使用滤波功能,而需通过采用一些切实可行的干预措施来减少或消除机外干扰对心电信号的影响.
[期刊] 水产学报
[作者]
魏峦峦 沈和定 张雨 方磊 张坤霞 陈诚
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
沈永龙 黄金田 戈贤平 王爱民 吕富 刘成
以0.5%的三氧化二铬(Cr2O3)为外源指示剂,由70%基础饲料(螺旋藻)和30%试验原料组成试验日粮,研究瘤背石磺(Onchidium struma)对鱼粉、肉骨粉、豆粕、玉米蛋白粉、棉籽蛋白粉、菜粕、棉籽粕、小麦粉和玉米粉9种饲料原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪、粗纤维、氨基酸、钙及总磷的表观消化率。试验选用初均重(16.82±2.14)g的瘤背石磺2 400只,随机分成10组,每组3个重复,每个重复40只,且以饲喂螺旋藻粉组为对照组。结果显示,9种饲料原料的干物质、粗蛋白、粗脂肪、粗纤维、总氨基酸、必需氨基酸、钙和总磷的表观消化率的范围分别为33.24%～55.29%、27.30%～79....
[期刊] 山西财经大学学报
[作者]
苗晓宇
首先计算了已实现波动率和超高频波动率,然后使用ARFIMA(0,d,0)-SKST模型计算了条件波动,最后对条件波动调整后的收益率进行了拟合并计算出了VaR值。实证结果发现,使用高频数据甚至超高频数据测量金融风险的准确性并不比低频数据高很多,如果选用模型恰当,完全能够使用低频数据得到高频数据的精度。
[期刊] 统计与决策
[作者]
杨建辉 鲁旭芬
合理准确地测度我国创业板收益波动对广大投资者具有重要的现实价值。文章对不同抽样频率下创业板指数已实现波动的分布特征进行了分析,实证结果表明:不同的抽样间隔对已实现波动的分布有显著影响;在综合考虑微观市场结构误差和测量误差的基础上认为,30分钟为创业板指数经典已实现波动的最优抽样间隔。
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