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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨伟 龚荣高 石佳佳 赖静 廖明安 梁国鲁
【目的】分析低温胁迫下枇杷幼果的转录组,以探讨幼果冻害的分子基础,为深入鉴定枇杷果实生长发育、抗寒性基因和抗寒蛋白提供资料。【方法】以花后75d的"大五星"枇杷幼果为试材,研究低温胁迫(3℃条件下处理12h)下幼果转录组的De novo组装和功能注释,并对其进行生物学信息分析,探索基因表达差异。【结果】低温胁迫下枇杷幼果通过De novo组装产生116 723条contigs,并应用Illumina高能量测序技术得到64 814条unigenes,其中有42 830条被nr、KEGG、COG、GO注释。此外,组装和注释了4 017个枇杷幼果在低温胁迫下表达的差异基因。【结论】发现在枇杷低温耐性...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李铁柱 杜红岩 刘慧敏 乌云塔娜 王淋 叶生晶
对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367 nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Un...
关键词：
杜仲 幼果 成熟果实 转录组 基因功能
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨伟 龚荣高 廖明安 汪志辉 梁国鲁
【目的】研究低温胁迫下枇杷幼果果肉和种子的生理指标及组织结构的变化规律，探索幼果低温伤害的机制。【方法】以＂大五星＂枇杷最易受冻的幼果为试材，经不同低温胁迫（１２，６，３，０，－３，－６℃）处理不同时间（１２，２４，３６，４８ｈ），测定幼果果肉和种子的丙二醛（ＭＤＡ）含量、相对电导率（ＲＥＣ）、抗氧化酶活性，并研究低温胁迫对其组织结构和低温半致死温度（ＬＴ５０）的影响。【结果】枇杷幼果果肉、种子的ＬＴ５０分别是－６．１和－４．９℃。果肉、种子分别在０和３℃以上的轻度低温胁迫下，超氧化物歧化酶（ＳＯＤ）、过氧化氢酶（ＣＡＴ）和过氧化物酶（ＰＯＤ）活性上升，ＭＤＡ含量和ＲＥＣ均较低；但果肉、种子分．．．
关键词：
低温胁迫 枇杷幼果 抗氧化酶 组织结构
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
蒋向辉 苑静 王翔
青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,对reads进行拼接,得到50126个unigenes平均长度为1 247bp,有19 875 (39.65%)unigenes由NCBI非冗余数据库进行注释的,23 716 (47.31%)unigenes被注释到GO数据库,14 950个(29.82%)unigenes匹配到COG功能组.进一步的分析结果显示,6 012 (11.20%)个unigenes被富集到254个KEGG代谢通路,其中1 212个unigenes参与了次生代谢产物的生物合成,并且发现126个unigenes参与异戊二烯代谢,包括萜烯类、香茅醛、呋喃酮、苷的代谢途径.此外,总共检测到21 089个简单序列重复(SSRs).通过对老叶与嫩叶的转录组比较分析结果显示,在青钱柳不同生长发育时期的叶片中,基因表达上调占主异作用的过程主要涉及萜类和多肽的代谢、辅酶和维生素的代谢和氨基酸代谢,而基因表达下调占主异作用的过程主要涉及信号传输、类脂物代谢与能量代谢.该转录组数据可为青钱柳重要生物活性成分的生物合成和调控提供参考.
关键词：
青钱柳 转录组 功能注释
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
吴锦程 陈宇 吴毕莎 黄玲玲 张伟芳 郑福明
【目的】探讨钙处理对低温胁迫下枇杷叶片Ｃａ２＋－ａＴＰａｓｅ活性和膜脂过氧化的调节机制，为枇杷抗寒性研究提供依据。【方法】采用外源钙（５ ｍｍｏｌ／ｌ ＣａＣｌ２）和钙调素拮抗剂三氟拉嗪（ＴｒｉｆｌｕｏＰｅｒａｚｉｎｅ，ＴｆＰ，１００ｍｍｏｌ／ｌ）处理Ｈｏａｇｌａｎｄ营养液砂培法培养的２年生＂早钟６号＂枇杷（ｅｒｉｏｂｏＴｒｙａｊａＰｏｎｉＣａ ｌｉｎｄｌ．Ｃｖ．ｚａｏｚＨｏｎｇ ｎｏ．６）容器幼苗，设钙预处理、ＴｆＰ预处理和先ＴｆＰ后钙处理，以未做预处理为对照，于－６℃人工气候室进行低温胁迫处理，研究钙处理对低温胁迫下枇杷成活率、Ｃａｍ含量以及Ｃａ２＋－ａＴＰａｓｅ、ＣａＴ、ｓｏｄ活性和Ｈ２．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨晓慧 朱政财 徐放 王海华 李文业 杨振意 陈小金 朱报著
【目的】木棉是我国南方地区重要的观赏植物，研究不同时期花蕾和花朵的花瓣基因表达差异，揭示花色变异的遗传调控机制，为建立花色定向育种技术提供科学依据。【方法】以木棉不同发育时期深红色花和黄色花的花瓣为研究对象，利用Illumina HiSeqTM 4000开展转录组测序；分别采用DESeq2和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行差异表达基因鉴定和通路富集分析。【结果】测序共获得75 190个单基因，4 772个单基因能被公共数据库注释；基因功能富集分析显示，基因主要富集在基本功能预测、信号转导机制和转录后修饰、蛋白折叠、分子伴侣等通路。共获得不同时期差异表达基因10 397个，显著富集在29个生物学通路，主要包括光合作用、代谢和植物激素信号转导通路等。其中，参与苯丙烷生物合成通路的差异表达基因有72个，参与类胡萝卜素、黄酮类生物合成通路和苯丙氨酸代谢通路的差异表达基因分别为25个，这些通路和基因均与花青素的生物合成相关；另有4个差异表达基因显著富集在甜菜碱的生物合成通路中。qRT-PCR数据验证了转录组数据的可靠性。【结论】（1）光合作用、代谢、植物激素信号转导、黄酮类生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢及能量代谢等通路相关基因可能参与花瓣的发育过程。（2）黄酮类生物合成通路相关基因在深红色花发育的花蕾中期与花朵期显著高表达，可能是花色呈现红色的主要原因。（3）类胡萝卜素生物合成通路的关键合成酶基因的部分家族成员在黄色花发育的花蕾期和花蕾中期显著高表达，可能是导致花色呈现黄色的主要原因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陶天龙 商桑 朱白婢 田丽波 林师森
以辣椒幼苗作为试验材料，研究不同浓度的外源ＮＯ供体硝普钠（ｓＯｄｉｕｍ ＮｉｔｒＯｐｒｕｓｓｉｄｅ，ｓＮｐ）对低温胁迫（１０℃）下辣椒幼苗的生长和生理特性的影响。结果表明：０．５～０．７ ｍｍＯｌ／ｌ ｓＮｐ处理的辣椒幼苗的株高、茎粗、鲜重、干重、蛋白质含量、可溶性糖含量、叶绿素含量等明显增加，ｐＯｄ活性和根系活力提高，ｍｄＡ含量和脯氨酸含量明显下降。说明在低温胁迫下通过施用外源ＮＯ供体硝普钠（ｓＮｐ）可以提高渗透调节物质和叶绿素含量，降低细胞膜伤害，提高防御酶活性，改善根系活力，从而降低了低温胁迫对辣椒幼苗的伤害，促进了辣椒幼苗的生长。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据，质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads；转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54 099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144～6477 nt，平均长度约为679 nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料，提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA，经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程，再采用SMRT技术测定其全长转录本序列，运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示：提取的总RNA符合建库要求；全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据，质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads；转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes)，其中有54 099个被成功注释到7个数据库中，注释比达88.60%；对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析，其CDS长度范围为144～6477 nt，平均长度约为679 nt；共检测到2386个转录因子，这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王妍 景岚 李鑫淳
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对。结果发现,共有29 966个SNP位点分别分布在8 321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2 764 bp,其中转换19 599个,颠换10 367个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80%和32.60%。注释结果表明,分别有79.46%,43.00%的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致。结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王祥银 孙良玉 刘靖 肖榕
单核苷酸多态性(SNP)是基因组中普遍存在的遗传变异,是一种重要的遗传标记。为了解拟环纹豹蛛转录组中响应温度胁迫的SNP候选位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能注释,主要采用SOAPsnp软件对拟环纹豹蛛在不同温度胁迫条件下的转录组测序结果进行SNP检测,并把SNP所在基因SNP-Unigenes比对到GO、COG、KEGG数据库,获得SNP-Unigenes的注释及参与的功能情况。结果表明:拟环纹豹蛛转录组SNP位点分布在7 421条SNPUnigenes上,共存在402 910个SNP位点,SNP发生频率为1/301 bp;功能注释分类揭示拟环纹豹蛛在低温胁迫和高温胁迫条件下,SNP-Unigenes主要参与蛋白质转运、核糖体代谢、氧化磷酸化和氨基酸代谢功能,从而补偿热应力下蛋白质的损伤,加快拟环纹豹蛛对温度变化的适应。综上,筛选到拟环纹豹蛛响应温度胁迫相关的SNP位点或SNPUnigenes,为将来深入研究拟环纹豹蛛响应温度胁迫的分子机制提供基础数据。
关键词：
拟环纹豹蛛 温度胁迫 单核苷酸多态性
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈笑莹 宋凤斌 朱先灿 孙露莹 马福 刘胜群
为了解丛枝菌根真菌对玉米抗寒性的作用及其机理,利用盆栽试验,研究了低温胁迫下丛枝菌根(AM)真菌接种处理对玉米幼苗形态、生长和光合特征的影响。研究显示,低温胁迫下,与非AM真菌接种处理玉米相比,接种玉米具有更大的叶片大小和更高的地上生物量。低温胁迫降低了玉米叶片净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)和蒸腾速率(Tr),增加了叶片胞间CO2浓度(Ci)。接种丛枝菌根真菌的玉米Pn、Gs和Tr高于不接种植株,而Ci低于不接种植株。低温胁迫下,玉米叶片初始荧光(Fo)升高,而可变荧光(Fv)、最大荧光(Fm)、最大光化学效率(Fm/Fv)和潜在光化学效率(Fv/Fo)均下降。无论常温或低温,接种AM真...
关键词：
低温胁迫 丛枝菌根 叶绿素荧光 光合作用
[期刊] 中国农业科学
[作者]
韩冰 贺超兴 闫妍 郭世荣 于贤昌
【目的】研究丛枝菌根真菌(arbuscular mucorrhiz fungi,AMF)对低温胁迫下黄瓜(Cucumis sativusL.)幼苗生长和抗氧化酶活性等生理指标的影响。【方法】以黄瓜品种‘津春2号’为试材,利用人工气候箱进行低温处理(昼/夜,15/10℃),研究低温胁迫下接种AMF对黄瓜幼苗生长、电解质渗透率、根系活力和叶绿素、丙二醛(MDA)、可溶性蛋白质含量及过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)活性的影响。【结果】与低温胁迫的未接菌对照相比,接种AMF可以使低温胁迫下黄瓜幼苗的株高增长量、茎粗增长量、地上部和地下部鲜质量的增长量、地上部和地下部...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张凤银 雷刚 张萍 孙彩云
【目的】研究外源水杨酸(SA)对低温胁迫条件下藜豆种子萌发和幼苗生理特性的影响。【方法】将用蒸馏水浸种的藜豆种子置于15,20,25,30,35,40℃可控温培养箱中培养,4d时测定发芽势,7d时测定发芽率、发芽指数及幼苗的芽长、主根长、侧根数,确定其适宜的萌发温度。分别用0,0.5,1.0,1.5,2.0,2.5mmol/L的SA浸泡藜豆种子,然后进行培养,萌发时温度控制在15℃,幼苗生长温度控制在20℃,4d时测发芽势,7d时测定发芽率、发芽指数,2片真叶时测定幼苗叶绿素、丙二醛(MDA)含量及过氧化物酶(SOD)和超氧化物歧化酶(POD)活性。【结果】(1)藜豆种子萌发适宜的温度为25～...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郭有燕 刘宏军 余宏远 赵娟 郝永桢
【目的】研究种子大小和干旱胁迫对文冠果种子发芽率和幼苗生长的影响，为文冠果育苗和人工林培育提供理论依据。【方法】以文冠果大种子（单粒种子质量＞１．０ｇ）、中等种子（单粒种子质量０．６～１．０ｇ）、小种子（单粒种子质量
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