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[期刊] 华北农学报
[作者]
吴月燕 明萌 何静雯 卢丹 沈梓力 邱甜 吴燕燕 谢晓鸿
为探索杜鹃抗寒的分子机制,筛选抗寒相关基因,利用人工模拟低温,以杜鹃杂交后代优良株系繁景-6℃(T)处理和25℃(CK)对照为试验材料,进行转录组测序和数据从头组装及生物信息学分析,通过组装得到Unigenes序列122 654个,功能注释结果显示,有大量Unigenes可以注释到基因本体(GO)和蛋白质直系同源数据库(COG)等数据库上,部分Unigenes无匹配信息,可能为杜鹃特有的基因序列。按GO功能分类,繁景杜鹃中的Unigenes分为细胞组分、分子功能以及生物学过程3类,包括51个分支,其中有大
关键词:
杜鹃 低温胁迫 转录组 抗寒基因
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘大伟 陈立杰 段玉玺
以高抗大豆胞囊线虫3号生理小种品种灰皮支黑豆(ZDD2315)为父本,高感大豆胞囊线虫3号生理小种品种辽豆15为母本,配制杂交组合,利用分离群体分组分析法将杂交后代分为抗池和感池。采用三氯乙酸/丙酮法提取大豆根系总蛋白质,运用双向电泳和质谱分析技术研究大豆胞囊线虫3号生理小种胁迫下不同抗性大豆杂交后代根系蛋白质组的变化。结果表明:抗池、感池分别有367,372个蛋白点在银染的2-D胶上分离,经ImageMaster 2D Platinum software对2-D胶分析后,以感池为参考胶,抗池有6个蛋白点特异表达,13个蛋白点的含量上调2倍以上,4个蛋白点的含量下调2倍以上,感池有4个蛋白点特...
关键词:
大豆 大豆胞囊线虫 双向电泳 质谱分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨美英 李建宾 张莹 李辛雷 刘信凯 钟乃盛 黎艳玲
[目的]研究杜鹃红山茶、山茶‘媚丽’及其杂交后代花瓣中花青苷成分与含量,揭示其主要花青苷成分与含量的变异特征,为高花青苷含量山茶花新品种选育及其开发利用提供科学依据。[方法]应用高效液相色谱-光电二极管阵列检测(HPLC-DAD)和超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用技术(UPLC-Q-TOF-MS)定性定量分析杜鹃红山茶、山茶‘媚丽’及其35个杂交后代花瓣中花青苷成分与含量。[结果]杜鹃红山茶及其杂交后代花瓣中共检测到14种花青苷,其中含量较高的主要花青苷有8种,包括矢车菊素-3-O-(2-O-β-木糖基)-β-半乳糖苷(Cy3GaX)、矢车菊素-3-O-β-半乳糖苷(Cy3Ga)、矢车菊素-3-O-(2-O-β-木糖基)-β-葡萄糖苷(Cy3GX)、矢车菊素-3-O-β-葡萄糖苷(Cy3G)、矢车菊素-3-O-[6-O-(E)-p-香豆酰]-β-半乳糖苷(Cy3Ga Ep C)、矢车菊素-3-O-[2-O-β-木糖基-6-O-(E)-p-香豆酰]-β-半乳糖苷(Cy3Ga Ep CX)、矢车菊素-3-O-[2-O-β-木糖基-6-O-(E)-p-香豆酰]-β-葡萄糖苷(Cy3GEp CX)和矢车菊素-3-O-[6-O-(E)-p-香豆酰]-β-葡萄糖苷(Cy3GEp C)。杜鹃红山茶主要花青苷总量高于山茶‘媚丽’,杂交后代花青苷总量存在较大的变异;杂交后代中Cy3GX、Cy3GaX含量均低于杜鹃红山茶,Cy3GEp CX、Cy3Ga Ep CX含量总体上高于杜鹃红山茶,Cy3G、Cy3Ga、Cy3GEp C和Cy3Ga Ep C含量基本上介于双亲之间。[结论]杜鹃红山茶及其杂交后代中含2-O-β-木糖基的花青苷含量高于相应不含2-O-β-木糖基的花青苷,含葡萄糖苷的花青苷高于相应含半乳糖苷的花青苷。杜鹃红山茶主要花青苷为Cy3GX和Cy3GaX,山茶‘媚丽’为Cy3GEp C和Cy3G,杂交后代主要为Cy3GX和Cy3GEp CX,其次为Cy3G和Cy3GEp C;杂交后代中含2-O-β-木糖基的花青苷来源于杜鹃红山茶,其所占比例高于相应不含2-O-β-木糖基的花青苷,表明含2-O-β-木糖基的花青苷具较强的遗传能力。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
许蔷薇 楼雄珍 杨彬 林二培 童再康
云锦杜鹃Rhododendron fortunei具有很高的园艺观赏价值。由于缺乏相关的遗传信息,云锦杜鹃的多样性、分子辅助育种等工作进展较为缓慢。通过高通量测序技术(Illumina),对云锦杜鹃的转录组进行了测定和分析。通过测序拼接和去冗余共获得84 633条单基因簇(unigene)序列,平均长度为691.4 bp。通过与公共数据库比对成功注释到了35 526条单基因簇,其中与葡萄Vitis vinifera基因相似的序列最多。根据基因本体论数据库(GO)可将23 215个单基因簇归类于生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类的55个功能组;真核直系同源基因数据库(KOG)将11 085条单基因簇分为26个功能分类,涉及一般功能预测的单基因簇最多,多达1 970条;以京都基因与基金组百科全书(KEGG)作为参考,依据代谢途径可将9 887个单基因簇定位到272个代谢通路。进一步分析基因注释结果,挖掘获得24个编码MADS-box基因的单基因簇分属于10个不同亚家族。此外,检测到了21 900个简单序列重复(SSR)位点,可用于SSR标记开发。图4表5参27
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
邵彦翔 陈超 李炎璐 张梦淇 陈建国 庞尊方
选取云纹石斑鱼(Epinephelus moara♀)×鞍带石斑鱼(E.lanceolatus♂)的杂交种(俗称云龙石斑鱼)为研究对象,设定20℃、16℃、15℃、13℃和10℃共5个温度梯度(20℃为对照组),从20℃开始,采取1℃/d的降温速率,对其进行低温胁迫实验,并对云龙石斑鱼血清中生化指标和代谢酶活力进行检测。同时对棕点石斑鱼(E.fuscoguttatus♀)和鞍带石斑鱼(♂)的杂交种(俗称珍珠龙胆石斑鱼)、斜带石斑鱼(E.coioides♀)×鞍带石斑鱼(♂)的杂交种(俗称青龙石斑鱼)进行低
关键词:
杂交石斑鱼 低温胁迫 生化指标 低温耐受
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
张鹤 史晓龙 任婧瑶 董佳乐 赵新华 蒋春姬 于海秋
低温冷害是限制我国东北地区花生产量和品质提升的主要环境因素,鉴定花生耐寒的关键功能基因,并揭示其调控机制是创制耐寒花生种质,提高花生耐冷性的重要途径之一。以耐寒型花生品种农花5号为试验材料,对6℃低温胁迫下的花生叶片进行RNA-Seq转录组测序分析。结果表明:与对照相比,共有3910个基因持续差异表达;GO功能注释将差异表达基因富集到43个功能组,其中生物学过程中的代谢过程富集到的基因数目最多;KEGG代谢通路分析将持续差异表达基因富集到116个代谢通路中,其中植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢、植物-病原菌互作、植物昼夜节律和α-亚麻酸代谢途径富集到的基因数目最多,且大部分为上调表达,在低温胁迫中具有重要作用。从转录组数据库中随机挑选6个差异表达基因进行qRT-PCR验证,其表达趋势与高通量测序结果相一致,证明了转录组数据的可靠性。研究结果将为揭示花生响应低温胁迫的分子机制提供理论依据。
关键词:
花生 低温胁迫 基因表达 转录组
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘霞飞 杨合霖 王念民 吕伟华 徐伟 曹顶臣 张颖
为了探明碱胁迫对杂交鲟鲟龙1号皮肤生理功能的影响,采用转录组测序的方法和皮肤组织学切片研究观察了碱胁迫与正常养殖水质条件下杂交鲟皮肤组织的分子特征和组织结构。结果发现,对照组与胁迫组差异表达基因总数量(DEGs)为1 849个,其中1 302个基因在胁迫组的皮肤组织中上调,547个基因下调。对差异表达基因进行GO聚类,主要富集在胞浆钙离子浓度的调节、肌肉收缩、肌钙蛋白复合物、肌钙蛋白T结合、肌钙蛋白C结合等7个GO term上。KEGG富集分析发现,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,蛋白质的消化和吸收,淀粉和蔗糖代谢等为显著富集通路。代谢通路互作网络分析发现,碱胁迫下鲟龙1号皮肤核心代谢途径为黏着斑、蛋白质消化吸收和血小板活化、补体和凝血级联及缺氧诱导因子-1信号通路等途径为主效途径。组织切片结果显示,杂交鲟在碱胁迫下皮肤组织和肾脏组织受到严重损伤,肾小球和肾小管发生明显皱缩,远曲小管萎缩尤为明显,肾小球上皮细胞体积减小,管壁变薄甚至脱落;皮肤组织的黏液细胞数量随碱度的升高而增多,棒状细胞细胞核发生固缩现象,在碱胁迫下排列更加紧密。揭示了鲟龙1号皮肤组织碱胁迫响应相关基因的总体表达特征,同时可为鲟鱼盐碱驯养提供参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵秋菊 崔学强 邓杰玲 黄昌艳 殷文忆 张自斌
为获取性状优良的子代单株用于后续新品种培育和优质亲本的选配,采用iPBS与形态学双标记鉴定方法,对‘粉条纹’石斛(母本)与‘丹绒之星’石斛(父本)杂交组合进行遗传鉴定研究。结果表明:iPBS标记鉴定36个子代植株均为真杂种,在遗传距离0.71处,亲本及36个子代可分为3大类群,子代先与父本聚为一类再与母本聚合,两亲本与子代的遗传相似系数父本(0.686 1)>母本(0.510 5);形态学鉴定显示两亲本在各个性状上均存在较大差异,子代假鳞茎高度均值为25.48 cm,假鳞茎直径1.14 cm,叶片长度14.17 cm,叶片宽度3.45 cm,子代株型与叶型大小主要介于双亲间;子代花横径均值为4.96 cm,花纵径均值为5.75 cm,两者优于双亲的比例分别为16.67%和2.78%,多数子代植株花型较父母本偏小;在花部性状中,上萼宽、侧萼长宽和侧瓣长4个性状表现出一定超亲优势,唇瓣长和花梗数2个性状展现出较强的中亲优势,其余性状均呈现出不同程度的衰退趋势;子代在花色遗传上以父本的白紫色系为主,并在双亲花色色谱基础上展现梯度变化。综上,iPBS分子标记可有效提高鉴定石斛兰杂种的效率,形态学标记鉴定有助于高效选育性状优良的子代个体,2种标记方法均可有效缩短石斛兰杂交育种进程。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李天俊 王英超 张坤婷 潘淑英 宋桂敏 王通 李振国 刘炳才 李秀红
对3个不同绵羊类群(无角道塞特二代公羊、杜泊一代公羊、杜泊二代公羊)共8个样本应用20个随机引物扩增进行RAPD分析。结果表明,在20个随机引物中,有7个随机引物扩增出不同程度的清晰可辨的RAPD谱带,其中标记总数为35条,多态标记数为24条。共得到147条清晰的谱带。杜泊一代与杜泊二代2个种群间遗传距离最小,为0.080 9;杜泊一代与无角道塞特2个种群间遗传距离最大,为0.515 2。
关键词:
随机扩增多态DNA 绵羊 遗传距离
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋想 王钟曼 张秋玲 魏媛媛 赵小刚 刘波 戴思兰
【目的】建立早花露地小菊综合评价体系,筛选出花期为9月中旬至10月中旬、花色接近纯正红色或黄色、花型和株型等综合表现优异的株系,丰富华北地区早秋节庆用花。为进一步培育早花露地小菊新品种提供育种材料和选择方法。【方法】以露地小菊3个早花亲本和1个重瓣性高且花色鲜艳亲本及其25个经田间初选的杂交后代无性株系为供试材料,划分花色、花期、花型、株型和叶型5个层次,从观测的30个原始性状中筛选出18个关键性状指标作为评价因子,利用层次分析法及K-Means聚类分析法建立综合评价体系,开展杂种株系的综合筛选。【结果】以早花、花型圆整丰满、红黄两种花色稳定为育种目标确定了层次分析法各性状的权重值,其中初花期起始时间(0.1817)权重值最大,其次是花色稳定性(0.1695)、盛花期单株着花数量(0.1383)、开花持续时间(0.1301),再次是花色适宜度(0.0565)、盛花期着花整齐度(0.0565)、花序直径(0.0539)、舌状花数量(0.0574)。通过K-Means聚类分析法将29份材料划分为3个等级,Ⅰ级10个(34.38%),Ⅱ级11个(37.93%),Ⅲ级8个(27.59%);杂交子代性状分离广泛,花色、花型和株型均出现了超亲性状,但花期仍以2个早花亲本初花期最早,符合前人研究认为花期为多基因控制的数量性状。因此,早花露地小菊育种仍需筛选更多亲本,增加可早秋使用的露地小菊资源。【结论】本评价方法综合各类评价体系优势,以数量化结果充分表征田间观测的性状特征,以育种目标为导向进行层次分析赋值评价,为综合评价和筛选早花露地小菊优良品种提供了量化方法。建立的评价体系可以很好地对早花露地小菊进行评价与筛选,为后期早花露地小菊新品种的选育提供了一种可靠方法,有助于提高后代优良种质筛选效率。最终筛选出10个观赏性状优良的早花露地小菊株系,可作为新品种或新品系应用,也可作为育种材料。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张锦芳 郑本川 李浩杰 蒲晓斌 崔成 柴靓 蒋俊 蒋梁材
利用自主选育的双低甘蓝型油菜品系CWH-2(P1)和白菜型菜用种千筋京水菜(P2)进行甘白远缘杂交并用P1回交再连续自交获得134个BC1F4株系。对甘白杂交134个BC1F4株系进行农艺性状和品质性状统计及频次分布分析。结果表明,鉴定出芥酸含量1.5%以下、硫苷含量30μmol/g以下、含油率43%以上、产量290 kg/667m2以上,可以直接用于育种的优良株系6个;同时,鉴定出一批具农艺性状和品质性状极端值的特殊材料。本研究鉴定出的优良株系为甘蓝型油菜育种储备了优良材料,具极端值的特殊材料为开展相关农艺性状和品质性状的分子生物学研究储备了基础材料。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
魏琴 赖家业 周锦霞 戎芳 徐莺 唐琳 陈放
用 10 %~ 4 0 %聚乙二醇 (PEG 6 0 0 0 )处理麻疯树幼苗进行蛋白质诱导 .SDS PAGE显示 ,在根、茎、叶中分别诱导出分子量大约为 17和 30kD、17和 35kD及 15、17、32、5 3、5 6、6 1和 6 5kD的蛋白质多肽链 .用麻疯树毒蛋白(curcin)的抗血清与诱导蛋白进行Western杂交 .结果显示 ,在叶的诱导蛋白中出现分子量为 32和 6 5kD的阳性反应带 ,而在根、茎中无 .这一结果表明干旱胁迫下麻疯树蛋白质分子标记的存在 ,为逆境蛋白的研究奠定了实验基础 .
[期刊] 中国水产科学
[作者]
董丽君 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生 史晓丽
凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828 bp, N50为1589 bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达, 154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6, ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase, GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郭慧 李树杏 甘雨 张宏伟 郝留根 杨占烈 向关伦 王珍珍 易崇粉
【目的】探明低温胁迫下水稻生理及基因动态变化规律,解析水稻响应低温胁迫的生理基础与分子机制,为筛选适宜的耐冷性水稻品种及水稻耐冷性遗传改良研究奠定基础。【方法】以P427(强耐冷型)、日本晴(耐冷型)和9311(冷敏感型)3个耐冷性不同的水稻品种为试验材料,采用表型和生理指标相结合的方法,研究3~4℃低温胁迫对其表型、叶绿素含量及电导率变化的影响,并利用RNA-Seq技术分析低温胁迫响应基因的动态变化及主要富集通路。【结果】强耐冷性水稻品种P427对低温表现较强的适应能力,低温胁迫下能保持较高的叶绿素含量,低温处理前、低温处理3 d和恢复生长3 d时叶绿素含量分别为29.64 μg/g、29.30 μg/g和27.96 μg/g;在低温处理1 d、3 d、5 d时且电导率最低,依次为10.39%、13.08%和17.04%,膜系统损伤最小;不论耐冷品种还是冷敏感品种,在低温诱导下大量低温响应基因发生表达变化,随着低温处理时间延长差异表达基因(DEGs)数量持续增加,但P427特有的DEGs数量则呈下降趋势,从2408个降至1717个。P427低温处理1~3 d时只有576个特有基因一直在差异表达。GO和KEGG富集分析发现,低温处理后P427特有的DEGs主要富集在次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成等代谢通路。【结论】不同耐冷性品种其耐冷响应基因及调控机制可能存在差异,P427存在一套有别于日本晴和9311的低温胁迫响应基因。苗期水稻低温胁迫对植物激素信号转导和苯丙氨酸代谢影响较大,P427可能通过次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导等代谢通路及苯丙烷类生物合成通路上的基因响应苗期的低温胁迫。
关键词:
水稻 转录组 低温胁迫 差异表达基因
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
程海涛 苏展 曹萍 郭玉华
针对内陆苏打盐碱土pH值高的特点,分别利用0.30mmol·L-1NaCl和0.15mmol·L-1Na2CO3作为胁迫条件,研究了籼粳杂交形成的DH群体的芽期和苗期相关性状的伤害率。结果表明:各性状盐碱伤害率株系间存在明显分离,且Na2CO3伤害率明显高于NaCl,NaCl胁迫条件下芽期和苗期伤害率平均值为8.70和24.93,Na2CO3胁迫条件下分别为19.38和59.73。芽期和苗期的综合伤害率分为高、中、低3个等级,比较发现芽期和苗期的耐盐碱性并不一致。NaCl和Na2CO3伤害差株系间存在很大差异,说明不同株系对碱性胁迫反应存在遗传差异,芽期和苗期的伤害差分为4个级别,其中芽期和苗...
关键词:
水稻 籼粳后代 盐碱胁迫
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