模拟低温（１０℃）环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌，基于１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析，并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明，从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌３２株，分属于３个菌门（变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门）的１９个种，其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有１７株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌４种指示菌均表现出抑制作用，占分离菌株种类的８９．５％。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。

利用Illumina HiS eq 2500高通量测序平台对船舶压载水及沉积物微生物进行测序,共获得67 255条有效序列,736个OTU,通过生物信息分析,研究了压载舱中沉积物和压载水细菌群落结构及其多样性。结果显示:船舶压载舱沉积物中可培细菌总数较压载水中可培细菌总数高3个数量级。压载水中优势类群是变形菌(Proteobacteria 70.20%)、拟杆菌(Bacteroidetes 13.38%)、放线菌(Actinobacteria 10.33%)和Marinimicrobia_SAR406_clade 2.81%。压载舱中沉积物的优势类群为变形菌(Proteobacteria 95.45%)、厚壁菌(Firmicutes 2.23%)。

【目的】研究玛柯河河流沉积物中细菌多样性、群落结构,以及环境因子对细菌群落分布的影响,了解玛柯河水体环境变化演替的趋势,为保护和治理玛柯河水体环境、保护珍稀鱼类物种提供了理论依据。【方法】于丰水期和枯水期,分别在玛柯河青海段设置8个采样点,采集河床底部向下1～2 cm处的沉积物,利用高通量测序分析技术对8个典型区域的河流沉积物细菌多样性进行分析,包括宏基因组测序及18S r DNA扩增子测序,利用生物信息学手段进行分析。【结果】在丰水期,玛柯河青海段河流沉积物中细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期。变形菌门(Proteobacteria)是丰水期和枯水期的主要优势门;δ-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)是丰水期和枯水期主要优势纲。8个采样点间细菌群落组成差异大于组内差异,且不同分组之间差异极显著。枯水期和丰水期的8个采样点中分别有83个类群和73个类群表现出显著差异,组间差异贡献较大的均是α-变形菌纲和γ-变形菌纲。沉积物Ni含量、水体NH4+是影响丰水期和枯水期河流沉积物细菌群落分布的重要环境因子,Cu、TN、TP是影响细菌群落多样性及丰富度的主要环境因子。【结论】枯水期与丰水期各采样点基于门水平的第一优势菌门均为变形菌门,丰水期细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期,TN和TP是影响细菌群落多样性及丰富度的重要因素。

从滇池沉积物中提取好氧氨氧化细菌（ａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ－ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ，ａｏｂ）的ｄｎａ，通过构建硝化作用氨单加氧酶基因（ａｍｏ ａ）文库并划分操作分类单元（ｏｔｕ）的方法，揭示好氧氨氧化细菌群落结构多样性。获得了８０个ａｍｏ ａ基因克隆，利用ｍｏｔｈｕｒ软件将相似度不小于９７％的序列归为１个ｏｔｕ，共得到２２个ｏｔｕｓ，其中ｏｔｕ１、ｏｔｕ２、ｏｔｕ３单元最大，分别包含了２７、１２、９条序列。对２２个ｏｔｕｓ的代表序列进行系统发育分析表明，其序列都属于变形杆菌的β－亚纲，分布于亚硝化螺菌属、亚硝化弧菌属、亚硝化单胞菌属、亚硝化叶菌属４个属；优势种群为ｎｉｔｒ．．．

以富营养化官厅水库(北京)和天然Rupa湖(尼泊尔)沉积物为对象,使用16Sr DNA克隆文库的分子生态学方法,鉴定并比较了其中的细菌群落结构。分析表明:二者pH及各形态磷含量参数差异显著。在细菌组成上,二者的主要种群均为变形杆菌门,且均以β-变形杆菌纲为主(比例高于50%),但Rupa湖沉积物中以α-变形杆菌次多,而官厅水库沉积物以γ-变形杆菌次多,2个样品中δ-变形杆菌的含量均相对较少。其他种群组成上,官厅水库沉积物中绿弯菌纲(9.21%)含量高于Rupa湖(1%),并特有芽单胞菌纲(12.2%)、放线菌纲(1.3%)和芽孢杆菌纲(0.8%)。而Rupa湖沉积物中特有的种群为螺旋菌纲(2%...

为了解船舶压载水沉积物中微生物多样性,利用Illumina Mi Seq 2500高通量测序平台对上海港到港船舶压载水沉积物中细菌基因样本进行测序,并进行生物信息分析。从11份压载水沉积物样品中共检测到420 069条有效序列,微生物群落分析结果显示共有38门、98纲、226目、393科、704属细菌,优势类群为变形菌门(Proteobacteria 72.98%)、放线菌门(Actinobacteria 9.11%)、拟杆菌门(Bacteroidetes 8.71%)、绿弯菌门(Chloroflexi 4.06%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes 1.47%)、酸杆菌门(Acidobacteria 1.18%)和其他(2.50%)。本次研究在压载水沉积物中检测到了分枝杆菌属(Mycobacterium)、游动球菌属(Planococcus)、假单胞菌属(Paenibacillus)、类芽孢杆菌属(Streptomyces)和链霉菌属(Inquilinus)的致病菌或条件致病菌。结果显示压载水沉积物中微生物多样性丰富,要充分重视我国到港船舶压载水沉积物中微生物以及致病菌的研究,为阐明外来致病菌通过压载水途径入侵的机制和防控奠定基础。

【目的】了解西藏多地区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用梯度稀释涂布分离法分离土壤细菌,根据形态特征、生理生化试验去除冗余,对细菌进行16S r DNA序列系统发育分析,鉴定其种属,研究其亲缘关系及多样性。【结果】经形态特征、生理生化试验以及16S r DNA序列测定,38株细菌菌株归属于四个类群,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria),12个科,13个属,包含链霉菌属(Streptom

【目的】为了解滇池沉积物中反硝化细菌及产甲烷菌的种类组成。【方法】采用引物NirS1F/NirS6R和Me1/Me2分别对沉积物总DNA进行PCR扩增,得到1000 bp的反硝化细菌和760 bp的产甲烷菌特异性片段。【结果】证实了滇池沉积物中存在反硝化细菌和产甲烷菌,且推测产甲烷菌的丰度高于反硝化细菌。2个克隆文库分别获得阳性克隆子55和99个,利用Mothur软件将序列分别划分为10和5个OUT,说明尽管反硝化细菌的丰度低于产甲烷菌,但物种多样性高于产甲烷菌。运用BLASTN程序在GenBank数据库

研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S

【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16SrDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16SrDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16SrD-NA进行排序,构建Neighbor-Joining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】共分离得到52株山苍子可培养内生细菌(根23株、茎8株、叶7株、果实14株),分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、Paenochrob...

【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征，揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系，为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡（镇）、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品，利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群，基于Illumina-MiSeq高通量测序结果，分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比，在门分类水平上，患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高，Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低；在纲分类水平上，γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）和拟杆菌纲（Bacteroidia）的相对丰度提高；杆菌纲（Bacilli）和放线菌纲（Actinobacteria）的相对丰度降低；在属分类水平上，假单胞菌属（Pseudomonas）、无色杆菌属（Achromobacter）和剑菌属（Ensifer）的相对丰度提高；假节杆菌属（Pseudarthrobacter）、赖氨酸芽胞杆菌属（Lysinibacillus）和土壤芽孢杆菌属（Solibacillus）的相对丰度降低。鞘脂单胞菌目（Sphingomonadales）、鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）、苯基杆菌属（Phenylobacterium）、假诺卡氏菌目（Pseudonocardiales）和假诺卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）是健康烟株根际土壤中富集的细菌种群，而Chitinophaga＿sp＿＿MHS12、Azospirillaceae、Azospirillum和Flavitalea则是患病烟株根际土壤中富集的细菌种群。【结论】保山健康烟株与患病烟株土壤根际可培养细菌群落呈分化趋势，烟草青枯病的发生发展可能与烟株根际细菌种群丰度变化有关，利用有差异的可培养细菌种群可进行烟草青枯病的生物防控。

采用稀释涂布平板法，从食用玫瑰花瓣中分离到２１９株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和１６Ｓ ｒＤＮＡ序列对这些内生细菌进行了多样性分析。通过数值分析比较了８个菌落形态表征性状，以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析，在３．６０的水平上可分成６个表观群。１６Ｓ ｒＤＮＡ序列分析表明２１９株内生细菌可分为１０个类群。经测序比对分析表明，这２１９株内生细菌分别与ＧｅＮ ＢＡＮｋ中３类细菌中的１０个已知种相似性达到９８．５１％～１００％。其中约氏不动杆菌（ＡｃｉＮｅｔｏＢＡｃｔｅｒ ｊｏｈＮＳｏＮｉｉ）、嗜麦寡养食单胞菌（ＳｔｅＮｏｔｒｏｐｈｏｍｏＮＡＳ ｍＡｌｔｏｐｈｉｌｉＡ）、ｅＮｈｙＤｒｏＢＡｃｔｅ．．．

福建东吾洋海域是我国刺参(Apostichopus japonicus)吊笼养殖的核心产区，但目前该地区的水域环境现状和环境菌群结构相关研究匮乏。本研究以东吾洋海域东安、马坑、雷江和沙湾4个主要养殖区域为研究对象，完成了海参养殖高峰期1月的水质环境因子调查和评价分析，进一步采用高通量测序方法完成了水体和沉积物菌群多样性和差异特征菌群分析，解析了环境因子与菌群结构相关性。结果表明，马坑海域的富营养化指数为21.60，属于严重富营养化；东安和雷江属于重度富营养，只有沙湾海域处于中度富营养的水平。东安和沙湾水质属于轻度有机污染，而马坑和雷江属于中度有机污染。高通量测序共获得1 520个OTUs，归属于28门、57纲、163目、322科、581属。菌群结构多样性分析表明，各区域沉积物的菌群多样性水平均显著高于相应海域水体菌群多样性，且具有较强的空间异质性。沙湾海域环境菌群多样性与丰度最高，PcoA分析表明，沉积物和水体中细菌群落结构差异极显著，水体的交换和海域位置对其水体和沉积物菌群结构的影响较大。具有潜在致病性的弧菌科(Vibrionaceae)在所有水体和沉积物样本中均为优势种类之一。对水体样品和沉积物样品的LefSe分析筛选到处于不同分类水平的74个特异菌群。基因功能的预测和COG分类统计表明，水体与沉积物样品在12个代谢途径上存在显著差异(P<0.05)。对4个海区的水体菌群LefSe分析筛选到处于不同分类水平的30个特异菌群。水体的菌群与环境因子的RDA分析揭示，温度、溶氧、叶绿素a浓度是影响不同海域水体菌群结构的主要环境因子。相关研究将为福建刺参养殖管理提供基础数据和科学参考。

为探讨紫菜和网箱两类海水养殖活动对沉积物异养细菌生态分布的影响,于2006年1月和2006年10月对象山港紫菜养殖区、网箱养殖区沉积物细菌数量和群落结构进行了研究,并与周边非养殖海域对照点进行了比较。结果显示,沉积物异养细菌数量呈现10月份>1月份,网箱养殖区>网箱对照区>紫菜养殖区和紫菜对照区的分布特点,各区异养细菌数量平均值依次为(9.6×104±2.0×105)、(1.5×104±2.4×104)、(4.3×103±1.6×103)和(4.7×103±3.0×103)cfu/g。紫菜养殖区分离细菌109株,归属于17个属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)、棒状杆菌属(Corynefor...

为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积...