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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
殷丽坤 黄凯 于凯 宿志健 郭睿婕 杨旭红 吴耀庭
为了探究低氧胁迫下中华圆田螺(Cipangopaludina cathayensis)肝脏组织基因的差异表达，本研究通过高通量测序技术，分析中华园田螺低氧胁迫组(2.5 mg/L)和常氧组(6.9 mg/L)某些基因的差异表达，并对差异基因进行生物信息学分析，进一步采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)对关键差异表达基因进行验证。结果显示，测序共获得232 379条基因(unigene)，与对照组比较，低氧胁迫组筛到176个差异基因，包含64个上调基因和112个下调基因。GO功能注释分析显示，差异基因主要富集在生物学过程中的几丁质代谢过程和含氨基葡萄糖的复合代谢过程，细胞组分中的胶原三聚体成分，分子功能中的几丁质结合功能和糖衍生物结合功能。KEGG通路富集分析显示，差异基因主要集中于环境信息处理、遗传信息处理、代谢和生物系统这4大类通路。6个关键差异基因的RT-qPCR结果显示，热休克蛋白70B2和热休克蛋白β-6基因表达量上调，几丁质酶蛋白4、α-1胶原蛋白(XIV)、α-4胶原蛋白(XIV)、5-磷酸酶蛋白基因表达量下调，证实了转录组测序结果的可靠性。本研究发现，低氧胁迫激活了中华圆田螺适应缺氧的生理活动，并获得了低氧胁迫下中华圆田螺肝脏组织中相关功能基因的表达信息，为深入研究中华圆田螺响应低氧胁迫的调控机制提供了基础数据和理论依据。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王永红 曾霖 吉群 谢正丽 黄伟卿 宋炜
为探讨盐度变化对大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏基因转录表达的影响，将体质量为(59.68±1.32) g的大黄鱼分别在盐度25（对照组）、盐度36（高盐组）、盐度10（低盐组）的水体中暴露24 h，采用Illumina Hiseq 2500对肝脏样本进行转录组测序。结果显示，从高盐vs.对照组(H vs. C)、低盐vs.对照组(L vs. C)和高盐vs.低盐(H vs. L)中分别筛选出71个、180个和438个差异基因(DEGs)。GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现，H vs. C中的DEGs显著富集在三羧酸循环、MAPK信号通路、内质网蛋白加工和Toll样受体信号通路等；L vs. C中的DEGs显著富集在FoxO信号通路、戊糖磷酸途径、mTOR信号通路、RNA降解、P53信号通路和内质网蛋白加工等，表明大黄鱼对高盐和低盐胁迫的响应均涉及到糖类代谢、内质网应激、细胞凋亡和自噬等生理功能。H vs. L中的DEGs显著富集在内质网蛋白加工、FoxO信号通路、甘油脂代谢、糖酵解/糖异生、吞噬体和P53信号通路等，表明大黄鱼在高盐和低盐适应过程中，内质网应激、脂类代谢、糖类代谢、细胞凋亡和自噬等生理功能存在差异。研究结果可为深入研究鱼类对盐度胁迫的响应机制奠定基础。
关键词：
大黄鱼 肝脏 盐度胁迫 转录组 差异基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
曾霖 宋炜 谢正丽 熊逸飞 张惠 黄伟卿
为探讨盐度变化对大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏基因转录表达的影响，将体质量为(59.68±1.32) g的大黄鱼从盐度25转入盐度36或10的水体中暴露24 h，采用Illumina Hiseq 2500对肝脏样本进行转录组测序。结果显示，从高盐vs.对照组(H vs. C)、低盐vs.对照组(L vs. C)和高盐vs.低盐(H vs. L)中分别筛选出71个、180个和438个差异基因(DEGs)。GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现，H vs. C中的DEGs显著富集在三羧酸循环、MAPK信号通路、内质网蛋白加工和Toll样受体信号通路等；L vs. C中的DEGs显著富集在FoxO信号通路、戊糖磷酸途径、mTOR信号通路、RNA 降解、P53信号通路和内质网蛋白加工等，表明大黄鱼对高盐和低盐胁迫的响应均涉及到糖类代谢、内质网应激、细胞凋亡和自噬等生理功能。H vs. L中的DEGs显著富集在内质网蛋白加工、FoxO信号通路、甘油脂代谢、糖酵解/糖异生、吞噬体和P53信号通路等，表明大黄鱼在高盐和低盐适应过程中，内质网应激、脂类代谢、糖类代谢、细胞凋亡和自噬等生理功能存在差异。本结果可为深入研究鱼类对盐度胁迫的响应机制奠定基础。
关键词：
大黄鱼 肝脏 盐度胁迫 转录组 差异基因
[期刊] 水产学报
[作者]
候利波 陆银月 任秋霖 孔祥会 朱雷 顾伟 孟庆国
为了探究低氧胁迫对中华绒螯蟹血淋巴细胞影响的分子机制，本研究通过使用Nova Seq 6000测序技术，检测了低氧组（1.5±0.5）mg/L和对照组（6.0±0.5）mg/L处理24 h后的中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组数据变化。首先，对测序得到的原始数据进行拼接、注释以及筛选分析获得128 614个转录本和128 614条基因，平均长度为2 634 bp (N50)，Q30 > 92%。其次，以1.2倍为阈值（P
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李根芳 胡瑞芹 宋汝浩 陈良标
水体急性低氧一直是水产养殖中的棘手问题，而铁代谢在鱼类低氧应激中发挥着极其重要的作用。为探究铁离子浓度对鱼类应激低氧胁迫的影响，本研究以模式生物斑马鱼的肝脏细胞（Zebrafish liver cells，ZFL）为研究对象，分别利用柠檬酸铁胺（Ammonium ferric citrate，FAC）和去铁胺（Defetoxamine，DFO）对ZFL细胞进行外源铁补充和内源及外源铁清除处理，从而比较不同铁离子浓度下ZFL细胞对低氧胁迫的应激反应。结果表明，低氧胁迫显著降低了ZFL细胞的增殖能力和存活率以及铁代谢相关基因的表达水平，而与对照组和内源及外源铁清除组相比，补充外源铁能够明显增强ZFL细胞在低氧胁迫下的增殖能力、存活率和铁蛋白的表达水平。同时，在外源铁补充组的ZFL细胞中，与铁吸收（tfa）、铁储存（fthl27、fthl28、fthl31）和铁输出（fpn）相关基因的mRNA表达水平均显著提高。进而又对低氧胁迫下ZFL细胞的活性氧（Reactive oxygen species，ROS）水平进行检测，发现补充外源铁能够在一定程度上恢复ZFL细胞中ROS的水平，说明在一定范围内胞内ROS水平的增加有利于ZFL细胞应对低氧胁迫。综上所述，本研究发现当ZFL细胞处于急性低氧时，补充外源铁离子可以提高细胞内的铁水平，进而产生一定的有益ROS，有助于提高其在低氧环境中的生存率。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李姗蔚 韩世成 刘英杰 丁璐 魏晓凤 王鹏 孙言春
为探究高温胁迫下虹鳟（Oncorhynchus mykiss）在细胞层面的代谢响应机制，本研究开展20 ℃（T20）和24 ℃（T24）的高温胁迫实验，以肝脏为靶器官，利用UPLC-QTOF-MS代谢组学技术结合PCA、OPLS-DA等多变量统计分析手段进行差异代谢物筛选，确定与差异代谢物相关的关键代谢通路变化。结果显示，T20组共筛选出65个差异代谢物，主要富集于亚油酸代谢、半乳糖代谢、α-亚麻酸代谢、甘油磷脂代谢、嘌呤代谢、鞘脂代谢和谷胱甘肽代谢等17条代谢通路；T24组共筛选出80个差异代谢物，主要富集于亚油酸代谢、视黄醇代谢、甘油磷脂代谢、鞘脂代谢、α-亚麻酸代谢、谷胱甘肽代谢和甘油酯代谢等15条代谢通路。其中，脂质代谢受到的影响最为显著，其次为氨基酸代谢。研究结果表明，高温胁迫下虹鳟肝脏发生氧化应激，短期内机体调动谷胱甘肽代谢途径加速清除活性氧，但持续的高温胁迫导致了脂质代谢紊乱，DHA和ɑ-亚麻酸等维持细胞正常功能代谢物的减少，致使机体的免疫和抗氧化系统失衡，进而造成肝细胞受损。本研究可为后续针对特定代谢通路的耐高温靶向调控研究提供方向，同时为多视角探究虹鳟耐高温机制提供理论依据。
关键词：
虹鳟 高温胁迫 肝脏 代谢组学
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 柴学军 尹飞 胡则辉 朱云海 王跃斌
研究了运输胁迫对日本黄姑鱼(Nibea japonica)肝脏抗氧化能力的影响。胁迫处理后,鱼体肝脏中抗氧化防御指标受到不同程度的影响。超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)活力快速升高并显著高于处理前水平(P0.05)。肝脏中维生素C(VC)含量在处理后1 h显著性升高,以应对氧化压力;而自由基含量先升在胁迫0.5 h后快速降低并恢复到处理前水平。丙二醛(MDA)含量在处理后0.5 h达到最高值,然后快速恢复并与处理前无显著性差异(P>0.05)。研究表明...
关键词：
日本黄姑鱼 运输胁迫 抗氧化系统
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱凡 徐芷琪 段雨洁 李阳阳 宋有洪
为探究花丝对干旱胁迫的分子响应，以安农591和先玉335为材料，设置土壤含水量为80%田间持水量(CK)和60%田间持水量(DS)的2个处理，在玉米花丝伸长速增期取样，进行转录组测序。通过对比2个品种干旱组和对照组的基因表达差异，明确玉米花丝响应干旱的关键通路和相关候选基因。结果表明：苯丙烷类生物合成途径(ko00940)和淀粉和蔗糖代谢途径(ko00500)为玉米花丝响应干旱的关键通路。在苯丙烷类生物合成途径通路中编码4-香豆酸-辅酶A连接酶(4CL)、肉桂酰辅酶A还原酶(CCR)、肉桂醇脱氢酶(CAD)和过氧化物酶(POD)的基因在干旱的玉米花丝中低表达。相关分析表明，编码4CL、CCR、CAD和POD的基因下调与木质素含量降低有关。在淀粉和蔗糖代谢途径中转化酶和蔗糖合酶基因在干旱的玉米花丝中低表达；相关分析表明，转化酶和蔗糖合酶基因下调与蔗糖代谢有关。综上所述，本研究确定了参与蔗糖和木质素代谢的关键基因和代谢物，木质素合成可能与玉米花丝耐旱相关，4CL、CCR、CAD和POD是木质素合成通路中玉米花丝耐旱的候选基因；此外，淀粉和蔗糖代谢途径可能与花丝伸长和花丝耐旱有关，转化酶和蔗糖合酶可能是调控花丝耐旱的关键酶。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杨凯 黄智慧 马爱军 刘晓菲 杨双双
为探索大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏组织开展转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等。结果显示,通过组装得到Unigenes总数目为68525,长度范围为201～23456 bp,平均长度为1124 bp,N50长度为2316 bp。将Unigenes分别在Nr、Swissprot、KEGG、KOG、GO数据库进行序列比对及功能注释,共注释25498条,其中,Nr数据库注释到的Unigenes最多;按GO功能分类,共分为细胞组分、分子功能及生物学过程3类,包括56个功能组,其中,大量Unigenes与细胞进程、代谢过程、催化活性、生物调节、应激反应相关。将Unigenes进行pathway注释,归属于218条代谢通路,分为5类KEGG途径:代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统。进行转录因子分析,共检测到65类转录因子,其中,C2H2锌指蛋白家族的基因数目最多。通过对不同温度胁迫下基因表达谱结果进行分析,不同温度组之间存在着显著差异,在不同温度胁迫组中,20℃组与28℃组存在差异最大,差异基因达到4734个,其中,上调基因3386个,下调基因1348个。本研究建立了大菱鲆热应激肾脏转录组数据库,为大菱鲆高温胁迫分子机理研究提供了参考数据。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘韬 齐明 高阳 刘其根
为了解青田田鱼（Cyprinuscarpiovar.qingtianensis，PaddyFieldCarp）对稻田急性溶氧变化的水环境适应性，本研究依据青田田鱼对低氧耐受性参数及当地稻田水环境溶氧日变化的实际情况模拟急性低氧和复氧环境，基于RNA-seq技术对青田田鱼幼鱼常氧对照组[温度：（25.37±0.76）℃，溶氧：（7.07±0.39）mg/L，CB组]，低氧胁迫6h组[温度：（25.65±0.76）℃，溶氧：（0.57±0.16）mg/L，HB组]和复氧恢复6h组[温度：（25.78±0.58）℃，溶氧：（7.21±0.53）mg/L，RB组]脑组织进行转录组分析。结果表明：HB组与CB组文库比较发现存在1094个差异基因，其中730个上调，364个下调，RB组与HB组文库比较发现2288个差异基因，其中803个上调，1485个下调，RB组与CB组文库比较发现201个差异基因，其中80个上调，121个下调；进一步将差异表达基因进行GO功能注释和KEGG 富集分析发现差异基因主要富集在糖酵解/糖异生、HIF-1信号、mTOR信号及VEGF信号等通路上；通过RT-qPCR对糖酵解/糖异生及相关通路中的6个差异基因进行验证，证实了转录组测序结果的可靠性。这些结果为研究青田田鱼在急性溶氧变化环境下的生理调节机制提供了分子生物学的基础研究。
关键词：
青田田鱼 低氧胁迫 复氧恢复 转录组
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王志伟 李涵 邹甜 孙波 孙小武
以西瓜品种和欣(HX)和黑媚娘(HMN)的幼苗叶片为材料,经60 mg/kg氯化镉溶液处理(以未经氯化镉溶液处理的为对照)后,采用Illumina测序技术对转录组进行高通量测序,探讨西瓜镉胁迫的分子机理。结果表明:在黑媚娘处理组(HMN)和对照组(HMNCK)中共检测到8 579条差异基因,其中有4 297条基因表达显著上调,4 282条基因表达明显下调;在和欣处理组(HX)和对照组(HXCK)中共检测到7 108条差异基因,其中有3 662条基因表达显著上调,3 446条基因表达显著下调;不同组间差异基因的维恩图表明,HMN和HX组间有5 656条差异基因;根据不同数据库的注释信息,发现西瓜体内与镉胁迫相关的差异表达基因主要包括响应光合作用、信号转导、次生物质代谢、转录因子等相关基因;转录因子MYB、AP2/EREBP、bHLH、NAC和WRKY家族可能在西瓜响应镉胁迫中具有重要作用。用q RT–PCR技术对随机挑选的7条基因进行荧光定量验证,结果与Illumina测序数据一致,证实了差异表达基因数据的有效性。
[期刊] 水产学报
[作者]
李晓晖 冯翠 王巧欣 邹桂伟 梁宏伟
为了探究miR-17a-5p在鲢低氧胁迫下的功能，在前期鲢small RNA测序的基础上对鲢miR-17a-5p进行靶基因预测及功能富集分析，通过双荧光素酶活性验证其与HIF-1α的靶向关系，并检测低氧胁迫下miR-17a-5p和其靶基因在鲢肝脏、脑、心脏和鳃四个组织中的动态表达特征。结果显示，鲢miR-17a-5p在不同物种间高度保守，预测出381个miR-17a-5p的潜在靶基因显著富集在硫代谢、mTOR信号通路以及萜类骨架的生物合成3个KEGG信号通路上。miR-17a-5p可与HIF-1α mRNA的3′UTR结合，并降低HIF-1α mRNA水平，低氧胁迫下miR-17a-5p的表达呈下降趋势，而HIF-1α表达则呈上升趋势；3个显著富集KEGG通路中的11个miR-17a-5p潜在靶基因在低氧胁迫过程中的不同组织中的表达，尤其是肝脏中的表达，除SGK1外，均呈显著上升趋势。研究表明，低氧胁迫下鲢各组织中miR-17a-5p的表达下调减弱了其对靶基因的抑制作用，进而导致HIF-1α、ddit4和Lrp5等响应低氧胁迫的基因表达上调。本研究为低氧胁迫下鲢miRNA的表达与调控机制提供新见解，也为培育耐低氧的鲢新品系(种)提供了参考。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 尹飞 王建建 高权新 钟幼平
研究了操作胁迫(惊扰)对云纹石斑鱼(Epinephelus moara)肝脏抗氧化能力和鳃中钠-钾ATP酶(Na+-K+ATPase)活力的影响。在胁迫处理后,鱼体肝脏中抗氧化酶活力受到不同程度的影响。超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)具有相似的变化规律,其在处理后快速达到活力最高值,然后逐渐下降到与处理前无显著性差异(P>0.05);谷胱甘肽转移酶(GST)活力也在处理后升高,但一直与处理前无显著性差异(P>0.05);肝脏中VC含量在处理后显著增高,并最终恢复到处理前水平;而Na+-K+ATPase活力一直显著低于处理前水平(P>0.05)。研究表明,操作胁迫会通过氧化应激对云...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
刘伟成 李明云 黄福勇 竺俊全 崔云
研究了在重金属镉胁迫条件下,大弹涂鱼(Boleophthalmuspectinirostris)肝脏黄嘌呤氧化酶活性的变化。重金属镉胁迫12h时0·5mg/LCd2+组XOD酶活性和对照组比较显著升高(P<0·01)。在镉胁迫解除5d时,3个浓度组的酶活性均极显著降低(P0·...
[期刊] 水产学报
[作者]
张定东 李俊怡 王冰柯 李向飞 蒋广震 李鹏飞 蔡万存 刘文斌
以初始体质量(42.20±0.34)g团头鲂为研究对象,研究饲料中添加胆碱对高脂胁迫团头鲂肝脏抗氧化、组织结构和免疫力的影响。实验采用2×2因子设计方法,共配置2个脂肪水平(5%和15%)和2个胆碱水平(1200和2200 mg/kg)的等氮饲料4组。养殖实验在室内循环水系统中进行,养殖周期为8周。养殖实验结束后进行血液和肝脏生化指标、肝脏抗氧化指标和非特异性免疫指标等的检测分析,以及观察肝细胞的超微结构变化。结果显示,当饲料中添加1200 mg/kg胆碱时,随着脂肪水平的升高,团头鲂肝脏脂肪含量和甘油三
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