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[期刊] 西南农业学报
[作者]
宋明江 陈叶雨 吴晓雲 刘亚 龚全 赖见生
【目的】研究似鲇高原鳅抗菌肽的生物学功能。【方法】通过似鲇高原鳅转录组测序数据库,获得LEAP-2基因序列。【结果】cDNA序列为2253 bp,其中5’非编译区(UTR)为270 bp, 3’UTR为1698 bp,开放阅读框为285 bp,编码94个氨基酸。信号肽预测结果显示LEAP-2信号肽包含28个氨基酸残基。似鲇高原鳅的LEAP-2与西藏高原鳅LEAP-2聚在一支,置信度为99%。组织分布结果表明,LEAP-2在健康似鲇高原鳅的鳃、肾脏、肝脏、肌肉、胃、脑、肠道、脾脏、皮肤、眼睛和心脏共11个组织中均有表达,其中,在似鲇高原鳅肝脏中的表达量最高,是鳃中表达量的2000多倍。在迟缓爱德华氏菌作用下,似鲇高原鳅LEAP-2 mRNA表达量在各免疫组织中呈现出不同的变化趋势。在粘膜相关组织皮肤、鳃和肠道中,细菌侵染后LEAP-2出现显著上调表达(P<0.05),随后下降;脾脏中LEAP-2先下降表达,随后显著上调表达(P<0.05)。【结论】似鲇高原鳅LEAP-2参与了机体对抗致病菌侵染的生物学过程。
[期刊] 水产学报
[作者]
王琳 梁旭方 李光照 刘秀霞 林群 白俊杰
从分子水平上探讨了鳜解偶联蛋白1、2(UCP1,2)基因结构、组织表达水平及与产热、脂肪代谢等生理机能的关系。通过与脊椎动物UCP1、UCP2基因序列进行比对,设计简并引物与特异引物进行PCR和RACE扩增、测序、拼接序列,获得UCP1、UCP2的基因组序列和内含子/外显子结构。基因组步行法克隆鳜肝脏UCP1、UCP2基因5′侧翼序列。应用半定量RT-PCR的方法,以β-肌动蛋白作为外参照,在其指数期增长的范围内得到鳜不同组织UCP1、UCP2的相对表达水平。结果表明,UCP1基因组全序列为3146bp,5′侧翼调控区为1333bp,含有5个内含子和6个外显子,开放阅读框(ORF)长942bp...
[期刊] 水产学报
[作者]
田志环 焦传珍 成永旭 吴旭干
为研究Akt基因在中华绒螯蟹蜕壳前后肌肉生长过程中的功能,应用RACE技术克隆得到编码中华绒螯蟹Akt(命名为Es Akt)的全长为2 200 bp的c DNA序列,包括159 bp的5′非翻译区(5′-UTR)、496 bp的3′非翻译区(3′-UTR)和长度为1545 bp编码514个氨基酸的编码序列。蛋白质结构域分析显示Es Akt含有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的3个特征性保守结构域。多序列比对和系统发育分析显示,Es Akt与中国明对虾、凡纳滨对虾的Akt序列一致性都为0.889,在系统发育树中节
[期刊] 海洋渔业
[作者]
慕雪娇 刘晓玲 贠晗 崔龙波
为研究栉孔扇贝(Chlamys farreri)FTZ-F1基因功能,对其序列特征和表达模式进行了分析。结果显示,该基因编码序列(coding sequences, CDS)长1 668bp,编码555个氨基酸,含DBD (DNA binding domain)保守区、FTZ-F1盒(FTZ-F1 box)、LBD(ligand binding domain)保守区,其保守区与其他物种较为一致。采用半定量PCR(RT-PCR)和荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测了FTZ-F1基因在栉孔扇贝中的表达,发现在雌性栉孔扇贝的闭壳肌、肾、鳃组织和雄性栉孔扇贝的精巢、肝胰腺、闭壳肌、肾中表达较强,在其他组织中表达较弱;在性腺发育周期中,FTZ-F1基因主要在成熟期精巢中表达,表达量显著高于其他时期性腺,表明FTZ-F1基因主要在成熟期精巢中发挥重要作用,推测可能与成熟期精巢睾酮含量升高相关。
关键词：
栉孔扇贝 FTZ-F1 序列特征 表达
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
庞连慧 罗双双 石林林 陈天圣 刘红 王焕岭
为研究鱼类细胞分裂周期蛋白20基因（cell division cycle 20 homolog,cdc20）的功能，以团头鲂为试验对象，经PCR扩增获得了团头鲂cdc20基因的CDS，基于多序列比对和系统进化树分析该基因的结构和不同物种间的进化关系，采用半定量PCR(semi-quantitative reverse transcription PCR,sqRT-PCR)、荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)和切片原位杂交的方法检测了该基因的时空表达模式。结果显示，该基因编码区所包含的序列长度为1 482 bp，编码493 aa。团头鲂Cdc20氨基酸序列在进化上十分保守，具有7个WD40基序形成的稳定7叶β螺旋桨状结构，与鲤和斑马鱼的相似性最高。qRT-PCR结果显示团头鲂cdc20基因在早期胚胎中的表达量最高，随后呈下降趋势。sqRT-PCR检测发现cdc20基因主要在性腺中表达。性腺切片原位杂交结果显示cdc20在团头鲂各时期卵母细胞中均有表达，主要集中在Ⅱ期卵母细胞的胞质和Ⅲ、Ⅵ期卵母细胞的卵黄颗粒中；另外也发现该基因在精巢的精原细胞和生精小管的生殖上皮中表达量最高，在精子中的表达较低。以上结果表明团头鲂cdc20基因是一个母源基因，可能参与生殖细胞的发育。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
汤洪宁 吴飞 项继忠 童丹妮 杜振东 陈学秋 马光旭 杨怡
为明确捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）中Kunitz型蛋白BLI-5的表达特性，利用生物信息学软件对其基因结构、保守结构域、进化关系和蛋白质三维结构进行分析；基于WormBase数据库，分析捻转血矛线虫发育过程各个阶段Hc-bli-5与Hc-bli-4的相对转录丰度；通过构建原核表达载体诱导表达重组蛋白，并制备多克隆抗体，采用虫体组织免疫荧光试验分析目标蛋白（Hc-BLI-5）在捻转血矛线虫中的组织定位情况。结果显示：1)Hc-bli-5基因全长2 088 bp，由4个外显子和3个内含子组成，Hc-BLI-5共有195个氨基酸，132～192位氨基酸为Kunitztype super family结构域，是一种丝氨酸蛋白酶抑制因子。2）进化树分析发现，丝氨酸枯草杆菌蛋白酶超家族蛋白BLI-5在寄生线虫和自由生活线虫中均有较为密切的进化关系，捻转血矛线虫与柏氏血矛线虫（Haemonchus placei）在该基因的进化关系上最为接近，聚集在进化树的同一小分支上。3）蛋白质结构对比分析显示，捻转血矛线虫和秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）BLI-5具有一定的相似性，尤其是Kunitz结构域。4）各时期转录丰度检测显示，Hc-bli-5与Hc-bli-4的表达趋势有一定的重叠，提示二者可能互相作用、参与共同的生物学过程。5）组织定位研究表明，Hc-BLI-5蛋白主要表达于捻转血矛线虫的表皮和肌肉组织。综上，Hc-bli-5可能与Hc-bli-4相互作用参与捻转血矛线虫蜕皮过程。本研究明确了Hc-bli-5的序列特征及其蛋白的表达特性，为探索其是否参与捻转血矛线虫蜕皮过程及其作用机制提供了理论依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
占思远 董尧 李利 仲涛 王林杰 张红平
【目的】克隆获得南江黄羊ＩＧＦＢＰ－２（ＩｎｓｕｌＩｎ－ｌＩｋｅ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＢＩｎｄＩｎＧ ＰｒｏｔｅＩｎ－２）基因的ｃｄｓ区全序列，对其进行生物信息学分析，并分析ＩＧＦＢＰ－２的ｍｒｎａ和蛋白组织表达特征，为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载ｎｃＢＩ的Ｇｅｎ Ｂａｎｋ数据库中公布的绵羊（ｏｖＩｓ ａｒＩｅｓ，ｎｍ＿００１００９４３６）和牛（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ，ｎｍ＿１７４５５５）的ＩＧＦＢＰ－２基因的ｍｒｎａ序列，经序列比对后采用保守区域序列并利用ＰｒＩｍｅｒ ＰｒｅｍＩｅｒ ６．０软件设计克隆引物，经Ｐｃｒ扩增后采用ｔ．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵为民 涂枫 方晓敏 王学敏 付言峰 李碧侠 周李生 任守文
运用RT–PCR技术克隆猪PKM2基因的编码区序列,对该序列进行生物信息学分析,研究PKM2基因的组织表达及亚细胞定位。结果显示:猪PKM2基因CDS全长1 596 bp,编码531个氨基酸;预测其蛋白相对分子质量为5.79×104,等电点为7.96,含有多个磷酸化位点,为稳定蛋白;PKM2蛋白含有丙酮酸激酶家族的barreldomain和alpha/beta domain 2个结构域,其蛋白二级结构中α–螺旋和无规则卷曲占主要类型;猪PKM2蛋白序列在物种间非常保守,系统进化树分析表明,该蛋白与兔的亲缘关系最近;组织表达显示,猪PKM2基因在肾、小肠中相对高表达,而在肝脏与肌肉中相对低表达;亚细胞定位显示,PKM2蛋白在猪3D4/21和PK15细胞中表达于细胞质,而不表达于细胞核。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
金凯 牛东红 王劦 李家乐
含有clip结构域的丝氨酸蛋白酶是一类新的丝氨酸蛋白酶家族,可能参与非特异性免疫防御功能。从缢蛏(Sinonovacula constricta)cDNA文库中筛选出一条丝氨酸蛋白酶同源EST序列,然后通过5'RACE扩增、测序,拼接得到全长为1 228 bp的cDNA序列,包括66 bp的5'非翻译区和160 bp的3'非翻译区,以及1 002 bp的开放阅读框。阅读框共编码333个氨基酸,含有17个氨基酸的信号肽序列,并含有发卡结构域(clip domain)和胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶结构域(Tryp_SPc domain)。在clip结构域中包含6个半胱氨酸残基形成的3个二硫键,在Tryp...
关键词：
缢蛏 丝氨酸蛋白酶 序列分析 基因表达
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯政夫 邵明瑜 孙大鹏 张志峰
DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李英英 陈曦 杨金先 陈强 宋铁英 葛均青
为了研究欧洲鳗鲡（Anguilla anguilla）RIG-I基因的特性，本实验通过设计引物，扩增其序列，克隆至pCE2-TA/Blunt-Zero载体，测序验证后对所获得欧洲鳗鲡RIG-I基因序列进行生物信息学分析及原核表达。结果表明，欧洲鳗鲡RIG-I基因ORF序列有2 823 bp碱基，编码940个氨基酸，与日本鳗鲡（A. japonica）的序列同源性为96.71%；RIG-I蛋白属酸性亲水性蛋白，不存在跨膜结构，无信号肽，较不稳定，主要分布于细胞质中，有6个保守功能区；SDS-PAGE和western blot结果显示，实现了RIG-I基因在大肠杆菌中的高效表达，为后期制备RIG-I多克隆抗体，进一步探索RIG-I介导的天然免疫在鳗鲡抵御鳗鲡疱疹病毒（Anguillid herpesvirus， AngHV）侵染过程中的作用机制提供研究基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高雪 吕伟华 王红伟 张颖
为了解下丘脑神经肽(kisspeptin)在施氏鲟(Acipenser schrenckii)生殖调控中的作用,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和RACE技术首次克隆得到施氏鲟2个kisspeptin基因的全长cDNA序列,命名为kiss1和kiss2,并对它们编码氨基酸序列的特征及时空表达模式进行分析。结果表明,施氏鲟kiss1基因的cDNA全长为522 bp,编码130个氨基酸;kiss2基因的cDNA全长为518bp,编码149个氨基酸;Kiss1和Kiss2均以α-螺旋和无规则蜷曲为二级结构中的主要元件,且为含有信号肽、无跨膜结构、分泌到细胞外的不稳定亲水性蛋白质。氨基酸序列比对及进化分析表明,施氏鲟Kiss1和Kiss2具有高度保守区域,与达氏鲟(Acipenser dabryanus)Kiss1和Kiss2蛋白序列一致性最高,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,施氏鲟kiss1和kiss2的表达具有组织特异性,其中kiss1在性腺中的表达量最高,而kiss2在脑中的表达量最高。kiss2在早期性腺发育过程中的表达量检测显示,在孵化后0～49 d, kiss2的表达量较低,而kiss1的表达量则较高,在孵化后21 d达峰值;随着性腺的发育(孵化后64～199 d), kiss2的表达水平逐渐升高并在139 d达到最高,随后下降;与kiss2表达模式不同, kiss1的表达量在孵化后184 d达到峰值。以上结果表明, kisspeptin基因在施氏鲟早期性腺发育过程中具有重要的作用,且其调控功能存在差异。本实验为进一步阐明kiss1和kiss2的生理功能和分子调控机制奠定了理论基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
崔腾飞 王晨 谭红雨 贾海锋 白云赫 王文然 房经贵
探究白藜芦醇合酶(Resveratrol synthase,Rs)在巨峰葡萄果实发育中的潜在作用。对其序列进行结构及功能分析,并鉴定其在果实不同发育时期的时空表达特异性。采用生物信息学分析及qRT-PCR的方法,对巨峰葡萄Rs基因序列进行分析,并对其结构和亚细胞定位进行预测,以及分析果实不同时期不同组织的表达情况。克隆得到的Rs基因cDNA全长1 539 bp,开放阅读框(ORF)为1 179 bp,编码392个氨基酸,预测蛋白分子质量42.88 ku,理论等电点(pI)为6.09,且该基因含有查耳酮和二苯乙烯合酶活性位点以及完整的芪合酶家族特征位点;蛋白互作预测发现,Rs和OMT2.1具有互作,后者可催化白藜芦醇生物合成紫檀芪;亚细胞预测结果表明,Rs基因主要在细胞质和叶绿体中表达;启动子分析发现,Rs基因表达可能受光照、MYB、真菌和激素的调控并存在一定的组织特异性。qRT-PCR表达分析显示,葡萄Rs基因在果皮和果肉中不同时期均有表达,但在花后25 d的青皮中表达量最高。结合Rs基因在白藜芦醇积累的作用,可以推测可能在果实发育前期的果皮中白藜芦醇有较高积累。巨峰葡萄Rs基因在进化过程中具有较高的保守性,其表达可能受环境、真菌和激素的调控且与OMT2.1具有互作效应。而且在不同的组织和时期存在一定的特异性。
关键词：
葡萄 Rs基因 克隆 序列与表达分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张 涓 陈思思 何玉慧 黄金海 刘小玲 陈孝煊 袁改玲
从团头鲂（Megalobrama amblycephala）中克隆出β-防御素1（maBD-1）基因，检测该基因在组织中的分布，及在病原菌感染后该基因表达量的变化情况。将maBD-1基因重组到pGEX-KG原核表达载体上，构建重组质粒pGEX-KG-maBD-1，重组质粒经转化至BL21感受态细胞中进行诱导表达，将融合蛋白免疫日本大耳白兔，制备该融合蛋白的多克隆抗体，并检测血清效价。 结果表明：maBD-1基因ORF全长为204 bp，编码67个氨基酸。该基因在组织中广泛分布，病原菌感染后头肾和脾脏组织maBD-1基因表达量显著上调。经间接酶联免疫分析（ELISA）获得的抗血清效价为1∶3 2...
关键词：
团头鲂 maBD-1 克隆 表达
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
贺华良 宾淑英 廖泓之 吴仲真 林进添
昆虫细胞膜钾离子通道与多种生命活动密切相关。结合转录组测序及荧光定量PCR技术,鉴定和分析黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata(Fabricius))钾离子通道基因的序列特征及不同组织器官的mRNA表达谱。结果表明:所获得的钾离子通道蛋白基因(twk)cDNA的开放阅读框为1 137 bp,共编码378个氨基酸残基。蛋白结构分析表明:其含有4个钾离子通道蛋白的跨膜区(M1～M4)和2个孔道结构域(1P～2P),分别位于M1与M2、M3与M4之间,即双孔道钾离子通道。序列保守性分析表明:1P的核心序列为甘氨酸-酪氨酸-甘氨酸(GYG)模体,2P的核心序列为甘氨酸-亮氨酸-甘氨酸...
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