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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
胡尚力 徐刚标 梁艳 刘雄盛 肖玉菲 郝博搏
伯乐树为国家一级保护植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。cpDNA-PCR反应是在分子水平上确定伯乐树系统分类的基础。建立了伯乐树cpDNA-PCR反应体系,对影响扩增反应的因素(Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度以及模板DNA浓度)进行了优化,得到了伯乐树cpDNA-PCR扩增反应的最佳体系,并筛选出了适合伯乐树分子谱系地理研究的非编码区序列和引物。伯乐树cpDNA-PCR最佳反应体系为:30μL反应体系含有10×PCR buffer、2.9 mmol Mg2+、120 mmol dNTP、上下游引物各11μmol、DNA模版30 ng以及3个单位的Ta...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
闫丽君 王红霞 黄芳芳 何长青 梁艳 徐刚标
以伯乐树叶片为材料,利用单因素试验及正交试验对影响伯乐树SSR-PCR扩增的主要因素进行了优化。结果表明,伯乐树SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为:Mg2+1.25 mmol/L,d NTP 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,引物0.3μmol/L,DNA 90 ng。这为利用SSR标记进一步开展伯乐树种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
伯乐树 SSR-PCR 体系优化
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
何长青 王红霞 付甜 黄芳芳 闫丽君 徐刚标
利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1 U Taq DNA聚合酶;筛选出了适合观光木分子谱系地理学研究的非编码区序列引物,为rpl32-trnL、psbJ-petA、3′rps16-5′trnK、atpI-atpH、petL-psbE。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王芳 廖柏勇 李培 刘明骞 李俊成 吴琳瑛 林玮 陈晓阳
［目的］借鉴以往楝属文献报道的ＳＳＲ引物，筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝ＳＳＲ引物，为苦楝遗传图谱构建、ＱＴＬ定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础。［方法］本研究采用单因素法和正交试验设计进行ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系优化，并利用该体系以８个不同种源的苦楝基因组ＤＮＡ为模板，从１３５对候选ＳＳＲ引物中进行引物筛选。［结果］苦楝ＳＳＲ－ＰＣＲ最优反应体系为：１．０μＬ ５０ Ｎｇ·μＬ～（－１）模板ＤＮＡ，１．２μＬ １００μｍｏＬ·Ｌ～（－１）引物，１．０μＬ １０ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）Ｄ ＮＴＰＳ，０．８μＬ ２５ ｍｍｏＬ·Ｌ～（－１）ｍｇ～（２＋），０．１５μＬ ５ ．．．
关键词：
苦楝 SSR-PCR 体系优化 引物筛选
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
黄芳芳 何长青 闫丽君 汪灵丹 徐刚标
在单因素试验基础上,采用正交试验优化影响观光木SSR-PCR扩增的5种主要影响因素,获得最佳反应体系(10μL)为:Mg2+1.0 mmol,d NTP 0.20 mmol,引物0.25μmol,Taq DNA聚合酶0.75 U,模板DNA 60ng。利用优化SSR-PCR扩增体系,从12对引物中筛选出5对多态性高、重复性好的引物。这为进一步开展观光木种群遗传多样性研究奠定了前期实验基础。
关键词：
观光木 SSR 体系优化 引物筛选
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏辉 李志刚 宋书宏
以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李培 阙青敏 王芳 李俊成 朱芹 廖柏勇 陈晓阳
[目的]优化相关序列扩增多态性(SRAP)体系内的不同组分,建立适用于红椿SRAP分子标记的反应体系,并进一步从SRAP引物组合中筛选出稳定、多态性好的引物组合,为红椿遗传多样性研究奠定试验基础。[方法]针对SRAP-PCR反应体系中5个因素各设置8个水平,先利用单因素试验确定浓度梯度,后在确定的梯度范围内选定4个水平,按照正交试验L16(45)进行优化,结合正交直观分析法和新复极差法对各因素进行优化筛选。[结果]确定最优体系为总体系25μL,模板DNA 25 ng,上下游引物各0.3μmol·L(-1)
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄树军 黄婷 肖永太 荣俊冬 杨阳 何天友 陈凌艳 郑郁善
采用单因素试验方法,建立了适合大明竹属25个竹种的ISSR-PCR反应体系,优化了各影响因子的用量,筛选出18条有效引物,并确定它们的退火温度,最后对体系进行了检验.优化后大明竹属植物ISSR-PCR的20μL反应体系含2.0μL10×PCR Buffer、2.5 mmol·L-1Mg2+、0.15 mmol·L-1dNTPs、0.5μmol·L-1引物、1.0 U Tap DNA聚合酶、50 ng模板DNA、10.6μL灭菌ddH2O.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性60 s,55℃复性45 s,72℃延伸90 s,循环40次;72℃延伸7 min,4℃保存.该ISSR-PCR...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐刚红 姜子德 沈万宽 罗明珠 饶得花
以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张冬梅 杨娅 沈熙环 茹广欣
油松是我国特有的重要乡土针叶树种,开发合适的油松PCR-SSR引物并建立优化的反应体系,是开展油松天然群体和种子园人工群体遗传研究的基础.该研究以油松总DNA为材料,分析了Taq聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度以及引物浓度对PCR-SSR扩增结果的影响,筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物12对,建立了稳定的、可重复的油松PCR-SSR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在15μL SSR-PCR反应体系中,样本最适宜浓度为30 ng,Mg2+的最适浓度为0.25 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为250 nmol/L;Taq聚...
关键词：
油松 SSR标记 引物 反应体系 优化
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐刚红 姜子德 沈万宽 罗明珠 饶得花
以甘蔗黑穗病菌(Sporisoriumscitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCo TPCRG反应体系的Mg2+、d NTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCo TPCRG反应体系:DNA模板12.50ng、d NTPs0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL.应用优化体系从30条SCo T引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张超杰 徐维华 刘万好 唐美玲
以黑珍珠和砂蜜豆为材料,对AFLP分析过程中模板DNA的制备、酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中易出现的问题及其解决方法作了对比研究,建立了一套适合于甜樱桃的AFLP分子标记体系。共筛选了64对引物,其中30对扩增效果理想,能够得到清晰、稳定的条带,平均每对引物扩增条带为60条。该体系的建立为研究甜樱桃遗传多样性和标记农艺性状的技术平台构建奠定了基础。
关键词：
甜樱桃 AFLP
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张玉梅 徐刚标 谷振军 安静
实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng DNA,10×Buffer,2.5 mmol MgCl2,0.4 mmol dNTPs,0.2μmolpri mer1,0.2μmol pri mer2,1.25 U Pfu DNA Polymerase。适宜的PCR反应程序为94℃5 min,94℃1 min,退火时间45 s,退火温度和72℃延伸时间依不同的引物和产物而不同,35个循...
关键词：
珙桐 cpDNA 非编码序列 引物筛选
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
宁静 黄建安 李娟 钟兴刚 朱旗
对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶为1.0U/(20μL),Mg2+为2.0mmol/L,模板为40ng/(20μL),dNTP为0.20mmol/L,引物为0.25μmol/L.对茶树ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,确定引物ISSR1、UBC881的最适退火温度分别为52.4、59....
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴春妍 杨冠松 张爱丽 申仕康 王跃华
采用正交和单因素试验设计方法,对影响甜菜树ISSR-PCR反应体系的d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA及退火温度5个因素进行优化试验,建立了稳定的、可重复的甜菜树ISSR-PCR扩增反应体系。在20μl的反应体系中,d NTPs浓度为0.4mmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.0 U,引物浓度为0.2μmol/L,模板DNA浓度为45 ng。扩增程序:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸2 min,40个循环,最后72℃延伸8 min。这一优化体系的建立为深入展开甜菜树种质资源的遗传多样性研究奠定基础。
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