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[期刊] 林业科学
[作者]
齐刚 苏智先 李劲涛 阮期平
以休眠期27个uniEST,经网上BlastN及BlastX分析,其中75个序列是已知功能的基因标签,相似性较高,而32个序列在GenBank中相似性较低,13个序的珙桐种子为材料,利用SMARTTMcDNA Library Construction Kit构建珙桐种子的cDNA文库。结果表明:该文库的滴度为1.5×106pfu.mL-1,重组率为98%,cDNA文库插入片段大小主要集中在0.5~1.0kb。随机测序获得148个EST序列,拼接成1列在GenBank中没有匹配。这些数据有助于对珙桐种子的相关功能蛋白及分子机制的研究。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
费日雯 樊富伟 孙天祎 辛如洁 宋文慧 关士鑫 孙晓梅
【目的】芍药具有极佳的观赏价值，但其种子的双重休眠难以解除，严重阻碍芍药的育种进程。本研究利用gateway技术构建芍药种子休眠解除关键时期的酵母杂交cDNA文库，可用于筛选调控芍药种子休眠解除相关基因的转录因子及互作蛋白。本文库的构建可为丰富芍药种子休眠调控研究提供科学支撑，能为芍药栽培育种和野生资源保护及利用奠定分子理论基础。【方法】本研究以休眠解除过程中5个关键时期的芍药种子为试验材料，进行总RNA的提取和m RNA的分离，使用gateway方法构建cDNA初级文库，再通过LR重组，将初级文库重组到pGADT7-DEST次级文库载体上，构建出次级文库，最后经过酵母转化试验，将次级文库质粒转化到酵母Y187感受态细胞中，构建出芍药种子休眠解除过程的酵母文库。【结果】经鉴定，cDNA初级文库库容量为1.28×107 CFU，平均插入片段长度在1 000 bp以上，重组率为100%;cDNA次级文库库容量为1.12×107 CFU，平均插入片段长度在1 000 bp以上，重组率为100%；酵母文库滴度为7.0×107 CFU/mL，平均插入片段长度在1 000 bp以上，重组率为96%。23个阳性克隆测序结果经NCBI比对后，按照功能将20个已知蛋白序列划分为8类，其中7个序列已被报道参与种子的休眠与萌发。【结论】芍药种子休眠解除过程的酵母杂交cDNA文库构建的质量较高，具有较完整的基因信息，符合酵母文库筛选试验所需的标准，为构建芍药种子休眠解除过程的分子调控网络提供基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭九峰 孙国琴 沈传进 乔惠蕾 贾利敏 郭志杰
为研究沙冬青抗逆的分子机理,分离克隆其抗逆基因,以pBluescript II SK为载体构建了沙冬青(Ammopip-tanthus mongolicus)越冬叶片cDNA文库,并对文库的部分克隆进行了5'端随机测序,结果表明,该文库容量为2.16×105cfu,重组率为89.6%;插入片段的平均长度大于1 kb。随机测序得到542个EST,拼接成360个uniEST,经网上BlastN及BlastX分析,其中313个是已知功能的基因的标签,包括能量代谢、物质转化、细胞生长等生物过程,其中与抗逆相关的48条。
关键词：
沙冬青 cDNA文库 表达序列标签
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李秀珍 陈苏丹 李天忠
为探讨休眠期欧李碳水化合物代谢与休眠的关系,以休眠期欧李1年生基生枝为试材,采用气相色谱等方法,分析了韧皮部、芽中碳水化合物含量及其相关酶活性变化。结果表明:休眠阶段欧李韧皮部和芽中可溶性糖含量均高于淀粉,二者比值最高可达4.77,其中含量最高的为蔗糖,其次是果糖、山梨醇和葡萄糖;自然休眠期芽中检查不到果糖含量,但在被迫休眠期和芽萌动期迅速增加,至芽萌动期质量分数达2.05%;休眠期韧皮部和芽中酶活性变化与糖含量变化一致;蔗糖磷酸合成酶活性大于其他酶的活性,在自然休眠期蔗糖磷酸合成酶活性迅速降低至自然休眠解除时达最低值,降低幅度分别为芽94.18%、韧皮部84.78%;β-淀粉酶活性高于α-淀...
关键词：
欧李 休眠期 碳水化合物 酶活性 休眠
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
徐刚标 房学爽 叶翠层
以珙桐叶片为研究材料,用Rneasy Plant Mini Kit提取珙桐叶片组织总RNA,反转录成单链cDNA,长距离PCR方法合成双链cDNA;PCR产物经蛋白酶K消化、SfiI酶切后,采用CHROMA SPIN-400柱分级分离,回收0.5 kb以上的cDNA组分,以λTriplEx2载体连接并进行体外包装,构建了珙桐叶全长cDNA文库.结果表明:以XL1-Blue、BM25.8为受体菌测定的原始文库滴度为8.3×106pfu/mL,扩增后文库总滴度为4.16×108pfu/mL,重组率为97.3%;对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5~2.0 kb之间,文库质...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙婷 刘鹏 徐根娣
【目的】通过从种皮及内源抑制物两个方面探索栝楼(Trichosathes kirilowii Maxim)种子休眠原因,找出其萌发难的症结所在,并有针对性地提出提高种子萌发率的可行措施。【方法】对照完整种皮,设置了刀割种皮和去除种皮的处理,以探究种皮对栝楼种子萌发率的影响;同时分种皮和种仁两部分分别用水、甲醇、乙醚提取其中萌发抑制物,并以白菜种子作为生物鉴定材料,测定其在各种提取物作为萌发基质下的萌发率、淀粉酶活性、苗高、根长及鲜重,以求确定抑制物的分布、极性并初步推测抑制物类型。另外,用GA3处理栝楼种子,并设置不同浓度和不同处理时间对比试验,以求探索栝楼促萌措施。【结果】去种皮处理组与对照...
关键词：
栝楼 萌发 种皮 内源抑制物质
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王淑娟 谢宝元
利用在回归方程中加入虚拟变量的方法分析休眠期常绿乔木和落叶乔木的枝龄、含水率、密度等对抗弯弹性模量的影响。以2012年12月从北京鹫峰国家森林公园采集的休眠期7个树种(40年的油松,30年的侧柏,12年的臭椿,20年的刺槐,30年的栾树,40年的白杜,35年的元宝枫)的176株新鲜树枝为研究对象。通过实验测得枝龄、含水率、密度、抗弯弹性模量参数,枝龄通过数枝条法进行测量后,在实验室制作试件时再通过数年轮法进行复测。含水率参照《木材含水率测定方法》标准GB/T 1931—2009中的规定获得。密度参照《木材密度测定方法》标准GB/T 1933—2009中的规定获得,其中体积采取排水法测量树枝的体...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
牛艳 孔文涛 杨婧 孔健
将绿色巴夫藻(Pavlova viridis)培养液逐种加入氨苄青霉素、硫酸庆大霉素、硫酸阿米卡星3种抗生素处理,经检验后无杂菌污染。以该藻种为实验材料,以λTriplEx2为载体,利用SMART技术构建其cDNA文库。经测定文库滴度为6×106pfu/mL,重组率为98%。利用PCR方法检测cDNA文库插入DNA片段的大小,其长度为0.5~2 kb,表明该文库达到建库要求,可用来筛选低丰度mRNA的基因克隆。对cDNA文库中的阳性克隆进行随机PCR扩增,挑选插入DNA片段较大的克隆,进行5’末端单向序列测定,测序结果与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了200个有研究价值的EST序列和c...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
史成颖 宛晓春 江昌俊 张正竹
以茶苗嫩根为材料,采用SMART技术构建了cDNA文库并对其质量进行了鉴定。结果显示,该文库的重组率为92%,库容量为5×105,平均插入片段长度超过1 kb,是一个较高质量的文库。从文库中随机挑取克隆并从5′端单向测定2 651个克隆,获得2 600个有效的EST(expressed sequence tag),序列的平均长度为703 bp,用Phrap软件进行拼接,结果获得404个contigs、610个singlets。通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行Blastx比对,初步确定已知功能基因734个,推定功能基因102个,未知功能基因178个。该结果既为进一步分离克隆茶树根部功能基因奠...
[期刊] 林业科学
[作者]
谭晓风 胡芳名 谢禄山 石明旺 张党权 乌云塔娜
为研究油茶种子在油脂转化高峰期的基因表达并分离克隆与油脂合成等有关的重要基因,以油茶优良无性系湘林1号和湘林4号近成熟种子为材料构建cDNA文库;随机挑取2327个克隆进行3′端测序构建EST文库。将数据完整并无X、N的1979条cDNA序列与NCBI核酸数据库的非冗余序列进行同源性比较,确认763条cDNA序列与核酸数据库中其他物种的DNA序列具有很高或较高的同源性,可确认266种基因;有1216个克隆序列为未知功能的基因序列。各类基因表现出不同的表达丰度,其中贮藏蛋白基因、与基因表达调控相关的基因、抗逆相关基因、种子成熟和胚胎发育相关的基因等为高丰度表达,与脂肪酸代谢相关的基因等为中丰度表...
关键词：
油茶 cDNA EST 文库 表达基因
[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁君 孙巍 常亚青
应用Gubler-Hoffman cDNA文库技术,构建虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺cDNA文库。测试结果表明,其库容量为2.10×106 PFU/mL,长度范围在0.5~4.2 kb,插入片段平均长度为1.4 kb,达到建库要求。对虾夷马粪海胆cDNA克隆测序,将获得的819条EST序列与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了65个有研究价值的EST序列和cDNA克隆,其EST序列已提交到GenBank,序列号分别为GO448010–GO448016、GR410172–GR410229,虾夷马粪海胆性腺cDNA文库的成功构建,使短期内获得...
关键词：
虾夷马粪海胆 cDNA 表达序列标签
[期刊] 中国农业科学
[作者]
龚达平 解敏敏 孙玉合
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
段亚飞 刘萍 李吉涛 李健 陈萍
采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
申望 叶茂 石戈 王日昕
三疣梭子蟹是我国沿海重要养殖品种之一,近年来养殖病害呈逐年上升趋势,制约了三疣梭子蟹养殖产业的健康可持续发展。为大规模克隆三疣梭子蟹免疫相关基因,研究其免疫基因的功能和免疫机制,奠定三疣梭子蟹病害防治理论基础,采用SMART技术构建了三疣梭子蟹血细胞全长cDNA文库。经测定,文库滴度为1.14×107pfu/mL,文库总容量为5.7×107pfu,重组率达到98%,插入片段平均长度为817.5 bp。文库随机测序获得的70个全长cDNA,从中发现18个已知基因和5个未知基因。已知基因主要为多肽/蛋白质合成相关基因,共9个;免疫相关基因4个,分别是抗菌肽hyastatin、C-reactive ...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张敏 黄华宏 林二培 周厚君 王亚辉 童再康
以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5～3.0kb之间,平均长度约为1.3kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物、进行遗传多样性分...
关键词：
光皮桦 cDNA文库 SSR分析
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