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[期刊] 中国水产科学
[作者]
谭颜廷 葛建龙 廖梅杰 荣小军 王锦锦 李彬 赵岩峰 王印庚 王璐
硫酸软骨素在生物体应对病毒和细菌感染中起着重要作用,为研究硫酸软骨素合酶1(chondroitinsulfate synthase-1, ChSy-1)在仿刺参(Apostichopus japonicus)受到灿烂弧菌(Vibrio splendidus)感染后的作用,本研究开展了仿刺参ChSy-1基因(AjChSy-1)全长序列克隆和结构及系统进化分析,并采用荧光定量PCR技术测定了该基因在刺参不同组织中的表达差异及灿烂弧菌感染下的表达模式。结果显示,AjChSy-1基因cDNA全长为2756bp,其中,5′-UTR长度为194 bp, 3′-UTR为228 bp, ORF为2334 bp,编码777个氨基酸。AjChSy-1基因编码的蛋白含有糖基转移酶保守性DXD基序、β3-糖基转移酶基序及β4-糖基转移酶基序等结构。刺参基因组比对发现在chr13染色体上存在2个AjChSy-1基因拷贝。系统进化分析表明,刺参AjChSy-1编码蛋白与玉足海参(Holothurialeucospilota)和棘冠海星(Acanthaster planci)的蛋白亲缘关系较近,与斑马鱼(Danio rerio)、智人(Homo sapiens)等脊椎动物的蛋白亲缘关系较远。荧光定量PCR显示, AjChSy-1基因具有广泛的组织表达特性,其中,体腔细胞中表达量最高,体壁、性腺(雄性和雌性)和纵肌次之。在响应灿烂弧菌侵染过程中,随灿烂弧菌侵染时间增加,体壁中AjChSy-1表达量呈现先上升后下降的趋势,在第3、6、9天分别为对照组的1.79、2.06、3.12倍,对发病期抗病群体和易感群体中该基因的检测结果表明,易感群体体壁该基因表达量显著低于抗病群体(P<0.05),表达量降低11.4%。推测该基因可能在刺参应对灿烂弧菌中发挥免疫防御作用,相关研究结果为解析刺参AjChSy-1基因功能以及抗病分子调控机制提供了参考数据。
[期刊] 水产学报
[作者]
郑江 关瑞章 黄文树 黄世玉
采用乙醇分级沉淀、柱层析等方法纯化了鲟鱼硫酸软骨素,并对提取纯化的鲟鱼硫酸软骨素(色谱纯)与Sigma的鲨鱼硫酸软骨素(色谱纯)进行了比较,探讨了二者在分子量、旋光度、硫酸基团含量和紫外可见光谱等方面的差异。结果表明,鲟鱼硫酸软骨素的重均、数均和Z均分子量、比旋光度、硫酸基团含量均与鲨鱼硫酸软骨素存在显著差异(P
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
许永安 陈守平 吴靖娜 廖登远 王茵
以史氏鲟鱼软骨为原料,按碱提-酶解-乙醇沉淀工艺流程进行提取硫酸软骨素的各主要工序工艺的研究。通过单因素试验及正交试验,得出最佳碱提工艺为以两倍量6%的NaOH为溶剂,于40℃的水浴中搅拌提取4 h。通过正交试验,得出最佳酶解工艺条件是先将浸提液调节pH至8.6,加入胰酶0.5%,50℃保温水解3 h;后降温至40℃,调pH至5.7,加入胃蛋白酶0.3%,保温水解2h。通过单因素试验,得出最佳的乙醇沉淀工艺条件是将滤液pH调为6.5,加入95%的乙醇至醇沉浓度为70%,静置过夜。制备的硫酸软骨素经检测符合WS1-C3-0030-2000(硫酸软骨素口服片)和WS-10001-(HD-0892)...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
宋居易 桂萌 马长伟 王顺 彭朝辉 李平兰
为制备高纯度鲟鱼硫酸软骨素,利用鲟鱼头骨和脊骨为原料,经过硫酸软骨素提取专用酶与碱性蛋白酶联合酶解新工艺,并进一步经季铵盐纯化、乙醇沉淀,制得硫酸软骨素纯品。硫酸软骨素提取专用酶和碱性蛋白酶提取的最佳工艺为:硫酸软骨素提取专用酶用量15mg/g,酶解温度55℃,酶解时间4h;碱性蛋白酶用量50mg/g,酶解温度60℃,酶解时间2h。季铵盐-乙醇沉淀法纯化最佳工艺为:季铵盐质量浓度1g/100mL、作用温度20℃,作用时间1.5h;乙醇沉淀体积分数为75%、溶液pH为7。该工艺制得的鲟鱼头骨、脊骨硫酸软骨素纯品的产率分别为19.5%、22.0%,纯度分别为94.80%、95.32%,蛋白含量分别...
关键词:
鲟鱼 头骨 脊骨 硫酸软骨素 提取 纯化
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
许永安 陈守平 苏金华 吴靖娜
以史氏鲟鱼软骨为原料,按碱提酶解醇沉的工艺流程,进行硫酸软骨素的碱提工艺优化研究。分别通过碱浓度、碱液温度、碱液量的单因素试验及该3个因素的正交试验,研究其对产品得率及其氨基己糖含量的影响,综合分析得出最佳的碱提工艺为2倍量6%的NaOH,于40℃的水浴中搅拌提取4h;该工艺条件制备鲟鱼硫酸软骨素的得率可高达40.45%,产品质量符合硫酸软骨素口服片(WS1-C3-0030-2000)标准的要求。鲟鱼硫酸软骨素精品和粗品对3种细胞乳腺癌细胞株(MCF-7细胞)、胃癌细胞株(MGc803细胞)、肝癌细胞株(SMMC7721)作用72h时,其IC50分别为7.28mg/mL、7.68mg/mL、4...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
畅孟阳 李彬 荣小军 王锦锦 于永翔 王印庚 廖梅杰 张正 范瑞用 刘清兵
microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。测序结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms以及24条代谢通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条代谢通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵玲 殷邦忠 刘淇 曹荣 赵丹 杨贤庆
以去肉后的大麻哈鱼鱼头为原料,采用复合酶酶解提取硫酸软骨素,研究D958树脂分离纯化硫酸软骨素的效果;以解吸率为指标,研究吸附温度、时间及酶解液pH对硫酸软骨素纯化效果的影响。结果表明,采用D958树脂纯化大麻哈鱼鱼头硫酸软骨素的最佳工艺条件为:酶解液pH 6.0,4℃吸附3 h;此条件下硫酸软骨素的解吸率达87.66%,纯化效果最好。因此树脂吸附法能从大麻哈鱼鱼头酶解液中有效分离得到硫酸软骨素,为大麻哈鱼加工废弃物的高值化利用开辟了一个新途径。
关键词:
大麻哈鱼 硫酸软骨素 分离纯化 树脂
[期刊] 水产学报
[作者]
王国栋 和四梅 张丽莉 王艺磊
抗细胞凋亡因子(DAD1)是细胞凋亡的负调控因子。在杂色鲍转录组测序的基础上,通过RACE的方法,获得了杂色鲍DAD1基因的全长C DNA,命名为HDDAD1。该序列全长553 bp,开放阅读框339 bp,编码112个氨基酸。编码蛋白具有保守的DAD功能域和3段跨膜区。实时定量pCR结果表明,HDDAD1在杂色鲍所检测组织中均有表达,消化道、鳃、血细胞、粘液腺和肾脏中表达量最高。同样,HDDAD1在发育各阶段均有表达,幼虫阶段表达量最高,原肠胚次之,其他胚胎发育阶段和稚鲍表达量最低。HDDAD1能够响应细菌感染、高温和缺氧应激。在弧菌注射12 H后,表达量显著上升。当水温由最适的25°C上升...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张艳艳 刘小林 黄海洪 钱昭英 王宪宗 相建海 李义军
【目的】研究凡纳滨对虾Crustin-like基因(即CL基因)的结构和功能,探明CL基因是否参与副溶血弧菌侵染条件下的免疫应答,为进一步研究凡纳滨对虾的免疫机制和抗病育种奠定基础。【方法】采用RT-PCR技术克隆凡纳滨对虾CL基因;用DNAstar、Clustalx、MEGA 5.0、PROSITE、TMpred和SignalP软件,分析CL基因序列及其蛋白结构,并预测蛋白功能;利用副溶血弧菌进行攻毒试验和实时定量PCR,检测CL基因在病原侵染条件下的表达情况。【结果】克隆获得了凡纳滨对虾CL基因(登录号:JQ824114)的cDNA,全长为501bp,含有33bp的5′非翻译区(1~33b...
[期刊] 水产学报
[作者]
李霞 王雪 秦艳杰 刘洋 周一兵
表皮生长因子受体(EGFR)是多种细胞因子的受体,在细胞增殖、迁移及分化中具有重要的作用。应用RACE法首次从仿刺参体腔细胞中克隆出EGFR基因的全长cDNA序列。该cDNA全长3 826 bp,包括821 bp的5'-UTR,281 bp的3'-UTR,开放阅读框2 724 bp,编码907个氨基酸。推导的氨基酸序列55-184aa和365-487aa符合EGFR基因所具有的L1和L2受体结构域,在203-344aa和503-823aa含有EGFR家族特征区域CR1和CR2半胱氨酸富集区,并同为跨膜糖蛋白,在结构上具有一致性。经BlastP与GenBank已知物种氨基酸序列进行同源性比对,仿...
关键词:
仿刺参 表皮生长因子受体 基因克隆 表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李欣容 廖梅杰 李彬 荣小军 畅孟阳 王印庚 于永翔 张正 范瑞用 刘清兵
为探讨病原菌胁迫刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出DMRs 626,677个,注释到23,706个功能基因。转录组测序共检测到29,290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供基础数据,也有助于为刺参抗病性状选育提供科学参考。
关键词:
刺参 DNA甲基化 转录组 关联分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姚佳俊 李忠 梁宏伟 罗相忠 王丹 邹桂伟
为了解c型溶菌酶基因与长丰鲫(Chang Feng Carassius auratus)的抗菌效应关系,本研究利用同源克隆方法获得长丰鲫c型溶菌酶基因cDNA全长序列。结果显示:c型溶菌酶基因全长698 bp,包括5'端非翻译区60 bp,3'端非翻译区200 bp,开放阅读框438 bp,编码145个氨基酸。长丰鲫c型溶菌酶基因在肾脏组织中表达量最大,在脾脏、肠道、心脏和脑中大量表达,在肝脏和鳃中表达量相对较低,在皮肤和肌肉中几乎不表达。长丰鲫在感染迟钝爱德华氏菌、嗜水气单胞菌和金黄色葡萄球菌后,在肝脏
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄雪玲 冯浩 康振生
【目的】克隆小麦蒜氨酸酶基因CDs区,并对其进行序列特征分析和实时定量表达检测。【方法】采用电子延伸结合RT-PCR方法,从小麦叶片分离出蒜氨酸酶基因,网络资源分析其序列特征,实时定量PCR技术检测其在不同条件下的表达情况。【结果】克隆到1个小麦蒜氨酸酶基因TaAly1,其开放阅读框全长1 023bp,编码340个氨基酸,与水稻和玉米蒜氨酸酶基因的同源性为70%,其基因组DNA序列含有3个内含子;TaAly1在小麦幼苗根部几乎不表达,在叶部表达量最高,其次是茎部;植物激素GA、MeJA、SA处理及条锈菌接种和干旱、低温处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。【结论】成功克隆了小麦TaAly1基因...
关键词:
小麦 蒜氨酸酶 RT-PCR 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
郑宗林 张进 徐靖琳 刘伟 于文博 方媛林 张景森 段聪 周朝伟
为探究稀有鮈鲫MHC Ⅱβ基因的分子特征及其表达特点,采用PCR扩增技术获得了稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)MHC Ⅱβ cDNA序列810 bp,包括开放阅读框(ORF)759 bp,编码252个氨基酸。生物信息分析表明,MHC Ⅱβ氨基酸序列存在4个保守的半胱氨酸残基和GXXGXXXGXXXXXXG结构,与其他亲缘鱼类的一致性为51.78%~80.56%,其编码的蛋白质分子包括1个信号肽、1个MHC Ⅱβ(β-1)结构域、1个IGc1(β-2)结构域和1个跨膜螺旋区域。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明,MHC Ⅱβ在脾脏表达量最高,头肾、鳃、皮肤表达量较高。人工感染鲁氏耶尔森菌后,6 h时头肾表达呈极显著上调,肝脏在12 h开始出现极显著上调,皮肤在24 h和48 h表达极显著,鳃在6~24 h表达极显著,脾脏则是在6 h出现极显著下调,于96 h接近对照组表达水平。初步研究表明,MHC Ⅱβ在鱼类抵御细菌感染的免疫反应中发挥着重要作用,为进一步揭示稀有鮈鲫MHC家族的功能提供了参考依据。
关键词:
稀有鮈鲫 MHCⅡβ 细菌感染 基因表达
[期刊] 水产学报
[作者]
王怡 高银雪 湛垚垚 张向向 杨立猛 常亚青
为了明确仿刺参α-微管蛋白(α-tubulin)基因的序列及结构信息,初步研究该基因在仿刺参肠道再生过程中的生物学功能,本研究利用转录组数据挖掘和c DnA末端快速扩增技术(RAcE)首次克隆得到仿刺参α-tubulin基因的全长c DnA序列。结果表明,仿刺参α-tubulin基因c DnA全长为1641 bp,共编码453个氨基酸,经生物信息学分析发现,该基因的5'端非编码区为153 bp,3'端非编码区为126 bp,推算该基因所编码的蛋白质分子量为50.33 ku,等电点为4.89,属于亲水性非跨膜蛋白质,且氨基酸序列中含有微管蛋白特有的信号序列GGGtGSG。通过与13种已公布物种的...
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