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[期刊] 中国水产科学
[作者]
田燚 张丙龙 常亚青
本研究克隆了仿刺参(Apostichopus japonicus)P450c17基因的全长cDNA,结果表明其cDNA的5′端UTR为256 bp,3′端UTR为250 bp,ORF为1 530 bp。在3′端有特殊序列ATTTA、终止密码子TAA和polyA加尾。其全长cDNA编码509个氨基酸的前体蛋白,预测蛋白分子量57.6 kD,理论等电点5.5。P450c17的氨基酸序列存在长度为25个氨基酸的信号肽,1个长度为22个氨基酸的跨膜区,1个糖基结合位点NHS,1个P450特有的结构域,其氨基酸序列具有明显的细胞色素P450基因家族的特征。结构域中亚铁血红素结合域中的精氨酸R和发挥活性所...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
冯纪年 邓雪华
根据G enB ank中昆虫P 450氨基酸保守序列设计了1对简并引物,以亚洲玉米螟田间自然种群基因组DNA为模板,扩增得到一条长度为603 bp的特异性DNA片段,编码201个氨基酸。将此氨基酸序列与G en-B ank中已知序列采用B last及C lusta lW EB I软件进行同源性分析,结果表明该氨基酸序列与CYP 4家族的同源性较高,达37%~53%,初步推测此序列为CYP 4家族的一员。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
田燚 马增艳 常亚青
以仿刺参Apostichopus japonicus为材料,利用cDNA末端快速扩增(RACE)方法首次得到仿刺参MnSOD的全长cDNA。该全长cDNA大小为955bp,其中5′端非编码区67bp,3′端非编码区216bp,开放阅读框(ORF)672bp,在3′端有多聚腺苷酸信号序列ATTTA,并有polyA加尾,符合有效翻译的基因全长cDNA的特征。MnSOD全长cDNA可编码223个氨基酸的前体蛋白,预测蛋白分子质量为24.64kD,理论等电点是6.66,为亲水性蛋白。该蛋白序列没有信号肽和跨膜结构,仅有一段线粒体导肽。其二级结构主要以α-螺旋为主,无规则卷曲和延伸链构成了蛋白中量最大的...
关键词：
仿刺参 MnSOD 基因克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
高凤云 张辉 贾霄云 斯钦巴特尔
亚麻显性雄性核不育基因对亚麻育种以及杂种优势的利用具有相当重要的作用,为更好地利用这一优良生物性状,很有必要对其相关基因进行标记、克隆和序列分析。通过使用252条10-mer的随机引物对遗传背景相似的兄妹杂交分离出的17对可育株和不育株亚麻进行RAPD分子标记,得到三条差异片段,通过回收、克隆及测序,然后用BLAST进行序列分析以及对比研究,发现这3条差异片段与水稻不育基因具有同源性,因此推测其与亚麻显性雄性核不育有关。
关键词：
亚麻 显性核不育 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
石生林 刘彦群 潘敏慧 鲁成
为丰富柞蚕核型多角体病毒分子生物学基础,通过PCR扩增克隆了ApNPVp11基因并进行了序列的生物信息学分析。ApNPVp11基因编码102个氨基酸,预测分子量11.2 kDa;氨基酸序列N端1~33位是信号肽序列,中部50~72位是跨膜区。PSI-BLAST搜索表明有20种核型多角体病毒编码蛋白与ApNPV P11蛋白有显著性匹配;比对分析发现P11蛋白氨基酸序列中部相对保守,两端变异较大。进化分析表明ApNPV属于NPV类群I且与EppoNPV、AgMNPV、CfDefNPV亲缘关系较近。
关键词：
杆状病毒 p11基因 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋菁菁 李英文 陈大庆 刘绍平 段辛斌 李小芳 范振华 汪登强
补体系统经活化形成末端补体复合物,C7是将此复合物与目的细胞的细胞膜结合的重要分子。本研究从已有的cDNA文库中克隆鲢(Hypophthalmichthys molitrix)补体C7的cDNA,其全长2 625 bp,编码821个氨基酸。同源性分析表明,鲢补体C7与草鲤鱼的氨基酸序列相同率最高(为93%)。与已报道的硬骨鱼类补体C7相同,鲢补体C7具有一些保守的结构,如TSP1、LDLRa、MACPF、EGF、TSP1、CCP。对12尾鲢补体C7进行遗传多样性分析发现有6个突变位点,其中5个是同义突变,另外一个是非同义突变,确定6个等位基因。在鲢正常组织和嗜水气单胞菌感染的免疫器官组织中,对...
关键词：
鲢 C7 遗传多样性 克隆 表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
严明理 刘忠松 官春云 陈社员 刘显军 袁谋志
【目的】分离和克隆芥菜型油菜类黄酮合成相关基因。【方法】采用同源克隆基因的方法,参照拟南芥等植物控制类黄酮合成的基因保守序列设计引物,对扩增片段进行测序并进行BLAST分析。【结果】有13对引物扩增的17个基因拷贝与参考基因序列相符,这些克隆属于13个已知功能基因,其中查尔酮合成酶基因有3个不同的基因拷贝,花色素形成(Production of anthocyanin pigment)基因和查尔酮异构酶基因分别有2个不同的基因拷贝,其余引物的扩增只获得一个拷贝。在GenBank数据库中进行检索表明,所克隆的基因拷贝中的DNA结合/转录因子基因(TT2、TT8、TTG2)、花色素形成基因(PAP...
关键词：
芥菜型油菜 类黄酮 基因
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘庆慧 黄倢 韩文君 王清印
根据已测序的WSSV VAP1全基因序列设计1对引物,经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析,扩增出约838bp的特异条带,将其回收后克隆入pGAPZαA载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,扩增序列与GeneBank登录序列(GenBankNo AF411634)核苷酸同源性100%。序列分析表明,WSSV VAP1基因编码蛋白无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和糖基化位点,并含有RGD序列,预示其为WSSV浸染中的一个重要蛋白。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
乔新安 杨国宇 朱彦彩 王月影 韩立强 王艳玲
基于电子延伸序列,设计1对克隆引物,从绵羊回肠黏膜组织中提取总RNA,进行RT-PCR,将PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞、检测阳性克隆、测序并进行序列分析。克隆的绵羊Granulysin基因与人、牛该基因的同源性分别为56.2%和87.2%,推导的氨基酸序列信号肽为1~22氨基酸,SapB结构域为64~138氨基酸,结构特征与人、牛的一致。结果提示,绵羊Granulysin基因克隆成功。
关键词：
绵羊 颗粒溶解素 克隆 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王荣 李晓峰 高飞 黄继昌 周宜君
【目的】克隆盐芥STZ转录因子基因,对其进行序列分析,为进一步研究ThSTZ转录因子在逆境应答中的作用奠定基础。【方法】利用GenBank数据库中盐芥STZ转录因子的EST序列设计特异引物,通过3′RACE技术克隆ThSTZ基因的全长序列,应用生物信息学手段对该基因编码蛋白的结构与功能、亚细胞定位等进行预测,并对其编码氨基酸序列的同源性和系统进化进行分析。【结果】盐芥STZ转录因子基因全长717bp,编码238个氨基酸。其编码蛋白含有2个C2H2型锌指结构域,位于细胞核内,属于C2H2家族转录因子;多重序列比对和系统进化分析表明,盐芥STZ转录因子与拟南芥属植物同源蛋白的相似性最高。【结论】获...
关键词：
盐芥 C2H2型锌指蛋白 转录因子STZ
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
姜维 薛鹏 何永新 陈玉林
【目的】克隆山羊Eda基因CDS区全序列,并对其进行序列分析,研究Eda基因在毛囊生长周期不同阶段皮肤组织中的表达规律。【方法】以太行黑山羊为研究对象,采集其毛囊生长休止期、生长期和退行期背部皮肤组织,采用RT-PCR技术克隆山羊Eda基因,通过在线软件Blastn进行基因cDNA序列分析,用SMART进行氨基酸序列分析,利用SWISS-MODEL软件进行蛋白质结构分析;以β-actin为看家基因,采用实时荧光定量PCR技术对Eda mRNA在毛囊生长不同时期皮肤组织中的表达规律进行分析。【结果】太行黑山羊Eda-A1基因CDS区全长1 176bp,编码391个氨基酸;Eda-A2比Eda-A...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王光勇 刘迪秋 李旻 饶健 孙兵召 丁元明
依据火把梨(Pyrus pyrifolia Nakai)14-3-3蛋白的EST序列设计基因特异引物,采用快速扩增cDNA末端技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE),从云南火把梨中克隆一个新的14-3-3基因(Pp14-3-3)的全长cDNA序列。Pp14-3-3全长cDNA为1 107 bp,具有84 bp 5'非编码区(Untranslated Regions,UTR)、786 bp开放读码框(Openreading frame,ORF),以及237 bp 3'UTR,编码含261个氨基酸的蛋白质。Pp14-3-3与其他物种14-3-3蛋白在中间...
[期刊] 华北农学报
[作者]
蒋素华 梁芳 王洁琼 李艳辉 王默霏 崔波
为了给筛选萼脊兰内参基因和研究TUB基因的生理功能提供研究基础,对萼脊兰TUB基因片段进行克隆与序列分析。采用CTAB法提取萼脊兰盛花期花瓣总RNA,并运用RT-PCR方法克隆萼脊兰TUB基因序列,长度为1 055 bp,编码351个氨基酸残基,氨基酸序列中存在微管蛋白的保守区域GGGTGSG。序列分析结果表明:与其他已登录物种的TUB基因相比,其核苷酸序列的同源性达75%~96%,与朵丽蝶兰(JN185665.1)同源性高达96%,氨基酸序列的同源性也在96%以上,且与单子叶植物的同源序列表现出较高的相似性。在Gen Bank注册,登录号为KP686397。
关键词：
萼脊兰 TUB基因 克隆 序列分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周凯 张成锋 王建新 李冰 朱健
采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)方法克隆了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)MHC classⅠ基因全长cD-NA并进行了序列分析。结果显示:实验得到了1914 bp的建鲤的MHC classⅠ全长cDNA序列;建鲤MHC classⅠ基因包括1044 bp的开放阅读框(ORF),118 bp的5'非编码区(UTR)以及752 bp的3'非编码区(UTR),含有保守的半胱氨酸残基,N-糖基化位点。氨基酸序列比对结果显示,建鲤MHC classⅠ与日本鲤的MHC classⅠ相似性最高,为66.0%;与虹鳟、大西洋鲑、青鳉、红鳍东方鲀的相似性分别为54.5%、57.9...
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