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[期刊] 水产学报
[作者]
刘进 张晓军 苏琳 刘石林 汝少国 杨红生
仿刺参基因组大小测定采用流式细胞术,以鸡红血细胞DNA含量(2.5 pg/2C)为内标,用夏眠、正常和野生3个群体的仿刺参体腔细胞测定了52只刺参的单倍体基因组含量,其C-值为(0.90±0.06)pg,由此得出仿刺参基因组大小为(880.2±58.68)Mb。其中,夏眠、正常和野生群体C-值分别为(0.93±0.05)、(0.90±0.05)和(0.84±0.02)pg。运用独立样本t检验对比分析显示:(1)夏眠与正常的仿刺参基因组大小之间差异不显著,说明仿刺参基因组大小与夏眠这一生理因子不具有相关性;(2)池塘(围堰)养殖环境下与野生环境下的仿刺参基因组大小之间有显著差异,野生环境下的仿刺...
关键词：
仿刺参 基因组大小 流式细胞术
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吴丽萍 唐岩 李颖岳 尹丹妮 庞晓明
本研究旨在找出最适合枣和酸枣的流式细胞术流程,进而测定它们的基因组大小。结果显示,在所对比的5种裂解液中,WPB最适合枣属植物细胞裂解。以毛果杨为内标,通过比较待测样品和内参G0/G1期峰,计算得出6种枣属植物基因组大小。各枣品种的基因组大小有一定差异,平均基因组大小约为418.56Mb,其中:‘冬枣’的基因组大小为(393.60±4.72)Mb,即C-值为(0.40±0.01)pg;‘鲁枣2号’的基因组大小为(428.00±3.61)Mb,即C-值为(0.44±0.00)pg;‘金丝小枣’的基因组大小为(424.00±5.81)Mb,即C-值为(0.44±0.01)pg;‘孔府酥脆枣’的基因...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邹远超 符鹏 李骞 吴田 王永明 谢碧文
采用流式细胞术,以鸡(Gallus gallus)血细胞DNA含量(2.3pg/2C,C指单倍体)为标准,对5种经济鱼类白甲鱼(Onychostoma sima)、三倍体兴国红鲤(triploid Cyprinus carpio var.singuonensis)、胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)、中华沙鳅(Sinibotia superciliaris)和花鱼骨(Hemibarbus maculatus)的基因组大小(或称C-值)和倍性进行测定。结果表明,5种淡水鱼类的的C-值分别为:白甲鱼(1.18±0.01)pg,三倍体兴国红鲤(1.92±0.07)pg,胭脂鱼(2.62±0.28)pg,中华沙鳅(0.89±0.01)pg,花鱼骨(1.24±0.02)pg,C-值从大到小排列依次为:胭脂鱼>兴国红鲤>花鱼骨>白甲鱼>中华沙鳅。在5种经济鱼类中,除了亲缘关系很近的白甲鱼与花鱼骨(同一科)的C-值大小差异不显著外(P>0.05),其余的种间(不同科)的C-值大小差异显著。倍性分析结果表明,白甲鱼、花鱼骨和中华沙鳅属于二倍体,兴国红鲤属于三倍体,胭脂鱼属于四倍体。
关键词：
基因组大小 DNA含量 流式细胞术
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄雄 郭英华 田林 李全梓 岳志强
以买麻藤(Gnetum montanum)为内参,测定5种常用裂解液(Tris·MgCl_2、LB01、WPB、Otto’s、Galbraith’s)对桫椤(Alsophila spinulosa)细胞核的裂解效果,并通过比较桫椤和买麻藤流式细胞仪测定的荧光峰值,计算出桫椤的基因组大小。结果表明:5种裂解液中,WPB为桫椤最佳裂解液;桫椤基因组大小为6 003.25Mb,即2C DNA含量为6.138 pg。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张苏芳 张真 王鸿斌 孔祥波 罗基同 杨忠武
本研究采用流式细胞术,以公鸡(Gallus domesticus)血红细胞DNA含量为标准,测定了我国南方几种重要松毛虫的基因组大小(或称C-值)。结果显示,马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)的基因组大小为563.36±7.26 Mb,其雌、雄2C DNA含量分别为1.175 6±0.016 4和1.128 6±0.013 4 pg;思茅松毛虫(Dendrolimus kikuchii)的基因组大小为719.30±9.70 Mb,其雌、雄2C DNA含量分别为1.449 2±0.021 2和1.442 8±0.018 4 pg;云南松毛虫(Dendrolimus houi...
关键词：
流式细胞仪 基因组大小 松毛虫 鸡血细胞
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高静 黄晓红 曾华嵩 尤颖哲 丁少雄
采用流式细胞术,以人(Homo sapiens)淋巴细胞DNA含量(7.00pg/2C)为标准,以鱼的红血细胞为材料,测定中国6种重要经济鱼类条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)、斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)、赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、中华乌塘鳢(Bostrichthys sinensis)、大菱鲆(Scophthalmus maximus)的基因组大小(C-值)。结果显示,这6种经济鱼类的单倍体DNA含量分别为:条纹斑竹鲨(4.91±0.24)pg;斜带石斑鱼(1....
关键词：
基因组大小 经济鱼类 流式细胞术
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
武荣花 葛蓓蓓 王茂良 周燕 冯慧
以１８个中国古老月季为试材，以欧芹作为标准植物，采用２种不同的样本处理方法对其基因组大小进行测定，同时利用染色体计数法补充３个存在争议或尚未见报道的中国古老月季品种的倍性，为其基因组大小的确定提供必需的数据支持。结果表明：１）中国古老月季品种‘屏东月季’为二倍体（２ｎ＝２ｘ＝１４），‘桔囊’和‘牡丹月季’为四倍体（２ｎ＝４ｘ＝２８）。２）２种样本处理方法通过单因素方差分析发现，６个品种间差异显著，１２个品种间差异不显著。故２种处理方法均可用于基因组大小的检测，但方法Ⅱ准确度高，受外界影响小，更适宜基因组大小的检测。方法Ⅰ操作简便，可用于大规模的倍性检测。３）１８个中国古老月季品种（含二倍体、三．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
贾芳信 周明兵 陈荣 杨海芸 高培军 徐川梅
【目的】竹类植物种类繁多，不同类型竹种染色体数目差异较大，本研究旨在揭示不同竹种染色体核型特征及其基因组大小信息，进而从核型进化角度判断不同竹种的进化顺序，分析不同竹种基因组大小与其染色体数目之间的关系。【方法】以散生竹种雷竹、黄杆乌哺鸡竹，混生竹种日本矮竹及丛生竹种鱼肚腩竹为研究材料，采用传统压片技术对这４个竹种的核型特征进行研究，同时利用流式细胞仪测定这些竹种的基因组大小。【结果】１）４种竹子的核型参数分别为：雷竹核型公式为２ｎ＝４８＝４０ｍ＋６ｓｍ＋２ｓｔ，染色体相对长度变化范围为２．４６４％～６．２６９％，臂比大于２的染色体比例为１２．５０％，最长染色体与最短染色体之比为２．５５４，核．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨爱馥 周遵春 高杉 孙红娟 潘泳嘉 陈仲 董颖
为了寻找仿刺参(Apostichopus japonicus)养殖期间的"化皮病"关键调控基因,并分析这些基因所参与的信号通路,对本课题组前期已获得的仿刺参"化皮"I期(早期)、II期(中期)和III期(后期)3个阶段的病变及其同一个体正常体壁组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行进一步分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)结果显示,"化皮"II期病变组织与正常组织之间的差异最小,"化皮"I期与III期表达关系比较接近,"化皮"II期是一个"转折期"。KEGG富集分析结果显示,补体与凝血级联(Complement and coagulation cascades)通路和细胞外基质受体(ECM-receptor interaction)通路在"化皮"3个阶段都显著改变。通过构建"化皮"过程关键差异表达基因调控网络,发现Ig GFc-binding protein(Fc GBP)基因和Tenascin(TN)蛋白家族基因在"化皮"不同阶段参与到发生显著变化的信号通路。q RT-PCR验证结果显示,5个DEGs在仿刺参"化皮"不同阶段表达趋势与RNA-Seq结果一致,皮尔逊相关系数r值为0.7714。"化皮"过程关键调控基因的筛选将为抗逆品种选育以及"化皮病"的防控提供科学依据。
关键词：
仿刺参 化皮 差异表达基因 调控网络
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
左之良 谭杰 吴彪 陈四清 高菲 燕敬平 王爽 孙慧玲
本研究分别以普通刺参（Ａｐｏｓｔｉｃｈｏｐｕｓ ｊＡｐｏｎｉｃｕｓ）和白刺参基因组ＤｎＡ为实验材料，应用甲基化敏感扩增多态性（ＭｅｔｈｙｌＡｔｉｏｎ－ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ＡＭｐｌｉｆｉｅＤ ｐｏｌｙＭｏｒｐｈｉｓＭ，ＭｓＡｐ）技术对刺参体壁、呼吸树和消化道３个组织的ＤｎＡ甲基化水平和甲基化模式进行了研究，初步探讨了ＤｎＡ甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响。结果显示，筛选得到的９对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增，在两群体刺参中分别检测到５９３２和５２０８个位点，均以未甲基化位点为主，普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为４３１７和３９４４，分别占总扩增条带数的７２．７８％．．．
关键词：
刺参 MSAP CCGG位点 甲基化水平
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
牛钟相 常维山 唐珂心 姜世金
双歧杆菌(Bifidobacterium)为人和动物肠道中的主要正常菌群,它具有保障人和动物健康、增强胃肠道消化功能、促进新陈代谢和抗肿瘤等作用,日益受到人们的重视。细菌基因组DNA的提取是研究细菌遗传变异,建立DNA文库等分子生物学研究的基本方法。G+C mol%是细菌分类学和菌种鉴定的重要指标。笔者用巨量法和微量法相结合,提取了高纯度的双歧杆菌基因组DNA,并测定其解链温度(T_m)。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
侯建敢 朱霞 李玉 刘朴
为探究网柄细胞状黏菌的表观形态特征与其遗传信息之间的关系,选择细胞裂解液OTTO及荧光染料碘化丙啶,以酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae为内标,采用流式细胞术对隶属于网柄菌属Dictyostelium的9个种进行基因组大小的测定,并将所获得的9种网柄细胞状黏菌基因组大小的数据分别与其孢堆果大小及孢子团直径的数值进行线性回归分析。结果表明,被测网柄细胞状黏菌基因组大小约为27.23～47.07 Mb,且其基因组大小与孢堆果大小和孢子团直径均呈正相关。
关键词：
网柄菌 C值 孢堆果 孢子团
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李欣容 廖梅杰 李彬 荣小军 畅孟阳 王印庚 于永翔 张正 范瑞用 刘清兵
为探讨病原菌胁迫刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异，本研究采用人工攻毒侵染胁迫，获得刺参化皮体壁组织，并以未攻毒组的健康体壁组织为对照，对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序，解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异，筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时，通过基因组甲基化和转录组联合分析，筛选负相关关联基因，为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示，刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%，侵染组甲基化水平显著升高；在发生甲基化的位点中，攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%，mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出DMRs 626，677个，注释到23，706个功能基因。转录组测序共检测到29，290个基因，筛选到差异表达基因496个，其中，上调基因214个，下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中，筛选到180个负相关关联基因，其中，差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析，筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供基础数据，也有助于为刺参抗病性状选育提供科学参考。
关键词：
刺参 DNA甲基化 转录组 关联分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙名安 吴志刚 申欣 任建峰 刘锡兴 刘斌 刘会莲
本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。
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