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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张盛静 赵小金 宋晓玲 张晓静 万晓媛 黄倢
为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表...
关键词：
对虾 肠道 可培养细菌 优势菌 WSSV
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张晓静 宋晓玲 万晓媛 杨冰 黄倢
采用常规细菌分离、培养与纯化，结合细菌１６ＳｒＤＮＡ序列分析等方法，调查分析了山东、天津、浙江部分苗种场凡纳滨对虾（ＬｉｔｏｐｅＮＡｅｕＳ ｖＡＮＮＡｍｅｉ）和中国明对虾（ＦｅＮＮｅｏｒｐｅＮＡｅｕＳ ｃｈｉＮｅＮＳｉＳ）苗种体内的可培养细菌总数以及优势菌的种类和数量，并用ｐｃｒ的方法检测对虾苗种携带病毒情况。结果显示，凡纳滨对虾和中国明对虾苗种体内的可培养细菌总数均在１０～５–１０～７ ｃＦｕ／ｇ之间，分离出的细菌分属于弧菌属（ｖｉｂｒｉｏ）、发光杆菌属（ｐｈｏｔｏｂＡｃｔｅｒｉｕｍ）、芽孢杆菌属（ｂＡｃｉＬＬｕＳ）、盐单胞菌属（ｈＡＬｏｍｏＮＡＳ）等８个属，其中，弧菌属在对虾苗种体内占绝对．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
阮瑞 吴金平 李营 岳华梅 李创举 乔新美 熊伟 陈细华
为了解达氏鳇肠道微生物组成特征,采集6尾喂养人工配制饲料4周的达氏鳇后肠内容物分别提取DNA,并利用16S r RNA V3-V4变异区扩增子高通量测序的方法分析达氏鳇幼鱼肠道微生物组成与多样性。结果显示:6个样本共获得541575条有效序列,73个操作分类单元(OTUs)。73个OTUs隶属于7个门,其绝对优势菌群在门、目、科、属分类水平上分别为厚壁菌门(98.253%)、梭菌目(98.216%)、梭菌科(98.137%)、狭义梭菌属(92.892%)。序列注释发现,梭菌属中绝大部分为具有降解糖类为短链脂肪酸功能的Clostridium colicanis。此外,还分布有少量的分节丝状菌(3.99%)、鲸杆菌属(1.22%)等菌群。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
么宗利 周凯 罗璋 来琦芳 王慧 徐赟霞 应成琦 冯守明
对天津地区盐碱地凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖池塘的细菌种类和垂直变化规律进行了研究。结果表明:池塘中细菌总数维持在2.4×103~8.5×105cfu/mL之间,弧菌总数维持在1.75×102~2.3×105cfu/mL之间,细菌总数和弧菌总数分别在8月份和9月份达到高峰。反硝化细菌总数维持在3.4×104~2.8×105cfu/mL之间,硫酸盐还原菌总数维持在2.9×102~7.5×104cfu/mL之间,氨化细菌总数维持在1.2×102~7.0×104cfu/mL之间。养殖水体中共检测到13种细菌,养殖前期弧菌属、产碱菌属、棒杆菌属为优势菌群;养殖中期产碱菌属...
关键词：
盐碱地 养虾池塘 细菌组成 变化
[期刊] 水产学报
[作者]
马文元 吴旭干 张小明 赵庆 刘灿 龙晓文 成永旭 张庆华
在育肥饲料中添加虾青素会影响中华绒螫蟹肠道及鳃内的可培养优势菌群以及机体的免疫力，本实验旨在探讨饲料中虾青素含量及养殖水体对其肠道和鳃部菌群的影响。采用不同虾青素含量的饲料（０．００、２６．６０、４１．６２、８１．３７和７５．３５ ｍｇ／ｋｇ，分别对应饲料１＃～５＃）对雄性中华绒螫蟹进行育肥７０ ｄ后，利用基础培养基和选择性培养基对其肠道、鳃及养殖水体中的细菌进行传统分离和纯化，所得菌株进行１６Ｓ ｒｒＮＡ测序，再进行同源性分析后做系统进化树。结果发现，在分离获得的１０６株细菌（登录号：ｋＵ５７０２９３～ｋＵ５７０３６８，ｋＵ５７０３７０，ｋＵ５７０３７２～ｋＵ５７０３８３，ｋＵ６０１３０２～．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
杨泽禹 万夕和 史文军 王李宝 黎慧 沈辉 乔毅 蒋葛 成婕
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程多使用微生态制剂来调节水质，为避免破坏池塘菌群结构，养殖过程中很少使用抗生素。为了解凡纳滨对虾肠道细菌耐药性与不同生长阶段的关系，本研究选取江苏地区4种主要养殖模式凡纳滨对虾成虾和虾苗作为研究对象，利用K-B纸片法和qRT-PCR技术，研究了对虾样本肠道可培养细菌对四环素等12种抗生素的耐药性和tetA等9种抗生素耐药基因(ARGs)的丰度。结果显示，不同养殖模式中凡纳滨对虾肠道可培养细菌优势属为弧菌属(Vibrio)；成虾肠道内可培养细菌种类和数量较虾苗显著上升(P<0.05)；不同养殖模式之间规律不明显。研究表明，各模式下成虾肠道细菌耐药性和ARGs丰度均低于虾苗，提示，养殖过程中通过施用微生态制剂来减少抗生素使用量的方法能降低凡纳滨对虾肠道可培养细菌的耐药性。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
丁鹏 刘崇敏 孙作恒 陈稳 沈翰韬 张宏宇 张振宇 袁伊旻
为明确检疫实蝇害虫南亚果实蝇（Zeugodacus tau Walker）雌成虫的肠道优势菌株种类及它们对南亚果实蝇取食能力、营养状态和生殖力的影响，通过平板分离与分子鉴定技术进行可培养菌株的分离与菌种分析，进一步进行抗生素处理与肠道优势菌株回补处理，检测南亚果实蝇取食量、血淋巴氨基酸含量和产卵量。结果显示：清除肠道细菌可显著降低南亚果实蝇雌成虫的产卵量、取食量和血淋巴氨基酸含量，降至正常雌成虫（无抗生素处理，对照）水平的34.9%、43.2%和60.8%。鉴定出的9种可培养菌株，分别隶属于变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes），主要分布在肠球菌属（Enterococcus）、肠杆菌属（Enterobacter）和芽孢杆菌属（Bacillus）；而其中的优势菌株为Enterococcus sp. ZYY 2-97(57.41%)和Bacillus sp. ZYY 1-83(17.59%)。回补ZYY 2-97和ZYY 1-83菌株后南亚果实蝇雌成虫的总产卵量分别显著恢复至对照的75.00%和86.98%，取食量显著恢复至对照水平的117.53%和117.85%，而血淋巴氨基酸含量显著恢复至对照水平的94.80%和87.81%。以上结果表明，肠道细菌可通过调控南亚果实蝇雌成虫的取食能力和营养状态而影响宿主生殖力，而且其中的优势菌株发挥了关键作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
袁若男 杨慧赞 黄黎明 黄峥 杜雪松 马元 吕敏 王瑞
【目的】探讨池塘养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与其肠道细菌间的关系,为筛选虾类肠道有益菌提供参考依据。【方法】提取池塘养殖红螯螯虾后肠样品的总DNA,采用16S rDNA高通量测序技术对其大个体组(PB组)和小个体组(PS组)肠道微生物进行测序,并进行生物信息学分析。【结果】在红螯螯虾后肠样品中,PB组共检出1211个分类操作单元(OTU),PS组共检出587个OTUs,其中365个OTUs为PB组和PS组肠道微生物共有。Alpha多样性分析结果显示,PB组红螯螯虾肠道微生物多样性的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数均极显著高于PS组红螯螯虾(P<0.01)。PB和PS组红螯螯虾肠道微生物排名前十位的优势菌群在门、目和属水平上均相似,但菌群组成和指示物种存在差异,其中,在门水平上,PB组的优势菌门为厚壁菌门,占比42.87%,而PS组的优势菌门为变形菌门,占比59.77%;在目水平上,PB组的优势菌目为梭菌目,占比41.25%,而PS组的优势菌目为肠杆菌目,占比57.01%;在属水平上,PB组的优势菌属为梭菌属,占比30.83%,而PS组的优势菌属为柠檬酸杆菌属,占比36.07%;PB组的指示物种是厚壁菌门和浮霉菌门,而PS组的指示物种是变形菌门。此外,PB组和PS组的菌群代谢功能也存在差异,PB组除影响因子和聚糖生物合成与代谢的丰度显著低于于PS组外(P<0.05,下同),其他代谢(氨基酸代谢、外源生物降解与代谢及萜类化合物和聚酮类化合物代谢等)的丰度均显著高于PS组。【结论】与小个体红螯螯虾相比,大个体红螯螯虾肠道微生物的组成和丰度及其代谢功能明显占优。因此,在相同的养殖环境和饲养方法下,红螯螯虾肠道微生物组成和丰度及其代谢功能是影响红螯螯虾生长性能的内在因素之一。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨桂梅 鲍宝龙 李会荣 唐文乔 任大明
采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成。根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamm a亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌。摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
鲁增辉 李伟 石萍 王志坚
采用免培养16S rDNA的PCR-DGGE技术,对单一饲料养殖鲈鲤(Percoypris pingi pingi(Tchang))幼鱼(体重为13.61±1.86 g)肠道菌群(包括肠道壁、肠道内容物)、养殖水体、饲料等菌群结构进行了比较分析。结果显示:人工养殖的鲈鲤幼鱼肠道内容物菌群与肠道壁的菌群存在一定的相似性,肠道内容物菌群比肠道壁菌群丰富。中后肠肠道内容物菌群种类高于前肠,前中后肠道壁菌群无明显差别。鲈鲤幼鱼肠道菌群的来源主要是饲料,肠道内容物与饲料菌群相似性最高可达51.6%,肠道壁与饲料菌群相似性最高可达43.0%,因此在饲料中添加微生态制剂,来提高鲈鲤营养、抗病能力等是可行的。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王元 周俊芳 韦信贤 马荣荣 赵姝 李新苍 房文红
运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周俊雄 马荣琴 李冬松 田容川 李敏昱 罗艺彬 刘平平 田宝玉
采用微生物培养和影印法对家养禽类鸡、鸭和肉鸽肠道可培养细菌抗生素抗性的种类、数量和分布进行了调查．结果表明：在调查的鸡、鸭和肉鸽３种禽类中，肠道可培养细菌抗生素抗性的分布非常普遍，所有测试细菌至少可以抗一种抗生素，抗５种以上抗生素的细菌占测试细菌的比例分别为７５．０％、５８．９％和９７．４％；个别细菌对测试的１０种抗生素均具有抗性．在抗生素方面，肠道可培养细菌对萘啶酮酸、盐酸四环素、盐酸克林霉素、磺胺嘧啶和红霉素的抗性分布比较广泛．提取细菌基因组并扩增１６Ｓ ｒｒＮＡ基因，并对这些细菌进行分子鉴定的结果表明，分离的肠道可培养细菌为埃希氏大肠杆菌．在美国国家生物技术信息中心数据库进一步搜索的结果．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗鹏 胡超群 张吕平 任春华
采用PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)技术对一个典型的凡纳滨对虾(Litopeneaus vannamei)海水养殖系统细菌群落进行分子分析。结果表明,沿岸水、蓄水池、养殖池水具有较高的细菌种类多样性,而蓄水池进水、对虾粪样、肠壁定植细菌样以及排水渠污水的细菌多样性程度低。每种环境群落的优势种明显。3个养殖池水样(Y1、Y2、Y3)、2个沿岸水样(W1、W2)、2个粪样(F1、F2)、蓄水池水样(B1、B2)及2个肠壁定植细菌样(G1、G2)各自具有高度群落相似性。BLAST结果表明,12个条带克隆序列所代表优势种很可能来...
[期刊] 水产学报
[作者]
李艳红 左志晗 邵迎春 耿绪云 董学旺 孙金生
随着抗生素在水产养殖业中的普遍应用,细菌耐药性成为环境和食品安全的主要问题。本文旨在通过对天津地区养殖凡纳滨对虾体内细菌的耐药信息进行分析统计,为凡纳滨对虾养殖业的疾病控制、提高水产品安全性提供理论指导。对天津市津南区、汉沽区及西青区等对虾养殖基地取样的凡纳滨对虾进行肠道微生物的分离培养,抗生素药敏实验以及抗生素抗性基因的检测。共获得菌株1219株,选取其中有代表性的215株菌株进行鉴定,结果显示,所鉴定菌株属于56种不同种属,主要以芽孢杆菌、副溶血性弧菌、葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、席罗弧菌、溶藻弧菌、格氏
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