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[期刊] 淡水渔业
[作者]
阮瑞 吴金平 李营 岳华梅 李创举 乔新美 熊伟 陈细华
为了解达氏鳇肠道微生物组成特征,采集6尾喂养人工配制饲料4周的达氏鳇后肠内容物分别提取DNA,并利用16S r RNA V3-V4变异区扩增子高通量测序的方法分析达氏鳇幼鱼肠道微生物组成与多样性。结果显示:6个样本共获得541575条有效序列,73个操作分类单元(OTUs)。73个OTUs隶属于7个门,其绝对优势菌群在门、目、科、属分类水平上分别为厚壁菌门(98.253%)、梭菌目(98.216%)、梭菌科(98.137%)、狭义梭菌属(92.892%)。序列注释发现,梭菌属中绝大部分为具有降解糖类为短链脂肪酸功能的Clostridium colicanis。此外,还分布有少量的分节丝状菌(3.99%)、鲸杆菌属(1.22%)等菌群。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张盛静 赵小金 宋晓玲 张晓静 万晓媛 黄倢
为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表...
关键词：
对虾 肠道 可培养细菌 优势菌 WSSV
[期刊] 淡水渔业
[作者]
鲁增辉 李伟 石萍 王志坚
采用免培养16S rDNA的PCR-DGGE技术,对单一饲料养殖鲈鲤(Percoypris pingi pingi(Tchang))幼鱼(体重为13.61±1.86 g)肠道菌群(包括肠道壁、肠道内容物)、养殖水体、饲料等菌群结构进行了比较分析。结果显示:人工养殖的鲈鲤幼鱼肠道内容物菌群与肠道壁的菌群存在一定的相似性,肠道内容物菌群比肠道壁菌群丰富。中后肠肠道内容物菌群种类高于前肠,前中后肠道壁菌群无明显差别。鲈鲤幼鱼肠道菌群的来源主要是饲料,肠道内容物与饲料菌群相似性最高可达51.6%,肠道壁与饲料菌群相似性最高可达43.0%,因此在饲料中添加微生态制剂,来提高鲈鲤营养、抗病能力等是可行的。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴欢欢 王伟继 吕丁 胡玉龙 孔杰
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。
关键词：
生物多样性 高通量测序 大菱鲆
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周金敏 吴志新 曾令兵 王树云 毕鹏 陈孝煊
对黄颡鱼肠道及所处水体菌群的数量和组成进行了分析。结果显示,黄颡鱼各肠段中好氧和兼性厌氧菌数量的对数值分别为5.27±0.74、6.26±0.36、7.56±0.61。厌氧菌数量远大于好氧和兼性厌氧菌,相差约2～3个数量级,双歧杆菌为厌氧菌的优势菌。养殖水体中细菌数量的对数值为4.80±0.73,表明水体中营养盐浓度不高。黄颡鱼肠道与养殖水体中的优势菌基本相同,均为气单胞菌属、肠杆菌科和不动杆菌属。此外,对患细菌性出血病的黄颡鱼肠道菌群的研究结果显示,患病鱼肠道细菌数量显著增加,气单胞菌相比健康黄颡鱼增加18.3%～33.6%,细菌种类明显减少。表明气单胞菌等重要条件致病菌需要在一定条件下、达...
关键词：
黄颡鱼 肠道 水体 菌群
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘增新 柳学周 史宝 徐永江 刘权
采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Ba
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
么宗利 周凯 罗璋 来琦芳 王慧 徐赟霞 应成琦 冯守明
对天津地区盐碱地凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖池塘的细菌种类和垂直变化规律进行了研究。结果表明:池塘中细菌总数维持在2.4×103~8.5×105cfu/mL之间,弧菌总数维持在1.75×102~2.3×105cfu/mL之间,细菌总数和弧菌总数分别在8月份和9月份达到高峰。反硝化细菌总数维持在3.4×104~2.8×105cfu/mL之间,硫酸盐还原菌总数维持在2.9×102~7.5×104cfu/mL之间,氨化细菌总数维持在1.2×102~7.0×104cfu/mL之间。养殖水体中共检测到13种细菌,养殖前期弧菌属、产碱菌属、棒杆菌属为优势菌群;养殖中期产碱菌属...
关键词：
盐碱地 养虾池塘 细菌组成 变化
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李玉萍 田晶晶 张凯 夏耘 王广军 郁二蒙 李志斐 龚望宝 谢骏
为探讨皇竹草(Pennisetum sinese Roxb)对草鱼(Ctenopharyngodon idella)脂肪蓄积和肠道菌群组成的影响，配制3组分别含0(对照组)、10%和20%皇竹草粉的等氮等能纯化饲料(蛋白质水平33%,脂肪水平8%),饲喂草鱼稚鱼[(28.51±0.04)g] 8周，每组饲料饲喂3个重复。结果显示，饲料中添加10%和20%皇竹草粉能显著降低腹腔脂肪指数。相比对照组，皇竹草粉组的草鱼肝脏脂滴数量均明显减少，脂肪细胞大小明显变小。血清中的甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)和游离脂肪酸(NEFA)的含量随着皇竹草粉水平的升高呈下降趋势，其中20%添加水平相比对照组草鱼显著降低。皇竹草粉组肝脏中的TG、TC和NEFA的含量均显著下降。肝脏和腹腔脂肪组织中过氧化物酶体增殖物激活受体γ(pparγ)等脂肪生成相关5个基因在摄食皇竹草粉后显著下调，pparα等4个脂肪分解相关基因在摄食皇竹草粉后显著上调，肝脏组织中法尼酯X受体(fxr)基因在摄食皇竹草粉后显著上调。微生物宏基因组学结果显示，10%和20%皇竹草粉组草鱼肠道内容物中肠道微生物的Ace、chao1、Shannon和Simpson指数均与对照组差异显著，表明皇竹草粉提高了草鱼肠道内菌群种类的丰度和多样性。从门分类来看，与脂肪蓄积相关菌群厚壁菌门(Firmicutes)的比例在皇竹草组中显著降低，拟杆菌门(Bacteroidetes)比例呈上升趋势。饲料中添加一定量的皇竹草粉可降低草鱼体脂蓄积，推测肠道菌群的改善是这一过程中的重要环节。
关键词：
草鱼 皇竹草 脂肪蓄积 肠道菌群
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李玉萍 田晶晶 张凯 夏耘 王广军 郁二蒙 李志斐 龚望宝 谢骏
为探讨皇竹草（Pennisetum sinese Roxb）对草鱼（Ctenopharyngodon idella）脂肪蓄积和肠道菌群组成的影响，配制3组分别含0%（对照组）、10%和20%皇竹草粉的等氮等能纯化饲料（蛋白质水平为33%，脂肪水平为8%），饲喂草鱼稚鱼[（28.51±0.04）g] 8周，每组饲料饲喂3个重复。结果显示，饲料中添加10%和20%皇竹草粉显著降低腹腔脂肪指数（P<0.05），组织切片显微结构显示，相比对照组，皇竹草粉组的草鱼肝脏脂滴数量均明显减少，脂肪细胞大小明显变小。血清中的甘油三酯（TG）、总胆固醇（TC）和游离脂肪酸（NEFA）的含量随着皇竹草粉水平的升高呈现下降趋势，其中20%添加水平相比对照组草鱼显著降低（P<0.05）。皇竹草粉组肝脏中的TG、TC和NEFA的含量均显著下降（P<0.05）。肝脏和腹腔脂肪组织中过氧化物酶体增殖物激活受体γ（pparγ）等脂肪生成相关5个基因在摄食皇竹草粉后显著下调（P<0.05），过氧化物酶体增殖物激活受体α（pparα）等4个脂肪分解相关基因在摄食皇竹草粉后显著上调（P<0.05），肝脏组织中法尼酯X受体（fxr）基因在摄食皇竹草粉后显著上调（P<0.05）。肠道菌群宏基因组学结果显示，10%和20%皇竹草粉组草鱼肠道内容物中肠道微生物的Ace、chao1、Shannon和Simpson指数均与照组存在显著差异（P<0.05），表明皇竹草粉提高了草鱼肠道内菌群种类的丰度和多样性。从门分类来看，与脂肪蓄积相关菌群，厚壁菌门（Firmicutes）的比例在皇竹草组中显著降低（P0.05）。综上，以上结果表明，饲料中添加一定量的皇竹草粉能够降低草鱼体脂蓄积，其中肠道菌群的改善可能是这一过程中的重要环节。
关键词：
草鱼 皇竹草 脂肪蓄积 肠道菌群
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
石焱 马徐发 吴志新 任雨薇 陈孝煊
通过大规模养殖试验，研究人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氮磷的去除能力，并采用高通量测序方法研究养殖前后和不同处理组黄颡鱼肠道的微生物菌群结构，并分析了它们之间的相关性。结果表明：人工浮床水培水雍菜对鱼塘养殖废水中氨氮、总氮和总磷有良好的去除作用。养殖前后黄颡鱼肠道细菌多样性有明显差异；不同处理组之间的黄颡鱼肠道细菌种类多样性存在一定的差异，但优势菌群的组成并没有明显的结构差异，优势菌种的构成相似。在养殖前期黄颡鱼肠道中变形菌门（８８．５６％）占主要优势，末期对照组（无浮床）以厚壁菌门（４８．４％）、梭杆菌门（３２．５２％）和变形菌门（１４．５６％）为主，试验组（有浮床）以变形菌门（３６．７．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘明伟 魏捷 洪坤浩 王亚坤 刘付柏 朱新平 于凌云
肠道菌群在动物的营养代谢和免疫功能中发挥了重要作用。为探究种草养虾和稻田养虾两种模式对罗氏沼虾肠道菌群和肌肉风味的影响，本实验以相同养殖周期不同养殖区域的种草养殖（种草组）和稻田养殖（稻田组）的罗氏沼虾为对象，对其肠道内容物的肠道菌群结构、肌肉氨基酸以及其肌肉中微量元素的含量进行了测定。首先，在虾肠道菌群的门级分类表明：厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和软壁菌门（Tenericutes）是两种模式下均有的优势菌门（相对丰度>5%），此外，蓝藻细菌门（Cyanobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）是种草组的特异优势菌门；在属级分类方面：乳球菌属（Lactococcus）、肠杆菌属（Enterobacter）和Candidatus＿Hepatoplasma为两者的优势菌属。其次在菌群的多样性分析方面：稻田组的肠道菌群OTUs显著高于种草组（P<0.05），表明稻田养殖模式下罗氏沼虾肠道菌群物种多样性高；在肠道菌群功能的预测亦发现，两种养殖模式下罗氏沼虾肠道菌群的功能都聚集于新陈代谢调控通路上。最后，在营养成分含量分析和肌肉风味评估中证明：两者的鲜味氨基酸和甜味氨基酸总含量并无显著差异，但稻田组肌肉中丝氨酸、甘氨酸和精氨酸均显著高于种草组（P<0.05）；稻田养殖模式下罗氏沼虾肌肉中的铁元素含量显著高于（P<0.05）种草组，而铜、锌元素含量显著低于种草组（P<0.05）；其他矿物质元素含量无显著差异（P>0.05）。总之，稻田养殖模式下罗氏沼虾的肌肉风味更佳且肠道菌群多样性丰富，本研究的结果可为罗氏沼虾不同健康养殖模式提供技术参考和技术指导。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴金平 杨代勤 杜浩 罗江 熊伟 刘源 朱建强 危起伟
为了解锌对长江鲟(Acipenser dabryanus)类肠道菌群的多样性及群落结构组成的影响,本研究配制了14.77,57.71和364.5 mg/kg的3种不同锌水平的饲料,养殖长江鲟幼鱼8周,采集了后肠粪便,测定了后肠粪便的肠道α-多样性、群落结构组成与OTU数量。结果显示:随饲料锌水平的升高,基于丰度的覆盖估计值(ACE指数)、Observed species指数、Chao1丰富度估计指数(Chao1指数)出现了下降的趋势,364.5 mg/kg组最低,364.5 mg/kg组与14.77 mg/kg组之间差异显著,与57.71mg/kg组之间无显著差异。香浓多样性指数、辛普森多样性指数与普系α-多样性(Phylogenetic diversity, PD-whole tree)值也表现出随饲料锌水平的升高而下降的趋势,且三种指数均在364.5 mg/kg时最低,但各组之间无显著性差异。在科水平上,梭杆菌科、肠杆菌科与梭菌科类的总和分别占前10种科的80.82%、92.89%、93.37%,表明在不同锌饲料处理水平下,上述3个菌科在鱼类肠道菌群的组成中占据优势。在属水平上,鲸杆菌属(Cetobacterium)、梭菌属类(unidentified_Clostridiales)、邻单胞菌属(Plesiomonas)与柠檬酸杆菌属(Citrobacter)总和分别占前10种属的总和百分比分别达78.32%、81.56%、89.28%,表明这4种细菌属是优势属。三个处理组的总OTU数随饲料锌水平的升高而出现了下降的趋势,三个处理组的OTU数分别为1 160、790、654。上述结果表明,饲料锌含量对长江鲟幼鱼肠道的α-多样性、群落结构组成及OTU数量产生了影响,且饲料锌含量过高时会影响长江鲟幼鱼肠道的α-多样性、群落结构丰度及OTU数。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
袁若男 杨慧赞 黄黎明 黄峥 杜雪松 马元 吕敏 王瑞
【目的】探讨池塘养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与其肠道细菌间的关系,为筛选虾类肠道有益菌提供参考依据。【方法】提取池塘养殖红螯螯虾后肠样品的总DNA,采用16S rDNA高通量测序技术对其大个体组(PB组)和小个体组(PS组)肠道微生物进行测序,并进行生物信息学分析。【结果】在红螯螯虾后肠样品中,PB组共检出1211个分类操作单元(OTU),PS组共检出587个OTUs,其中365个OTUs为PB组和PS组肠道微生物共有。Alpha多样性分析结果显示,PB组红螯螯虾肠道微生物多样性的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数均极显著高于PS组红螯螯虾(P<0.01)。PB和PS组红螯螯虾肠道微生物排名前十位的优势菌群在门、目和属水平上均相似,但菌群组成和指示物种存在差异,其中,在门水平上,PB组的优势菌门为厚壁菌门,占比42.87%,而PS组的优势菌门为变形菌门,占比59.77%;在目水平上,PB组的优势菌目为梭菌目,占比41.25%,而PS组的优势菌目为肠杆菌目,占比57.01%;在属水平上,PB组的优势菌属为梭菌属,占比30.83%,而PS组的优势菌属为柠檬酸杆菌属,占比36.07%;PB组的指示物种是厚壁菌门和浮霉菌门,而PS组的指示物种是变形菌门。此外,PB组和PS组的菌群代谢功能也存在差异,PB组除影响因子和聚糖生物合成与代谢的丰度显著低于于PS组外(P<0.05,下同),其他代谢(氨基酸代谢、外源生物降解与代谢及萜类化合物和聚酮类化合物代谢等)的丰度均显著高于PS组。【结论】与小个体红螯螯虾相比,大个体红螯螯虾肠道微生物的组成和丰度及其代谢功能明显占优。因此,在相同的养殖环境和饲养方法下,红螯螯虾肠道微生物组成和丰度及其代谢功能是影响红螯螯虾生长性能的内在因素之一。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
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