为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P

为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3’端发生了延伸,4 147、4 160个基因5’端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。

【目的】基于串联体量标记(TMT)定量蛋白组学技术探讨柯乐猪母猪乳腺发育的调控机制，为选育工作提供依据。【方法】选取乳腺发育正常和异常的柯乐猪母猪各3头，采集乳腺组织，利用TMT定量蛋白组学技术探究正常和异常乳腺组织的差异表达蛋白，筛选与乳腺发育相关的差异关键蛋白，并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。【结果】从柯乐猪乳腺组织中共筛选出474个差异表达蛋白，包括245个上调蛋白、229个下调蛋白；基因本体(GO)功能注释和富集分析显示，差异表达蛋白主要富集在上皮细胞分化、皮肤形成和肾小管上皮细胞分化等生物学过程中，主要分布在胞外区和细胞外空隙中，参与调节肽酶抑制剂活性和肽链内切酶活性；京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示，差异表达蛋白主要富集在补体系统、过氧化物酶体增殖物激活受体和金黄色葡萄球菌感染等信号通路上；结合差异表达蛋白互作网络分析，筛选出10个核心差异表达蛋白[上调蛋白有P14287(骨桥蛋白)、F1RXF9(角蛋白25)、I3LDS3(角蛋白10)、Q75QW1(上皮细胞黏附分子)、A0A5S8KLN1(丛生蛋白)、F1RW75(桥粒素),下调蛋白有A0A286ZT13(白蛋白)、P06867(血纤维蛋白溶酶原)、F1SCC9(含丝氨酸蛋白酶抑制剂结构域的蛋白)、P50447(α-1-抗胰蛋白酶)]。【结论】采用TMT定量蛋白组学技术能有效筛选出母猪正常和异常乳腺组织中的差异表达蛋白。

【目的】研究亚慢性镉(Cd)暴露对五指山猪(Wuzhishan Pig,WZSP)肝脏生化指标的影响,寻找亚慢性镉暴露致肝脏损伤的敏感性生化指标,为镉肝脏毒性的监测及预防提供科学依据。【方法】将3月龄健康WZSP 20头随机分为5组,分别饲喂添加镉0.0 mg.kg-1(Ⅰ组)、0.5 mg.kg-1(Ⅱ组)、2.0 mg.kg-1(Ⅲ组)、8.0 mg.kg-1(Ⅳ组)及32.0 mg.kg-1(Ⅴ组)的全价饲料,持续喂养100 d。试验期,每20 d测1次饲料镉含量,血清天冬氨酸转氨酶(AST)、丙氨酸转氨酶(ALT)和γ-谷氨酰胺基转移酶(γ-GGT)活性;试验结束后测定血液和肝脏中镉的...

【目的】比较莱芜猪和杜洛克猪背最长肌肌球蛋白重链(MyHC)Ⅰ、Ⅱa、Ⅱx、Ⅱb的组成差异,探讨莱芜猪肉质优良的机理。【方法】选择体重100kg的莱芜猪10头和杜洛克猪7头,测定肉质性状,并用实时荧光定量RT-PCR方法检测背最长肌4种MyHC亚型mRNA的表达量,分析品种间差异。【结果】莱芜猪肌肉大理石纹评分和肌内脂肪含量显著高于杜洛克猪,肌肉失水率、剪切值和肌纤维直径显著低于杜洛克猪(P<0.01);莱芜猪背最长肌MyHCⅡa、ⅡxmRNA表达量显著高于杜洛克猪,MyHCⅡbmRNA表达量则显著低于杜洛克猪,而MyHCⅠmRNA表达量无明显变化。【结论】莱芜猪背最长肌氧化型肌纤维比例高于杜...

为了研究饲粮蛋白水平对猪骨骼肌中CaN,NFAT和CaM蛋白表达量及肌肉剪切力的影响,探讨各个蛋白表达与剪切力之间的关系。试验选用90头约50kg的杜洛克×长白×大白三元杂交猪(公母各半,公猪去势),随机分为3个处理组,每个处理组3个重复,每个重复10头,分别饲喂蛋白质水平为12%、16%和20%的饲粮,各饲粮能量及氨基酸模式保持一致,饲养58d后屠宰取样,用蛋白质免疫印迹法测定猪背最长肌中CaN、NFAT和CaM的蛋白相对表达量。结果表明:饲粮中不同蛋白质水平对猪骨骼肌中CaN蛋白相对表达量影响极显著(p0.05),但随着饲粮中蛋...

为解决养猪生产中传统发情鉴定法工作量大、准确率低等问题,本研究以经产大白母猪为研究对象,将发情周期分为发情前3天(PE),发情期(E)和发情后3天(AE)3个阶段,分别收集口腔中唾液,提取唾液蛋白,使用Lable-free定量蛋白组学技术对3个阶段的唾液蛋白组进行质谱检测,并通过蛋白质组学定性定量软件Maxquant进行分析。结果显示:1)3个阶段共鉴定到405个蛋白质,包括149个共有蛋白和160个特异蛋白,其中有45个共有蛋白差异达到显著水平(P

【目的】探索五指山猪近交3个不同家系F14-F18等位基因的遗传学规律,为大型动物近交系培育提供依据。【方法】利用14对微卫星DNA引物,以五指山小型猪(Wuzhishan Miniature pig,WZSP)F13-F18世代的3个近交家系为研究对象,通过估算基因杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和等位基因数(N)等参数,检测近交3个家系微卫星等位基因的纯合度,以及随近交代数的推进每个星座上等位基因的变化规律。【结果】WZSP近交系Ⅰ系F14-F16的14个微卫星座平均每个位点等位基因数为2个、平均杂合度为0.40、多态信息含量为0.26;Ⅱ系F15-F18的平均等位基因数为1.92,平...

为探讨鱼类感染拟态弧菌后脾脏和肠黏膜组织蛋白差异变化,本研究以拟态弧菌04-14分离株人工感染实验动物草金鱼,利用双向电泳(2-DE)结合质谱技术对感染前后脾脏和肠黏膜组织的差异蛋白组学进行研究。结果显示,感染后脾脏和肠黏膜组织中分别有11个和12个显著差异表达蛋白点,经MALDI-TOF-MS质谱鉴定出19种显著差异表达蛋白,其中上调表达蛋白10种,下调表达蛋白9种,α-淀粉酶、载脂蛋白A-I、β-肌动蛋白和过氧化物还原酶2为两种组织中共同存在的显著差异表达蛋白。GO注释分析表明,显著差异表达蛋白分别定

斑马鱼(Danio rerio)早期胚胎发育囊胚时期是胚胎发育过程的关键时期,利用i TRAQ蛋白质质谱分析技术,检测斑马鱼早期胚胎发育过程中囊胚sphere时期的蛋白质表达情况,并分析该时期表达的蛋白质的相应功能和参与调控的生物过程。以野生型斑马鱼发育至sphere时期即4 hpf的胚胎为样本,利用i TRAQ标记与LC-MS/MS串联质谱技术,结合数据库比对,对该时期表达的蛋白质进行定性和定量的鉴定分析。检测结果共鉴定到的总蛋白数为1 178个,利用生物信息学进行功能分析,发现这些蛋白广泛参与了细胞信号传递、细胞运动和细胞骨架构建、细胞增殖、细胞分化、物质合成与代谢等各项重要的生命活动过程。研究表明,利用i TRAQ标记的方法可以对4hpf时期的斑马鱼胚胎中的蛋白质进行有效的分离和鉴定,并初步建立了斑马鱼早期发育关键阶段sphere时期的蛋白质组表达图谱,以期为斑马鱼胚胎发育过程中蛋白质组学和调控机制的研究提供参考。

[目的]水稻葡糖酸氧化酶1(OsGLO1)定位于水稻过氧化物酶体(peroxisome),参与过氧化氢的产生,但其是否参与水稻对稻瘟病抗性的调控还未见报道。本研究的目的是为了考察OsGLO1在水稻对稻瘟病抗性中的作用。[方法]以水稻‘日本晴’和稻瘟病病菌互作体系为研究对象,使用定量蛋白质组学技术,比较和分析了亲和型和非亲和型稻瘟病菌菌株侵染引起的水稻蛋白质表达变化。[结果]研究发现水稻OsGLO1蛋白的表达受到亲和型稻瘟病菌侵染的特异性抑制,但是在非亲和反应中的表达量变化则不明显。水稻原生质体过表达和沉默

研究饲粮不同蛋白水平对猪骨骼肌中NF-κB、IκBα和p94蛋白表达量的影响,并探讨其与剪切力的相关性。试验选用90头约50kg的杜洛克×长白×大白三元杂交猪(公母各半,公猪去势),随机分为3个处理组,每个处理组3个重复,每个重复10头,分别饲喂蛋白质水平为12%、16%和20%的饲粮,各饲粮能量及氨基酸模式相同,饲养58d后屠宰取样,用蛋白质免疫印迹法测定猪背最长肌中NF-κB、IκBα和p94在骨骼肌中的蛋白含量。结果表明:饲粮蛋白水平对猪骨骼肌中NF-κB蛋白含量影响不显著(p>0.05),但对IκBα和p94蛋白含量和肌肉剪切力影响显著(p<0.05),且随着饲粮蛋白水平升高,肌肉Iκ...

【目的】为探讨五指山小型猪(WZSP)近交系群体中SLAⅠ3(SLA-3)位点等位基因分布结构及其特性。【方法】利用4对引物,采用RT-PCR扩增了32头WZSPSLA-3基因部分外显子1、外显子2和大部分外显子3序列。根据家系和扩增结果,选择8头个体的PCR产物克隆测序。【结果】获得9个不同的核苷酸序列。与GenBank中所用SLA-3基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比较分析,确定这9个序列均为SLA-3位点上的新等位基因,但这些等位基因间核苷酸变异很少;氨基酸序列比较发现猪和人之间有很高的保守性。同时,构建了23个SLA-3的等位基因和1个HLA-A等位基因核苷酸序列的系统树。【结...

【背景】肌肉生长和脂肪沉积是猪生产中非常重要的经济性状,同时也是复杂的数量性状,受到众多因素的影响。长白猪原产于丹麦,是目前世界上使用最为广泛的瘦肉型猪种之一,具有生长速度快,瘦肉率高等特点,但肉质欠佳。松辽黑猪是以民猪、长白猪和杜洛克猪为素材经过三元杂交育成的黑色母系地方培育品种,具有繁殖率高、肉质优良、适应性强、耐粗饲等特性。二者在肉质方面存在较大差异。【目的】采用高通量测序技术对松辽黑猪和长白猪的背最长肌转录组进行分析,筛选影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA),为猪肉品质研究提供新的参考信息。【方法】采集6头松辽黑猪和6头长白猪的背最长肌作为样本,提取其RNA,将每个品种内的个体取等量RNA混池,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对混池后的样本RNA进行测序,然后对所获得的Reads进行比对、注释和差异表达等分析,筛选出差异表达mRNA和lncRNA并进行相关生物学功能富集分析。而后在筛选出的差异表达mRNA和lncRNA中各挑选10个基因,包括5个上调基因和5个下调基因,采用荧光定量PCR(Real-time PCR, RT-PCR)方法鉴定所选mRNA和lncRNA的表达水平,并验证测序结果的可靠性。【结果】将得到的原始数据进行质量控制后,每个样本分别得到103 M和150 M reads,其中98%以上reads质量较高,满足进行下一步分析的要求。将reads比对到参考基因组上,共得到26 774个转录本,其中包括8 428个新的转录本。采用edgeR软件包进行差异表达分析,参考标准是错误发现率(false discovery rate, FDR)小于0.05和差异倍数大于2(fold change, FC)。在2个猪种中共得到4 239个显著差异表达的mRNA,其中在松辽黑猪肌肉中2 023个上调,2 216个下调。其中HLCS、BTD、DGKα、LPIN1、FGF1、FGF10、FGFR1和ZNF7等基因参与脂类代谢和肌肉发育相关的调控。差异表达的mRNA的生物学功能富集分析发现,其主要富集在细胞发育、生物代谢调控、肌肉发育、脂类代谢等相关的信号通路和生物代谢途径上。同时,在2个猪种中还检测到的178个差异表达显著的lncRNAs,其中在松辽黑猪肌肉组织中有84个上调,94个下调。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析,显示有4个差异表达的lncRNA与差异表达mRNA存在潜在的调控关系,分别是TCONS-00041713、TCONS-00041712、ENSSSCT00000034982、ENSSSCT00000034269。同时10个差异表达mRNA和10个差异表达lncRNA的RT-PCR结果显示:其表达水平在两组中同样差异显著,且与转录组测序中表达的趋势相似,表明高通量测序结果具有可靠性。【结论】获得了影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和lncRNA,同时发现了几对差异表达lncRNA和mRNA之间可能存在着潜在的调控关系。这些潜在调控关系的发现,可能对于研究调控肌肉组织代谢活动的分子机制的具有一定意义,并为其提供新的参考信息。