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[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨具田 徐红伟 臧荣鑫 蔡勇 卢建雄 曹忻 霍生东 刘根娣 吴建平
【目的】探究脂肪酸合成酶(FAS)基因3′端非翻译区(3′-UTR)在绵羊地方品种中的遗传多态性,为进一步揭示地方绵羊品种间遗传分化、开展肉质性状的关联分析和表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和DNA测序技术对兰州大尾羊(38只)、滩羊(58只)、甘加羊(40只)、欧拉羊(30只)和乔科羊(39只)五个地方绵羊品种205只个体的脂肪酸合成酶(FAS)基因3′-UTR进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和遗传多态性分析。【结果】在这五个地方绵羊品种的FAS基因3′-UTR区中,有951位点和1005位点2个多态位点;两位点分别存在AA、Aa、aa和EE、Ee、ee各三种基因型,而...
关键词：
绵羊 脂肪酸合成酶基因 单核苷酸多态性
[期刊] 华北农学报
[作者]
李建华 杨明生 徐宁迎
CACNA2D1基因定位在猪的第9号染色体上,其位置与影响肉质性状的QTL重叠,可作为肉质性状的候选基因。采用PCR-SSCP技术,对160头金华×皮特兰资源家系F2猪CACNA2D1基因3′端非翻译区片段进行扩增分型,共产生2种等位基因,3种基因型。通过测序发现,在CACNA2D1基因3′端非翻译区(序列DQ981407)有一单核苷酸替换(C→A)。对不同标记基因型与肉质性状的最小二乘分析表明,AA基因型猪大腿肌肉的pH45值、大腿肌肉导电率和肌内脂肪含量的最小二乘均数比BB基因型分别高0.169,0.26和0.021,差异显著(P
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冯静 杨华 宋天增 杨剑波 石国庆 徐从祥 黄锡霞
本研究以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性。测序表明中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30 bp的插入/缺失,12%PAGE电泳证实KAP1.1基因存在6种基因型:(341 bp)AA型、(311 bp)BB型、(281 bp)CC型、(341 bp/311 bp)AB型、(341 bp/281 bp)AC型和(311 bp/281 bp)BC型,基因型频率依次为0.0208、0.5534、0.0260、0.1589、0.0456和0.1953。检测到A、B和C3个等位基因,基因频率依次为0.1230、0....
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
许在恩 俞瑜 李兵娟 陈虹君 郭小勤
为研究倭竹族Ｓｈｉｂａｔａｅｅａｅ中１４－３－３非ε类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性，分别从倭竹族５个不同属的代表种中获得１４－３－３ｂ，１４－３－３ｃ，１４－３－３ｅ，１４－３－３ｆ的基因全长。这些基因均包含５个外显子和４个内含子，编码序列（ｃＤＳ）大小为７７１～７８９ ｂｐ。１４－３－３ｂ，１４－３－３ｃ，１４－３－３ｅ和１４－３－３ｆ编码区序列中分别有２１，１９，２６和１７个单核苷酸多态性（ＳＮｐ）位点，ＳＮｐ频率分别为１ＳＮｐ／３８ ｂｐ，１ＳＮｐ／４１ ｂｐ，１ＳＮｐ／３０ ｂｐ，１ＳＮｐ／４６ ｂｐ，基因核苷酸多样性（π）值分别为０．０１２ １７，０．０１１ ８３，０．０１５ ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽 张爱玲 张良志 张春雷 朱泽轶 雷初朝 王新庄 陈宏
【目的】研究南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性,为利用遗传标记进行肉牛选育奠定基础。【方法】以122头南阳牛为试验动物,利用PCR-SSCP及测序方法研究了HCRTR1基因全部编码区序列的多态性,并对发现的SNP位点进行了遗传特性及单倍型分析。【结果】在该基因的编码区首次发现11个SNP位点,分别为G322A、G384C、T420C、C423T、T481A、C510A、T627C、C631T、G690A、G714A和C736T,其中在322、481、631和736bp处的突变都导致了氨基酸的改变,而其余7处均为同义突变。在322、510和736bp处的SNP表现为中度多态,PIC分别为...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽群 韦康 王丽鸳 成浩 刘本英 龚武云
【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCH...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘文艳 李秋玲 鞠志花 王洪梅 黄金明 刘顺德 李荣岭 仲跻峰 王长法
采用巢式PCR、DNA测序、创造酶切位点法PCR(Created restriction site-PCR,CRS-PCR)及PCR-RFLP(Poly-merase chain reaction-restriction fragment length polymorphism assay)方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛及渤海黑牛的Src基因内含子6,8,9的单核苷酸多态性(SNPs),发现了14062(C/T)、17302(G/A)和18107(T/C)共3个SNPs,均为首次报道的位点。Src基因14062(C/T)、17302(G/A)和18107(T/C)3个位点在中国荷斯坦牛和鲁西...
关键词：
牛 Src 单核苷酸多态性 优势等位基因
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何桂娟 罗婷颖 黄守婷 王景伟 林秋娟 肖天放
利用PCR-SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性.结果表明:在H-FABP基因5'-调控区检测到两个多态性位点(G7T和C11A),由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0.740和0.260;在外显子2处存在3个多态性位点(A2C、T62C和T65C),由两个等位基因控制,定义为C和D,基因频率分别为0.164和0.836.群体遗传分析表明,H-FABP基因5'-调控区属中度多态(0.25
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈吉宝 景蕊莲 员海燕 卫波 昌小平
TaDREB1是一种转录因子,调控抗旱等抗逆相关基因的表达。以抗旱性不同的20份六倍体小麦和3份小麦的二倍体近缘种为材料,用直接测序法筛查TaDREB1基因DNA序列的单核苷酸多态性,在23份材料的38038bp序列中发现了271个SNP和14个InDel,平均140bp中有1个SNP,2717bp中有1个InDel。核苷酸多样性(Л)分析表明,小麦二倍体近缘种的Л值(0.02188)明显大于六倍体小麦的Л值(0.01029),说明该基因在二倍体种中的变异程度大于六倍体小麦,可能原因是六倍体小麦长期承受强大的人工选择压力。单倍型分析揭示了TaDREB1基因单核苷酸多态性与抗旱性表型的相关性,但...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彩梅 张京
【目的】大麦Wx是控制直连淀粉合成相关的糯性基因,研究大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性,并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系。【方法】以2个国外糯大麦品种为对照,对30份高、中、低直链淀粉含量的中国大麦进行Wx的克隆和测序,分析Wx的单核苷酸多态性(SNP)及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系。【结果】在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中,共检测到了169个多态性位点,平均每26bp检测到一个多态性位点。在所有检测到的多态性位点中,包括143个SNP和26个InDel,二者的频率分别为1/310和1/169。Wx的内含子1、3、5、8区,外显子2、5和5′-UTR及3′-UTR区域为变异富集区...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘声传 鄢东海 周雪 莫雪 胡依然 魏杰 周富裕 周玉锋
为了发掘利用茶树茶树富硒关键酶硒代半胱氨酸甲基转移酶（ＳｅｌｅｎｏｃｙＳｔｅｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎＳｆｅｒａＳｅ，Ｓｍｔ）基因ｃＳＳｍｔ，通过ｒａｃｅ克隆该基因的ｃＤｎａ全长，并通过水培试验，分析该基因在井４３幼苗根叶的表达特征。结果表明：通过该基因ｃＤｎａ的全长克隆，获得５个茶树品种ｃＳＳｍｔ的开放阅读框（ｏｒｆ）全长；对茶树５个品种的ｏｒｆ核苷酸多态性鉴定共检测到１９个多态性位点，包括１７个ＳｎＰＳ和２个ｉｎＤｅｌＳ，平均每５５ ｂＰ检测到１个多态性位点，这些多态位点引起９个氨基酸位点变化；５个茶树品种Ｓｍｔ的氨基酸序列一致性为９９．１５％，出现一定的遗传分化。ｎａ＿２Ｓｅｏ＿３水培．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
籍贵苏 吕芃 杜瑞恒 刘国庆 侯升林 马雪 李素英 王金萍 赵秀萍
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高爱琴 李宁 李金泉 赵兴波
为了研究成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因在山羊被毛生长中的的作用,进一步寻找与山羊被毛生长相关的遗传标记,为山羊绒毛性状的标记辅助选择和育种提供一定的理论依据,根据人和小鼠成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因的同源序列设计引物对山羊基因组进行PCR扩增,将扩增片段进行克隆和测序,并与人和小鼠的成纤维细胞生长因子5基因序列进行同源性比较,确定扩增的片断为山羊的FGF5基因片断。采用PCR-SSCP技术分析了FGF5基因外显子在内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和文登奶山羊品种的多态性,结果表明:FGF5基因在P1和P2引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性,而在P3和P4中没有发现多态。经克隆测序分...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
薛梅 昝林森 王洪宝 高丽 宋付标 王洪程 焦阳
【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体(鲁西牛、鲁杂牛(鲁西牛×西门塔尔牛)、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛)共779头3~4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3-′UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
马云 王伍 梁小娟 王璐 李芬 徐源 姚瑾
以50头信阳水牛为材料,以GenBank公布的牛PRL基因序列(NC_007324)作为参照序列,设计PCR引物,对PRL基因的第2、4、5外显子进行变异检测,并将其多态性与部分生长性状进行相关分析。结果表明:试验牛群体中,每一外显子的PCR扩增产物经SSCP分析均出现不同带型;试验牛PRL基因第2、4、5外显子各存在1处SNP(2974G>A,7581 G>A,8558 G>-)。PRL基因第2外显子BB型个体坐骨端宽显著宽于AA型个体(P<0.05)。
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